ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51211

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.012, 0.032, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.032 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.003, 0.026, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.026 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.042, 0.087, 0.131, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.087 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.029, 0.076, 0.123, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.076 std_dev=0.047
O2' A 0, -0.011, 0.197, 0.405, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.197 std_dev=0.208
C2' A 0, -0.003, 0.248, 0.499, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.248 std_dev=0.251
O4' A 0, -0.024, 0.249, 0.522, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.249 std_dev=0.273
O2' B 0, 0.285, 0.571, 0.857, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.571 std_dev=0.286
C3' A 0, 0.008, 0.420, 0.832, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.420 std_dev=0.412
C2' B 0, 0.132, 0.558, 0.984, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.558 std_dev=0.426
C4' A 0, 0.003, 0.433, 0.863, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.433 std_dev=0.430
O5' A 0, 0.047, 0.527, 1.007, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.527 std_dev=0.480
OP2 A 0, 0.035, 0.592, 1.149, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.592 std_dev=0.557
P A 0, 0.066, 0.670, 1.273, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.670 std_dev=0.604
O3' A 0, 0.015, 0.681, 1.347, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.681 std_dev=0.666
C5' A 0, -0.035, 0.664, 1.364, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.664 std_dev=0.699
OP1 A 0, 0.152, 0.954, 1.755, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.954 std_dev=0.801
C3' B 0, 0.050, 0.946, 1.843, 2.618 max_d=2.618 avg_d=0.946 std_dev=0.896
C1' B 0, -0.093, 1.273, 2.640, 4.169 max_d=4.169 avg_d=1.273 std_dev=1.367
O3' B 0, 0.038, 1.635, 3.233, 4.022 max_d=4.022 avg_d=1.635 std_dev=1.597
C4' B 0, -0.123, 1.567, 3.257, 5.073 max_d=5.073 avg_d=1.567 std_dev=1.690
O4' B 0, -0.182, 1.710, 3.603, 5.652 max_d=5.652 avg_d=1.710 std_dev=1.892
N9 B 0, -0.182, 1.846, 3.874, 5.941 max_d=5.941 avg_d=1.846 std_dev=2.028
C5' B 0, 0.006, 2.058, 4.109, 6.328 max_d=6.328 avg_d=2.058 std_dev=2.051
C8 B 0, 0.134, 2.426, 4.719, 6.594 max_d=6.594 avg_d=2.426 std_dev=2.292
O5' B 0, -0.308, 2.067, 4.442, 6.646 max_d=6.646 avg_d=2.067 std_dev=2.375
C4 B 0, -0.449, 2.332, 5.113, 7.735 max_d=7.735 avg_d=2.332 std_dev=2.781
N3 B 0, -0.598, 2.416, 5.430, 7.798 max_d=7.798 avg_d=2.416 std_dev=3.014
P B 0, -0.333, 2.749, 5.831, 8.428 max_d=8.428 avg_d=2.749 std_dev=3.082
N7 B 0, 0.027, 3.146, 6.264, 8.811 max_d=8.811 avg_d=3.146 std_dev=3.118
OP1 B 0, 0.211, 3.470, 6.730, 9.327 max_d=9.327 avg_d=3.470 std_dev=3.259
OP2 B 0, 0.276, 3.555, 6.833, 8.986 max_d=8.986 avg_d=3.555 std_dev=3.278
C5 B 0, -0.337, 3.076, 6.488, 9.613 max_d=9.613 avg_d=3.076 std_dev=3.412
C2 B 0, -0.962, 3.023, 7.009, 10.054 max_d=10.054 avg_d=3.023 std_dev=3.985
C6 B 0, -0.574, 3.764, 8.102, 11.967 max_d=11.967 avg_d=3.764 std_dev=4.338
N1 B 0, -0.929, 3.678, 8.286, 12.159 max_d=12.159 avg_d=3.678 std_dev=4.607
N6 B 0, -0.517, 4.560, 9.638, 14.062 max_d=14.062 avg_d=4.560 std_dev=5.077

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.29 0.05 0.29 0.10 0.23
C2 0.05 0.00 0.22 0.23 0.01 0.08 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.33 0.07 0.39 0.03 0.31 0.10 0.28
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.13 0.03 0.09 0.04 0.13 0.05 0.19 0.27 0.22 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.12 0.12 0.21 0.04
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.13 0.01 0.10 0.03 0.14 0.07 0.20 0.27 0.21 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.09 0.13 0.13 0.31 0.13
C4 0.03 0.01 0.13 0.13 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.19 0.04 0.38 0.02 0.30 0.09 0.27
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.11 0.07 0.12 0.08 0.10 0.05 0.11 0.02 0.00 0.03 0.06 0.19 0.22 0.03
C5 0.03 0.02 0.09 0.10 0.01 0.06 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.03 0.41 0.02 0.28 0.11 0.28
C5' 0.08 0.17 0.04 0.03 0.19 0.01 0.25 0.00 0.24 0.29 0.21 0.16 0.15 0.30 0.19 0.11 0.08 0.03 0.01 0.26 0.33 0.29 0.01
C6 0.04 0.02 0.13 0.14 0.01 0.06 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.23 0.04 0.42 0.00 0.29 0.12 0.29
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.40 0.03 0.28 0.10 0.27
N1 0.05 0.01 0.19 0.20 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.30 0.06 0.41 0.03 0.30 0.11 0.28
N2 0.06 0.01 0.27 0.27 0.01 0.12 0.02 0.16 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.40 0.09 0.38 0.05 0.33 0.10 0.28
N3 0.05 0.01 0.22 0.21 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.29 0.07 0.37 0.01 0.31 0.10 0.27
N7 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.41 0.03 0.27 0.11 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.19 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.37 0.04 0.29 0.09 0.26
O2' 0.01 0.20 0.00 0.04 0.10 0.11 0.07 0.11 0.11 0.03 0.16 0.25 0.18 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.14 0.19 0.06
O3' 0.02 0.33 0.03 0.02 0.19 0.02 0.16 0.08 0.23 0.04 0.30 0.40 0.29 0.06 0.06 0.05 0.00 0.02 0.28 0.22 0.26 0.42 0.29
O4' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.36 0.03 0.42 0.15 0.33
O5' 0.29 0.39 0.09 0.09 0.38 0.03 0.41 0.01 0.42 0.40 0.41 0.38 0.37 0.41 0.37 0.07 0.28 0.36 0.00 0.43 0.02 0.02 0.00
O6 0.05 0.03 0.12 0.13 0.02 0.06 0.02 0.26 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.04 0.10 0.22 0.03 0.43 0.00 0.28 0.15 0.29
OP1 0.29 0.31 0.12 0.13 0.30 0.19 0.28 0.33 0.29 0.28 0.30 0.33 0.31 0.27 0.29 0.14 0.26 0.42 0.02 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.10 0.21 0.31 0.09 0.22 0.11 0.29 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.19 0.42 0.15 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.28 0.04 0.13 0.27 0.03 0.28 0.01 0.29 0.27 0.28 0.28 0.27 0.27 0.26 0.06 0.29 0.33 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 1.97 0.18 0.58 1.25 0.88 1.35 1.24 1.71 0.86 2.01 1.55 1.77 1.09 0.86 0.09 1.35 0.90 1.00 1.55 0.84 1.03
C2 0.64 1.31 0.25 0.25 1.05 0.41 1.11 0.51 1.27 0.82 1.36 1.16 1.31 0.98 0.83 0.16 0.79 0.68 0.43 0.52 0.74 0.43
C2' 0.39 1.86 0.33 0.81 1.05 1.02 1.14 1.39 1.53 0.65 1.87 1.43 1.59 0.88 0.62 0.38 1.60 0.85 1.21 1.81 1.14 1.33
C3' 0.41 1.93 0.37 0.88 1.06 1.10 1.14 1.49 1.58 0.58 1.96 1.47 1.67 0.83 0.58 0.39 1.64 0.87 1.34 2.04 1.36 1.52
C4 0.62 1.52 0.20 0.39 1.08 0.62 1.13 0.85 1.35 0.79 1.53 1.28 1.37 0.94 0.82 0.14 1.08 0.79 0.68 1.01 0.69 0.65
C4' 0.42 2.17 0.23 0.78 1.26 1.03 1.41 1.44 1.90 0.74 2.29 1.62 2.03 1.07 0.74 0.17 1.55 0.82 1.28 1.98 1.27 1.41
C5 0.62 1.60 0.22 0.34 1.14 0.53 1.21 0.75 1.45 0.81 1.64 1.34 1.50 1.00 0.84 0.15 0.98 0.72 0.60 0.90 0.68 0.57
C5' 0.52 2.18 0.20 0.74 1.30 1.03 1.45 1.43 1.95 0.80 2.32 1.64 2.09 1.12 0.80 0.07 1.49 0.85 1.30 2.03 1.35 1.46
C6 0.62 1.69 0.25 0.24 1.22 0.40 1.33 0.55 1.60 0.87 1.77 1.40 1.68 1.11 0.89 0.16 0.81 0.64 0.45 0.61 0.70 0.44
C8 0.59 1.75 0.19 0.47 1.16 0.72 1.24 1.03 1.54 0.81 1.78 1.42 1.59 1.01 0.83 0.13 1.19 0.81 0.84 1.32 0.75 0.85
N1 0.63 1.62 0.27 0.20 1.21 0.36 1.32 0.45 1.57 0.90 1.70 1.36 1.64 1.13 0.90 0.16 0.70 0.62 0.38 0.43 0.75 0.41
N2 0.64 1.15 0.28 0.19 1.01 0.34 1.09 0.35 1.21 0.84 1.23 1.05 1.26 1.00 0.83 0.18 0.60 0.62 0.34 0.29 0.83 0.45
N3 0.63 1.33 0.21 0.36 1.01 0.57 1.04 0.76 1.20 0.77 1.33 1.17 1.21 0.89 0.80 0.14 1.02 0.79 0.59 0.84 0.69 0.56
N7 0.60 1.69 0.21 0.39 1.16 0.60 1.23 0.87 1.51 0.81 1.74 1.39 1.57 1.01 0.84 0.14 1.07 0.75 0.71 1.10 0.70 0.70
N9 0.60 1.72 0.19 0.48 1.14 0.75 1.21 1.06 1.49 0.81 1.74 1.40 1.54 0.99 0.83 0.12 1.22 0.84 0.84 1.31 0.74 0.85
O2' 0.32 2.06 0.34 0.86 1.15 1.11 1.29 1.54 1.74 0.72 2.11 1.54 1.82 1.00 0.64 0.37 1.64 0.89 1.34 1.98 1.22 1.47
O3' 0.50 1.91 0.55 1.05 0.96 1.30 1.02 1.70 1.50 0.44 1.93 1.45 1.59 0.67 0.46 0.55 1.76 1.00 1.57 2.35 1.68 1.83
O4' 0.61 2.17 0.20 0.59 1.36 0.93 1.51 1.31 1.94 0.93 2.28 1.67 2.05 1.21 0.92 0.08 1.34 0.91 1.08 1.69 0.91 1.12
O5' 0.34 2.12 0.39 0.77 1.23 0.86 1.35 1.27 1.83 0.65 2.21 1.62 1.94 0.99 0.69 0.40 1.55 0.60 1.13 1.85 1.14 1.27
O6 0.61 1.87 0.27 0.21 1.32 0.36 1.46 0.49 1.80 0.93 2.00 1.51 1.91 1.22 0.93 0.17 0.73 0.60 0.41 0.52 0.72 0.41
OP1 0.38 2.26 0.43 0.86 1.31 0.96 1.46 1.37 2.01 0.69 2.40 1.71 2.17 1.08 0.73 0.41 1.65 0.63 1.30 2.08 1.39 1.47
OP2 0.54 2.04 0.22 0.61 1.26 0.85 1.38 1.24 1.80 0.82 2.13 1.59 1.92 1.09 0.82 0.16 1.37 0.79 1.12 1.78 1.07 1.23
P 0.42 2.20 0.36 0.70 1.32 0.80 1.46 1.21 1.95 0.76 2.31 1.69 2.09 1.11 0.79 0.34 1.49 0.60 1.09 1.82 1.10 1.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.01 0.03 0.26 0.01 0.34 0.13 0.66 0.44
C2 0.07 0.00 0.37 0.37 0.02 0.16 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.28 0.34 0.22 0.53 0.12 1.07 0.63
C2' 0.01 0.37 0.00 0.01 0.18 0.02 0.05 0.13 0.12 0.26 0.26 0.39 0.06 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.24 0.33 0.87 0.58
C3' 0.01 0.37 0.01 0.00 0.28 0.01 0.30 0.02 0.33 0.30 0.36 0.33 0.33 0.32 0.21 0.04 0.00 0.02 0.10 0.14 0.62 0.23
C4 0.04 0.02 0.18 0.28 0.00 0.08 0.00 0.12 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.27 0.14 0.11 0.66 0.28 1.21 0.77
C4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.23 0.12 0.16 0.13 0.22 0.10 0.32 0.03 0.01 0.02 0.17 0.41 0.10
C5 0.05 0.01 0.05 0.30 0.00 0.12 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.43 0.07 0.05 0.89 0.55 1.68 1.08
C5' 0.04 0.16 0.13 0.02 0.12 0.01 0.22 0.00 0.21 0.34 0.16 0.15 0.25 0.35 0.15 0.16 0.16 0.03 0.01 0.21 0.33 0.01
C6 0.06 0.01 0.12 0.33 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.43 0.13 0.10 0.88 0.53 1.74 1.08
C8 0.02 0.02 0.26 0.30 0.00 0.23 0.01 0.34 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.49 0.22 0.13 1.01 0.70 1.68 1.17
N1 0.07 0.00 0.26 0.36 0.03 0.12 0.02 0.16 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.33 0.25 0.18 0.71 0.32 1.44 0.87
N3 0.05 0.01 0.39 0.33 0.00 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.33 0.22 0.44 0.06 0.88 0.52
N6 0.07 0.01 0.06 0.33 0.03 0.13 0.03 0.25 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.52 0.12 0.08 0.99 0.69 2.02 1.26
N7 0.03 0.01 0.18 0.32 0.01 0.22 0.00 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.54 0.19 0.08 1.09 0.81 1.99 1.32
N9 0.01 0.04 0.02 0.21 0.01 0.10 0.03 0.15 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.24 0.07 0.01 0.68 0.33 1.14 0.77
O2' 0.03 0.28 0.01 0.04 0.27 0.32 0.43 0.16 0.43 0.49 0.33 0.27 0.52 0.54 0.24 0.00 0.03 0.23 0.18 0.27 0.93 0.56
O3' 0.26 0.34 0.02 0.00 0.14 0.03 0.07 0.16 0.13 0.22 0.25 0.33 0.12 0.19 0.07 0.03 0.00 0.16 0.27 0.42 0.45 0.04
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.03 0.10 0.13 0.18 0.22 0.08 0.08 0.01 0.23 0.16 0.00 0.32 0.07 0.47 0.32
O5' 0.34 0.53 0.24 0.10 0.66 0.02 0.89 0.01 0.88 1.01 0.71 0.44 0.99 1.09 0.68 0.18 0.27 0.32 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.12 0.33 0.14 0.28 0.17 0.55 0.21 0.53 0.70 0.32 0.06 0.69 0.81 0.33 0.27 0.42 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.66 1.07 0.87 0.62 1.21 0.41 1.68 0.33 1.74 1.68 1.44 0.88 2.02 1.99 1.14 0.93 0.45 0.47 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.44 0.63 0.58 0.23 0.77 0.10 1.08 0.01 1.08 1.17 0.87 0.52 1.26 1.32 0.77 0.56 0.04 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00