ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51215

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N7 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.016
C8 A 0, -0.004, 0.017, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.022, 0.054, 0.085, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C4' A 0, 0.030, 0.084, 0.138, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.084 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.036, 0.103, 0.171, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.103 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.037, 0.114, 0.192, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.114 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.059, 0.159, 0.259, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.159 std_dev=0.100
C5' A 0, 0.034, 0.134, 0.235, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.134 std_dev=0.100
P B 0, 0.083, 0.220, 0.358, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.220 std_dev=0.137
OP2 B 0, 0.064, 0.211, 0.358, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.211 std_dev=0.147
O5' B 0, 0.105, 0.262, 0.420, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.262 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.102, 0.260, 0.417, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.260 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.109, 0.273, 0.437, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.273 std_dev=0.164
OP2 A 0, 0.006, 0.180, 0.353, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.180 std_dev=0.173
OP1 B 0, 0.119, 0.295, 0.471, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.295 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.059, 0.239, 0.420, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.239 std_dev=0.180
P A 0, 0.047, 0.238, 0.430, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.238 std_dev=0.191
C4' B 0, 0.123, 0.315, 0.507, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.315 std_dev=0.192
C8 B 0, 0.092, 0.284, 0.476, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.284 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.127, 0.325, 0.522, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.325 std_dev=0.198
N9 B 0, 0.134, 0.344, 0.554, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.344 std_dev=0.210
O5' A 0, 0.047, 0.274, 0.500, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.274 std_dev=0.227
C3' B 0, 0.153, 0.389, 0.626, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.389 std_dev=0.236
N7 B 0, 0.144, 0.388, 0.632, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.388 std_dev=0.244
C2' B 0, 0.159, 0.408, 0.657, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.408 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.163, 0.417, 0.671, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.417 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.173, 0.436, 0.699, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.436 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.198, 0.476, 0.754, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.476 std_dev=0.278
C5 B 0, 0.207, 0.502, 0.798, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.502 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.245, 0.583, 0.920, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.583 std_dev=0.337
C6 B 0, 0.271, 0.648, 1.026, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.648 std_dev=0.378
C2 B 0, 0.298, 0.706, 1.114, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.706 std_dev=0.408
N6 B 0, 0.287, 0.698, 1.109, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.698 std_dev=0.411
N1 B 0, 0.313, 0.745, 1.178, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.745 std_dev=0.432

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.04 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.05 0.03 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.07 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.14 0.00 0.09 0.09 0.08
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.07 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.13 0.00 0.08 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.14 0.00 0.10 0.10 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.06 0.05 0.05
N2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.05 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.15 0.00 0.11 0.10 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.11 0.00 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.06 0.07 0.01 0.03 0.12 0.00 0.14 0.00 0.13 0.14 0.10 0.03 0.08 0.15 0.11 0.01 0.07 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.00 0.09 0.08 0.08
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.10 0.06 0.05 0.05 0.11 0.07 0.03 0.08 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.09 0.07 0.07 0.10 0.05 0.01 0.05 0.10 0.08 0.04 0.03 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.09 0.05 0.03 0.04 0.10 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02
C2 0.02 0.09 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.07 0.13 0.08 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.10 0.07
C2' 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03
C3' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01
C4 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.10 0.06 0.12 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05
C4' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02
C5 0.02 0.11 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.11 0.07 0.12 0.08 0.14 0.09 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.04 0.08 0.05
C5' 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01
C6 0.03 0.12 0.02 0.02 0.07 0.02 0.09 0.05 0.13 0.08 0.14 0.09 0.16 0.10 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06
C8 0.03 0.09 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.04 0.10 0.06 0.10 0.06 0.12 0.08 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03
N1 0.03 0.12 0.03 0.02 0.07 0.03 0.09 0.06 0.12 0.08 0.13 0.09 0.15 0.09 0.04 0.06 0.03 0.02 0.07 0.06 0.10 0.07
N2 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.12 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.10 0.07
N3 0.03 0.08 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.08 0.05 0.09 0.06 0.11 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.09 0.06
N7 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.11 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04
N9 0.03 0.07 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.07 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04
O2' 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05
O3' 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01
O4' 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.01
O5' 0.11 0.07 0.14 0.16 0.09 0.13 0.08 0.14 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.14 0.16 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12
O6 0.03 0.14 0.03 0.02 0.08 0.02 0.10 0.05 0.14 0.09 0.15 0.10 0.17 0.11 0.05 0.07 0.02 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06
OP1 0.13 0.10 0.15 0.16 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.16 0.10 0.11 0.12 0.15 0.13 0.15 0.16 0.13 0.13 0.10 0.11 0.11
OP2 0.14 0.14 0.17 0.18 0.15 0.14 0.15 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.16 0.14 0.17 0.17 0.12 0.12 0.05 0.05 0.06
P 0.14 0.11 0.16 0.17 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.16 0.11 0.12 0.11 0.15 0.14 0.16 0.16 0.13 0.13 0.08 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.07 0.05
O5' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.02 0.06 0.07 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.07 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.08 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.05 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.10 0.05 0.06 0.06 0.09 0.08 0.01 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00