ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51228

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 6, 8, 9, 8, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.002, 0.015, 0.031, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.039 std_dev=0.034
N2 A 0, -0.009, 0.035, 0.079, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.035 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.042, 0.094, 0.229, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.094 std_dev=0.136
C2' A 0, -0.031, 0.120, 0.271, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.120 std_dev=0.151
C2' B 0, 0.121, 0.341, 0.561, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.341 std_dev=0.220
O2' B 0, 0.084, 0.309, 0.534, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.309 std_dev=0.225
C4' A 0, -0.050, 0.175, 0.400, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.175 std_dev=0.225
O2' A 0, -0.043, 0.185, 0.412, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.185 std_dev=0.227
C3' A 0, -0.062, 0.180, 0.422, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.180 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.156, 0.408, 0.661, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.408 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.091, 0.386, 0.682, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.386 std_dev=0.296
C1' B 0, 0.101, 0.398, 0.695, 1.681 max_d=1.681 avg_d=0.398 std_dev=0.297
O3' A 0, -0.085, 0.256, 0.597, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.256 std_dev=0.341
C5' A 0, -0.032, 0.320, 0.673, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.320 std_dev=0.352
C4' B 0, 0.102, 0.470, 0.838, 2.076 max_d=2.076 avg_d=0.470 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.083, 0.458, 0.833, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.458 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.057, 0.433, 0.809, 1.895 max_d=1.895 avg_d=0.433 std_dev=0.376
C4 B 0, 0.057, 0.440, 0.822, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.440 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.046, 0.460, 0.875, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.460 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.059, 0.483, 0.906, 2.583 max_d=2.583 avg_d=0.483 std_dev=0.424
N2 B 0, 0.016, 0.462, 0.908, 2.465 max_d=2.465 avg_d=0.462 std_dev=0.446
N1 B 0, 0.011, 0.507, 1.004, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.507 std_dev=0.496
C5' B 0, 0.064, 0.629, 1.195, 3.322 max_d=3.322 avg_d=0.629 std_dev=0.566
C5 B 0, -0.023, 0.546, 1.114, 3.342 max_d=3.342 avg_d=0.546 std_dev=0.569
O5' B 0, 0.114, 0.693, 1.273, 3.120 max_d=3.120 avg_d=0.693 std_dev=0.579
OP2 A 0, 0.019, 0.606, 1.193, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.606 std_dev=0.587
P A 0, -0.023, 0.569, 1.162, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.569 std_dev=0.593
C6 B 0, -0.037, 0.576, 1.189, 3.496 max_d=3.496 avg_d=0.576 std_dev=0.613
O5' A 0, -0.050, 0.568, 1.187, 2.135 max_d=2.135 avg_d=0.568 std_dev=0.618
C8 B 0, -0.061, 0.577, 1.214, 3.938 max_d=3.938 avg_d=0.577 std_dev=0.637
OP1 A 0, -0.046, 0.599, 1.244, 2.738 max_d=2.738 avg_d=0.599 std_dev=0.645
N7 B 0, -0.097, 0.630, 1.357, 4.453 max_d=4.453 avg_d=0.630 std_dev=0.727
O6 B 0, -0.098, 0.677, 1.451, 4.479 max_d=4.479 avg_d=0.677 std_dev=0.774
OP2 B 0, -0.045, 0.824, 1.693, 5.180 max_d=5.180 avg_d=0.824 std_dev=0.869
P B 0, -0.078, 0.809, 1.695, 5.375 max_d=5.375 avg_d=0.809 std_dev=0.886
OP1 B 0, -0.194, 0.931, 2.056, 7.064 max_d=7.064 avg_d=0.931 std_dev=1.125

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.20 0.03 0.20 0.22 0.15
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.17 0.04 0.39 0.03 0.34 0.31 0.33
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.07 0.09 0.15 0.11 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.05 0.27 0.19 0.21
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.14 0.10 0.16 0.18 0.15 0.10 0.07 0.02 0.01 0.01 0.29 0.14 0.33 0.17 0.22
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.02 0.41 0.02 0.35 0.29 0.33
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.11 0.03 0.00 0.02 0.10 0.14 0.28 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.50 0.02 0.43 0.38 0.43
C5' 0.03 0.11 0.03 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.16 0.14 0.14 0.10 0.09 0.16 0.09 0.11 0.03 0.02 0.01 0.19 0.19 0.36 0.03
C6 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.16 0.03 0.52 0.01 0.46 0.43 0.46
C8 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.51 0.03 0.41 0.32 0.40
N1 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.02 0.46 0.02 0.41 0.38 0.41
N2 0.06 0.01 0.15 0.18 0.02 0.08 0.02 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.21 0.20 0.06 0.36 0.05 0.32 0.28 0.30
N3 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.14 0.15 0.04 0.35 0.02 0.30 0.25 0.28
N7 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.08 0.00 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.56 0.04 0.48 0.42 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.38 0.03 0.32 0.25 0.29
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.07 0.11 0.06 0.11 0.08 0.05 0.12 0.21 0.14 0.05 0.03 0.00 0.06 0.10 0.14 0.07 0.18 0.26 0.16
O3' 0.03 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.13 0.03 0.16 0.11 0.18 0.20 0.15 0.12 0.08 0.06 0.00 0.03 0.17 0.17 0.29 0.17 0.16
O4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02 0.01 0.10 0.03 0.00 0.10 0.04 0.13 0.29 0.10
O5' 0.20 0.39 0.25 0.29 0.41 0.02 0.50 0.01 0.52 0.51 0.46 0.36 0.35 0.56 0.38 0.14 0.17 0.10 0.00 0.55 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.03 0.05 0.14 0.02 0.10 0.02 0.19 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.17 0.04 0.55 0.00 0.50 0.48 0.50
OP1 0.20 0.34 0.27 0.33 0.35 0.14 0.43 0.19 0.46 0.41 0.41 0.32 0.30 0.48 0.32 0.18 0.29 0.13 0.02 0.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.31 0.19 0.17 0.29 0.28 0.38 0.36 0.43 0.32 0.38 0.28 0.25 0.42 0.25 0.26 0.17 0.29 0.01 0.48 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.21 0.22 0.33 0.04 0.43 0.03 0.46 0.40 0.41 0.30 0.28 0.48 0.29 0.16 0.16 0.10 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.17 0.17 0.17 0.25 0.18 0.35 0.23 0.33 0.40 0.23 0.25 0.13 0.43 0.30 0.23 0.19 0.22 0.20 0.38 0.68 0.43 0.41
C2 0.10 0.19 0.10 0.15 0.11 0.18 0.13 0.19 0.17 0.10 0.19 0.22 0.15 0.12 0.08 0.12 0.26 0.19 0.16 0.19 0.30 0.17 0.15
C2' 0.12 0.18 0.09 0.11 0.17 0.10 0.31 0.14 0.31 0.37 0.21 0.29 0.14 0.42 0.21 0.16 0.18 0.12 0.09 0.38 0.62 0.32 0.33
C3' 0.17 0.15 0.10 0.10 0.27 0.10 0.46 0.18 0.45 0.50 0.27 0.23 0.13 0.59 0.31 0.15 0.20 0.17 0.15 0.55 0.72 0.43 0.44
C4 0.11 0.20 0.10 0.14 0.18 0.13 0.25 0.13 0.27 0.24 0.24 0.24 0.16 0.27 0.17 0.15 0.22 0.15 0.10 0.31 0.45 0.27 0.23
C4' 0.28 0.23 0.18 0.15 0.39 0.20 0.56 0.28 0.55 0.56 0.37 0.25 0.24 0.65 0.41 0.21 0.15 0.29 0.25 0.63 0.81 0.55 0.53
C5 0.11 0.23 0.10 0.15 0.19 0.14 0.27 0.15 0.30 0.24 0.28 0.26 0.17 0.28 0.17 0.14 0.23 0.16 0.11 0.35 0.43 0.26 0.21
C5' 0.30 0.34 0.18 0.14 0.45 0.20 0.61 0.27 0.65 0.59 0.49 0.31 0.32 0.69 0.44 0.20 0.13 0.30 0.27 0.75 0.82 0.59 0.55
C6 0.10 0.23 0.09 0.15 0.16 0.18 0.22 0.19 0.27 0.17 0.26 0.27 0.17 0.22 0.12 0.12 0.25 0.19 0.14 0.30 0.35 0.20 0.17
C8 0.17 0.24 0.14 0.16 0.26 0.14 0.37 0.17 0.40 0.36 0.32 0.26 0.19 0.42 0.26 0.19 0.21 0.18 0.15 0.46 0.60 0.39 0.34
N1 0.10 0.21 0.10 0.15 0.12 0.20 0.16 0.22 0.20 0.11 0.22 0.25 0.16 0.14 0.09 0.12 0.26 0.21 0.18 0.23 0.30 0.17 0.17
N2 0.13 0.17 0.13 0.17 0.11 0.24 0.11 0.26 0.13 0.10 0.16 0.20 0.15 0.10 0.10 0.17 0.29 0.24 0.24 0.14 0.29 0.20 0.22
N3 0.09 0.18 0.09 0.14 0.13 0.13 0.17 0.13 0.20 0.16 0.19 0.22 0.15 0.18 0.11 0.12 0.24 0.14 0.10 0.22 0.37 0.20 0.17
N7 0.14 0.25 0.12 0.15 0.24 0.14 0.33 0.15 0.37 0.31 0.33 0.27 0.19 0.37 0.22 0.17 0.23 0.17 0.12 0.43 0.52 0.33 0.28
N9 0.16 0.20 0.13 0.16 0.23 0.14 0.32 0.17 0.33 0.33 0.27 0.24 0.16 0.37 0.24 0.19 0.20 0.17 0.14 0.38 0.58 0.36 0.33
O2' 0.21 0.32 0.23 0.23 0.16 0.24 0.24 0.28 0.26 0.36 0.28 0.42 0.26 0.36 0.21 0.29 0.29 0.22 0.16 0.31 0.69 0.32 0.38
O3' 0.21 0.15 0.12 0.11 0.31 0.12 0.51 0.24 0.50 0.59 0.29 0.22 0.13 0.69 0.36 0.16 0.25 0.23 0.21 0.62 0.80 0.49 0.52
O4' 0.30 0.24 0.21 0.20 0.40 0.24 0.51 0.30 0.49 0.52 0.36 0.22 0.25 0.57 0.41 0.25 0.20 0.31 0.29 0.54 0.78 0.55 0.52
O5' 0.27 0.17 0.23 0.20 0.28 0.25 0.44 0.30 0.48 0.46 0.35 0.25 0.13 0.53 0.32 0.35 0.21 0.29 0.22 0.60 0.79 0.48 0.49
O6 0.10 0.25 0.10 0.15 0.17 0.20 0.23 0.22 0.29 0.17 0.29 0.29 0.18 0.22 0.12 0.13 0.26 0.21 0.17 0.33 0.35 0.20 0.18
OP1 0.33 0.21 0.28 0.25 0.35 0.30 0.49 0.34 0.52 0.51 0.37 0.17 0.24 0.58 0.39 0.36 0.25 0.35 0.28 0.65 0.84 0.54 0.54
OP2 0.23 0.25 0.18 0.18 0.31 0.18 0.46 0.24 0.50 0.46 0.39 0.24 0.19 0.53 0.33 0.26 0.19 0.22 0.25 0.60 0.74 0.49 0.47
P 0.27 0.18 0.21 0.18 0.32 0.24 0.46 0.29 0.49 0.47 0.36 0.15 0.17 0.54 0.35 0.32 0.20 0.29 0.25 0.61 0.80 0.51 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.05 0.37 0.23 0.18
C2 0.04 0.00 0.14 0.13 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.10 0.05 0.11 0.04 0.45 0.33 0.24
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.07 0.08 0.07 0.11 0.17 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.07 0.08 0.38 0.18 0.17
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.16 0.15 0.15 0.13 0.11 0.17 0.10 0.02 0.01 0.03 0.14 0.18 0.17 0.17 0.11
C4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.04 0.12 0.04 0.45 0.28 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.02 0.01 0.02 0.08 0.15 0.10 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.15 0.02 0.06 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.11 0.09 0.04 0.15 0.03 0.47 0.28 0.23
C5' 0.03 0.05 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.04 0.11 0.05 0.06 0.08 0.03 0.02 0.11 0.10 0.04 0.02
C6 0.03 0.03 0.08 0.16 0.03 0.06 0.02 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.11 0.11 0.06 0.16 0.01 0.48 0.31 0.24
C8 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06 0.19 0.04 0.46 0.22 0.19
N1 0.03 0.01 0.11 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.13 0.03 0.47 0.32 0.25
N2 0.05 0.01 0.17 0.13 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.13 0.06 0.09 0.05 0.43 0.34 0.24
N3 0.04 0.01 0.13 0.11 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.09 0.05 0.10 0.05 0.43 0.31 0.23
N7 0.03 0.03 0.06 0.17 0.02 0.08 0.01 0.11 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.13 0.13 0.06 0.20 0.05 0.48 0.26 0.21
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.03 0.03 0.12 0.04 0.43 0.24 0.20
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.07 0.12 0.11 0.06 0.11 0.12 0.10 0.13 0.09 0.13 0.07 0.00 0.05 0.08 0.10 0.13 0.31 0.16 0.12
O3' 0.09 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.11 0.11 0.10 0.13 0.09 0.13 0.03 0.05 0.00 0.06 0.19 0.14 0.21 0.27 0.20
O4' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.06 0.00 0.11 0.08 0.29 0.26 0.19
O5' 0.07 0.11 0.07 0.14 0.12 0.02 0.15 0.02 0.16 0.19 0.13 0.09 0.10 0.20 0.12 0.10 0.19 0.11 0.00 0.19 0.04 0.03 0.01
O6 0.05 0.04 0.08 0.18 0.04 0.08 0.03 0.11 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.13 0.14 0.08 0.19 0.00 0.50 0.32 0.26
OP1 0.37 0.45 0.38 0.17 0.45 0.15 0.47 0.10 0.48 0.46 0.47 0.43 0.43 0.48 0.43 0.31 0.21 0.29 0.04 0.50 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.33 0.18 0.17 0.28 0.10 0.28 0.04 0.31 0.22 0.32 0.34 0.31 0.26 0.24 0.16 0.27 0.26 0.03 0.32 0.02 0.00 0.02
P 0.18 0.24 0.17 0.11 0.22 0.06 0.23 0.02 0.24 0.19 0.25 0.24 0.23 0.21 0.20 0.12 0.20 0.19 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00