ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51220

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C3' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O6 A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O2' B 0, 0.000, 0.470, 0.939, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.470 std_dev=0.470
C1' B 0, 0.000, 0.474, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.474 std_dev=0.474
OP2 A 0, 0.000, 0.475, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.475 std_dev=0.475
P B 0, 0.000, 0.481, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.481 std_dev=0.481
O4' B 0, 0.000, 0.497, 0.994, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.497 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.000, 0.505, 1.011, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C4' B 0, 0.000, 0.506, 1.012, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.506 std_dev=0.506
OP1 A 0, 0.000, 0.507, 1.014, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.507 std_dev=0.507
P A 0, 0.000, 0.509, 1.019, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C8 B 0, 0.000, 0.542, 1.084, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.542 std_dev=0.542
O5' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
C3' B 0, 0.000, 0.545, 1.090, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.545 std_dev=0.545
N9 B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O3' B 0, 0.000, 0.590, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.590 std_dev=0.590
C4 B 0, 0.000, 0.639, 1.277, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.639 std_dev=0.639
N7 B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
N3 B 0, 0.000, 0.664, 1.329, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.664 std_dev=0.664
O5' A 0, 0.000, 0.670, 1.341, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.670 std_dev=0.670
C5 B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
C2 B 0, 0.000, 0.788, 1.576, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.788
C6 B 0, 0.000, 0.856, 1.712, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.856 std_dev=0.856
N1 B 0, 0.000, 0.888, 1.776, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.888 std_dev=0.888
N6 B 0, 0.000, 0.956, 1.913, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.956 std_dev=0.956
OP1 B 0, 0.000, 1.287, 2.574, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.287 std_dev=1.287
OP2 B 0, 0.000, 1.423, 2.846, 2.846 max_d=2.846 avg_d=1.423 std_dev=1.423

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.15 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.04 0.07 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.18 0.01 0.08 0.05 0.09
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.13 0.02
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.05 0.09 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.14 0.00
C6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.11 0.01
C8 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.14 0.01
N1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.13 0.03
N2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.16 0.05
N7 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.13 0.01
N9 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.14 0.02
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.10 0.03 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.03 0.03 0.13 0.03
O5' 0.02 0.02 0.09 0.18 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.01 0.20 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.01 0.03 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03
OP1 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.15 0.07 0.05 0.15 0.12 0.13 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.16 0.13 0.14 0.10 0.03 0.13 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.08 0.16 0.08 0.19 0.08 0.24 0.09 0.04 0.11 0.09 0.09 0.05 0.06 0.04 0.16 0.11 0.19 0.91 0.78 0.12
C2 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07 0.12 0.06 0.08 0.05 0.04 0.07 0.08 0.07 0.03 0.05 0.00 0.06 0.65 0.78 0.02
C2' 0.10 0.14 0.12 0.20 0.12 0.22 0.12 0.28 0.13 0.08 0.14 0.13 0.13 0.10 0.10 0.08 0.20 0.17 0.24 0.86 0.63 0.17
C3' 0.11 0.19 0.13 0.20 0.15 0.22 0.16 0.27 0.18 0.10 0.19 0.17 0.18 0.13 0.12 0.08 0.20 0.17 0.23 0.84 0.60 0.17
C4 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.12 0.02 0.16 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.11 0.79 0.84 0.03
C4' 0.07 0.14 0.09 0.16 0.11 0.17 0.11 0.22 0.13 0.05 0.15 0.12 0.14 0.08 0.07 0.04 0.16 0.12 0.19 0.86 0.69 0.13
C5 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.11 0.04 0.15 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.10 0.79 0.84 0.03
C5' 0.09 0.19 0.10 0.17 0.14 0.18 0.14 0.22 0.17 0.07 0.19 0.16 0.18 0.10 0.10 0.06 0.17 0.13 0.18 0.84 0.70 0.12
C6 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.10 0.03 0.13 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.74 0.81 0.01
C8 0.04 0.14 0.04 0.11 0.09 0.14 0.10 0.19 0.13 0.04 0.14 0.11 0.13 0.07 0.06 0.00 0.09 0.09 0.15 0.88 0.83 0.08
N1 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.11 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.66 0.78 0.01
N2 0.12 0.12 0.06 0.02 0.14 0.06 0.15 0.08 0.15 0.15 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.04 0.04 0.07 0.01 0.52 0.72 0.07
N3 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.12 0.04 0.16 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01 0.08 0.03 0.09 0.73 0.82 0.00
N7 0.03 0.13 0.02 0.09 0.08 0.13 0.09 0.17 0.12 0.03 0.14 0.10 0.12 0.06 0.05 0.02 0.06 0.08 0.13 0.85 0.84 0.06
N9 0.04 0.11 0.05 0.12 0.07 0.15 0.07 0.19 0.09 0.02 0.11 0.09 0.09 0.04 0.04 0.01 0.11 0.09 0.15 0.86 0.83 0.07
O2' 0.05 0.07 0.09 0.17 0.05 0.19 0.05 0.26 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.18 0.12 0.22 0.82 0.58 0.17
O3' 0.12 0.20 0.13 0.20 0.16 0.21 0.17 0.26 0.20 0.11 0.21 0.18 0.20 0.14 0.13 0.08 0.20 0.17 0.23 0.73 0.49 0.17
O4' 0.06 0.11 0.08 0.16 0.08 0.18 0.09 0.24 0.11 0.04 0.12 0.10 0.11 0.06 0.06 0.03 0.17 0.11 0.19 0.94 0.76 0.14
O5' 0.04 0.02 0.09 0.20 0.02 0.24 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.05 0.23 0.13 0.27 1.03 0.61 0.23
O6 0.03 0.11 0.02 0.08 0.07 0.12 0.06 0.14 0.08 0.02 0.11 0.09 0.08 0.04 0.04 0.00 0.04 0.07 0.09 0.74 0.80 0.02
OP1 0.06 0.12 0.09 0.18 0.08 0.20 0.08 0.26 0.10 0.03 0.12 0.10 0.10 0.05 0.06 0.05 0.19 0.12 0.21 0.91 0.64 0.17
OP2 0.17 0.23 0.19 0.28 0.20 0.31 0.20 0.37 0.22 0.15 0.23 0.22 0.22 0.17 0.17 0.15 0.28 0.24 0.32 1.06 0.62 0.26
P 0.06 0.10 0.09 0.18 0.07 0.21 0.07 0.28 0.09 0.03 0.10 0.09 0.09 0.05 0.05 0.05 0.20 0.12 0.23 0.97 0.68 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.34 0.06
C2 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.01 0.06 0.01 0.17 0.07
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.14 0.20 0.01
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.12 0.10 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.08 0.02
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.16 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.35 0.03
C5 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.11 0.04 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.27 0.32 0.00
C6 0.00 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.01 0.06 0.14 0.01 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.07
N1 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.01 0.07 0.08 0.08 0.08
N3 0.00 0.00 0.09 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.01 0.04 0.06 0.22 0.07
N6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.07 0.22 0.08 0.08
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.17 0.04 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.21 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.22 0.35 0.04
O3' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.12 0.02 0.15 0.13 0.11 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.27 0.45 0.06
O5' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.01 0.14 0.10 0.01 0.25 0.11 0.27 0.14 0.07 0.08 0.06 0.22 0.17 0.04 0.22 0.12 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.17 0.20 0.08 0.16 0.35 0.04 0.32 0.01 0.06 0.08 0.22 0.08 0.04 0.21 0.35 0.00 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.01 0.02 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00