ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51198

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 5, 8, 4, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.014, 0.028, 0.042, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.034 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.024, 0.043, 0.062, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.043 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.012, 0.031, 0.051, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.018, 0.048, 0.079, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.020, 0.052, 0.084, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.052 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.123, 0.189, 0.255, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.189 std_dev=0.066
C2' A 0, 0.192, 0.270, 0.349, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.270 std_dev=0.079
O5' A 0, 0.129, 0.224, 0.319, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.224 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.222, 0.323, 0.425, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.323 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.227, 0.330, 0.433, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.330 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.241, 0.350, 0.459, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.350 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.360, 0.520, 0.680, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.520 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.349, 0.511, 0.673, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.511 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.396, 0.565, 0.735, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.565 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.319, 0.491, 0.662, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.491 std_dev=0.171
C8 B 0, 0.416, 0.599, 0.782, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.599 std_dev=0.183
N9 B 0, 0.433, 0.620, 0.806, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.620 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.450, 0.636, 0.823, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.636 std_dev=0.187
P A 0, 0.411, 0.607, 0.803, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.607 std_dev=0.196
N7 B 0, 0.493, 0.701, 0.909, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.701 std_dev=0.208
OP2 A 0, 0.381, 0.593, 0.806, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.593 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.547, 0.771, 0.995, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.771 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.511, 0.737, 0.964, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.737 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.555, 0.786, 1.016, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.786 std_dev=0.230
C3' B 0, 0.506, 0.738, 0.971, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.738 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.660, 0.922, 1.184, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.922 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.679, 0.946, 1.212, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.946 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.660, 0.931, 1.201, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.931 std_dev=0.270
OP1 A 0, 0.654, 0.925, 1.195, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.925 std_dev=0.271
O2' B 0, 0.611, 0.885, 1.159, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.885 std_dev=0.274
N6 B 0, 0.695, 0.982, 1.268, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.982 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.756, 1.058, 1.360, 1.328 max_d=1.328 avg_d=1.058 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.755, 1.060, 1.365, 1.329 max_d=1.329 avg_d=1.060 std_dev=0.305
P B 0, 0.743, 1.052, 1.361, 1.451 max_d=1.451 avg_d=1.052 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.888, 1.241, 1.595, 1.588 max_d=1.588 avg_d=1.241 std_dev=0.353
O3' B 0, 0.985, 1.364, 1.744, 1.634 max_d=1.634 avg_d=1.364 std_dev=0.380
C5' B 0, 1.269, 1.756, 2.243, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.756 std_dev=0.487
OP1 B 0, 1.334, 1.860, 2.386, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.860 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.07 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.06 0.01 0.07 0.13 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.12 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.10 0.15 0.11
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.00 0.11 0.16 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.12 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.09 0.15 0.11
N2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.06 0.12 0.08
N3 0.03 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.06 0.01 0.06 0.11 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.11 0.15 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.07 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.09 0.00 0.13 0.18 0.14
OP1 0.04 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.10 0.04 0.11 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.06 0.09 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.13 0.08 0.06 0.12 0.03 0.15 0.01 0.16 0.12 0.15 0.12 0.11 0.15 0.10 0.06 0.06 0.05 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.05 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.07 0.03 0.05 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.11 0.11 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.13 0.27 0.08 0.06 0.07 0.15 0.06
C2 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.11 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.06 0.09 0.21 0.11 0.09 0.13 0.20 0.10
C2' 0.12 0.08 0.12 0.13 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.14 0.30 0.09 0.07 0.06 0.17 0.06
C3' 0.11 0.08 0.12 0.12 0.09 0.08 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.08 0.12 0.11 0.10 0.14 0.29 0.09 0.07 0.06 0.19 0.07
C4 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.24 0.10 0.08 0.09 0.19 0.08
C4' 0.11 0.07 0.12 0.12 0.08 0.09 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.15 0.29 0.08 0.06 0.07 0.16 0.06
C5 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10 0.12 0.24 0.10 0.09 0.13 0.21 0.10
C5' 0.10 0.07 0.12 0.12 0.07 0.09 0.08 0.12 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.15 0.28 0.08 0.06 0.07 0.16 0.06
C6 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.22 0.12 0.11 0.18 0.24 0.14
C8 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.12 0.11 0.14 0.26 0.10 0.07 0.09 0.19 0.07
N1 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.13 0.06 0.12 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.10 0.21 0.12 0.11 0.18 0.24 0.14
N2 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.08 0.15 0.13 0.08 0.08 0.18 0.12 0.10 0.13 0.18 0.10
N3 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.23 0.09 0.08 0.09 0.17 0.07
N7 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.09 0.12 0.08 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.12 0.11 0.14 0.25 0.10 0.08 0.12 0.21 0.09
N9 0.11 0.09 0.11 0.11 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.26 0.09 0.07 0.08 0.18 0.06
O2' 0.11 0.07 0.12 0.13 0.07 0.08 0.08 0.15 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09 0.15 0.31 0.08 0.06 0.10 0.14 0.07
O3' 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.09 0.09 0.16 0.09 0.11 0.08 0.08 0.12 0.11 0.09 0.14 0.27 0.09 0.07 0.08 0.18 0.07
O4' 0.10 0.08 0.11 0.11 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09 0.14 0.26 0.08 0.06 0.07 0.15 0.06
O5' 0.11 0.08 0.12 0.11 0.09 0.07 0.11 0.10 0.11 0.13 0.09 0.08 0.14 0.13 0.11 0.15 0.28 0.08 0.06 0.07 0.18 0.07
O6 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12 0.11 0.14 0.14 0.13 0.11 0.11 0.13 0.23 0.13 0.12 0.21 0.26 0.16
OP1 0.11 0.07 0.12 0.13 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.07 0.14 0.11 0.10 0.15 0.30 0.09 0.07 0.08 0.20 0.08
OP2 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.09 0.16 0.13 0.10 0.13 0.24 0.08 0.11 0.11 0.17 0.11
P 0.09 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.06 0.13 0.11 0.08 0.13 0.26 0.07 0.07 0.08 0.17 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.09 0.05 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.17 0.13 0.09 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.08 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.07 0.06 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.07 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.15 0.08 0.06 0.07
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.08 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.14 0.10 0.07 0.07
C5' 0.03 0.13 0.08 0.02 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.04 0.12 0.12 0.09 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.03 0.15 0.12 0.07 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.02 0.12 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.15 0.13 0.07 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.04 0.17 0.10 0.07 0.10
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.14 0.13 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.13 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.12 0.06 0.07 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.08 0.06 0.08
O3' 0.12 0.04 0.04 0.01 0.06 0.04 0.08 0.03 0.05 0.13 0.03 0.03 0.06 0.11 0.10 0.05 0.00 0.11 0.05 0.17 0.05 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.05 0.10 0.04
O5' 0.09 0.17 0.10 0.10 0.15 0.02 0.14 0.01 0.15 0.12 0.15 0.17 0.14 0.13 0.12 0.10 0.05 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.13 0.07 0.12 0.08 0.04 0.10 0.04 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.08 0.06 0.08 0.17 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.07 0.06 0.05 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.07 0.10 0.07 0.02 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00