ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51213

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.020, 0.059, 0.098, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.059 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.069 std_dev=0.041
C4' A 0, 0.032, 0.077, 0.122, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.077 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.035, 0.087, 0.139, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.087 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.041, 0.098, 0.155, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.098 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.048, 0.114, 0.180, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.114 std_dev=0.066
C5' A 0, 0.061, 0.147, 0.233, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.147 std_dev=0.086
O5' A 0, 0.051, 0.142, 0.233, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.142 std_dev=0.091
P A 0, 0.065, 0.166, 0.266, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.166 std_dev=0.101
OP2 A 0, 0.079, 0.206, 0.333, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.206 std_dev=0.127
OP1 A 0, 0.086, 0.216, 0.345, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.216 std_dev=0.130
C5' B 0, 0.127, 0.321, 0.515, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.321 std_dev=0.194
O5' B 0, 0.122, 0.328, 0.535, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.328 std_dev=0.207
C4' B 0, 0.137, 0.346, 0.555, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.346 std_dev=0.209
O3' B 0, 0.131, 0.340, 0.549, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.340 std_dev=0.209
C3' B 0, 0.134, 0.355, 0.576, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.355 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.151, 0.385, 0.620, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.385 std_dev=0.234
C2' B 0, 0.145, 0.391, 0.637, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.391 std_dev=0.246
O2' B 0, 0.169, 0.426, 0.683, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.426 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.156, 0.417, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.417 std_dev=0.260
P B 0, 0.140, 0.401, 0.662, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.401 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.155, 0.453, 0.752, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.453 std_dev=0.298
OP1 B 0, 0.144, 0.469, 0.793, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.469 std_dev=0.324
OP2 B 0, 0.082, 0.411, 0.739, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.411 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.155, 0.485, 0.815, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.485 std_dev=0.330
N3 B 0, 0.154, 0.485, 0.815, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.485 std_dev=0.330
C8 B 0, 0.152, 0.486, 0.820, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.486 std_dev=0.334
C2 B 0, 0.157, 0.531, 0.904, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.531 std_dev=0.373
C5 B 0, 0.156, 0.535, 0.914, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.535 std_dev=0.379
N7 B 0, 0.150, 0.536, 0.923, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.536 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.160, 0.575, 0.990, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.575 std_dev=0.415
C6 B 0, 0.158, 0.579, 1.001, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.579 std_dev=0.421
N6 B 0, 0.158, 0.633, 1.107, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.633 std_dev=0.474

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.07 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.04
N2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.07 0.05
OP1 0.03 0.04 0.07 0.08 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.04 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.03 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.07
C2 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.09 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.06 0.10 0.09
C2' 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.05 0.03 0.12 0.08 0.04
C3' 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.09 0.04 0.03 0.04 0.16 0.13 0.05
C4 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07
C4' 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.05 0.06 0.19 0.11 0.06
C5 0.11 0.11 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.06 0.08 0.07
C5' 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.02 0.02 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.21 0.12 0.06
C6 0.13 0.14 0.11 0.10 0.13 0.10 0.13 0.09 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.10 0.12 0.09 0.05 0.08 0.08
C8 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07
N1 0.13 0.15 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.09 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.10 0.13 0.10 0.05 0.09 0.09
N2 0.14 0.13 0.13 0.11 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.14 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.13 0.10 0.13 0.11 0.08 0.12 0.10
N3 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09 0.05 0.09 0.08
N7 0.10 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.08 0.07
N9 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.06 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07
O2' 0.08 0.08 0.03 0.05 0.09 0.07 0.10 0.05 0.10 0.11 0.09 0.07 0.11 0.11 0.09 0.03 0.05 0.10 0.05 0.11 0.07 0.04
O3' 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.12 0.05 0.04 0.06 0.18 0.18 0.07
O4' 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.10 0.08 0.03 0.08 0.09 0.09 0.15 0.10 0.08
O5' 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.19 0.12 0.07
O6 0.13 0.16 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.09 0.15 0.13 0.16 0.15 0.15 0.13 0.14 0.13 0.10 0.13 0.10 0.05 0.08 0.08
OP1 0.08 0.06 0.05 0.08 0.09 0.09 0.12 0.10 0.11 0.14 0.08 0.05 0.13 0.15 0.10 0.04 0.09 0.10 0.10 0.21 0.19 0.11
OP2 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.07 0.05 0.11 0.13 0.09 0.04 0.08 0.10 0.08 0.17 0.14 0.09
P 0.05 0.02 0.01 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.09 0.04 0.02 0.08 0.10 0.06 0.04 0.05 0.07 0.06 0.20 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.02 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.25 0.05 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.07 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.10 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.23 0.05 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.28 0.06 0.08
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.29 0.07 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.25 0.06 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.28 0.06 0.08
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.22 0.04 0.07
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.32 0.09 0.10
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.29 0.07 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.04 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.17 0.05
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.03 0.02
O5' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.25 0.11 0.06 0.23 0.04 0.28 0.05 0.29 0.25 0.28 0.22 0.32 0.29 0.20 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.07 0.10 0.05 0.02 0.06 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.09 0.07 0.04 0.08 0.17 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00