ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51208

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.003, 0.010, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.002, 0.016, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.016 std_dev=0.018
N9 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C5 A 0, -0.003, 0.017, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.021
N7 A 0, -0.004, 0.031, 0.066, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.031 std_dev=0.035
O6 A 0, 0.001, 0.040, 0.079, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.040 std_dev=0.039
C8 A 0, -0.007, 0.033, 0.073, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.033 std_dev=0.040
C1' B 0, 0.026, 0.298, 0.569, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.298 std_dev=0.272
O2' B 0, 0.029, 0.324, 0.620, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.324 std_dev=0.295
C2' A 0, -0.100, 0.198, 0.495, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.198 std_dev=0.297
O4' A 0, -0.102, 0.209, 0.520, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.209 std_dev=0.311
O4' B 0, -0.019, 0.300, 0.620, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.300 std_dev=0.319
C2' B 0, -0.030, 0.359, 0.749, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.359 std_dev=0.389
P A 0, -0.069, 0.341, 0.752, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.341 std_dev=0.411
O5' A 0, -0.022, 0.449, 0.920, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.449 std_dev=0.471
O2' A 0, -0.162, 0.338, 0.838, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.338 std_dev=0.500
C8 B 0, -0.013, 0.526, 1.065, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.526 std_dev=0.539
N9 B 0, -0.075, 0.485, 1.045, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.485 std_dev=0.560
C4' A 0, -0.227, 0.372, 0.970, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.372 std_dev=0.598
C5' A 0, -0.182, 0.442, 1.066, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.442 std_dev=0.624
C3' A 0, -0.303, 0.412, 1.128, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.412 std_dev=0.715
N7 B 0, -0.072, 0.673, 1.418, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.673 std_dev=0.745
C4' B 0, -0.324, 0.549, 1.421, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.549 std_dev=0.872
C3' B 0, -0.320, 0.591, 1.502, 2.619 max_d=2.619 avg_d=0.591 std_dev=0.911
OP1 A 0, 0.417, 1.428, 2.438, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.428 std_dev=1.011
O3' A 0, -0.582, 0.626, 1.835, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.626 std_dev=1.208
O5' B 0, -0.466, 0.798, 2.063, 3.613 max_d=3.613 avg_d=0.798 std_dev=1.264
O3' B 0, -0.500, 0.799, 2.097, 3.691 max_d=3.691 avg_d=0.799 std_dev=1.298
C4 B 0, -0.458, 0.879, 2.217, 3.849 max_d=3.849 avg_d=0.879 std_dev=1.337
C5 B 0, -0.402, 0.940, 2.283, 3.904 max_d=3.904 avg_d=0.940 std_dev=1.342
C5' B 0, -0.601, 0.809, 2.218, 3.955 max_d=3.955 avg_d=0.809 std_dev=1.410
OP2 A 0, 0.152, 1.650, 3.149, 3.910 max_d=3.910 avg_d=1.650 std_dev=1.498
OP1 B 0, -0.622, 1.020, 2.662, 4.678 max_d=4.678 avg_d=1.020 std_dev=1.642
P B 0, -0.739, 0.990, 2.718, 4.843 max_d=4.843 avg_d=0.990 std_dev=1.729
OP2 B 0, -0.750, 1.267, 3.284, 5.757 max_d=5.757 avg_d=1.267 std_dev=2.017
N3 B 0, -0.833, 1.218, 3.270, 5.792 max_d=5.792 avg_d=1.218 std_dev=2.052
C6 B 0, -0.762, 1.353, 3.467, 6.046 max_d=6.046 avg_d=1.353 std_dev=2.114
N6 B 0, -0.742, 1.454, 3.650, 6.314 max_d=6.314 avg_d=1.454 std_dev=2.196
C2 B 0, -1.156, 1.620, 4.397, 7.812 max_d=7.812 avg_d=1.620 std_dev=2.777
N1 B 0, -1.147, 1.701, 4.550, 8.046 max_d=8.046 avg_d=1.701 std_dev=2.848

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.25 0.01 0.14 0.04 0.69 0.34 0.16
C2 0.02 0.00 0.22 0.25 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.13 0.09 0.15 0.01 0.94 0.72 0.07
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.13 0.02 0.09 0.15 0.14 0.06 0.19 0.25 0.21 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.37 0.13 0.64 0.33 0.43
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.27 0.01 0.36 0.01 0.38 0.32 0.32 0.20 0.19 0.38 0.23 0.01 0.01 0.03 0.04 0.43 0.14 0.11 0.05
C4 0.01 0.02 0.13 0.27 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.04 0.04 0.16 0.02 0.95 0.70 0.06
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.13 0.17 0.08 0.05 0.03 0.17 0.09 0.30 0.02 0.00 0.01 0.16 0.18 0.10 0.04
C5 0.02 0.02 0.09 0.36 0.01 0.13 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.24 0.13 0.02 0.26 0.02 1.04 0.90 0.11
C5' 0.06 0.04 0.15 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.13 0.14 0.08 0.03 0.02 0.16 0.05 0.14 0.18 0.01 0.01 0.17 0.13 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.38 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.24 0.14 0.03 0.29 0.01 1.06 0.98 0.15
C8 0.02 0.03 0.06 0.32 0.01 0.17 0.01 0.14 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.20 0.18 0.09 0.25 0.04 1.02 0.79 0.06
N1 0.02 0.00 0.19 0.32 0.01 0.08 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.22 0.05 0.07 0.23 0.01 1.01 0.88 0.11
N2 0.03 0.00 0.25 0.20 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.15 0.22 0.11 0.11 0.01 0.91 0.66 0.08
N3 0.01 0.01 0.21 0.19 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.15 0.18 0.09 0.11 0.02 0.88 0.61 0.07
N7 0.02 0.03 0.01 0.38 0.01 0.17 0.01 0.16 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.25 0.23 0.05 0.31 0.05 1.08 0.98 0.14
N9 0.00 0.02 0.03 0.23 0.01 0.09 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.16 0.02 0.01 0.14 0.04 0.90 0.59 0.08
O2' 0.02 0.18 0.01 0.01 0.20 0.30 0.24 0.14 0.24 0.20 0.22 0.15 0.15 0.25 0.16 0.00 0.06 0.22 0.23 0.25 0.50 0.28 0.31
O3' 0.25 0.13 0.02 0.01 0.04 0.02 0.13 0.18 0.14 0.18 0.05 0.22 0.18 0.23 0.02 0.06 0.00 0.17 0.20 0.23 0.31 0.27 0.23
O4' 0.01 0.09 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.09 0.07 0.11 0.09 0.05 0.01 0.22 0.17 0.00 0.08 0.03 0.55 0.28 0.08
O5' 0.14 0.15 0.37 0.04 0.16 0.01 0.26 0.01 0.29 0.25 0.23 0.11 0.11 0.31 0.14 0.23 0.20 0.08 0.00 0.36 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.13 0.43 0.02 0.16 0.02 0.17 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.25 0.23 0.03 0.36 0.00 1.08 1.12 0.23
OP1 0.69 0.94 0.64 0.14 0.95 0.18 1.04 0.13 1.06 1.02 1.01 0.91 0.88 1.08 0.90 0.50 0.31 0.55 0.01 1.08 0.00 0.04 0.01
OP2 0.34 0.72 0.33 0.11 0.70 0.10 0.90 0.25 0.98 0.79 0.88 0.66 0.61 0.98 0.59 0.28 0.27 0.28 0.02 1.12 0.04 0.00 0.02
P 0.16 0.07 0.43 0.05 0.06 0.04 0.11 0.02 0.15 0.06 0.11 0.08 0.07 0.14 0.08 0.31 0.23 0.08 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 1.76 0.19 0.21 0.98 0.56 0.83 0.68 1.18 0.11 1.58 1.53 1.07 0.29 0.39 0.08 0.49 0.28 0.32 0.48 0.48 0.38
C2 0.29 0.84 0.19 0.21 0.69 0.51 0.71 0.79 0.81 0.41 0.87 0.75 0.81 0.55 0.48 0.27 0.42 0.17 0.31 0.57 0.46 0.44
C2' 0.31 1.48 0.32 0.11 0.91 0.34 0.77 0.47 1.02 0.18 1.33 1.34 0.93 0.36 0.47 0.22 0.44 0.10 0.20 0.33 0.36 0.26
C3' 0.10 1.16 0.10 0.34 0.48 0.47 0.32 0.54 0.60 0.34 0.97 0.98 0.49 0.17 0.08 0.21 0.62 0.24 0.34 0.40 0.43 0.36
C4 0.25 1.47 0.19 0.29 0.97 0.65 0.92 0.90 1.18 0.27 1.42 1.27 1.13 0.52 0.51 0.18 0.59 0.25 0.41 0.63 0.62 0.52
C4' 0.07 1.63 0.11 0.17 0.70 0.44 0.49 0.54 0.88 0.38 1.40 1.34 0.74 0.16 0.12 0.12 0.39 0.28 0.28 0.43 0.38 0.32
C5 0.26 1.52 0.18 0.33 1.00 0.68 1.00 1.01 1.29 0.34 1.52 1.28 1.28 0.62 0.54 0.19 0.66 0.23 0.48 0.75 0.77 0.63
C5' 0.08 1.76 0.08 0.24 0.76 0.52 0.57 0.65 1.01 0.35 1.56 1.40 0.88 0.12 0.15 0.14 0.50 0.30 0.36 0.52 0.52 0.42
C6 0.28 1.28 0.17 0.33 0.89 0.64 0.94 1.01 1.18 0.42 1.32 1.07 1.20 0.66 0.53 0.24 0.63 0.20 0.49 0.79 0.78 0.67
C8 0.21 1.87 0.17 0.34 1.09 0.70 1.04 0.97 1.43 0.21 1.81 1.55 1.39 0.52 0.51 0.10 0.71 0.27 0.49 0.71 0.78 0.61
N1 0.29 0.96 0.17 0.27 0.74 0.56 0.81 0.91 0.95 0.45 1.01 0.82 0.98 0.63 0.50 0.27 0.52 0.16 0.40 0.71 0.63 0.57
N2 0.28 0.38 0.18 0.12 0.42 0.32 0.48 0.57 0.48 0.47 0.43 0.36 0.51 0.50 0.39 0.30 0.25 0.09 0.16 0.42 0.23 0.28
N3 0.27 1.11 0.20 0.21 0.82 0.56 0.77 0.77 0.93 0.28 1.08 1.01 0.89 0.47 0.49 0.23 0.44 0.23 0.31 0.52 0.44 0.40
N7 0.24 1.76 0.17 0.37 1.07 0.72 1.07 1.04 1.44 0.29 1.75 1.45 1.42 0.61 0.54 0.14 0.74 0.26 0.53 0.79 0.86 0.68
N9 0.20 1.73 0.19 0.29 1.04 0.65 0.95 0.86 1.28 0.17 1.63 1.48 1.21 0.45 0.48 0.12 0.61 0.27 0.41 0.60 0.63 0.50
O2' 0.14 1.25 0.19 0.31 0.72 0.61 0.61 0.74 0.85 0.13 1.12 1.12 0.78 0.27 0.32 0.12 0.61 0.31 0.52 0.66 0.69 0.58
O3' 0.61 0.38 0.53 0.65 0.26 0.70 0.46 0.72 0.22 0.98 0.16 0.25 0.34 0.86 0.63 0.59 0.76 0.62 0.65 0.69 0.61 0.64
O4' 0.07 1.93 0.17 0.17 0.92 0.54 0.74 0.65 1.18 0.26 1.72 1.59 1.05 0.14 0.26 0.10 0.41 0.33 0.31 0.49 0.45 0.37
O5' 0.11 1.68 0.09 0.47 0.77 0.71 0.66 0.88 1.08 0.25 1.56 1.33 1.00 0.16 0.20 0.24 0.84 0.37 0.55 0.67 0.77 0.62
O6 0.28 1.29 0.17 0.35 0.89 0.64 0.96 1.04 1.21 0.44 1.35 1.06 1.26 0.69 0.53 0.25 0.66 0.19 0.52 0.86 0.87 0.73
OP1 0.49 1.63 0.37 0.73 0.68 1.06 0.58 1.30 1.00 0.62 1.52 1.23 0.92 0.41 0.38 0.42 1.01 0.80 0.99 1.23 1.26 1.12
OP2 0.33 1.91 0.20 0.47 1.00 0.73 0.93 0.95 1.37 0.36 1.84 1.51 1.33 0.46 0.47 0.17 0.83 0.48 0.62 0.83 0.83 0.72
P 0.07 1.84 0.10 0.53 0.85 0.79 0.77 1.00 1.25 0.17 1.75 1.41 1.20 0.18 0.22 0.27 0.93 0.39 0.62 0.77 0.93 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.13 0.09 0.17 0.11
C2 0.02 0.00 0.07 0.30 0.01 0.33 0.01 0.51 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.22 0.28 0.71 0.69 0.91 0.85
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.10 0.06
C3' 0.03 0.30 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.06 0.38 0.15 0.31 0.15 0.34 0.16 0.02 0.01 0.01 0.16 0.19 0.14 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.14 0.13 0.11 0.18 0.15
C4' 0.01 0.33 0.02 0.00 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 0.33 0.22 0.33 0.06 0.26 0.08 0.13 0.04 0.00 0.01 0.14 0.14 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.25 0.30 0.22 0.24
C5' 0.03 0.51 0.02 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.05 0.55 0.32 0.48 0.13 0.48 0.15 0.12 0.03 0.01 0.01 0.23 0.18 0.02
C6 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.09
C8 0.00 0.03 0.07 0.38 0.02 0.33 0.02 0.55 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.14 0.31 0.21 0.89 0.91 0.91 0.93
N1 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.22 0.00 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.21 0.44 0.43 0.61 0.56
N3 0.02 0.00 0.07 0.31 0.01 0.33 0.01 0.48 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.23 0.28 0.65 0.61 0.77 0.74
N6 0.02 0.02 0.04 0.15 0.02 0.06 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.19 0.04 0.24 0.34 0.20 0.23
N7 0.01 0.02 0.05 0.34 0.01 0.26 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.14 0.31 0.13 0.77 0.88 0.82 0.85
N9 0.00 0.02 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.30 0.27 0.30 0.28
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.13 0.09 0.12 0.08 0.14 0.06 0.08 0.10 0.14 0.07 0.00 0.06 0.12 0.04 0.06 0.12 0.05
O3' 0.03 0.22 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.03 0.10 0.31 0.09 0.23 0.19 0.31 0.11 0.06 0.00 0.04 0.22 0.26 0.18 0.17
O4' 0.00 0.28 0.01 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.10 0.21 0.21 0.28 0.04 0.13 0.01 0.12 0.04 0.00 0.17 0.06 0.23 0.13
O5' 0.13 0.71 0.06 0.16 0.13 0.01 0.25 0.01 0.09 0.89 0.44 0.65 0.24 0.77 0.30 0.04 0.22 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.69 0.09 0.19 0.11 0.14 0.30 0.23 0.13 0.91 0.43 0.61 0.34 0.88 0.27 0.06 0.26 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.17 0.91 0.10 0.14 0.18 0.14 0.22 0.18 0.12 0.91 0.61 0.77 0.20 0.82 0.30 0.12 0.18 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.85 0.06 0.13 0.15 0.02 0.24 0.02 0.09 0.93 0.56 0.74 0.23 0.85 0.28 0.05 0.17 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00