ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51209

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.031, 0.058, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.058 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.022, 0.053, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.053 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.040, 0.077, 0.115, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.077 std_dev=0.037
O2' A 0, 0.046, 0.085, 0.124, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.085 std_dev=0.039
O5' A 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.050
C5' A 0, 0.031, 0.086, 0.141, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.086 std_dev=0.055
O3' A 0, 0.067, 0.129, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.129 std_dev=0.063
P A 0, 0.090, 0.172, 0.254, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.172 std_dev=0.082
C6 B 0, 0.093, 0.193, 0.294, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.193 std_dev=0.100
O5' B 0, 0.031, 0.138, 0.246, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.138 std_dev=0.107
OP1 B 0, 0.044, 0.156, 0.269, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.156 std_dev=0.112
C5 B 0, 0.093, 0.208, 0.323, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.208 std_dev=0.115
OP1 A 0, 0.103, 0.218, 0.333, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.218 std_dev=0.115
P B 0, 0.035, 0.151, 0.266, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.151 std_dev=0.116
N1 B 0, 0.129, 0.245, 0.362, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.245 std_dev=0.117
C4 B 0, 0.103, 0.220, 0.337, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.220 std_dev=0.117
N6 B 0, 0.120, 0.238, 0.356, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.238 std_dev=0.118
O4' B 0, 0.103, 0.224, 0.345, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.224 std_dev=0.121
OP2 A 0, 0.108, 0.233, 0.357, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.233 std_dev=0.124
N9 B 0, 0.091, 0.218, 0.346, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.218 std_dev=0.128
C1' B 0, 0.106, 0.238, 0.371, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.238 std_dev=0.132
C5' B 0, 0.048, 0.190, 0.333, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.190 std_dev=0.143
C2' B 0, 0.129, 0.278, 0.426, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.278 std_dev=0.149
C4' B 0, 0.094, 0.243, 0.393, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.243 std_dev=0.149
N3 B 0, 0.170, 0.327, 0.483, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.327 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.125, 0.281, 0.438, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.281 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.179, 0.337, 0.495, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.337 std_dev=0.158
N7 B 0, 0.140, 0.301, 0.462, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.301 std_dev=0.161
C3' B 0, 0.129, 0.291, 0.452, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.291 std_dev=0.161
OP2 B 0, 0.060, 0.221, 0.383, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.221 std_dev=0.162
O2' B 0, 0.180, 0.350, 0.520, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.350 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.165, 0.339, 0.513, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.339 std_dev=0.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.08 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.11 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.10 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.09 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.09 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.10 0.07
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.11 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.11 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.04
O5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.08 0.06
OP1 0.05 0.08 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.11 0.06 0.04 0.10 0.04 0.09 0.03 0.09 0.07 0.10 0.11 0.11 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.11 0.04 0.04 0.05 0.11 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03
C2' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04
C3' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.10 0.03 0.04 0.05 0.11 0.07 0.04 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01
C4' 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04
C5 0.06 0.02 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.10 0.02 0.02 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02
C5' 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05
C6 0.07 0.03 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.10 0.04 0.03 0.07 0.11 0.08 0.06 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02
C8 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.08 0.03 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.03
N1 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.11 0.05 0.03 0.06 0.11 0.09 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03
N2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.11 0.05 0.05 0.04 0.10 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.03 0.04 0.04
N3 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.11 0.04 0.05 0.04 0.11 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.02
N7 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.06 0.09 0.02 0.03 0.07 0.10 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.04 0.03 0.02
N9 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.09 0.04 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.04 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03
O2' 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05 0.06 0.04 0.09 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.04
O3' 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05
O4' 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.04
O5' 0.08 0.08 0.05 0.06 0.08 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.04 0.05 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04
O6 0.08 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08 0.10 0.09 0.06 0.06 0.08 0.03 0.03 0.02 0.03
OP1 0.12 0.12 0.09 0.10 0.12 0.12 0.13 0.10 0.13 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.08 0.09 0.13 0.07 0.04 0.05 0.05
OP2 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.14 0.13 0.10 0.11 0.15 0.10 0.08 0.08 0.08
P 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.10 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.06 0.07 0.12 0.06 0.04 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.09 0.11 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.09 0.02 0.08 0.10 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00