ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51207

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.010, 0.038, 0.066, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.038 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.009, 0.041, 0.073, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.041 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.015, 0.060, 0.104, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.060 std_dev=0.044
O4' B 0, 0.073, 0.321, 0.569, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.321 std_dev=0.248
C2' A 0, 0.031, 0.349, 0.667, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.349 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.072, 0.403, 0.734, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.403 std_dev=0.331
O4' A 0, 0.018, 0.355, 0.692, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.355 std_dev=0.337
O2' A 0, -0.142, 0.294, 0.730, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.294 std_dev=0.436
C2' B 0, 0.085, 0.579, 1.072, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.579 std_dev=0.494
C4' A 0, 0.017, 0.537, 1.057, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.537 std_dev=0.520
C3' A 0, 0.081, 0.612, 1.144, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.612 std_dev=0.531
O2' B 0, 0.037, 0.613, 1.189, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.613 std_dev=0.576
O3' A 0, 0.160, 0.873, 1.587, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.873 std_dev=0.713
C4' B 0, -0.016, 0.818, 1.651, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.818 std_dev=0.833
C5' A 0, 0.040, 0.912, 1.785, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.912 std_dev=0.872
O5' A 0, 0.334, 1.219, 2.104, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.219 std_dev=0.885
N9 B 0, -0.197, 0.727, 1.651, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.727 std_dev=0.924
C5' B 0, -0.107, 1.085, 2.277, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.085 std_dev=1.192
C3' B 0, -0.131, 1.116, 2.363, 3.602 max_d=3.602 avg_d=1.116 std_dev=1.247
C4 B 0, -0.470, 1.012, 2.493, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.012 std_dev=1.481
C8 B 0, -0.306, 1.317, 2.940, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.317 std_dev=1.623
P A 0, 0.511, 2.191, 3.871, 4.353 max_d=4.353 avg_d=2.191 std_dev=1.680
O5' B 0, -0.308, 1.383, 3.074, 4.767 max_d=4.767 avg_d=1.383 std_dev=1.691
O3' B 0, -0.273, 1.657, 3.587, 5.515 max_d=5.515 avg_d=1.657 std_dev=1.930
N7 B 0, -0.521, 1.492, 3.506, 5.443 max_d=5.443 avg_d=1.492 std_dev=2.014
N3 B 0, -0.435, 1.582, 3.599, 4.980 max_d=4.980 avg_d=1.582 std_dev=2.017
C5 B 0, -0.931, 1.089, 3.108, 5.590 max_d=5.590 avg_d=1.089 std_dev=2.020
OP2 A 0, 0.754, 2.964, 5.174, 5.428 max_d=5.428 avg_d=2.964 std_dev=2.210
OP1 A 0, 0.630, 2.860, 5.091, 6.099 max_d=6.099 avg_d=2.860 std_dev=2.230
C6 B 0, -0.951, 1.662, 4.274, 7.357 max_d=7.357 avg_d=1.662 std_dev=2.612
P B 0, -0.897, 1.787, 4.471, 7.588 max_d=7.588 avg_d=1.787 std_dev=2.684
C2 B 0, -0.649, 2.149, 4.948, 6.881 max_d=6.881 avg_d=2.149 std_dev=2.799
N1 B 0, -0.770, 2.206, 5.182, 7.929 max_d=7.929 avg_d=2.206 std_dev=2.976
OP1 B 0, -1.097, 1.993, 5.083, 8.666 max_d=8.666 avg_d=1.993 std_dev=3.090
N6 B 0, -1.337, 1.812, 4.961, 8.812 max_d=8.812 avg_d=1.812 std_dev=3.149
OP2 B 0, -1.145, 2.082, 5.309, 9.067 max_d=9.067 avg_d=2.082 std_dev=3.227

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.26 0.01 0.81 0.71 0.51
C2 0.02 0.00 0.28 0.33 0.00 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.40 0.15 0.36 0.01 1.18 1.21 0.81
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.03 0.13 0.15 0.22 0.33 0.28 0.10 0.03 0.00 0.05 0.02 0.10 0.11 0.69 0.46 0.29
C3' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.22 0.00 0.18 0.04 0.24 0.12 0.31 0.37 0.31 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.25 0.23 0.63 0.41 0.22
C4 0.01 0.00 0.15 0.22 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.24 0.07 0.41 0.01 1.22 1.23 0.86
C4' 0.00 0.09 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.05 0.10 0.09 0.08 0.07 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.10 0.38 0.22 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.03 0.51 0.01 1.43 1.48 1.07
C5' 0.02 0.13 0.03 0.04 0.11 0.01 0.14 0.00 0.16 0.14 0.15 0.13 0.11 0.16 0.09 0.07 0.06 0.02 0.01 0.18 0.42 0.40 0.02
C6 0.01 0.00 0.13 0.24 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.29 0.06 0.52 0.00 1.47 1.55 1.10
C8 0.01 0.01 0.15 0.12 0.00 0.05 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.14 0.10 0.55 0.02 1.40 1.39 1.07
N1 0.01 0.00 0.22 0.31 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.38 0.11 0.44 0.00 1.35 1.41 0.97
N2 0.04 0.00 0.33 0.37 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.46 0.18 0.30 0.01 1.10 1.11 0.72
N3 0.02 0.00 0.28 0.31 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.35 0.14 0.32 0.01 1.09 1.08 0.72
N7 0.00 0.01 0.10 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.06 0.59 0.02 1.54 1.60 1.19
N9 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.41 0.01 1.15 1.11 0.81
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.08 0.07 0.03 0.07 0.06 0.10 0.12 0.23 0.18 0.08 0.02 0.00 0.09 0.08 0.12 0.04 0.39 0.25 0.08
O3' 0.04 0.40 0.05 0.01 0.24 0.02 0.21 0.06 0.29 0.14 0.38 0.46 0.35 0.14 0.10 0.09 0.00 0.02 0.47 0.28 0.58 0.51 0.36
O4' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.02 0.06 0.10 0.11 0.18 0.14 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.36 0.04 0.67 0.56 0.45
O5' 0.26 0.36 0.10 0.25 0.41 0.01 0.51 0.01 0.52 0.55 0.44 0.30 0.32 0.59 0.41 0.12 0.47 0.36 0.00 0.57 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.28 0.04 0.57 0.00 1.57 1.68 1.20
OP1 0.81 1.18 0.69 0.63 1.22 0.38 1.43 0.42 1.47 1.40 1.35 1.10 1.09 1.54 1.15 0.39 0.58 0.67 0.02 1.57 0.00 0.00 0.00
OP2 0.71 1.21 0.46 0.41 1.23 0.22 1.48 0.40 1.55 1.39 1.41 1.11 1.08 1.60 1.11 0.25 0.51 0.56 0.01 1.68 0.00 0.00 0.00
P 0.51 0.81 0.29 0.22 0.86 0.08 1.07 0.02 1.10 1.07 0.97 0.72 0.72 1.19 0.81 0.08 0.36 0.45 0.00 1.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 2.00 0.20 0.89 1.17 0.70 1.37 0.65 1.65 1.32 1.94 1.58 1.74 1.48 0.84 0.18 1.61 0.16 0.36 1.04 0.61 0.48
C2 0.26 0.36 0.15 0.18 0.76 0.22 1.22 0.27 1.21 1.17 0.81 0.25 1.42 1.42 0.76 0.13 0.74 0.14 0.86 0.64 1.63 1.06
C2' 0.42 1.46 0.46 1.06 0.79 0.90 1.00 0.95 1.20 1.14 1.42 1.10 1.31 1.19 0.68 0.29 1.55 0.45 0.76 1.39 0.56 0.78
C3' 0.35 1.75 0.34 1.03 0.91 0.88 1.12 1.00 1.40 1.16 1.71 1.31 1.53 1.27 0.69 0.21 1.54 0.38 0.80 1.55 0.65 0.90
C4 0.33 1.47 0.12 0.52 1.13 0.47 1.54 0.30 1.74 1.38 1.70 1.10 1.93 1.67 0.91 0.13 1.24 0.17 0.50 0.24 1.12 0.53
C4' 0.40 2.34 0.24 0.98 1.29 0.77 1.43 0.87 1.82 1.25 2.25 1.83 1.90 1.44 0.84 0.38 1.63 0.15 0.58 1.56 0.72 0.86
C5 0.32 1.41 0.13 0.45 1.15 0.41 1.69 0.24 1.95 1.46 1.82 0.98 2.26 1.86 0.94 0.12 1.19 0.17 0.66 0.29 1.40 0.76
C5' 0.47 2.57 0.34 0.97 1.44 0.76 1.63 0.84 2.08 1.34 2.54 1.98 2.20 1.60 0.95 0.55 1.66 0.19 0.53 1.52 0.71 0.82
C6 0.28 0.86 0.16 0.28 0.99 0.28 1.62 0.25 1.82 1.40 1.43 0.56 2.22 1.82 0.88 0.10 0.96 0.15 0.89 0.67 1.79 1.13
C8 0.36 2.02 0.18 0.72 1.27 0.58 1.70 0.43 2.05 1.54 2.23 1.44 2.31 1.88 0.96 0.18 1.51 0.18 0.39 0.52 0.91 0.33
N1 0.25 0.38 0.18 0.18 0.80 0.20 1.39 0.33 1.46 1.29 0.96 0.22 1.79 1.63 0.79 0.10 0.75 0.13 1.00 0.88 1.92 1.29
N2 0.23 0.46 0.22 0.18 0.38 0.12 0.77 0.45 0.64 1.05 0.37 0.41 0.83 1.13 0.58 0.18 0.40 0.12 1.06 0.98 1.83 1.31
N3 0.31 0.97 0.10 0.39 0.95 0.40 1.29 0.24 1.36 1.18 1.19 0.78 1.50 1.40 0.82 0.14 1.03 0.16 0.54 0.21 1.17 0.60
N7 0.34 1.76 0.16 0.58 1.24 0.49 1.77 0.30 2.12 1.55 2.14 1.22 2.46 1.96 0.98 0.16 1.37 0.18 0.55 0.26 1.22 0.58
N9 0.35 1.91 0.16 0.72 1.21 0.60 1.55 0.46 1.83 1.44 2.01 1.43 2.00 1.70 0.92 0.16 1.48 0.18 0.34 0.59 0.81 0.30
O2' 0.44 1.38 0.50 1.10 0.74 0.85 0.84 0.98 1.01 1.00 1.27 1.11 1.06 0.99 0.62 0.37 1.48 0.40 0.85 1.71 0.78 1.05
O3' 0.37 1.57 0.41 1.08 0.76 0.93 0.93 1.16 1.19 1.05 1.51 1.17 1.29 1.10 0.60 0.26 1.46 0.45 1.00 1.88 0.91 1.22
O4' 0.47 2.55 0.26 0.91 1.46 0.71 1.62 0.70 2.01 1.38 2.45 2.02 2.08 1.60 0.97 0.41 1.67 0.19 0.34 1.25 0.72 0.63
O5' 0.42 2.75 0.13 0.95 1.52 0.69 1.71 0.78 2.22 1.38 2.73 2.10 2.36 1.67 0.96 0.32 1.67 0.19 0.59 1.58 0.49 0.78
O6 0.27 0.74 0.18 0.25 0.95 0.25 1.63 0.29 1.85 1.43 1.40 0.46 2.37 1.87 0.87 0.09 0.92 0.14 0.99 0.86 2.00 1.30
OP1 0.69 3.03 0.44 1.06 1.80 0.78 2.02 0.92 2.59 1.49 3.10 2.35 2.77 1.87 1.19 0.38 1.74 0.69 1.01 1.78 0.84 1.05
OP2 0.96 3.18 0.49 0.70 2.11 0.59 2.50 0.85 3.05 2.03 3.41 2.46 3.34 2.47 1.60 0.58 1.26 0.77 1.01 1.52 1.01 0.99
P 0.60 2.92 0.18 0.84 1.74 0.59 2.03 0.73 2.56 1.62 3.01 2.24 2.78 1.99 1.19 0.41 1.57 0.43 0.71 1.53 0.65 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.15 0.25 0.67 0.27
C2 0.03 0.00 0.32 0.70 0.01 0.57 0.01 0.93 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.71 0.34 1.35 1.58 1.73 1.51
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.15 0.02 0.04 0.17 0.11 0.21 0.23 0.33 0.05 0.13 0.02 0.00 0.06 0.01 0.37 0.62 0.77 0.52
C3' 0.02 0.70 0.01 0.00 0.34 0.00 0.26 0.01 0.35 0.47 0.55 0.68 0.31 0.38 0.17 0.02 0.01 0.02 0.08 0.57 0.39 0.25
C4 0.02 0.01 0.15 0.34 0.00 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.29 0.18 0.65 0.48 0.71 0.51
C4' 0.02 0.57 0.02 0.00 0.25 0.00 0.14 0.01 0.24 0.34 0.43 0.55 0.19 0.25 0.08 0.21 0.02 0.01 0.02 0.33 0.44 0.14
C5 0.01 0.01 0.04 0.26 0.00 0.14 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.13 0.08 0.55 0.37 0.59 0.37
C5' 0.07 0.93 0.17 0.01 0.41 0.01 0.30 0.00 0.46 0.50 0.74 0.85 0.40 0.41 0.16 0.09 0.15 0.01 0.01 0.28 0.19 0.01
C6 0.02 0.00 0.11 0.35 0.01 0.24 0.01 0.46 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.25 0.16 0.77 0.71 0.90 0.70
C8 0.02 0.01 0.21 0.47 0.00 0.34 0.01 0.50 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.41 0.44 0.16 0.68 0.91 0.99 0.79
N1 0.02 0.00 0.23 0.55 0.01 0.43 0.01 0.74 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.52 0.26 1.12 1.29 1.48 1.24
N3 0.03 0.01 0.33 0.68 0.00 0.55 0.00 0.85 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.66 0.35 1.20 1.25 1.34 1.21
N6 0.02 0.01 0.05 0.31 0.01 0.19 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.18 0.12 0.71 0.64 0.82 0.63
N7 0.01 0.01 0.13 0.38 0.00 0.25 0.00 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.35 0.09 0.62 0.77 0.84 0.66
N9 0.00 0.01 0.02 0.17 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.15 0.01 0.30 0.23 0.60 0.22
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.18 0.21 0.25 0.09 0.25 0.41 0.27 0.32 0.31 0.39 0.17 0.00 0.14 0.16 0.31 0.72 0.87 0.54
O3' 0.27 0.71 0.06 0.01 0.29 0.02 0.13 0.15 0.25 0.44 0.52 0.66 0.18 0.35 0.15 0.14 0.00 0.18 0.08 0.76 0.23 0.25
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.16 0.26 0.35 0.12 0.09 0.01 0.16 0.18 0.00 0.06 0.12 0.77 0.36
O5' 0.15 1.35 0.37 0.08 0.65 0.02 0.55 0.01 0.77 0.68 1.12 1.20 0.71 0.62 0.30 0.31 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.25 1.58 0.62 0.57 0.48 0.33 0.37 0.28 0.71 0.91 1.29 1.25 0.64 0.77 0.23 0.72 0.76 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.67 1.73 0.77 0.39 0.71 0.44 0.59 0.19 0.90 0.99 1.48 1.34 0.82 0.84 0.60 0.87 0.23 0.77 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 1.51 0.52 0.25 0.51 0.14 0.37 0.01 0.70 0.79 1.24 1.21 0.63 0.66 0.22 0.54 0.25 0.36 0.00 0.01 0.01 0.00