ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51225

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 9, 4, 6, 7, 6, 12, 13, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.018, 0.026, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.055, 0.066, 0.076, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.066 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.056, 0.068, 0.079, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.068 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.064, 0.076, 0.089, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.076 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.058, 0.073, 0.088, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.073 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.085, 0.102, 0.118, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.102 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.083, 0.101, 0.118, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.101 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.082, 0.100, 0.118, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.100 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.066, 0.087, 0.108, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.087 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.093, 0.116, 0.139, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.116 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.069, 0.094, 0.120, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.094 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.183, 0.221, 0.259, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.221 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.094, 0.143, 0.193, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.143 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.183, 0.254, 0.324, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.254 std_dev=0.070
C3' A 0, 0.104, 0.199, 0.293, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.199 std_dev=0.094
O2' A 0, 0.264, 0.371, 0.477, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.371 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.226, 0.347, 0.469, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.347 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.133, 0.261, 0.389, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.261 std_dev=0.128
O3' B 0, 0.428, 0.623, 0.818, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.623 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.415, 0.627, 0.838, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.627 std_dev=0.212
C5' A 0, 0.399, 0.613, 0.827, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.613 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.387, 0.614, 0.841, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.614 std_dev=0.227
O5' B 0, 0.580, 0.827, 1.074, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.827 std_dev=0.247
O2' B 0, 0.383, 0.644, 0.906, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.644 std_dev=0.262
C4' B 0, 0.488, 0.786, 1.084, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.786 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.444, 0.752, 1.061, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.752 std_dev=0.308
N2 B 0, 1.019, 1.330, 1.642, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.330 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.701, 1.017, 1.332, 2.131 max_d=2.131 avg_d=1.017 std_dev=0.316
C2 B 0, 0.786, 1.103, 1.420, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.103 std_dev=0.317
N1 B 0, 0.694, 1.030, 1.366, 2.576 max_d=2.576 avg_d=1.030 std_dev=0.336
C4 B 0, 0.543, 0.883, 1.223, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.883 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.508, 0.852, 1.196, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.852 std_dev=0.344
N9 B 0, 0.492, 0.838, 1.183, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.838 std_dev=0.346
C5' B 0, 0.560, 0.918, 1.276, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.918 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.521, 0.887, 1.253, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.887 std_dev=0.366
C5 B 0, 0.468, 0.835, 1.201, 2.455 max_d=2.455 avg_d=0.835 std_dev=0.367
C8 B 0, 0.452, 0.826, 1.199, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.826 std_dev=0.373
N7 B 0, 0.410, 0.800, 1.190, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.800 std_dev=0.390
O6 B 0, 0.474, 0.864, 1.254, 2.897 max_d=2.897 avg_d=0.864 std_dev=0.390
P B 0, 0.590, 0.985, 1.380, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.985 std_dev=0.395
OP2 B 0, 0.887, 1.345, 1.803, 2.925 max_d=2.925 avg_d=1.345 std_dev=0.458
O5' A 0, 1.312, 1.775, 2.239, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.775 std_dev=0.464
OP1 B 0, 0.684, 1.185, 1.687, 2.822 max_d=2.822 avg_d=1.185 std_dev=0.501
OP2 A 0, 1.816, 2.330, 2.844, 2.943 max_d=2.943 avg_d=2.330 std_dev=0.514
P A 0, 1.572, 2.203, 2.834, 2.914 max_d=2.914 avg_d=2.203 std_dev=0.631
OP1 A 0, 2.357, 3.196, 4.035, 4.134 max_d=4.134 avg_d=3.196 std_dev=0.839

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.02 0.16 0.43 0.24
C2 0.03 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.26 0.01 0.20 0.36 0.24
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.05 0.14 0.23 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.09 0.27 0.10 0.13
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.27 0.01 0.20 0.35 0.25
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.07 0.29 0.12
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.35 0.01 0.25 0.33 0.28
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.06 0.14 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.13 0.12 0.20 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.03 0.37 0.00 0.26 0.33 0.29
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.35 0.02 0.24 0.32 0.27
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.32 0.01 0.23 0.34 0.27
N2 0.04 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.05 0.22 0.01 0.18 0.37 0.24
N3 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.22 0.01 0.18 0.38 0.24
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.02 0.40 0.02 0.27 0.32 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.25 0.02 0.20 0.37 0.24
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.06 0.12 0.31 0.13
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.10 0.04 0.03 0.00 0.01 0.18 0.11 0.45 0.14 0.20
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.03 0.23 0.52 0.32
O5' 0.11 0.26 0.17 0.22 0.27 0.02 0.35 0.01 0.37 0.35 0.32 0.22 0.22 0.40 0.25 0.06 0.18 0.05 0.00 0.41 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.11 0.03 0.41 0.00 0.30 0.35 0.32
OP1 0.16 0.20 0.14 0.27 0.20 0.07 0.25 0.12 0.26 0.24 0.23 0.18 0.18 0.27 0.20 0.12 0.45 0.23 0.02 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.36 0.23 0.10 0.35 0.29 0.33 0.20 0.33 0.32 0.34 0.37 0.38 0.32 0.37 0.31 0.14 0.52 0.02 0.35 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.24 0.11 0.13 0.25 0.12 0.28 0.01 0.29 0.27 0.27 0.24 0.24 0.30 0.24 0.13 0.20 0.32 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.27 0.22 0.23 0.29 0.31 0.29 0.34 0.29 0.31 0.28 0.26 0.28 0.30 0.30 0.21 0.21 0.35 0.33 0.29 0.34 0.55 0.41
C2 0.21 0.19 0.17 0.18 0.18 0.23 0.18 0.24 0.18 0.19 0.19 0.22 0.18 0.18 0.19 0.21 0.18 0.23 0.21 0.18 0.27 0.32 0.23
C2' 0.31 0.30 0.22 0.23 0.31 0.31 0.31 0.32 0.31 0.32 0.30 0.29 0.30 0.32 0.31 0.22 0.19 0.35 0.32 0.31 0.33 0.53 0.38
C3' 0.30 0.33 0.22 0.23 0.32 0.31 0.34 0.33 0.34 0.33 0.34 0.33 0.32 0.34 0.32 0.22 0.20 0.35 0.33 0.35 0.35 0.56 0.41
C4 0.26 0.23 0.20 0.21 0.23 0.28 0.23 0.29 0.23 0.25 0.23 0.23 0.23 0.24 0.24 0.22 0.20 0.30 0.27 0.23 0.29 0.43 0.31
C4' 0.31 0.33 0.23 0.24 0.33 0.31 0.35 0.34 0.36 0.35 0.34 0.32 0.32 0.36 0.33 0.20 0.20 0.35 0.36 0.37 0.38 0.62 0.46
C5 0.24 0.23 0.19 0.20 0.22 0.26 0.22 0.28 0.22 0.23 0.23 0.24 0.22 0.22 0.23 0.21 0.19 0.28 0.25 0.23 0.28 0.40 0.28
C5' 0.31 0.34 0.23 0.25 0.34 0.32 0.36 0.35 0.37 0.35 0.36 0.33 0.32 0.37 0.33 0.21 0.21 0.36 0.36 0.39 0.39 0.64 0.47
C6 0.21 0.22 0.17 0.18 0.19 0.23 0.19 0.24 0.20 0.20 0.21 0.24 0.20 0.19 0.20 0.19 0.19 0.24 0.21 0.20 0.28 0.33 0.23
C8 0.28 0.26 0.21 0.22 0.27 0.30 0.27 0.32 0.27 0.28 0.26 0.26 0.26 0.28 0.28 0.22 0.21 0.33 0.31 0.27 0.32 0.49 0.36
N1 0.20 0.20 0.16 0.17 0.17 0.22 0.17 0.23 0.18 0.18 0.20 0.23 0.18 0.17 0.18 0.19 0.18 0.22 0.19 0.19 0.28 0.29 0.21
N2 0.18 0.18 0.16 0.17 0.15 0.21 0.15 0.21 0.16 0.16 0.18 0.22 0.16 0.15 0.16 0.21 0.18 0.20 0.18 0.17 0.27 0.27 0.19
N3 0.25 0.21 0.19 0.20 0.21 0.27 0.21 0.27 0.21 0.23 0.21 0.22 0.21 0.22 0.23 0.22 0.19 0.28 0.25 0.21 0.28 0.40 0.28
N7 0.26 0.25 0.20 0.21 0.25 0.28 0.25 0.30 0.25 0.25 0.25 0.25 0.24 0.25 0.25 0.21 0.20 0.30 0.28 0.25 0.30 0.44 0.32
N9 0.28 0.25 0.21 0.22 0.26 0.30 0.27 0.32 0.26 0.28 0.26 0.25 0.26 0.27 0.28 0.22 0.20 0.33 0.30 0.26 0.32 0.50 0.36
O2' 0.29 0.32 0.21 0.22 0.32 0.29 0.33 0.31 0.33 0.33 0.32 0.31 0.32 0.34 0.32 0.18 0.19 0.34 0.33 0.33 0.35 0.56 0.41
O3' 0.30 0.35 0.22 0.23 0.34 0.29 0.36 0.32 0.38 0.34 0.37 0.35 0.33 0.36 0.33 0.21 0.19 0.34 0.34 0.39 0.36 0.59 0.42
O4' 0.30 0.29 0.23 0.25 0.30 0.32 0.32 0.35 0.31 0.32 0.30 0.29 0.29 0.33 0.31 0.21 0.22 0.35 0.36 0.32 0.38 0.61 0.45
O5' 0.32 0.33 0.24 0.26 0.34 0.35 0.35 0.38 0.36 0.35 0.34 0.32 0.32 0.36 0.34 0.25 0.24 0.39 0.37 0.37 0.38 0.60 0.45
O6 0.20 0.22 0.16 0.17 0.19 0.22 0.19 0.24 0.20 0.19 0.22 0.25 0.20 0.18 0.19 0.19 0.19 0.23 0.20 0.21 0.30 0.30 0.22
OP1 0.41 0.34 0.32 0.35 0.35 0.46 0.37 0.49 0.36 0.41 0.36 0.36 0.33 0.39 0.39 0.32 0.33 0.49 0.47 0.38 0.50 0.67 0.54
OP2 0.67 0.48 0.57 0.61 0.58 0.72 0.58 0.76 0.53 0.66 0.48 0.43 0.54 0.62 0.64 0.57 0.58 0.77 0.72 0.52 0.74 0.79 0.74
P 0.50 0.38 0.40 0.43 0.45 0.53 0.46 0.57 0.43 0.51 0.40 0.35 0.41 0.49 0.49 0.40 0.40 0.58 0.55 0.44 0.57 0.69 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.32 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.20 0.01 0.17 0.32 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.04 0.14 0.18 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.16 0.09 0.21 0.09 0.11
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.20 0.01 0.16 0.31 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.26 0.01 0.20 0.31 0.22
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.09 0.06 0.05 0.12 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.27 0.00 0.23 0.32 0.23
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.25 0.02 0.18 0.29 0.19
N1 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.24 0.01 0.21 0.32 0.22
N2 0.03 0.00 0.10 0.12 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.18 0.01 0.17 0.33 0.19
N3 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.17 0.01 0.15 0.32 0.17
N7 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.28 0.01 0.22 0.30 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.18 0.01 0.14 0.31 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.13 0.22 0.07
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.11 0.08 0.12 0.15 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.14 0.11 0.32 0.10 0.16
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.11 0.39 0.20
O5' 0.08 0.20 0.12 0.16 0.20 0.01 0.26 0.01 0.27 0.25 0.24 0.18 0.17 0.28 0.18 0.04 0.14 0.07 0.00 0.29 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.29 0.00 0.25 0.32 0.26
OP1 0.08 0.17 0.14 0.21 0.16 0.07 0.20 0.08 0.23 0.18 0.21 0.17 0.15 0.22 0.14 0.13 0.32 0.11 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.32 0.18 0.09 0.31 0.22 0.31 0.14 0.32 0.29 0.32 0.33 0.32 0.30 0.31 0.22 0.10 0.39 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.19 0.07 0.11 0.18 0.07 0.22 0.01 0.23 0.19 0.22 0.19 0.17 0.23 0.16 0.07 0.16 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00