ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51201

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 0, 9, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, -0.003, 0.018, 0.039, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.018 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, -0.008, 0.015, 0.038, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.015 std_dev=0.023
N9 A 0, -0.007, 0.019, 0.046, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.019 std_dev=0.027
C8 A 0, -0.008, 0.031, 0.070, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.031 std_dev=0.039
N1 A 0, -0.022, 0.021, 0.064, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.021 std_dev=0.043
N7 A 0, -0.015, 0.030, 0.075, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.030 std_dev=0.045
N3 A 0, -0.028, 0.025, 0.077, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.025 std_dev=0.052
C1' A 0, -0.033, 0.022, 0.078, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.022 std_dev=0.056
C2 A 0, -0.039, 0.019, 0.078, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.019 std_dev=0.058
N2 A 0, -0.045, 0.031, 0.108, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.031 std_dev=0.077
C2' B 0, 0.132, 0.325, 0.519, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.325 std_dev=0.194
O2' B 0, 0.129, 0.426, 0.722, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.426 std_dev=0.296
C3' B 0, -0.007, 0.349, 0.706, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.349 std_dev=0.356
O4' B 0, -0.099, 0.322, 0.743, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.322 std_dev=0.421
C1' B 0, -0.086, 0.391, 0.868, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.391 std_dev=0.477
O3' B 0, -0.049, 0.464, 0.976, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.464 std_dev=0.513
C4' B 0, -0.243, 0.365, 0.974, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.365 std_dev=0.609
C2' A 0, -0.390, 0.315, 1.020, 2.555 max_d=2.555 avg_d=0.315 std_dev=0.705
O4' A 0, -0.410, 0.307, 1.024, 2.660 max_d=2.660 avg_d=0.307 std_dev=0.717
N9 B 0, -0.369, 0.506, 1.381, 3.717 max_d=3.717 avg_d=0.506 std_dev=0.875
C4' A 0, -0.544, 0.427, 1.399, 3.671 max_d=3.671 avg_d=0.427 std_dev=0.972
O2' A 0, -0.548, 0.427, 1.402, 3.753 max_d=3.753 avg_d=0.427 std_dev=0.975
C5' B 0, -0.506, 0.475, 1.455, 4.450 max_d=4.450 avg_d=0.475 std_dev=0.980
C8 B 0, -0.466, 0.522, 1.511, 4.134 max_d=4.134 avg_d=0.522 std_dev=0.988
C3' A 0, -0.551, 0.454, 1.460, 3.504 max_d=3.504 avg_d=0.454 std_dev=1.006
O5' B 0, -0.532, 0.532, 1.596, 4.924 max_d=4.924 avg_d=0.532 std_dev=1.064
O3' A 0, -0.579, 0.576, 1.732, 4.395 max_d=4.395 avg_d=0.576 std_dev=1.156
C4 B 0, -0.729, 0.716, 2.160, 6.303 max_d=6.303 avg_d=0.716 std_dev=1.445
N7 B 0, -0.809, 0.714, 2.237, 6.495 max_d=6.495 avg_d=0.714 std_dev=1.523
C5' A 0, -0.972, 0.720, 2.412, 6.244 max_d=6.244 avg_d=0.720 std_dev=1.692
P B 0, -1.104, 0.609, 2.322, 7.774 max_d=7.774 avg_d=0.609 std_dev=1.713
N3 B 0, -0.876, 0.838, 2.552, 7.641 max_d=7.641 avg_d=0.838 std_dev=1.714
C5 B 0, -0.957, 0.825, 2.606, 7.688 max_d=7.688 avg_d=0.825 std_dev=1.781
OP2 B 0, -1.200, 0.748, 2.696, 8.803 max_d=8.803 avg_d=0.748 std_dev=1.948
OP1 B 0, -1.252, 0.736, 2.725, 9.086 max_d=9.086 avg_d=0.736 std_dev=1.988
O5' A 0, -1.265, 0.858, 2.981, 7.243 max_d=7.243 avg_d=0.858 std_dev=2.123
C2 B 0, -1.224, 1.052, 3.329, 10.098 max_d=10.098 avg_d=1.052 std_dev=2.276
C6 B 0, -1.322, 1.059, 3.440, 10.341 max_d=10.341 avg_d=1.059 std_dev=2.381
N1 B 0, -1.438, 1.162, 3.763, 11.408 max_d=11.408 avg_d=1.162 std_dev=2.601
N6 B 0, -1.577, 1.204, 3.986, 12.049 max_d=12.049 avg_d=1.204 std_dev=2.782
P A 0, -1.639, 1.211, 4.061, 9.947 max_d=9.947 avg_d=1.211 std_dev=2.850
OP1 A 0, -1.634, 1.292, 4.219, 10.656 max_d=10.656 avg_d=1.292 std_dev=2.926
OP2 A 0, -1.797, 1.471, 4.739, 11.758 max_d=11.758 avg_d=1.471 std_dev=3.268

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.12 0.05 0.03 0.10 0.13 0.11 0.03 0.00 0.01 0.11 0.00 0.07 0.04 0.29 0.15 0.10
C2 0.12 0.00 0.22 0.51 0.04 0.31 0.00 0.42 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.42 0.21 0.91 0.01 0.97 0.90 1.00
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.05 0.14 0.09 0.13 0.15 0.27 0.22 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.19 0.18 0.17
C3' 0.01 0.51 0.00 0.00 0.24 0.00 0.12 0.02 0.22 0.24 0.38 0.66 0.49 0.14 0.04 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.12 0.10 0.13
C4 0.04 0.04 0.12 0.24 0.00 0.12 0.00 0.19 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.15 0.10 0.44 0.01 0.60 0.30 0.47
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.28 0.21 0.41 0.29 0.21 0.08 0.13 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.09 0.01
C5 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.05 0.27 0.01 0.50 0.20 0.30
C5' 0.12 0.42 0.14 0.02 0.19 0.00 0.28 0.00 0.23 0.61 0.30 0.60 0.38 0.53 0.29 0.02 0.11 0.01 0.01 0.26 0.07 0.15 0.01
C6 0.05 0.01 0.09 0.22 0.02 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.16 0.09 0.45 0.00 0.66 0.34 0.52
C8 0.03 0.04 0.13 0.24 0.01 0.28 0.01 0.61 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.23 0.11 0.38 0.02 0.26 0.69 0.38
N1 0.10 0.00 0.15 0.38 0.05 0.21 0.02 0.30 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.31 0.17 0.74 0.01 0.88 0.70 0.84
N2 0.13 0.00 0.27 0.66 0.03 0.41 0.01 0.60 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.13 0.58 0.24 1.14 0.01 1.15 1.26 1.27
N3 0.11 0.01 0.22 0.49 0.01 0.29 0.02 0.38 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.37 0.20 0.80 0.02 0.85 0.72 0.84
N7 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.21 0.00 0.53 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.14 0.06 0.23 0.01 0.30 0.57 0.25
N9 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.29 0.03 0.01 0.06 0.06 0.05 0.02 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.02 0.33 0.23 0.11
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.13 0.04 0.02 0.05 0.09 0.07 0.13 0.09 0.07 0.04 0.00 0.02 0.06 0.10 0.05 0.11 0.17 0.10
O3' 0.11 0.42 0.01 0.01 0.15 0.02 0.06 0.11 0.16 0.23 0.31 0.58 0.37 0.14 0.07 0.02 0.00 0.14 0.12 0.12 0.08 0.10 0.08
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.11 0.17 0.24 0.20 0.06 0.02 0.06 0.14 0.00 0.19 0.07 0.34 0.25 0.22
O5' 0.07 0.91 0.18 0.17 0.44 0.01 0.27 0.01 0.45 0.38 0.74 1.14 0.80 0.23 0.11 0.10 0.12 0.19 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.12 0.07 0.37 0.00 0.61 0.28 0.43
OP1 0.29 0.97 0.19 0.12 0.60 0.10 0.50 0.07 0.66 0.26 0.88 1.15 0.85 0.30 0.33 0.11 0.08 0.34 0.01 0.61 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.90 0.18 0.10 0.30 0.09 0.20 0.15 0.34 0.69 0.70 1.26 0.72 0.57 0.23 0.17 0.10 0.25 0.01 0.28 0.00 0.00 0.00
P 0.10 1.00 0.17 0.13 0.47 0.01 0.30 0.01 0.52 0.38 0.84 1.27 0.84 0.25 0.11 0.10 0.08 0.22 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.82 0.17 0.21 0.61 0.25 0.74 0.42 0.91 0.42 0.93 0.66 1.00 0.64 0.39 0.27 0.30 0.09 0.58 0.93 1.02 0.92
C2 0.17 0.45 0.08 0.09 0.45 0.12 0.63 0.10 0.68 0.56 0.58 0.37 0.80 0.73 0.37 0.27 0.20 0.17 0.25 0.08 0.44 0.23
C2' 0.33 0.45 0.43 0.67 0.27 0.66 0.36 0.93 0.51 0.31 0.55 0.30 0.60 0.31 0.25 0.50 0.61 0.45 1.13 1.43 1.44 1.43
C3' 0.73 0.76 0.83 1.07 0.70 1.00 0.76 1.31 0.81 0.87 0.83 0.67 0.85 0.82 0.75 0.76 0.94 0.82 1.66 1.89 2.11 2.01
C4 0.10 0.55 0.10 0.17 0.49 0.22 0.71 0.21 0.82 0.52 0.73 0.41 0.98 0.75 0.35 0.27 0.27 0.13 0.33 0.41 0.59 0.45
C4' 0.45 1.02 0.45 0.67 0.77 0.61 0.91 0.93 1.09 0.76 1.14 0.82 1.19 0.88 0.63 0.30 0.54 0.48 1.30 1.67 1.98 1.76
C5 0.14 0.56 0.09 0.14 0.51 0.19 0.75 0.12 0.88 0.57 0.76 0.42 1.08 0.82 0.37 0.28 0.27 0.17 0.24 0.24 0.48 0.29
C5' 0.76 1.20 0.77 0.97 1.06 0.82 1.25 1.05 1.38 1.17 1.36 1.02 1.52 1.30 0.98 0.57 0.81 0.74 1.51 1.81 2.34 1.95
C6 0.19 0.56 0.09 0.08 0.51 0.13 0.75 0.08 0.84 0.61 0.73 0.45 1.04 0.85 0.40 0.27 0.23 0.20 0.26 0.11 0.49 0.25
C8 0.10 0.71 0.11 0.20 0.56 0.25 0.80 0.30 0.97 0.51 0.91 0.52 1.17 0.78 0.37 0.27 0.31 0.12 0.40 0.63 0.71 0.60
N1 0.21 0.55 0.09 0.07 0.51 0.09 0.70 0.17 0.77 0.61 0.67 0.46 0.91 0.81 0.41 0.27 0.19 0.20 0.32 0.23 0.54 0.34
N2 0.21 0.46 0.08 0.07 0.46 0.10 0.57 0.25 0.59 0.54 0.53 0.42 0.65 0.64 0.39 0.27 0.16 0.17 0.35 0.26 0.47 0.34
N3 0.10 0.46 0.09 0.16 0.43 0.21 0.63 0.18 0.70 0.50 0.61 0.35 0.82 0.68 0.33 0.28 0.25 0.13 0.34 0.36 0.58 0.43
N7 0.12 0.63 0.09 0.17 0.53 0.23 0.79 0.20 0.95 0.55 0.85 0.46 1.17 0.82 0.37 0.28 0.30 0.16 0.29 0.39 0.53 0.39
N9 0.10 0.68 0.12 0.21 0.54 0.25 0.75 0.33 0.90 0.48 0.85 0.51 1.05 0.72 0.36 0.27 0.30 0.09 0.45 0.68 0.79 0.68
O2' 0.24 0.52 0.35 0.54 0.31 0.52 0.36 0.79 0.51 0.18 0.58 0.38 0.56 0.24 0.19 0.44 0.53 0.30 0.95 1.40 1.27 1.30
O3' 0.73 0.79 0.91 1.17 0.66 1.07 0.67 1.45 0.73 0.80 0.81 0.69 0.72 0.70 0.71 0.84 1.09 0.79 1.79 2.19 2.23 2.26
O4' 0.36 1.13 0.20 0.14 0.87 0.14 1.02 0.42 1.22 0.67 1.26 0.93 1.31 0.90 0.62 0.22 0.15 0.21 0.74 1.07 1.36 1.14
O5' 1.23 1.51 1.19 1.32 1.51 1.16 1.72 1.32 1.78 1.71 1.69 1.39 1.92 1.84 1.47 0.98 1.09 1.19 1.82 1.92 2.56 2.12
O6 0.22 0.62 0.09 0.07 0.54 0.10 0.77 0.15 0.88 0.63 0.77 0.50 1.09 0.87 0.42 0.27 0.22 0.21 0.33 0.25 0.60 0.36
OP1 1.15 1.71 1.06 1.15 1.58 0.99 1.83 1.14 1.99 1.66 1.93 1.50 2.20 1.89 1.44 0.81 0.91 1.06 1.60 1.77 2.38 1.92
OP2 1.59 1.97 1.64 1.76 2.00 1.46 2.30 1.58 2.38 2.21 2.21 1.83 2.59 2.46 1.92 1.37 1.53 1.45 2.15 2.29 3.04 2.45
P 1.40 1.82 1.35 1.45 1.79 1.24 2.06 1.36 2.16 1.96 2.04 1.66 2.35 2.18 1.70 1.11 1.20 1.30 1.87 1.96 2.65 2.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.04 0.10 0.03 0.05
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03 0.08 0.10 0.18 0.12
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.10 0.05 0.05 0.09 0.12 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.28 0.26 0.25
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.15 0.15 0.11 0.17 0.17 0.11 0.01 0.00 0.01 0.04 0.19 0.08 0.11
C4 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.02 0.08 0.10 0.18 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.04 0.02 0.12 0.18 0.27 0.18
C5' 0.04 0.05 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.05 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.16 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.03 0.12 0.19 0.29 0.19
C8 0.01 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.09 0.02 0.13 0.18 0.26 0.18
N1 0.01 0.00 0.09 0.15 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.07 0.03 0.10 0.14 0.24 0.16
N3 0.02 0.00 0.12 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.02 0.07 0.08 0.14 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.08 0.03 0.13 0.23 0.34 0.22
N7 0.01 0.00 0.03 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.15 0.10 0.02 0.14 0.23 0.33 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.01 0.07 0.09 0.14 0.10
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.11 0.15 0.14 0.05 0.15 0.13 0.13 0.09 0.16 0.15 0.10 0.00 0.03 0.10 0.16 0.27 0.32 0.24
O3' 0.14 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.05 0.09 0.07 0.13 0.08 0.10 0.03 0.03 0.00 0.11 0.07 0.18 0.11 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.10 0.11 0.00 0.07 0.04 0.12 0.08
O5' 0.04 0.08 0.21 0.04 0.08 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.10 0.07 0.13 0.14 0.07 0.16 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.10 0.28 0.19 0.10 0.09 0.18 0.04 0.19 0.18 0.14 0.08 0.23 0.23 0.09 0.27 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.18 0.26 0.08 0.18 0.02 0.27 0.01 0.29 0.26 0.24 0.14 0.34 0.33 0.14 0.32 0.11 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.25 0.11 0.12 0.03 0.18 0.01 0.19 0.18 0.16 0.09 0.22 0.23 0.10 0.24 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00