ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51217

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C4' A 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O2' A 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.000, 0.220, 0.441, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.220 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
OP1 A 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
P A 0, 0.000, 0.604, 1.208, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O5' A 0, 0.000, 0.618, 1.236, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.618 std_dev=0.618
OP2 A 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
C3' B 0, 0.000, 1.020, 2.040, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.020 std_dev=1.020
C1' B 0, 0.000, 1.319, 2.638, 2.638 max_d=2.638 avg_d=1.319 std_dev=1.319
N9 B 0, 0.000, 1.772, 3.544, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.772 std_dev=1.772
C4' B 0, 0.000, 1.839, 3.679, 3.679 max_d=3.679 avg_d=1.839 std_dev=1.839
O4' B 0, 0.000, 1.923, 3.847, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.923 std_dev=1.923
O3' B 0, 0.000, 1.954, 3.909, 3.909 max_d=3.909 avg_d=1.954 std_dev=1.954
C8 B 0, 0.000, 1.961, 3.922, 3.922 max_d=3.922 avg_d=1.961 std_dev=1.961
N7 B 0, 0.000, 2.361, 4.722, 4.722 max_d=4.722 avg_d=2.361 std_dev=2.361
C4 B 0, 0.000, 2.496, 4.991, 4.991 max_d=4.991 avg_d=2.496 std_dev=2.496
O5' B 0, 0.000, 2.641, 5.282, 5.282 max_d=5.282 avg_d=2.641 std_dev=2.641
C5 B 0, 0.000, 2.791, 5.582, 5.582 max_d=5.582 avg_d=2.791 std_dev=2.791
C5' B 0, 0.000, 2.909, 5.818, 5.818 max_d=5.818 avg_d=2.909 std_dev=2.909
OP2 B 0, 0.000, 2.997, 5.994, 5.994 max_d=5.994 avg_d=2.997 std_dev=2.997
N3 B 0, 0.000, 3.066, 6.132, 6.132 max_d=6.132 avg_d=3.066 std_dev=3.066
P B 0, 0.000, 3.552, 7.103, 7.103 max_d=7.103 avg_d=3.552 std_dev=3.552
C6 B 0, 0.000, 3.686, 7.372, 7.372 max_d=7.372 avg_d=3.686 std_dev=3.686
C2 B 0, 0.000, 3.999, 7.998, 7.998 max_d=7.998 avg_d=3.999 std_dev=3.999
N6 B 0, 0.000, 4.067, 8.135, 8.135 max_d=8.135 avg_d=4.067 std_dev=4.067
N1 B 0, 0.000, 4.311, 8.621, 8.621 max_d=8.621 avg_d=4.311 std_dev=4.311
OP1 B 0, 0.000, 4.384, 8.769, 8.769 max_d=8.769 avg_d=4.384 std_dev=4.384

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.09 0.03 0.07 0.11 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.12 0.06 0.00 0.03 0.06
C4 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.04 0.07 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.11 0.01 0.08 0.11 0.13
C5' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.09 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.13 0.01 0.10 0.15 0.15
C8 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.04 0.04 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.12 0.03 0.09 0.14 0.14
N2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.00 0.09 0.04 0.06 0.11 0.11
N3 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.02 0.04 0.07 0.08
N7 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.12 0.01 0.08 0.10 0.14
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06
O2' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.07 0.03 0.03 0.07
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.08 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.03 0.07 0.09
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.03 0.04 0.00
O5' 0.00 0.09 0.07 0.12 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.08 0.12 0.09 0.07 0.12 0.05 0.09 0.16 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.14 0.00 0.13 0.18 0.18
OP1 0.02 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.02 0.10 0.04 0.09 0.06 0.04 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.11 0.00 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.15 0.04 0.14 0.11 0.07 0.10 0.03 0.03 0.07 0.04 0.01 0.18 0.02 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.04 0.06 0.09 0.01 0.13 0.01 0.15 0.10 0.14 0.11 0.08 0.14 0.06 0.07 0.09 0.00 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.72 1.84 0.06 0.59 1.39 0.44 1.45 0.79 1.73 0.89 1.89 1.60 1.78 1.15 1.01 0.04 1.30 0.44 0.60 1.55 0.56 0.81
C2 0.61 0.86 0.01 0.35 0.78 0.04 0.80 0.02 0.86 0.66 0.87 0.82 0.88 0.73 0.69 0.13 0.97 0.64 0.01 0.40 0.03 0.02
C2' 0.69 2.11 0.12 0.60 1.51 0.62 1.55 1.09 1.89 0.83 2.14 1.80 1.93 1.15 1.02 0.05 1.22 0.24 0.83 1.85 0.77 1.11
C3' 0.68 2.27 0.17 0.58 1.55 0.65 1.59 1.16 2.00 0.79 2.31 1.91 2.05 1.14 1.01 0.12 1.17 0.18 0.92 2.01 0.90 1.25
C4 0.65 1.34 0.02 0.47 1.06 0.22 1.09 0.41 1.25 0.74 1.35 1.20 1.29 0.90 0.82 0.08 1.11 0.50 0.29 0.93 0.25 0.40
C4' 0.71 2.20 0.11 0.63 1.55 0.58 1.62 1.05 2.01 0.87 2.27 1.85 2.09 1.22 1.04 0.04 1.29 0.29 0.84 1.97 0.84 1.16
C5 0.55 1.16 0.00 0.41 0.92 0.17 0.94 0.31 1.09 0.64 1.17 1.04 1.12 0.78 0.70 0.09 0.97 0.44 0.22 0.76 0.18 0.30
C5' 0.72 2.24 0.14 0.59 1.56 0.55 1.63 1.02 2.04 0.87 2.32 1.87 2.13 1.22 1.05 0.07 1.25 0.30 0.82 1.95 0.84 1.15
C6 0.46 0.82 0.03 0.32 0.69 0.03 0.71 0.10 0.80 0.53 0.83 0.75 0.83 0.62 0.56 0.13 0.81 0.44 0.06 0.44 0.03 0.09
C8 0.63 1.57 0.05 0.49 1.17 0.32 1.22 0.58 1.45 0.75 1.61 1.37 1.51 0.97 0.85 0.05 1.11 0.40 0.44 1.19 0.39 0.59
N1 0.49 0.68 0.03 0.27 0.63 0.09 0.65 0.07 0.69 0.54 0.69 0.65 0.72 0.60 0.55 0.14 0.77 0.55 0.08 0.24 0.08 0.06
N2 0.62 0.62 0.03 0.27 0.65 0.25 0.67 0.26 0.67 0.65 0.63 0.62 0.70 0.67 0.64 0.17 0.90 0.79 0.22 0.09 0.20 0.21
N3 0.69 1.23 0.02 0.46 1.04 0.14 1.05 0.31 1.18 0.77 1.24 1.13 1.20 0.90 0.84 0.09 1.15 0.61 0.20 0.80 0.16 0.29
N7 0.57 1.34 0.03 0.43 1.01 0.23 1.05 0.43 1.24 0.67 1.36 1.17 1.28 0.84 0.75 0.06 0.99 0.40 0.31 0.93 0.27 0.42
N9 0.69 1.62 0.05 0.52 1.24 0.32 1.28 0.60 1.51 0.81 1.65 1.42 1.55 1.03 0.92 0.04 1.18 0.46 0.44 1.23 0.40 0.60
O2' 0.61 2.14 0.02 0.75 1.52 0.78 1.59 1.31 1.97 0.80 2.21 1.81 2.02 1.17 0.99 0.06 1.38 0.13 1.04 2.17 0.97 1.35
O3' 0.63 2.49 0.19 0.61 1.62 0.79 1.66 1.39 2.15 0.72 2.53 2.05 2.20 1.12 0.99 0.16 1.14 0.02 1.13 2.31 1.13 1.53
O4' 0.72 1.94 0.05 0.62 1.44 0.45 1.52 0.83 1.83 0.91 2.01 1.66 1.91 1.20 1.03 0.04 1.33 0.43 0.64 1.66 0.62 0.89
O5' 0.78 2.19 0.21 0.48 1.55 0.42 1.60 0.84 1.98 0.90 2.25 1.86 2.05 1.21 1.07 0.15 1.12 0.39 0.67 1.71 0.69 0.96
O6 0.36 0.64 0.06 0.28 0.54 0.00 0.56 0.03 0.63 0.43 0.65 0.59 0.66 0.50 0.44 0.15 0.69 0.38 0.01 0.31 0.01 0.03
OP1 0.67 2.27 0.17 0.55 1.52 0.56 1.58 1.03 2.02 0.79 2.34 1.87 2.11 1.14 0.99 0.12 1.15 0.22 0.84 1.94 0.87 1.18
OP2 0.70 2.02 0.21 0.42 1.40 0.37 1.44 0.75 1.80 0.79 2.06 1.70 1.86 1.08 0.96 0.16 0.99 0.34 0.59 1.51 0.61 0.85
P 0.74 2.16 0.20 0.46 1.51 0.41 1.56 0.82 1.95 0.86 2.22 1.81 2.02 1.17 1.03 0.15 1.08 0.36 0.65 1.68 0.68 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00
C2 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.07 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.06 0.07 0.09 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02
C4 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
C8 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01
N1 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
N3 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
N6 0.05 0.02 0.10 0.09 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.10 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
O2' 0.03 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.06 0.03 0.09 0.00 0.09 0.10 0.10 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.02 0.09 0.09 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
O5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00