ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51229

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 13, 3, 3, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.013 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.014, 0.039, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N2 A 0, -0.014, 0.028, 0.070, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.028 std_dev=0.042
O2' B 0, 0.139, 0.294, 0.448, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.294 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.082, 0.342, 0.602, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.342 std_dev=0.260
N9 B 0, 0.122, 0.406, 0.691, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.406 std_dev=0.285
C1' B 0, 0.078, 0.365, 0.652, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.365 std_dev=0.287
C4 B 0, 0.133, 0.429, 0.725, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.429 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.140, 0.492, 0.844, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.492 std_dev=0.352
O4' A 0, -0.215, 0.169, 0.554, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.169 std_dev=0.385
C8 B 0, 0.113, 0.500, 0.887, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.500 std_dev=0.387
N7 B 0, 0.135, 0.522, 0.909, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.522 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.052, 0.450, 0.849, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.450 std_dev=0.399
C2' A 0, -0.200, 0.207, 0.613, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.207 std_dev=0.406
C3' B 0, -0.004, 0.454, 0.911, 2.342 max_d=2.342 avg_d=0.454 std_dev=0.457
C6 B 0, 0.106, 0.582, 1.058, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.582 std_dev=0.476
O4' B 0, -0.043, 0.434, 0.911, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.434 std_dev=0.477
C4' A 0, -0.192, 0.309, 0.811, 2.784 max_d=2.784 avg_d=0.309 std_dev=0.502
O3' B 0, -0.065, 0.471, 1.008, 2.882 max_d=2.882 avg_d=0.471 std_dev=0.536
O6 B 0, 0.118, 0.657, 1.195, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.657 std_dev=0.538
C4' B 0, -0.078, 0.471, 1.019, 2.914 max_d=2.914 avg_d=0.471 std_dev=0.549
C3' A 0, -0.267, 0.310, 0.886, 3.145 max_d=3.145 avg_d=0.310 std_dev=0.577
C2 B 0, -0.041, 0.546, 1.134, 3.257 max_d=3.257 avg_d=0.546 std_dev=0.587
O2' A 0, -0.232, 0.376, 0.983, 3.412 max_d=3.412 avg_d=0.376 std_dev=0.607
N1 B 0, -0.013, 0.603, 1.220, 3.266 max_d=3.266 avg_d=0.603 std_dev=0.617
O3' A 0, -0.256, 0.435, 1.125, 3.655 max_d=3.655 avg_d=0.435 std_dev=0.691
O5' B 0, -0.096, 0.660, 1.417, 3.818 max_d=3.818 avg_d=0.660 std_dev=0.756
C5' B 0, -0.173, 0.606, 1.384, 4.139 max_d=4.139 avg_d=0.606 std_dev=0.779
N2 B 0, -0.177, 0.626, 1.430, 4.570 max_d=4.570 avg_d=0.626 std_dev=0.803
OP2 B 0, -0.097, 0.782, 1.660, 4.487 max_d=4.487 avg_d=0.782 std_dev=0.878
P B 0, -0.186, 0.756, 1.698, 4.918 max_d=4.918 avg_d=0.756 std_dev=0.942
C5' A 0, -0.414, 0.580, 1.574, 5.565 max_d=5.565 avg_d=0.580 std_dev=0.994
OP1 B 0, -0.287, 0.819, 1.925, 5.880 max_d=5.880 avg_d=0.819 std_dev=1.106
O5' A 0, -0.488, 0.896, 2.279, 7.506 max_d=7.506 avg_d=0.896 std_dev=1.383
P A 0, -0.933, 0.900, 2.732, 10.371 max_d=10.371 avg_d=0.900 std_dev=1.833
OP2 A 0, -0.605, 1.369, 3.342, 11.319 max_d=11.319 avg_d=1.369 std_dev=1.973
OP1 A 0, -0.680, 1.324, 3.327, 11.481 max_d=11.481 avg_d=1.324 std_dev=2.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.16 0.00 0.18 0.02 0.35 0.48 0.15
C2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.24 0.01 0.53 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.11 0.18 0.57 0.03 0.81 0.66 0.63
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.04 0.08 0.07 0.13 0.10 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.04 0.40 0.37 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.11 0.24 0.07 0.15 0.11 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.27 0.15 0.35 0.32 0.19
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.10 0.38 0.01 0.43 0.59 0.29
C4' 0.00 0.24 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.20 0.16 0.30 0.23 0.16 0.05 0.13 0.01 0.00 0.02 0.07 0.38 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.49 0.01 0.39 0.78 0.39
C5' 0.05 0.53 0.11 0.01 0.25 0.00 0.15 0.00 0.23 0.27 0.40 0.67 0.50 0.22 0.08 0.04 0.09 0.01 0.01 0.20 0.21 0.32 0.01
C6 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.08 0.51 0.01 0.50 0.75 0.41
C8 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.15 0.11 0.67 0.02 0.47 1.00 0.62
N1 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.16 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.13 0.52 0.02 0.68 0.65 0.51
N2 0.05 0.00 0.13 0.15 0.01 0.30 0.01 0.67 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.16 0.20 0.71 0.04 1.04 0.82 0.87
N3 0.03 0.01 0.10 0.11 0.00 0.23 0.01 0.50 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.11 0.18 0.50 0.03 0.70 0.58 0.52
N7 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.15 0.07 0.67 0.02 0.48 1.04 0.62
N9 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.37 0.02 0.31 0.65 0.28
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.08 0.13 0.11 0.04 0.12 0.13 0.11 0.17 0.12 0.14 0.08 0.00 0.03 0.11 0.05 0.13 0.48 0.30 0.10
O3' 0.16 0.11 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.09 0.08 0.15 0.08 0.16 0.11 0.15 0.07 0.03 0.00 0.12 0.23 0.12 0.40 0.22 0.17
O4' 0.00 0.18 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.11 0.13 0.20 0.18 0.07 0.01 0.11 0.12 0.00 0.22 0.07 0.37 0.50 0.22
O5' 0.18 0.57 0.21 0.27 0.38 0.02 0.49 0.01 0.51 0.67 0.52 0.71 0.50 0.67 0.37 0.05 0.23 0.22 0.00 0.57 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.13 0.12 0.07 0.57 0.00 0.52 0.85 0.48
OP1 0.35 0.81 0.40 0.35 0.43 0.38 0.39 0.21 0.50 0.47 0.68 1.04 0.70 0.48 0.31 0.48 0.40 0.37 0.03 0.52 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.66 0.37 0.32 0.59 0.31 0.78 0.32 0.75 1.00 0.65 0.82 0.58 1.04 0.65 0.30 0.22 0.50 0.02 0.85 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.63 0.17 0.19 0.29 0.07 0.39 0.01 0.41 0.62 0.51 0.87 0.52 0.62 0.28 0.10 0.17 0.22 0.01 0.48 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.27 0.12 0.17 0.17 0.11 0.16 0.12 0.19 0.13 0.24 0.34 0.23 0.14 0.13 0.10 0.24 0.13 0.13 0.19 0.16 0.14 0.14
C2 0.10 0.11 0.14 0.14 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.11 0.14 0.15 0.10 0.10 0.11 0.20 0.16 0.12
C2' 0.24 0.14 0.26 0.28 0.20 0.26 0.21 0.27 0.18 0.26 0.15 0.15 0.15 0.25 0.24 0.26 0.29 0.25 0.26 0.20 0.28 0.28 0.27
C3' 0.48 0.27 0.55 0.60 0.43 0.53 0.47 0.57 0.42 0.57 0.32 0.18 0.32 0.55 0.51 0.46 0.61 0.49 0.58 0.44 0.62 0.64 0.62
C4 0.09 0.14 0.11 0.12 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.14 0.17 0.12 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.08
C4' 0.44 0.21 0.57 0.72 0.30 0.63 0.34 0.69 0.27 0.51 0.22 0.33 0.19 0.46 0.42 0.50 0.83 0.49 0.68 0.29 0.80 0.74 0.74
C5 0.10 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.16 0.11 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.10 0.11 0.19 0.13 0.11
C5' 0.83 0.33 0.98 1.19 0.61 1.10 0.65 1.18 0.52 0.89 0.37 0.29 0.42 0.81 0.79 0.89 1.34 0.92 1.16 0.54 1.31 1.22 1.24
C6 0.12 0.13 0.14 0.15 0.10 0.15 0.10 0.18 0.10 0.12 0.12 0.17 0.11 0.11 0.11 0.15 0.15 0.14 0.14 0.10 0.26 0.20 0.18
C8 0.12 0.20 0.12 0.13 0.14 0.09 0.14 0.10 0.17 0.12 0.20 0.24 0.17 0.12 0.12 0.11 0.18 0.13 0.09 0.17 0.14 0.11 0.09
N1 0.12 0.13 0.16 0.17 0.11 0.16 0.11 0.18 0.11 0.14 0.12 0.16 0.11 0.13 0.12 0.16 0.19 0.13 0.15 0.11 0.27 0.21 0.18
N2 0.13 0.14 0.18 0.18 0.14 0.12 0.15 0.12 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.14 0.16 0.24 0.12 0.12 0.15 0.22 0.20 0.14
N3 0.07 0.12 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.12 0.15 0.10 0.09 0.08 0.10 0.13 0.08 0.08 0.10 0.12 0.10 0.08
N7 0.11 0.16 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.16 0.20 0.14 0.11 0.11 0.12 0.15 0.13 0.09 0.14 0.17 0.12 0.10
N9 0.11 0.19 0.12 0.14 0.13 0.08 0.13 0.09 0.15 0.11 0.18 0.23 0.17 0.11 0.11 0.10 0.19 0.11 0.09 0.15 0.13 0.11 0.10
O2' 0.15 0.14 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.13 0.18 0.13 0.12 0.13 0.19 0.11 0.16 0.11 0.12 0.13 0.10 0.10
O3' 0.39 0.23 0.42 0.46 0.36 0.42 0.40 0.45 0.35 0.48 0.27 0.18 0.27 0.47 0.42 0.37 0.46 0.40 0.45 0.37 0.50 0.51 0.49
O4' 0.20 0.35 0.31 0.44 0.20 0.35 0.21 0.40 0.24 0.24 0.32 0.48 0.27 0.23 0.20 0.27 0.58 0.23 0.39 0.24 0.50 0.43 0.44
O5' 0.99 0.42 1.18 1.44 0.78 1.29 0.84 1.39 0.70 1.12 0.51 0.32 0.54 1.04 0.98 1.00 1.58 1.09 1.42 0.73 1.58 1.53 1.51
O6 0.13 0.14 0.16 0.17 0.10 0.19 0.10 0.22 0.11 0.14 0.13 0.20 0.12 0.12 0.12 0.16 0.18 0.16 0.19 0.11 0.32 0.24 0.23
OP1 1.22 0.65 1.37 1.78 0.95 1.69 1.02 1.90 0.86 1.37 0.70 0.63 0.72 1.26 1.19 1.19 2.01 1.41 1.90 0.90 2.24 2.05 2.07
OP2 1.37 0.72 1.49 1.87 1.19 1.72 1.33 1.92 1.14 1.67 0.85 0.43 0.87 1.60 1.44 1.16 1.91 1.51 2.04 1.21 2.27 2.28 2.21
P 1.23 0.48 1.40 1.79 0.95 1.64 1.04 1.82 0.85 1.40 0.58 0.26 0.65 1.30 1.22 1.15 1.98 1.39 1.85 0.89 2.08 1.99 1.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.08 0.06 0.04
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.04 0.10 0.02 0.12 0.13 0.11
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.09 0.11 0.10 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.10 0.08 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.06 0.12 0.12 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.11 0.10 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.10 0.02 0.11 0.10 0.09
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.13 0.13 0.12
C5' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.12 0.07 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.16 0.14
C8 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.12 0.02 0.11 0.09 0.10
N1 0.04 0.00 0.09 0.12 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.14 0.03 0.12 0.02 0.14 0.15 0.13
N2 0.05 0.01 0.11 0.12 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.05 0.10 0.02 0.12 0.13 0.10
N3 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.12 0.04 0.09 0.02 0.11 0.11 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.14 0.02 0.13 0.13 0.13
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.07
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.12 0.09 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.11 0.08 0.04
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.12 0.06 0.14 0.15 0.12 0.08 0.05 0.04 0.00 0.03 0.09 0.12 0.14 0.13 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.09 0.06
O5' 0.04 0.10 0.04 0.06 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.12 0.10 0.09 0.14 0.08 0.03 0.09 0.07 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.10 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.12 0.02 0.14 0.00 0.16 0.18 0.15
OP1 0.08 0.12 0.10 0.11 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.11 0.14 0.12 0.11 0.13 0.09 0.11 0.14 0.08 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.13 0.08 0.10 0.10 0.05 0.13 0.02 0.16 0.09 0.15 0.13 0.11 0.13 0.07 0.08 0.13 0.09 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.11 0.04 0.05 0.09 0.02 0.12 0.02 0.14 0.10 0.13 0.10 0.09 0.13 0.07 0.04 0.08 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00