ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51206

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.035 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.018, 0.037, 0.057, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.045 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.025, 0.050, 0.075, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.026, 0.051, 0.076, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.051 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.030, 0.057, 0.084, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.057 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.036, 0.067, 0.098, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.067 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.031, 0.065, 0.098, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.065 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.177, 0.339, 0.502, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.339 std_dev=0.163
O4' B 0, 0.206, 0.427, 0.647, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.427 std_dev=0.221
C2' B 0, 0.183, 0.412, 0.642, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.412 std_dev=0.229
O4' A 0, 0.274, 0.508, 0.741, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.508 std_dev=0.233
O2' A 0, 0.348, 0.837, 1.326, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.837 std_dev=0.489
C4' A 0, 0.524, 1.023, 1.522, 1.486 max_d=1.486 avg_d=1.023 std_dev=0.499
OP1 A 0, 0.596, 1.096, 1.597, 1.464 max_d=1.464 avg_d=1.096 std_dev=0.500
O5' A 0, 0.498, 1.008, 1.519, 1.619 max_d=1.619 avg_d=1.008 std_dev=0.510
P A 0, 0.471, 1.048, 1.624, 1.653 max_d=1.653 avg_d=1.048 std_dev=0.576
C3' A 0, 0.334, 0.936, 1.538, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.936 std_dev=0.602
C5' A 0, 0.672, 1.321, 1.971, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.321 std_dev=0.649
O2' B 0, 0.255, 0.990, 1.724, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.990 std_dev=0.735
C1' B 0, 0.329, 1.068, 1.807, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.068 std_dev=0.739
C3' B 0, 0.332, 1.373, 2.413, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.373 std_dev=1.040
OP2 A 0, 0.743, 1.812, 2.880, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.812 std_dev=1.068
C4' B 0, 0.425, 1.503, 2.582, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.503 std_dev=1.078
O3' A 0, 0.178, 1.493, 2.808, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.493 std_dev=1.315
O3' B 0, 0.350, 1.865, 3.380, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.865 std_dev=1.515
N9 B 0, 0.324, 2.297, 4.269, 4.329 max_d=4.329 avg_d=2.297 std_dev=1.972
C5' B 0, 0.485, 2.576, 4.666, 4.902 max_d=4.902 avg_d=2.576 std_dev=2.091
O5' B 0, 0.512, 2.933, 5.353, 5.590 max_d=5.590 avg_d=2.933 std_dev=2.421
C8 B 0, 0.313, 3.139, 5.966, 6.055 max_d=6.055 avg_d=3.139 std_dev=2.827
C4 B 0, 0.339, 3.416, 6.492, 6.557 max_d=6.557 avg_d=3.416 std_dev=3.077
N3 B 0, 0.366, 3.929, 7.491, 7.647 max_d=7.647 avg_d=3.929 std_dev=3.563
P B 0, 0.484, 4.355, 8.226, 8.353 max_d=8.353 avg_d=4.355 std_dev=3.871
N7 B 0, 0.307, 4.312, 8.317, 8.382 max_d=8.382 avg_d=4.312 std_dev=4.005
C5 B 0, 0.334, 4.423, 8.512, 8.561 max_d=8.561 avg_d=4.423 std_dev=4.089
OP2 B 0, 0.777, 5.122, 9.466, 9.553 max_d=9.553 avg_d=5.122 std_dev=4.345
OP1 B 0, 0.327, 5.166, 10.004, 10.156 max_d=10.156 avg_d=5.166 std_dev=4.839
C2 B 0, 0.382, 5.225, 10.069, 10.205 max_d=10.205 avg_d=5.225 std_dev=4.844
C6 B 0, 0.346, 5.673, 11.000, 11.040 max_d=11.040 avg_d=5.673 std_dev=5.327
N1 B 0, 0.374, 5.988, 11.601, 11.694 max_d=11.694 avg_d=5.988 std_dev=5.614
N6 B 0, 0.315, 6.779, 13.243, 13.261 max_d=13.261 avg_d=6.779 std_dev=6.464

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.00 0.16 0.01 0.35 0.20 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.38 0.35 0.06 0.29 0.01 0.40 0.55 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.21 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.22 0.08 0.35 0.31 0.17
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.15 0.00 0.27 0.02 0.24 0.36 0.15 0.04 0.03 0.37 0.20 0.02 0.01 0.02 0.41 0.29 0.19 0.52 0.33
C4 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.16 0.04 0.32 0.01 0.40 0.54 0.27
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.15 0.05 0.07 0.05 0.15 0.07 0.25 0.04 0.01 0.03 0.10 0.11 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.27 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.32 0.04 0.02 0.42 0.01 0.41 0.74 0.39
C5' 0.10 0.11 0.21 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.11 0.11 0.19 0.11 0.10 0.20 0.02 0.01 0.18 0.16 0.08 0.03
C6 0.02 0.00 0.07 0.24 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.04 0.03 0.43 0.01 0.41 0.81 0.42
C8 0.00 0.01 0.05 0.36 0.01 0.15 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.22 0.03 0.45 0.01 0.41 0.65 0.35
N1 0.02 0.00 0.07 0.15 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.20 0.05 0.36 0.01 0.41 0.70 0.35
N2 0.02 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.47 0.07 0.25 0.01 0.39 0.50 0.24
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.38 0.06 0.25 0.01 0.39 0.46 0.21
N7 0.01 0.00 0.06 0.37 0.00 0.15 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.22 0.02 0.50 0.01 0.41 0.85 0.45
N9 0.00 0.01 0.04 0.20 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.30 0.01 0.39 0.45 0.21
O2' 0.01 0.38 0.00 0.02 0.30 0.25 0.32 0.10 0.38 0.17 0.40 0.39 0.34 0.25 0.18 0.00 0.09 0.19 0.28 0.39 0.28 0.34 0.21
O3' 0.29 0.35 0.03 0.01 0.16 0.04 0.04 0.20 0.04 0.22 0.20 0.47 0.38 0.22 0.07 0.09 0.00 0.24 0.44 0.07 0.55 0.58 0.46
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.19 0.24 0.00 0.14 0.02 0.31 0.13 0.10
O5' 0.16 0.29 0.22 0.41 0.32 0.03 0.42 0.01 0.43 0.45 0.36 0.25 0.25 0.50 0.30 0.28 0.44 0.14 0.00 0.48 0.03 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.29 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.07 0.02 0.48 0.00 0.41 0.92 0.49
OP1 0.35 0.40 0.35 0.19 0.40 0.11 0.41 0.16 0.41 0.41 0.41 0.39 0.39 0.41 0.39 0.28 0.55 0.31 0.03 0.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.55 0.31 0.52 0.54 0.06 0.74 0.08 0.81 0.65 0.70 0.50 0.46 0.85 0.45 0.34 0.58 0.13 0.01 0.92 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.27 0.17 0.33 0.27 0.05 0.39 0.03 0.42 0.35 0.35 0.24 0.21 0.45 0.21 0.21 0.46 0.10 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 3.28 0.22 0.68 1.71 0.81 1.66 1.39 2.44 0.21 3.22 2.53 2.37 0.74 0.69 0.50 0.62 0.16 1.24 2.49 1.49 1.93
C2 0.20 2.12 0.05 0.23 1.67 0.31 2.05 0.15 2.44 1.14 2.45 1.68 2.57 1.71 1.03 0.66 0.41 0.09 0.56 0.14 0.94 0.43
C2' 0.12 2.75 0.23 0.57 1.29 0.64 1.15 1.20 1.86 0.23 2.63 2.11 1.75 0.27 0.38 0.51 0.42 0.21 1.25 2.52 1.74 2.05
C3' 0.36 3.11 0.09 0.35 1.54 0.44 1.35 1.12 2.08 0.15 2.93 2.45 1.94 0.41 0.61 0.25 0.18 0.12 1.22 2.66 1.85 2.12
C4 0.28 3.19 0.09 0.50 2.01 0.63 2.30 0.74 3.05 0.92 3.48 2.42 3.16 1.61 1.06 0.61 0.63 0.04 0.29 1.13 0.18 0.63
C4' 0.37 3.51 0.22 0.67 1.76 0.78 1.63 1.54 2.49 0.21 3.40 2.71 2.39 0.63 0.72 0.38 0.57 0.17 1.54 3.15 2.08 2.45
C5 0.33 3.29 0.05 0.47 2.20 0.59 2.73 0.57 3.59 1.32 3.86 2.44 3.91 2.14 1.27 0.63 0.72 0.04 0.10 0.79 0.49 0.24
C5' 0.38 3.73 0.24 0.76 1.93 0.83 1.91 1.53 2.86 0.32 3.76 2.82 2.86 0.90 0.84 0.46 0.75 0.16 1.44 3.11 1.89 2.31
C6 0.33 2.86 0.07 0.33 2.15 0.44 2.86 0.21 3.61 1.65 3.56 2.11 4.08 2.51 1.36 0.67 0.66 0.10 0.56 0.14 1.21 0.48
C8 0.33 3.71 0.13 0.64 2.19 0.77 2.51 1.06 3.48 0.93 4.10 2.73 3.70 1.70 1.12 0.58 0.80 0.08 0.63 1.78 0.52 1.12
N1 0.27 2.29 0.09 0.22 1.89 0.31 2.55 0.18 3.03 1.59 2.87 1.73 3.38 2.33 1.25 0.68 0.52 0.13 0.82 0.37 1.47 0.80
N2 0.08 1.22 0.07 0.08 1.12 0.13 1.44 0.53 1.60 0.98 1.49 0.97 1.72 1.35 0.77 0.67 0.19 0.15 1.00 0.69 1.32 0.94
N3 0.20 2.59 0.09 0.39 1.71 0.51 1.88 0.54 2.42 0.74 2.74 2.07 2.44 1.30 0.89 0.61 0.47 0.04 0.17 0.80 0.18 0.43
N7 0.36 3.62 0.07 0.56 2.30 0.69 2.81 0.79 3.80 1.27 4.21 2.64 4.18 2.13 1.28 0.61 0.81 0.03 0.24 1.23 0.21 0.58
N9 0.28 3.47 0.15 0.62 1.99 0.76 2.16 1.10 3.01 0.66 3.66 2.61 3.08 1.34 0.96 0.57 0.70 0.10 0.75 1.84 0.73 1.27
O2' 0.21 2.32 0.19 0.41 1.03 0.41 0.76 0.98 1.34 0.47 2.08 1.86 1.14 0.19 0.27 0.37 0.25 0.19 1.23 2.50 1.93 2.11
O3' 0.92 3.32 0.66 0.38 1.84 0.29 1.48 0.59 2.10 0.31 2.98 2.80 1.83 0.54 1.00 0.50 0.66 0.67 0.86 2.35 1.78 1.89
O4' 0.34 3.69 0.24 0.80 1.92 0.92 1.88 1.64 2.76 0.31 3.65 2.82 2.71 0.88 0.83 0.45 0.76 0.17 1.48 2.96 1.79 2.26
O5' 0.40 3.92 0.17 0.71 2.10 0.86 2.19 1.50 3.20 0.54 4.07 2.93 3.29 1.21 0.98 0.40 0.70 0.18 1.30 2.84 1.61 2.09
O6 0.36 2.80 0.11 0.30 2.19 0.40 3.05 0.14 3.81 1.89 3.63 2.03 4.50 2.82 1.45 0.66 0.70 0.13 0.76 0.24 1.60 0.78
OP1 0.68 4.21 0.29 0.54 2.42 0.63 2.59 1.22 3.65 0.92 4.47 3.19 3.84 1.63 1.30 0.35 0.62 0.29 1.02 2.67 1.35 1.83
OP2 0.35 4.02 0.21 0.80 2.24 1.00 2.52 1.53 3.63 0.81 4.39 2.93 3.92 1.61 1.09 0.52 0.87 0.24 1.18 2.60 1.26 1.85
P 0.37 4.00 0.20 0.79 2.18 0.94 2.36 1.53 3.43 0.64 4.26 2.96 3.62 1.39 1.03 0.49 0.86 0.16 1.27 2.83 1.49 2.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.00 0.17 0.39 0.19 0.17
C2 0.02 0.00 0.35 0.14 0.00 0.30 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.26 0.46 0.27 0.27 0.13 0.13
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.18 0.02 0.08 0.24 0.15 0.21 0.27 0.34 0.10 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.49 0.94 0.69 0.67
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.20 0.00 0.29 0.01 0.28 0.33 0.22 0.11 0.33 0.36 0.21 0.02 0.01 0.01 0.04 0.51 0.13 0.22
C4 0.01 0.00 0.18 0.20 0.00 0.10 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.23 0.14 0.19 0.13 0.07
C4' 0.00 0.30 0.02 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.31 0.21 0.30 0.03 0.24 0.08 0.29 0.02 0.00 0.02 0.15 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.29 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.03 0.09 0.06 0.08 0.26 0.19
C5' 0.09 0.43 0.24 0.01 0.21 0.01 0.08 0.00 0.17 0.29 0.34 0.41 0.10 0.21 0.04 0.07 0.22 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.15 0.28 0.01 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.20 0.07 0.08 0.28 0.17
C8 0.01 0.01 0.21 0.33 0.00 0.31 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.54 0.12 0.28 0.27 0.12 0.26 0.31
N1 0.02 0.00 0.27 0.22 0.01 0.21 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.35 0.18 0.14 0.19 0.08
N3 0.02 0.00 0.34 0.11 0.00 0.30 0.00 0.41 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.34 0.30 0.46 0.28 0.33 0.14 0.17
N6 0.01 0.01 0.10 0.33 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.05 0.13 0.09 0.19 0.40 0.28
N7 0.01 0.01 0.11 0.36 0.00 0.24 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.48 0.13 0.16 0.25 0.22 0.40 0.38
N9 0.00 0.01 0.01 0.21 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.10 0.02 0.05 0.18 0.11 0.07
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.04 0.29 0.21 0.07 0.11 0.54 0.15 0.34 0.22 0.48 0.20 0.00 0.04 0.22 0.39 0.98 0.84 0.68
O3' 0.31 0.26 0.02 0.01 0.15 0.02 0.03 0.22 0.04 0.12 0.15 0.30 0.05 0.13 0.10 0.04 0.00 0.22 0.19 0.20 0.16 0.10
O4' 0.00 0.46 0.01 0.01 0.23 0.00 0.09 0.02 0.20 0.28 0.35 0.46 0.13 0.16 0.02 0.22 0.22 0.00 0.05 0.05 0.15 0.15
O5' 0.17 0.27 0.49 0.04 0.14 0.02 0.06 0.01 0.07 0.27 0.18 0.28 0.09 0.25 0.05 0.39 0.19 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.39 0.27 0.94 0.51 0.19 0.15 0.08 0.08 0.08 0.12 0.14 0.33 0.19 0.22 0.18 0.98 0.20 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.13 0.69 0.13 0.13 0.02 0.26 0.01 0.28 0.26 0.19 0.14 0.40 0.40 0.11 0.84 0.16 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.13 0.67 0.22 0.07 0.03 0.19 0.02 0.17 0.31 0.08 0.17 0.28 0.38 0.07 0.68 0.10 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00