ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51202

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.027 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.011, 0.041, 0.071, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.012, 0.042, 0.072, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.011, 0.043, 0.075, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.009, 0.043, 0.076, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.043 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.013, 0.058, 0.104, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.058 std_dev=0.045
O4' B 0, 0.091, 0.264, 0.438, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.264 std_dev=0.174
C2' B 0, 0.168, 0.452, 0.737, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.452 std_dev=0.285
C2' A 0, 0.149, 0.447, 0.745, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.447 std_dev=0.298
O4' A 0, 0.174, 0.558, 0.942, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.558 std_dev=0.384
C3' A 0, 0.163, 0.604, 1.045, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.604 std_dev=0.441
O2' A 0, 0.212, 0.696, 1.180, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.696 std_dev=0.484
C1' B 0, 0.176, 0.676, 1.176, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.676 std_dev=0.500
C4' A 0, 0.355, 0.944, 1.534, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.944 std_dev=0.589
O2' B 0, 0.377, 0.995, 1.613, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.995 std_dev=0.618
O3' A 0, 0.056, 0.789, 1.523, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.789 std_dev=0.733
O5' A 0, 0.562, 1.644, 2.727, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.644 std_dev=1.082
C4' B 0, -0.028, 1.082, 2.191, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.082 std_dev=1.110
OP2 A 0, 0.738, 1.876, 3.014, 2.954 max_d=2.954 avg_d=1.876 std_dev=1.138
C3' B 0, -0.024, 1.229, 2.482, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.229 std_dev=1.253
C5' A 0, 0.535, 1.923, 3.311, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.923 std_dev=1.388
N9 B 0, -0.122, 1.384, 2.890, 3.664 max_d=3.664 avg_d=1.384 std_dev=1.506
P A 0, 0.710, 2.218, 3.725, 4.201 max_d=4.201 avg_d=2.218 std_dev=1.508
C5' B 0, -0.026, 1.730, 3.486, 4.253 max_d=4.253 avg_d=1.730 std_dev=1.756
O3' B 0, 0.191, 2.120, 4.049, 4.907 max_d=4.907 avg_d=2.120 std_dev=1.929
O5' B 0, 0.364, 2.361, 4.358, 5.101 max_d=5.101 avg_d=2.361 std_dev=1.997
C8 B 0, -0.233, 1.925, 4.083, 5.110 max_d=5.110 avg_d=1.925 std_dev=2.158
C4 B 0, -0.435, 1.990, 4.414, 5.547 max_d=5.547 avg_d=1.990 std_dev=2.425
OP1 A 0, 0.792, 3.424, 6.057, 6.904 max_d=6.904 avg_d=3.424 std_dev=2.633
N3 B 0, -0.458, 2.326, 5.111, 6.345 max_d=6.345 avg_d=2.326 std_dev=2.784
N7 B 0, -0.469, 2.637, 5.744, 7.180 max_d=7.180 avg_d=2.637 std_dev=3.106
C5 B 0, -0.611, 2.609, 5.830, 7.297 max_d=7.297 avg_d=2.609 std_dev=3.220
P B 0, -0.171, 3.067, 6.305, 7.617 max_d=7.617 avg_d=3.067 std_dev=3.238
OP2 B 0, -0.247, 3.477, 7.201, 8.704 max_d=8.704 avg_d=3.477 std_dev=3.724
C2 B 0, -0.730, 3.050, 6.830, 8.451 max_d=8.451 avg_d=3.050 std_dev=3.780
OP1 B 0, -0.319, 3.596, 7.510, 9.149 max_d=9.149 avg_d=3.596 std_dev=3.915
C6 B 0, -0.835, 3.348, 7.530, 9.363 max_d=9.363 avg_d=3.348 std_dev=4.183
N1 B 0, -0.904, 3.496, 7.896, 9.781 max_d=9.781 avg_d=3.496 std_dev=4.400
N6 B 0, -0.969, 4.076, 9.122, 11.314 max_d=11.314 avg_d=4.076 std_dev=5.045

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.13 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.27 0.01 0.31 0.03 0.67 0.62 0.36
C2 0.05 0.00 0.24 0.10 0.01 0.23 0.02 0.21 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.44 0.46 0.29 0.40 0.04 0.77 0.58 0.36
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.13 0.03 0.09 0.27 0.13 0.12 0.20 0.28 0.23 0.08 0.04 0.01 0.05 0.02 0.42 0.11 0.75 0.55 0.49
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.08 0.14 0.09 0.13 0.09 0.13 0.06 0.02 0.01 0.02 0.36 0.09 0.30 0.38 0.30
C4 0.03 0.01 0.13 0.06 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.31 0.14 0.42 0.02 0.96 0.71 0.45
C4' 0.03 0.23 0.03 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.07 0.22 0.15 0.31 0.23 0.18 0.06 0.16 0.04 0.01 0.03 0.06 0.18 0.42 0.09
C5 0.02 0.02 0.09 0.08 0.01 0.06 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.22 0.06 0.55 0.02 1.27 0.88 0.65
C5' 0.13 0.21 0.27 0.04 0.16 0.01 0.31 0.00 0.24 0.59 0.15 0.34 0.18 0.54 0.29 0.10 0.19 0.03 0.01 0.32 0.37 0.41 0.03
C6 0.03 0.03 0.13 0.08 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.25 0.28 0.12 0.53 0.01 1.22 0.85 0.60
C8 0.02 0.00 0.12 0.14 0.00 0.22 0.01 0.59 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.17 0.70 0.03 1.52 1.01 0.90
N1 0.04 0.01 0.20 0.09 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.39 0.21 0.46 0.03 0.97 0.71 0.46
N2 0.05 0.01 0.28 0.13 0.01 0.31 0.02 0.34 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.52 0.56 0.34 0.41 0.05 0.68 0.50 0.38
N3 0.05 0.00 0.23 0.09 0.01 0.23 0.02 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.41 0.45 0.28 0.37 0.04 0.70 0.56 0.32
N7 0.02 0.02 0.08 0.13 0.02 0.18 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.12 0.10 0.70 0.02 1.61 1.06 0.91
N9 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.20 0.02 0.46 0.02 1.03 0.76 0.55
O2' 0.01 0.44 0.01 0.02 0.24 0.16 0.18 0.10 0.25 0.13 0.37 0.52 0.41 0.10 0.08 0.00 0.08 0.07 0.41 0.22 0.70 0.55 0.47
O3' 0.27 0.46 0.05 0.01 0.31 0.04 0.22 0.19 0.28 0.11 0.39 0.56 0.45 0.12 0.20 0.08 0.00 0.23 0.35 0.24 0.41 0.37 0.30
O4' 0.01 0.29 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.03 0.12 0.17 0.21 0.34 0.28 0.10 0.02 0.07 0.23 0.00 0.25 0.09 0.41 0.60 0.26
O5' 0.31 0.40 0.42 0.36 0.42 0.03 0.55 0.01 0.53 0.70 0.46 0.41 0.37 0.70 0.46 0.41 0.35 0.25 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.11 0.09 0.02 0.06 0.02 0.32 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.02 0.22 0.24 0.09 0.59 0.00 1.39 0.94 0.71
OP1 0.67 0.77 0.75 0.30 0.96 0.18 1.27 0.37 1.22 1.52 0.97 0.68 0.70 1.61 1.03 0.70 0.41 0.41 0.02 1.39 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 0.58 0.55 0.38 0.71 0.42 0.88 0.41 0.85 1.01 0.71 0.50 0.56 1.06 0.76 0.55 0.37 0.60 0.02 0.94 0.02 0.00 0.00
P 0.36 0.36 0.49 0.30 0.45 0.09 0.65 0.03 0.60 0.90 0.46 0.38 0.32 0.91 0.55 0.47 0.30 0.26 0.01 0.71 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 2.66 0.30 0.94 1.54 1.03 1.71 1.56 2.31 0.67 2.77 2.01 2.38 1.18 0.77 0.20 1.09 0.21 1.22 2.24 1.06 1.65
C2 0.12 0.83 0.12 0.45 0.90 0.55 1.42 0.31 1.57 1.08 1.29 0.55 1.80 1.48 0.66 0.23 0.88 0.22 0.74 0.56 1.41 0.78
C2' 0.41 2.61 0.25 0.74 1.55 0.74 1.66 1.32 2.23 0.68 2.69 2.02 2.29 1.13 0.84 0.27 0.85 0.18 1.16 2.42 1.19 1.74
C3' 0.32 2.78 0.29 0.91 1.55 0.86 1.60 1.59 2.22 0.50 2.79 2.15 2.24 0.97 0.75 0.19 0.95 0.08 1.52 3.04 1.73 2.24
C4 0.18 2.13 0.16 0.75 1.51 0.87 1.96 0.93 2.48 1.11 2.57 1.53 2.69 1.68 0.90 0.17 1.15 0.21 0.58 1.00 0.64 0.60
C4' 0.30 2.73 0.86 1.61 1.31 1.58 1.40 2.35 2.11 0.28 2.76 1.97 2.16 0.73 0.44 0.58 1.61 0.65 2.20 3.64 2.24 2.84
C5 0.17 2.03 0.15 0.75 1.53 0.85 2.19 0.80 2.78 1.36 2.71 1.37 3.20 2.02 0.97 0.20 1.26 0.22 0.53 0.76 0.96 0.49
C5' 0.59 2.71 1.35 2.18 1.16 1.99 1.34 2.71 2.17 0.25 2.86 1.82 2.31 0.62 0.27 1.11 2.27 0.93 2.60 4.17 2.59 3.21
C6 0.16 1.37 0.15 0.62 1.28 0.71 2.07 0.48 2.52 1.48 2.16 0.86 3.07 2.13 0.91 0.26 1.21 0.24 0.66 0.48 1.54 0.74
C8 0.24 2.75 0.20 0.92 1.77 1.00 2.27 1.24 3.01 1.20 3.28 1.93 3.34 1.87 1.02 0.17 1.32 0.20 0.80 1.61 0.52 0.99
N1 0.15 0.78 0.15 0.47 0.96 0.56 1.70 0.26 1.92 1.36 1.45 0.46 2.34 1.89 0.76 0.28 1.02 0.23 0.85 0.69 1.80 1.02
N2 0.20 0.16 0.13 0.23 0.28 0.28 0.71 0.33 0.67 0.80 0.33 0.26 0.88 0.99 0.33 0.25 0.58 0.21 1.10 1.01 1.79 1.23
N3 0.13 1.56 0.15 0.62 1.21 0.75 1.56 0.73 1.86 0.92 1.87 1.18 1.99 1.35 0.73 0.18 0.95 0.21 0.53 0.72 0.72 0.49
N7 0.20 2.44 0.17 0.86 1.70 0.95 2.35 1.02 3.08 1.37 3.15 1.65 3.55 2.09 1.04 0.19 1.37 0.22 0.60 1.13 0.71 0.63
N9 0.23 2.62 0.21 0.88 1.66 0.98 2.02 1.26 2.65 1.01 2.96 1.90 2.84 1.60 0.93 0.17 1.19 0.20 0.85 1.63 0.55 1.07
O2' 0.67 2.33 0.46 0.54 1.47 0.51 1.47 0.99 1.91 0.73 2.32 1.91 1.89 1.01 0.92 0.56 0.63 0.49 1.02 2.19 1.17 1.60
O3' 0.88 3.03 0.39 0.36 1.88 0.32 1.78 1.09 2.31 0.76 2.91 2.54 2.24 1.13 1.15 0.70 0.44 0.56 1.20 2.89 1.75 2.10
O4' 0.26 2.84 0.72 1.49 1.48 1.55 1.66 2.14 2.37 0.50 2.94 2.05 2.45 1.05 0.62 0.49 1.62 0.60 1.79 2.89 1.59 2.23
O5' 0.41 2.82 1.19 2.06 1.32 1.85 1.61 2.47 2.48 0.34 3.10 1.89 2.71 0.95 0.37 1.00 2.28 0.77 2.30 3.84 2.20 2.86
O6 0.17 1.16 0.17 0.60 1.20 0.69 2.10 0.40 2.55 1.59 2.05 0.68 3.28 2.28 0.91 0.31 1.26 0.25 0.74 0.56 1.82 0.93
OP1 0.91 2.76 1.82 2.68 1.28 2.25 1.69 2.80 2.64 0.80 3.20 1.74 3.00 1.16 0.64 1.74 2.94 1.13 2.81 4.44 2.74 3.34
OP2 0.61 3.64 0.95 1.77 2.14 1.53 2.58 2.06 3.55 1.20 4.12 2.59 3.91 1.94 1.20 0.90 2.08 0.58 1.92 3.36 1.71 2.36
P 0.64 2.86 1.48 2.39 1.33 2.07 1.72 2.61 2.67 0.49 3.26 1.85 2.99 1.08 0.45 1.38 2.70 0.92 2.48 3.99 2.31 2.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.14 0.02 0.22 0.54 0.58 0.33
C2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.14 0.02 0.25 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.24 0.29 0.20 0.54 0.66 0.91 0.57
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.14 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.30 0.65 0.51 0.37
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.12 0.04 0.08 0.05 0.11 0.03 0.02 0.01 0.01 0.18 0.55 0.35 0.21
C4 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.10 0.46 0.67 0.85 0.53
C4' 0.03 0.14 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.12 0.13 0.06 0.08 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.38 0.28 0.12
C5 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.13 0.05 0.49 0.73 0.91 0.58
C5' 0.07 0.25 0.14 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.21 0.16 0.25 0.22 0.21 0.18 0.13 0.09 0.12 0.01 0.02 0.29 0.15 0.04
C6 0.02 0.03 0.08 0.03 0.02 0.07 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.21 0.17 0.09 0.54 0.73 0.95 0.61
C8 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.12 0.39 0.72 0.78 0.49
N1 0.03 0.01 0.08 0.04 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.23 0.24 0.16 0.57 0.71 0.96 0.62
N3 0.04 0.01 0.08 0.08 0.01 0.13 0.02 0.22 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.21 0.28 0.20 0.48 0.63 0.85 0.53
N6 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.06 0.02 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.20 0.14 0.06 0.55 0.76 0.95 0.63
N7 0.03 0.03 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.07 0.08 0.45 0.76 0.87 0.56
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.03 0.36 0.65 0.75 0.46
O2' 0.03 0.24 0.01 0.02 0.16 0.07 0.16 0.09 0.21 0.09 0.23 0.21 0.20 0.11 0.07 0.00 0.05 0.04 0.32 0.71 0.53 0.42
O3' 0.14 0.29 0.03 0.01 0.18 0.04 0.13 0.12 0.17 0.06 0.24 0.28 0.14 0.07 0.11 0.05 0.00 0.10 0.17 0.57 0.33 0.21
O4' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.09 0.12 0.16 0.20 0.06 0.08 0.03 0.04 0.10 0.00 0.21 0.41 0.45 0.24
O5' 0.22 0.54 0.30 0.18 0.46 0.03 0.49 0.02 0.54 0.39 0.57 0.48 0.55 0.45 0.36 0.32 0.17 0.21 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.54 0.66 0.65 0.55 0.67 0.38 0.73 0.29 0.73 0.72 0.71 0.63 0.76 0.76 0.65 0.71 0.57 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.58 0.91 0.51 0.35 0.85 0.28 0.91 0.15 0.95 0.78 0.96 0.85 0.95 0.87 0.75 0.53 0.33 0.45 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.33 0.57 0.37 0.21 0.53 0.12 0.58 0.04 0.61 0.49 0.62 0.53 0.63 0.56 0.46 0.42 0.21 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00