ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51219

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.000, 0.356, 0.712, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.356 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.000, 0.368, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.000, 0.523, 1.046, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C4' B 0, 0.000, 0.773, 1.545, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.773 std_dev=0.773
C3' B 0, 0.000, 0.844, 1.689, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.844 std_dev=0.844
O5' B 0, 0.000, 1.125, 2.250, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.125 std_dev=1.125
N9 B 0, 0.000, 1.137, 2.274, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.137 std_dev=1.137
C5' B 0, 0.000, 1.164, 2.329, 2.329 max_d=2.329 avg_d=1.164 std_dev=1.164
OP1 B 0, 0.000, 1.238, 2.477, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.238 std_dev=1.238
C8 B 0, 0.000, 1.303, 2.606, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.303 std_dev=1.303
O4' A 0, 0.000, 1.317, 2.634, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.317 std_dev=1.317
C2' A 0, 0.000, 1.356, 2.713, 2.713 max_d=2.713 avg_d=1.356 std_dev=1.356
P B 0, 0.000, 1.404, 2.808, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.404 std_dev=1.404
O3' B 0, 0.000, 1.437, 2.874, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.437 std_dev=1.437
O2' A 0, 0.000, 1.561, 3.122, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.561 std_dev=1.561
C4' A 0, 0.000, 1.889, 3.777, 3.777 max_d=3.777 avg_d=1.889 std_dev=1.889
C4 B 0, 0.000, 1.936, 3.873, 3.873 max_d=3.873 avg_d=1.936 std_dev=1.936
N7 B 0, 0.000, 2.048, 4.096, 4.096 max_d=4.096 avg_d=2.048 std_dev=2.048
C3' A 0, 0.000, 2.118, 4.236, 4.236 max_d=4.236 avg_d=2.118 std_dev=2.118
N3 B 0, 0.000, 2.293, 4.585, 4.585 max_d=4.585 avg_d=2.293 std_dev=2.293
C5 B 0, 0.000, 2.431, 4.863, 4.863 max_d=4.863 avg_d=2.431 std_dev=2.431
OP2 B 0, 0.000, 2.785, 5.571, 5.571 max_d=5.571 avg_d=2.785 std_dev=2.785
O3' A 0, 0.000, 2.925, 5.849, 5.849 max_d=5.849 avg_d=2.925 std_dev=2.925
C2 B 0, 0.000, 3.117, 6.234, 6.234 max_d=6.234 avg_d=3.117 std_dev=3.117
C6 B 0, 0.000, 3.300, 6.600, 6.600 max_d=6.600 avg_d=3.300 std_dev=3.300
C5' A 0, 0.000, 3.327, 6.653, 6.653 max_d=6.653 avg_d=3.327 std_dev=3.327
N1 B 0, 0.000, 3.612, 7.224, 7.224 max_d=7.224 avg_d=3.612 std_dev=3.612
N6 B 0, 0.000, 3.881, 7.762, 7.762 max_d=7.762 avg_d=3.881 std_dev=3.881
O5' A 0, 0.000, 4.136, 8.273, 8.273 max_d=8.273 avg_d=4.136 std_dev=4.136
P A 0, 0.000, 5.587, 11.174, 11.174 max_d=11.174 avg_d=5.587 std_dev=5.587
OP2 A 0, 0.000, 5.845, 11.689, 11.689 max_d=11.689 avg_d=5.845 std_dev=5.845
OP1 A 0, 0.000, 5.946, 11.893, 11.893 max_d=11.893 avg_d=5.946 std_dev=5.946

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.00 0.12 0.36 0.28
C2 0.00 0.00 0.03 0.67 0.00 0.83 0.00 1.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.62 0.55 1.00 0.00 1.85 0.78 1.24
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.20 0.31 0.19
C3' 0.01 0.67 0.00 0.00 0.35 0.00 0.21 0.01 0.34 0.18 0.54 0.80 0.63 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.21 0.23 0.12
C4 0.00 0.00 0.01 0.35 0.00 0.40 0.00 0.63 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.30 0.28 0.10 0.00 0.64 0.20 0.17
C4' 0.00 0.83 0.01 0.00 0.40 0.00 0.21 0.00 0.38 0.29 0.65 1.02 0.79 0.13 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.30 0.10 0.10 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.21 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.20 0.12 0.27 0.00 0.34 0.71 0.24
C5' 0.02 1.40 0.01 0.01 0.63 0.00 0.37 0.00 0.66 0.42 1.11 1.77 1.26 0.19 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.53 0.04 0.18 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.34 0.00 0.38 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.33 0.23 0.05 0.00 0.81 0.41 0.13
C8 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.29 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.27 1.11 0.00 0.70 1.49 1.16
N1 0.00 0.00 0.01 0.54 0.00 0.65 0.00 1.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.30 0.52 0.41 0.62 0.00 1.50 0.29 0.82
N2 0.00 0.00 0.04 0.80 0.00 1.02 0.00 1.77 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.77 0.66 1.53 0.00 2.58 1.43 1.91
N3 0.00 0.00 0.03 0.63 0.00 0.79 0.00 1.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.37 0.55 0.55 0.83 0.00 1.45 0.61 0.98
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.13 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.15 0.92 0.00 0.43 1.46 1.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.46 0.00 0.07 0.69 0.43
O2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.19 0.05 0.10 0.05 0.18 0.12 0.30 0.49 0.37 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.14 0.14 0.02 0.02
O3' 0.01 0.62 0.01 0.00 0.30 0.01 0.20 0.01 0.33 0.14 0.52 0.77 0.55 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.30 0.29 0.22 0.04 0.12
O4' 0.00 0.55 0.01 0.00 0.28 0.00 0.12 0.01 0.23 0.27 0.41 0.66 0.55 0.15 0.01 0.05 0.01 0.00 0.32 0.16 0.08 0.16 0.23
O5' 0.32 1.00 0.12 0.01 0.10 0.00 0.27 0.00 0.05 1.11 0.62 1.53 0.83 0.92 0.46 0.08 0.30 0.32 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.28 0.00 0.30 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.29 0.16 0.13 0.00 0.65 0.68 0.08
OP1 0.12 1.85 0.20 0.21 0.64 0.10 0.34 0.04 0.81 0.70 1.50 2.58 1.45 0.43 0.07 0.14 0.22 0.08 0.00 0.65 0.00 0.00 0.00
OP2 0.36 0.78 0.31 0.23 0.20 0.10 0.71 0.18 0.41 1.49 0.29 1.43 0.61 1.46 0.69 0.02 0.04 0.16 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00
P 0.28 1.24 0.19 0.12 0.17 0.01 0.24 0.01 0.13 1.16 0.82 1.91 0.98 1.00 0.43 0.02 0.12 0.23 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.14 0.05 0.19 0.08 0.19 0.04 0.17 0.22 0.15 0.17 0.16 0.21 0.21 0.12 0.06 0.15 0.03 0.02 0.00 0.05
C2 0.32 0.77 0.05 0.28 0.53 0.17 0.47 0.29 0.57 0.25 0.71 0.71 0.53 0.32 0.37 0.11 0.65 0.18 0.24 0.25 0.40 0.18
C2' 0.54 0.64 0.42 0.24 0.63 0.27 0.62 0.20 0.63 0.58 0.63 0.65 0.61 0.60 0.59 0.39 0.02 0.44 0.22 0.21 0.20 0.22
C3' 1.53 1.27 1.46 1.30 1.46 1.34 1.43 1.27 1.32 1.53 1.24 1.39 1.28 1.47 1.53 1.43 1.07 1.47 1.27 1.27 1.23 1.26
C4 0.29 0.66 0.11 0.13 0.48 0.07 0.46 0.16 0.54 0.29 0.63 0.60 0.52 0.35 0.36 0.11 0.40 0.17 0.12 0.15 0.21 0.07
C4' 1.38 0.68 1.41 1.45 1.07 1.48 1.04 1.48 0.84 1.34 0.66 0.89 0.81 1.20 1.28 1.41 1.42 1.44 1.41 1.43 1.35 1.40
C5 0.31 0.91 0.10 0.18 0.62 0.14 0.61 0.25 0.74 0.35 0.88 0.79 0.73 0.45 0.43 0.09 0.50 0.15 0.17 0.22 0.27 0.11
C5' 2.13 1.10 2.18 2.31 1.65 2.40 1.61 2.41 1.32 2.04 1.08 1.39 1.27 1.84 1.96 2.21 2.31 2.29 2.30 2.34 2.18 2.30
C6 0.34 1.09 0.07 0.28 0.72 0.22 0.70 0.36 0.87 0.36 1.05 0.94 0.86 0.49 0.47 0.07 0.65 0.15 0.25 0.31 0.40 0.18
C8 0.27 0.66 0.14 0.06 0.49 0.04 0.50 0.12 0.59 0.34 0.66 0.58 0.59 0.41 0.37 0.10 0.29 0.15 0.06 0.10 0.11 0.02
N1 0.34 1.02 0.04 0.32 0.68 0.24 0.63 0.39 0.78 0.31 0.96 0.90 0.76 0.42 0.44 0.08 0.72 0.16 0.29 0.33 0.46 0.22
N2 0.31 0.69 0.00 0.37 0.47 0.20 0.39 0.33 0.48 0.18 0.61 0.65 0.43 0.23 0.32 0.12 0.78 0.19 0.30 0.28 0.50 0.23
N3 0.28 0.56 0.08 0.17 0.41 0.07 0.37 0.16 0.43 0.23 0.51 0.53 0.40 0.27 0.31 0.14 0.46 0.18 0.14 0.15 0.26 0.10
N7 0.30 0.89 0.12 0.13 0.61 0.12 0.62 0.22 0.76 0.37 0.88 0.76 0.76 0.48 0.43 0.09 0.42 0.15 0.12 0.18 0.21 0.07
N9 0.25 0.49 0.13 0.04 0.39 0.01 0.38 0.07 0.43 0.29 0.48 0.45 0.43 0.33 0.31 0.11 0.24 0.16 0.04 0.07 0.10 0.01
O2' 0.07 0.03 0.14 0.26 0.02 0.24 0.01 0.29 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.17 0.40 0.14 0.30 0.29 0.28 0.31
O3' 1.82 1.51 1.75 1.59 1.77 1.60 1.75 1.55 1.62 1.88 1.50 1.65 1.58 1.82 1.85 1.62 1.33 1.74 1.57 1.58 1.56 1.54
O4' 0.70 0.20 0.72 0.76 0.48 0.80 0.46 0.80 0.33 0.68 0.20 0.35 0.31 0.59 0.63 0.73 0.76 0.76 0.74 0.75 0.68 0.75
O5' 2.59 1.56 2.70 2.90 2.17 2.88 2.19 2.92 1.91 2.65 1.60 1.83 1.90 2.47 2.50 2.54 2.91 2.74 2.88 2.93 2.72 2.87
O6 0.35 1.25 0.06 0.31 0.80 0.27 0.79 0.43 1.01 0.39 1.22 1.05 1.01 0.55 0.51 0.06 0.70 0.13 0.29 0.37 0.45 0.21
OP1 3.51 2.09 3.37 3.71 2.83 4.09 2.79 4.15 2.42 3.39 2.08 2.45 2.37 3.12 3.27 3.26 3.62 3.91 3.93 4.08 3.70 3.96
OP2 2.79 1.66 2.82 3.28 2.34 3.37 2.41 3.57 2.10 2.96 1.74 1.92 2.14 2.78 2.72 2.53 3.47 3.10 3.49 3.72 3.17 3.49
P 3.19 1.89 3.22 3.64 2.63 3.74 2.67 3.85 2.32 3.25 1.95 2.21 2.33 3.03 3.05 2.96 3.75 3.49 3.75 3.87 3.50 3.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.21 0.42 0.16
C2 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.15 0.04 0.03 0.27 0.87 0.23
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.11 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.18 0.05
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.11 0.09 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.03 0.28 0.81 0.20
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.05
C5 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.02 0.31 0.95 0.19
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.29 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.02 0.02 0.31 1.02 0.20
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.32 0.80 0.14
N1 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.04 0.02 0.29 0.97 0.22
N3 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.04 0.03 0.26 0.77 0.22
N6 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.01 0.32 1.09 0.19
N7 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.33 0.97 0.15
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.27 0.68 0.18
O2' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.10 0.07
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.15 0.12 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.08 0.32 0.10
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.20 0.31 0.18
O5' 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.21 0.27 0.12 0.03 0.28 0.06 0.31 0.02 0.31 0.32 0.29 0.26 0.32 0.33 0.27 0.08 0.08 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.42 0.87 0.18 0.06 0.81 0.07 0.95 0.29 1.02 0.80 0.97 0.77 1.09 0.97 0.68 0.10 0.32 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.23 0.05 0.03 0.20 0.05 0.19 0.00 0.20 0.14 0.22 0.22 0.19 0.15 0.18 0.07 0.10 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00