ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51221

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.000, 0.101, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
N7 B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C8 B 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O5' A 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N9 B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C3' B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O3' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N6 B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
P A 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C1' B 0, 0.000, 0.215, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.000, 0.223, 0.446, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O4' B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
C4' B 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C6 B 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
OP1 A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.000, 0.294, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.294 std_dev=0.294
P B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
N3 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C2 B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
OP2 B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.09 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.13 0.09
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.12 0.08
N2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.09 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.12 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
O5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.03 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.13 0.17 0.12
OP1 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.00 0.09 0.01 0.10 0.08 0.08 0.04 0.03 0.10 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.13 0.08 0.12 0.09 0.07 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.16 0.10 0.05
C2 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.11 0.03 0.15 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.11 0.16 0.02 0.01
C2' 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.09 0.03 0.18 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04 0.07 0.18 0.13 0.07
C3' 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.13 0.14 0.06
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.19 0.06 0.05
C4' 0.04 0.02 0.08 0.09 0.03 0.12 0.03 0.20 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.10 0.09 0.12 0.03
C5 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.08 0.20 0.08 0.07
C5' 0.04 0.02 0.08 0.09 0.02 0.12 0.02 0.20 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07 0.12 0.03
C6 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.11 0.04 0.15 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.08 0.09 0.19 0.04 0.05
C8 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.10 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.21 0.13 0.09
N1 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.11 0.04 0.15 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.10 0.17 0.00 0.02
N2 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.10 0.04 0.14 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.10 0.12 0.12 0.08 0.03
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.11 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.10 0.16 0.01 0.02
N7 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.10 0.03 0.15 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.22 0.12 0.09
N9 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.07 0.19 0.10 0.07
O2' 0.05 0.02 0.08 0.08 0.05 0.11 0.07 0.21 0.06 0.09 0.04 0.02 0.07 0.09 0.06 0.06 0.02 0.07 0.09 0.14 0.11 0.04
O3' 0.03 0.00 0.07 0.08 0.02 0.09 0.03 0.19 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.08 0.08 0.16 0.05
O4' 0.04 0.01 0.06 0.08 0.02 0.12 0.03 0.19 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.09 0.12 0.10 0.04
O5' 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.08 0.11 0.13 0.05
O6 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.11 0.05 0.15 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.03 0.03 0.04 0.01 0.08 0.09 0.20 0.05 0.05
OP1 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.08 0.09 0.15 0.06
OP2 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05 0.16 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.07 0.13 0.15 0.07
P 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.11 0.14 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.11 0.09 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03 0.11 0.12 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.03 0.16 0.07
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.10 0.13 0.03
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.09 0.15 0.04
C5' 0.01 0.14 0.03 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.05 0.12 0.13 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.09 0.15 0.03
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.10 0.09 0.14 0.06
N1 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.01 0.10 0.14 0.01
N3 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.01 0.11 0.12 0.00
N6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.08 0.16 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.09 0.08 0.16 0.06
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.10 0.13 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.19 0.09
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.07 0.06 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.15 0.02 0.04
O5' 0.06 0.03 0.08 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.03 0.10 0.01 0.01 0.04 0.09 0.07 0.08 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.11 0.03 0.03 0.10 0.12 0.09 0.01 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.08 0.10 0.01 0.07 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.16 0.10 0.13 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.14 0.12 0.16 0.16 0.13 0.19 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03 0.09 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00