ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51199

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 10, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.028 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.033 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.036, 0.074, 0.112, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.074 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.023, 0.076, 0.130, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.076 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.014, 0.068, 0.122, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.068 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.038, 0.114, 0.190, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.114 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.060, 0.181, 0.303, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.181 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.076, 0.202, 0.327, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.202 std_dev=0.125
O3' A 0, 0.021, 0.147, 0.273, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.147 std_dev=0.126
O5' A 0, 0.104, 0.246, 0.387, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.246 std_dev=0.142
N7 B 0, 0.144, 0.331, 0.519, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.331 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.115, 0.311, 0.507, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.311 std_dev=0.196
C8 B 0, 0.132, 0.329, 0.526, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.329 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.102, 0.300, 0.499, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.300 std_dev=0.198
C2' B 0, 0.080, 0.279, 0.477, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.279 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.097, 0.296, 0.495, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.296 std_dev=0.199
O2' B 0, 0.065, 0.273, 0.480, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.273 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.077, 0.315, 0.553, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.315 std_dev=0.238
C1' B 0, 0.064, 0.302, 0.541, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.302 std_dev=0.238
C3' B 0, 0.057, 0.299, 0.542, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.299 std_dev=0.243
P A 0, -0.026, 0.222, 0.469, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.222 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.083, 0.334, 0.585, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.334 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.043, 0.314, 0.585, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.314 std_dev=0.271
N6 B 0, 0.087, 0.369, 0.650, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.369 std_dev=0.282
C2 B 0, 0.059, 0.349, 0.639, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.349 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.036, 0.338, 0.641, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.338 std_dev=0.303
OP2 A 0, -0.039, 0.268, 0.576, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.268 std_dev=0.307
C4' B 0, 0.011, 0.318, 0.626, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.318 std_dev=0.308
N1 B 0, 0.041, 0.351, 0.661, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.351 std_dev=0.310
OP1 A 0, -0.058, 0.296, 0.650, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.296 std_dev=0.354
C5' B 0, -0.006, 0.367, 0.741, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.367 std_dev=0.373
O5' B 0, 0.004, 0.400, 0.796, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.400 std_dev=0.396
OP2 B 0, 0.031, 0.537, 1.042, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.537 std_dev=0.506
P B 0, -0.011, 0.500, 1.011, 2.631 max_d=2.631 avg_d=0.500 std_dev=0.511
OP1 B 0, -0.051, 0.522, 1.095, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.522 std_dev=0.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.04 0.06 0.13 0.01 0.28 0.20 0.22
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.04 0.09 0.09 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.09 0.01 0.18 0.11 0.14
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.02 0.09 0.01 0.20 0.13 0.15
C5' 0.03 0.13 0.04 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.11 0.06 0.13 0.15 0.12 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.03 0.11 0.00 0.25 0.17 0.19
C8 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.12 0.07 0.09
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.05 0.13 0.00 0.29 0.20 0.22
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.07 0.16 0.01 0.33 0.24 0.26
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.06 0.11 0.01 0.21 0.14 0.17
N7 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.16 0.10 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.07 0.09
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.08 0.02 0.09 0.04 0.11 0.06 0.12 0.13 0.10 0.07 0.05 0.00 0.05 0.03 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10
O3' 0.08 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.10 0.04 0.05 0.04 0.09 0.08 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.09 0.05 0.03
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02
O5' 0.04 0.13 0.09 0.05 0.09 0.01 0.09 0.00 0.11 0.06 0.13 0.16 0.11 0.07 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.03 0.11 0.00 0.27 0.18 0.20
OP1 0.07 0.28 0.09 0.08 0.18 0.08 0.20 0.05 0.25 0.12 0.29 0.33 0.21 0.16 0.12 0.10 0.09 0.07 0.02 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.20 0.09 0.07 0.11 0.03 0.13 0.01 0.17 0.07 0.20 0.24 0.14 0.10 0.07 0.13 0.05 0.02 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.22 0.07 0.05 0.14 0.02 0.15 0.01 0.19 0.09 0.22 0.26 0.17 0.12 0.09 0.10 0.03 0.02 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.11 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.07 0.05
C2 0.08 0.14 0.12 0.18 0.08 0.15 0.07 0.17 0.08 0.10 0.12 0.12 0.07 0.09 0.08 0.12 0.24 0.11 0.16 0.20 0.15 0.16
C2' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06
C3' 0.10 0.12 0.09 0.08 0.13 0.07 0.14 0.07 0.14 0.15 0.13 0.12 0.15 0.15 0.13 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06
C4 0.08 0.09 0.11 0.13 0.05 0.12 0.06 0.12 0.05 0.10 0.07 0.06 0.05 0.09 0.08 0.10 0.17 0.10 0.11 0.15 0.11 0.11
C4' 0.08 0.10 0.08 0.05 0.11 0.04 0.13 0.04 0.13 0.14 0.12 0.10 0.14 0.14 0.11 0.06 0.05 0.06 0.06 0.11 0.08 0.06
C5 0.09 0.09 0.12 0.15 0.05 0.14 0.05 0.15 0.05 0.10 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.12 0.19 0.12 0.13 0.17 0.13 0.14
C5' 0.10 0.10 0.10 0.06 0.10 0.06 0.11 0.05 0.11 0.13 0.10 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.05 0.08 0.08 0.12 0.09 0.08
C6 0.10 0.13 0.13 0.17 0.06 0.16 0.06 0.18 0.07 0.11 0.11 0.10 0.07 0.08 0.08 0.13 0.23 0.13 0.17 0.21 0.16 0.18
C8 0.10 0.07 0.11 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.06 0.05 0.06 0.09 0.09 0.10 0.14 0.11 0.09 0.13 0.09 0.09
N1 0.09 0.15 0.13 0.19 0.08 0.17 0.07 0.19 0.09 0.11 0.13 0.12 0.08 0.09 0.08 0.13 0.25 0.13 0.18 0.23 0.18 0.19
N2 0.09 0.17 0.13 0.20 0.10 0.16 0.09 0.19 0.10 0.11 0.14 0.15 0.09 0.10 0.09 0.12 0.28 0.11 0.18 0.22 0.17 0.18
N3 0.08 0.11 0.11 0.14 0.06 0.11 0.06 0.12 0.06 0.10 0.09 0.09 0.06 0.09 0.07 0.09 0.20 0.09 0.11 0.15 0.11 0.12
N7 0.10 0.08 0.12 0.13 0.05 0.13 0.06 0.14 0.05 0.11 0.07 0.05 0.05 0.09 0.09 0.11 0.17 0.12 0.12 0.16 0.11 0.12
N9 0.09 0.07 0.10 0.11 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.09 0.13 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08
O2' 0.10 0.13 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.10
O3' 0.15 0.22 0.12 0.10 0.21 0.09 0.24 0.09 0.25 0.22 0.24 0.20 0.26 0.24 0.20 0.09 0.08 0.13 0.11 0.07 0.12 0.09
O4' 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.10 0.06 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.12 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.12 0.08 0.07
O5' 0.09 0.10 0.10 0.04 0.09 0.05 0.09 0.02 0.09 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.14 0.01 0.07 0.06 0.10 0.08 0.06
O6 0.10 0.14 0.14 0.18 0.07 0.18 0.07 0.20 0.08 0.11 0.13 0.11 0.08 0.09 0.08 0.14 0.23 0.14 0.18 0.24 0.18 0.20
OP1 0.02 0.07 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.10 0.04 0.07 0.01 0.03 0.08 0.14 0.10 0.09
OP2 0.04 0.10 0.05 0.03 0.08 0.05 0.10 0.09 0.10 0.13 0.09 0.09 0.11 0.13 0.08 0.07 0.02 0.05 0.09 0.08 0.09 0.07
P 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.10 0.05 0.07 0.00 0.01 0.06 0.11 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.09 0.08 0.17 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.09 0.09 0.16 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.12 0.14 0.21 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.12 0.15 0.22 0.18
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.14 0.18 0.16
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.11 0.12 0.21 0.16
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.07 0.15 0.11
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.14 0.18 0.25 0.20
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.14 0.17 0.23 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.08 0.14 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.08 0.13 0.10 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
O5' 0.04 0.09 0.03 0.05 0.09 0.01 0.12 0.00 0.12 0.13 0.11 0.07 0.14 0.14 0.09 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.05 0.08 0.09 0.03 0.14 0.03 0.15 0.14 0.12 0.07 0.18 0.17 0.08 0.07 0.13 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.17 0.06 0.07 0.16 0.02 0.21 0.01 0.22 0.18 0.21 0.15 0.25 0.23 0.14 0.06 0.10 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.13 0.03 0.05 0.13 0.01 0.17 0.01 0.18 0.16 0.16 0.11 0.20 0.19 0.11 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00