ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51197

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 8, 3, 5, 3, 3, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.010, 0.029, 0.049, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.004, 0.031, 0.059, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.031 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.004, 0.037, 0.070, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.037 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.040, 0.078, 0.116, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.078 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.039, 0.077, 0.115, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.077 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.058, 0.107, 0.156, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.107 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.053, 0.110, 0.167, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.110 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.065, 0.133, 0.201, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.133 std_dev=0.068
C5' A 0, 0.090, 0.168, 0.246, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.168 std_dev=0.078
O5' A 0, 0.053, 0.147, 0.241, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.147 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.075, 0.171, 0.267, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.171 std_dev=0.096
P A 0, 0.078, 0.179, 0.281, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.179 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.098, 0.204, 0.309, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.204 std_dev=0.106
OP1 A 0, 0.093, 0.219, 0.346, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.219 std_dev=0.126
C5' B 0, 0.093, 0.235, 0.378, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.235 std_dev=0.142
C4' B 0, 0.085, 0.229, 0.372, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.229 std_dev=0.144
C2 B 0, 0.120, 0.265, 0.409, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.265 std_dev=0.144
N3 B 0, 0.087, 0.240, 0.394, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.240 std_dev=0.154
O4' B 0, 0.093, 0.248, 0.404, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.248 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.143, 0.301, 0.459, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.301 std_dev=0.158
C3' B 0, 0.079, 0.254, 0.429, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.254 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.075, 0.250, 0.425, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.250 std_dev=0.175
C1' B 0, 0.096, 0.272, 0.448, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.272 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.081, 0.259, 0.436, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.259 std_dev=0.177
C6 B 0, 0.134, 0.318, 0.502, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.318 std_dev=0.184
N9 B 0, 0.095, 0.279, 0.463, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.279 std_dev=0.184
C5 B 0, 0.111, 0.302, 0.492, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.302 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.091, 0.290, 0.490, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.290 std_dev=0.199
O5' B 0, 0.092, 0.292, 0.492, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.292 std_dev=0.200
C8 B 0, 0.124, 0.329, 0.535, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.329 std_dev=0.205
N6 B 0, 0.167, 0.373, 0.579, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.373 std_dev=0.206
P B 0, 0.076, 0.283, 0.490, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.283 std_dev=0.207
N7 B 0, 0.135, 0.344, 0.553, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.344 std_dev=0.209
OP2 B 0, 0.094, 0.312, 0.529, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.312 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.070, 0.291, 0.512, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.291 std_dev=0.221
O2' B 0, 0.112, 0.356, 0.599, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.356 std_dev=0.244

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.10 0.07 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.10 0.07 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.08 0.08
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.08 0.00 0.12 0.08 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.12 0.08 0.08
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.07 0.00 0.11 0.08 0.07
N2 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.01 0.10 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.01 0.09 0.07 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.01 0.13 0.08 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.07 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.11 0.07
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.09 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.09 0.07 0.06
O5' 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.00 0.13 0.09 0.09
OP1 0.08 0.10 0.07 0.05 0.10 0.05 0.12 0.05 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.13 0.10 0.08 0.05 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.12 0.09 0.14 0.09
C2 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.13 0.15 0.14 0.11
C2' 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07
C3' 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.09 0.12 0.07
C4 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.13 0.12 0.14 0.10
C4' 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.13 0.07
C5 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.07 0.08 0.13 0.12 0.13 0.10
C5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.12 0.07
C6 0.11 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.08 0.09 0.13 0.14 0.13 0.11
C8 0.08 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.06 0.06 0.07 0.13 0.10 0.13 0.09
N1 0.11 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.15 0.13 0.11
N2 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.13 0.16 0.14 0.13
N3 0.09 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.13 0.13 0.14 0.11
N7 0.09 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.08 0.06 0.08 0.13 0.11 0.13 0.09
N9 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.13 0.10 0.14 0.09
O2' 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.08
O3' 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.12 0.07
O4' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09
O5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.11 0.10 0.14 0.09
O6 0.11 0.14 0.10 0.08 0.12 0.08 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.08 0.09 0.13 0.14 0.13 0.11
OP1 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.15 0.10
OP2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.08
P 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.12 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.14 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.05 0.07 0.10 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.18 0.09
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.15 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.09 0.12 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.11 0.10 0.07
C5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.06 0.11 0.10 0.07
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.06 0.10 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.05 0.04 0.07 0.11 0.11 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.07 0.09 0.13 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.12 0.09 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.11 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.12 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.08 0.20 0.11
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.05 0.14 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.11 0.05
O5' 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.06 0.05 0.09 0.06 0.11 0.07 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.11 0.09 0.08 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.12 0.18 0.15 0.12 0.11 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.09 0.12 0.20 0.14 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.05 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00