ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51231

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 2, 4, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.014 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.001, 0.018, 0.034, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, -0.002, 0.017, 0.035, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.026 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.031 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.040, 0.138, 0.236, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.138 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.038, 0.151, 0.264, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.151 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.064, 0.187, 0.310, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.187 std_dev=0.123
C3' A 0, 0.059, 0.228, 0.396, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.228 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.035, 0.210, 0.385, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.210 std_dev=0.175
O2' B 0, 0.176, 0.381, 0.585, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.381 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.160, 0.400, 0.639, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.400 std_dev=0.240
C5' A 0, 0.105, 0.353, 0.600, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.353 std_dev=0.248
O3' A 0, 0.080, 0.329, 0.578, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.329 std_dev=0.249
O5' A 0, 0.076, 0.442, 0.808, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.442 std_dev=0.366
P A 0, 0.044, 0.531, 1.019, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.531 std_dev=0.488
C3' B 0, -0.028, 0.500, 1.028, 2.364 max_d=2.364 avg_d=0.500 std_dev=0.528
OP1 A 0, 0.008, 0.607, 1.206, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.607 std_dev=0.599
OP2 A 0, 0.010, 0.613, 1.216, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.613 std_dev=0.603
C1' B 0, -0.126, 0.585, 1.295, 2.788 max_d=2.788 avg_d=0.585 std_dev=0.710
O3' B 0, -0.235, 0.591, 1.417, 3.574 max_d=3.574 avg_d=0.591 std_dev=0.826
N9 B 0, -0.244, 0.675, 1.594, 3.569 max_d=3.569 avg_d=0.675 std_dev=0.919
C4' B 0, -0.338, 0.621, 1.579, 3.861 max_d=3.861 avg_d=0.621 std_dev=0.959
O4' B 0, -0.362, 0.661, 1.683, 3.955 max_d=3.955 avg_d=0.661 std_dev=1.023
C8 B 0, -0.378, 0.705, 1.788, 4.140 max_d=4.140 avg_d=0.705 std_dev=1.083
C4 B 0, -0.327, 0.831, 1.988, 4.511 max_d=4.511 avg_d=0.831 std_dev=1.157
N7 B 0, -0.443, 0.808, 2.060, 4.791 max_d=4.791 avg_d=0.808 std_dev=1.251
N3 B 0, -0.359, 0.964, 2.287, 5.214 max_d=5.214 avg_d=0.964 std_dev=1.323
C5 B 0, -0.449, 0.894, 2.237, 5.159 max_d=5.159 avg_d=0.894 std_dev=1.343
O5' B 0, -0.591, 0.770, 2.130, 5.663 max_d=5.663 avg_d=0.770 std_dev=1.361
C5' B 0, -0.698, 0.776, 2.250, 5.822 max_d=5.822 avg_d=0.776 std_dev=1.474
OP2 B 0, -0.695, 0.959, 2.614, 6.582 max_d=6.582 avg_d=0.959 std_dev=1.655
C6 B 0, -0.618, 1.095, 2.807, 6.529 max_d=6.529 avg_d=1.095 std_dev=1.712
C2 B 0, -0.567, 1.171, 2.908, 6.750 max_d=6.750 avg_d=1.171 std_dev=1.737
P B 0, -0.852, 0.929, 2.711, 6.614 max_d=6.614 avg_d=0.929 std_dev=1.781
N1 B 0, -0.682, 1.225, 3.132, 7.309 max_d=7.309 avg_d=1.225 std_dev=1.907
O6 B 0, -0.729, 1.196, 3.121, 7.292 max_d=7.292 avg_d=1.196 std_dev=1.925
N2 B 0, -0.699, 1.360, 3.419, 8.011 max_d=8.011 avg_d=1.360 std_dev=2.059
OP1 B 0, -1.060, 1.006, 3.072, 7.525 max_d=7.525 avg_d=1.006 std_dev=2.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.02 0.13 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.25 0.01 0.27 0.36 0.26
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.16 0.05 0.21 0.18 0.15
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.22 0.08 0.28 0.18 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.25 0.01 0.27 0.33 0.25
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.12 0.12 0.02
C5 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.32 0.01 0.35 0.43 0.34
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.08 0.05 0.05 0.11 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.11 0.12 0.20 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.33 0.00 0.37 0.47 0.36
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.31 0.01 0.31 0.35 0.30
N1 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.09 0.03 0.30 0.01 0.33 0.44 0.32
N2 0.04 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.10 0.05 0.23 0.01 0.25 0.34 0.24
N3 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.04 0.22 0.01 0.23 0.30 0.21
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.03 0.35 0.02 0.38 0.46 0.37
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.23 0.01 0.23 0.26 0.21
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05 0.16 0.13 0.07
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.05 0.04 0.00 0.01 0.19 0.11 0.30 0.18 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.03 0.11 0.13 0.08
O5' 0.10 0.25 0.16 0.22 0.25 0.01 0.32 0.01 0.33 0.31 0.30 0.23 0.22 0.35 0.23 0.07 0.19 0.07 0.00 0.35 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.11 0.03 0.35 0.00 0.42 0.53 0.40
OP1 0.13 0.27 0.21 0.28 0.27 0.12 0.35 0.12 0.37 0.31 0.33 0.25 0.23 0.38 0.23 0.16 0.30 0.11 0.02 0.42 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.36 0.18 0.18 0.33 0.12 0.43 0.20 0.47 0.35 0.44 0.34 0.30 0.46 0.26 0.13 0.18 0.13 0.02 0.53 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.26 0.15 0.21 0.25 0.02 0.34 0.01 0.36 0.30 0.32 0.24 0.21 0.37 0.21 0.07 0.20 0.08 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.52 0.19 0.20 0.43 0.26 0.94 0.34 1.28 0.21 0.67 0.15 0.36 0.12 0.57 0.48 0.09 0.23 0.93 1.07 0.24 1.39 0.96 1.22
C2 0.19 0.45 0.14 0.38 0.17 0.58 0.15 0.73 0.25 0.22 0.40 0.61 0.34 0.15 0.13 0.09 0.46 0.44 0.60 0.24 0.82 0.41 0.63
C2' 0.51 0.11 0.13 0.24 0.31 0.79 0.39 1.07 0.28 0.65 0.14 0.19 0.13 0.58 0.49 0.12 0.19 0.89 0.86 0.32 1.05 0.73 0.97
C3' 0.50 0.13 0.11 0.17 0.35 0.68 0.44 0.94 0.35 0.67 0.20 0.14 0.17 0.62 0.51 0.14 0.30 0.85 0.77 0.40 0.97 0.70 0.91
C4 0.34 0.35 0.16 0.40 0.11 0.76 0.14 0.99 0.14 0.41 0.28 0.53 0.23 0.32 0.27 0.09 0.36 0.67 0.82 0.14 1.11 0.66 0.91
C4' 0.56 0.13 0.16 0.29 0.38 0.84 0.48 1.19 0.36 0.77 0.19 0.21 0.17 0.71 0.57 0.11 0.14 0.96 1.02 0.42 1.35 1.01 1.23
C5 0.29 0.40 0.15 0.38 0.11 0.69 0.12 0.90 0.18 0.36 0.34 0.60 0.27 0.26 0.22 0.09 0.37 0.59 0.75 0.17 1.07 0.61 0.85
C5' 0.54 0.12 0.14 0.26 0.38 0.79 0.49 1.13 0.38 0.77 0.19 0.20 0.16 0.72 0.56 0.10 0.16 0.92 0.98 0.44 1.34 1.01 1.21
C6 0.20 0.48 0.14 0.36 0.16 0.58 0.14 0.75 0.26 0.24 0.42 0.66 0.34 0.16 0.14 0.10 0.42 0.46 0.63 0.26 0.93 0.47 0.70
C8 0.41 0.30 0.17 0.40 0.15 0.81 0.21 1.10 0.13 0.53 0.23 0.50 0.18 0.43 0.36 0.09 0.29 0.77 0.93 0.14 1.29 0.83 1.08
N1 0.15 0.50 0.14 0.36 0.21 0.52 0.18 0.66 0.31 0.18 0.45 0.67 0.38 0.12 0.11 0.10 0.45 0.38 0.56 0.30 0.81 0.38 0.60
N2 0.13 0.50 0.13 0.36 0.24 0.47 0.22 0.57 0.32 0.14 0.45 0.63 0.40 0.12 0.12 0.10 0.50 0.30 0.48 0.31 0.64 0.27 0.47
N3 0.30 0.36 0.16 0.41 0.11 0.73 0.13 0.92 0.16 0.36 0.30 0.53 0.25 0.26 0.23 0.08 0.40 0.62 0.76 0.15 0.98 0.57 0.81
N7 0.34 0.37 0.16 0.38 0.11 0.73 0.14 0.98 0.15 0.43 0.30 0.57 0.24 0.33 0.28 0.09 0.33 0.67 0.83 0.14 1.19 0.72 0.96
N9 0.43 0.27 0.17 0.41 0.17 0.84 0.23 1.13 0.13 0.54 0.21 0.47 0.16 0.44 0.37 0.08 0.29 0.80 0.94 0.15 1.27 0.82 1.07
O2' 0.58 0.14 0.15 0.25 0.38 0.88 0.46 1.23 0.35 0.75 0.20 0.16 0.19 0.67 0.57 0.14 0.22 1.00 0.98 0.39 1.12 0.84 1.09
O3' 0.52 0.25 0.13 0.13 0.44 0.54 0.53 0.76 0.47 0.70 0.34 0.16 0.28 0.68 0.55 0.19 0.51 0.83 0.61 0.53 0.70 0.56 0.72
O4' 0.56 0.17 0.21 0.43 0.31 0.96 0.40 1.33 0.27 0.74 0.15 0.34 0.13 0.65 0.54 0.09 0.21 0.97 1.15 0.31 1.54 1.11 1.36
O5' 0.65 0.10 0.24 0.37 0.42 0.91 0.50 1.21 0.37 0.80 0.18 0.13 0.20 0.72 0.62 0.18 0.13 1.04 1.01 0.41 1.31 0.99 1.20
O6 0.17 0.51 0.14 0.35 0.19 0.53 0.17 0.70 0.30 0.20 0.47 0.70 0.37 0.13 0.12 0.11 0.43 0.40 0.59 0.30 0.90 0.44 0.66
OP1 0.69 0.21 0.25 0.31 0.50 0.86 0.58 1.13 0.46 0.85 0.29 0.14 0.30 0.79 0.68 0.22 0.16 1.06 0.94 0.51 1.23 0.98 1.15
OP2 0.67 0.17 0.29 0.40 0.45 0.88 0.51 1.13 0.38 0.79 0.22 0.14 0.26 0.71 0.63 0.24 0.21 1.01 0.96 0.41 1.22 0.90 1.11
P 0.65 0.10 0.23 0.35 0.41 0.89 0.49 1.18 0.36 0.80 0.17 0.14 0.20 0.72 0.62 0.17 0.12 1.03 0.99 0.40 1.31 0.99 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.29 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.12 0.01 0.15 0.24 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.14 0.22 0.08
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.18 0.17 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.14 0.01 0.14 0.26 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.14 0.20 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.17 0.01 0.18 0.24 0.09
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.08 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.18 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.17 0.00 0.20 0.21 0.09
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.19 0.01 0.15 0.28 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.15 0.00 0.18 0.22 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.11 0.01 0.14 0.24 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.11 0.01 0.12 0.26 0.08
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.20 0.01 0.19 0.24 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.11 0.28 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.18 0.22 0.08
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.07 0.03 0.05 0.00 0.01 0.05 0.05 0.27 0.18 0.15
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.33 0.10
O5' 0.08 0.12 0.05 0.03 0.14 0.02 0.17 0.01 0.17 0.19 0.15 0.11 0.11 0.20 0.14 0.05 0.05 0.06 0.00 0.19 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.19 0.00 0.22 0.19 0.10
OP1 0.08 0.15 0.14 0.18 0.14 0.14 0.18 0.18 0.20 0.15 0.18 0.14 0.12 0.19 0.11 0.18 0.27 0.05 0.02 0.22 0.00 0.04 0.01
OP2 0.29 0.24 0.22 0.17 0.26 0.20 0.24 0.12 0.21 0.28 0.22 0.24 0.26 0.24 0.28 0.22 0.18 0.33 0.02 0.19 0.04 0.00 0.01
P 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.05 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.15 0.10 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00