ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51233

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 5, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.024, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.014, 0.028, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.025, 0.045, 0.065, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.020, 0.044, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.022, 0.048, 0.075, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.048 std_dev=0.026
O2' B 0, 0.225, 0.435, 0.646, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.435 std_dev=0.210
O4' A 0, -0.131, 0.114, 0.359, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.114 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.144, 0.398, 0.652, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.398 std_dev=0.254
C2' A 0, -0.091, 0.171, 0.433, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.171 std_dev=0.262
C3' B 0, 0.079, 0.456, 0.833, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.456 std_dev=0.377
O3' B 0, 0.160, 0.539, 0.918, 1.787 max_d=1.787 avg_d=0.539 std_dev=0.379
O2' A 0, -0.125, 0.268, 0.661, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.268 std_dev=0.393
C4' A 0, -0.183, 0.212, 0.606, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.212 std_dev=0.395
C3' A 0, -0.146, 0.261, 0.667, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.261 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.058, 0.480, 0.903, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.480 std_dev=0.423
P A 0, -0.111, 0.371, 0.854, 2.279 max_d=2.279 avg_d=0.371 std_dev=0.482
O5' A 0, -0.169, 0.315, 0.799, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.315 std_dev=0.484
C5' A 0, -0.221, 0.295, 0.812, 2.418 max_d=2.418 avg_d=0.295 std_dev=0.516
O3' A 0, -0.186, 0.398, 0.983, 2.805 max_d=2.805 avg_d=0.398 std_dev=0.585
O4' B 0, 0.009, 0.616, 1.223, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.616 std_dev=0.607
C4' B 0, -0.047, 0.588, 1.224, 2.927 max_d=2.927 avg_d=0.588 std_dev=0.636
N9 B 0, -0.190, 0.510, 1.210, 3.245 max_d=3.245 avg_d=0.510 std_dev=0.700
OP2 A 0, -0.234, 0.475, 1.183, 2.982 max_d=2.982 avg_d=0.475 std_dev=0.708
OP1 A 0, -0.248, 0.565, 1.378, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.565 std_dev=0.813
O5' B 0, 0.223, 1.069, 1.914, 3.622 max_d=3.622 avg_d=1.069 std_dev=0.846
C4 B 0, -0.414, 0.500, 1.413, 4.297 max_d=4.297 avg_d=0.500 std_dev=0.913
C5' B 0, -0.190, 0.767, 1.724, 3.855 max_d=3.855 avg_d=0.767 std_dev=0.957
C8 B 0, -0.320, 0.646, 1.611, 4.126 max_d=4.126 avg_d=0.646 std_dev=0.965
N3 B 0, -0.420, 0.581, 1.582, 4.584 max_d=4.584 avg_d=0.581 std_dev=1.001
C5 B 0, -0.563, 0.592, 1.748, 5.395 max_d=5.395 avg_d=0.592 std_dev=1.155
N7 B 0, -0.493, 0.707, 1.907, 5.317 max_d=5.317 avg_d=0.707 std_dev=1.200
C2 B 0, -0.634, 0.677, 1.988, 5.922 max_d=5.922 avg_d=0.677 std_dev=1.311
P B 0, -0.423, 0.927, 2.276, 5.107 max_d=5.107 avg_d=0.927 std_dev=1.349
C6 B 0, -0.790, 0.640, 2.069, 6.657 max_d=6.657 avg_d=0.640 std_dev=1.430
N1 B 0, -0.792, 0.677, 2.146, 6.789 max_d=6.789 avg_d=0.677 std_dev=1.469
OP1 B 0, -0.394, 1.123, 2.639, 6.370 max_d=6.370 avg_d=1.123 std_dev=1.517
N2 B 0, -0.724, 0.841, 2.407, 6.697 max_d=6.697 avg_d=0.841 std_dev=1.566
OP2 B 0, -0.098, 1.560, 3.219, 7.562 max_d=7.562 avg_d=1.560 std_dev=1.658
O6 B 0, -0.899, 0.768, 2.435, 7.746 max_d=7.746 avg_d=0.768 std_dev=1.667

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.10 0.01 0.35 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.18 0.18 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.15 0.01 0.47 0.26 0.04
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.10 0.07 0.10 0.14 0.22 0.18 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.25 0.05 0.31 0.33 0.25
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.20 0.13 0.20 0.17 0.15 0.17 0.12 0.02 0.01 0.02 0.17 0.21 0.09 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.09 0.16 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.04 0.14 0.01 0.48 0.23 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.17 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.04 0.18 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.02 0.17 0.01 0.55 0.30 0.05
C5' 0.04 0.07 0.10 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.11 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.04 0.18 0.01 0.56 0.33 0.06
C8 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.04 0.15 0.01 0.55 0.24 0.06
N1 0.01 0.00 0.14 0.20 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.06 0.17 0.01 0.52 0.31 0.05
N2 0.02 0.00 0.22 0.17 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.09 0.14 0.01 0.44 0.25 0.05
N3 0.01 0.01 0.18 0.15 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.07 0.13 0.01 0.43 0.21 0.04
N7 0.00 0.01 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.10 0.02 0.17 0.01 0.60 0.31 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.13 0.01 0.46 0.19 0.06
O2' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.17 0.15 0.08 0.14 0.18 0.09 0.07 0.04 0.19 0.10 0.00 0.06 0.12 0.15 0.17 0.23 0.30 0.18
O3' 0.16 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.11 0.07 0.07 0.04 0.08 0.07 0.10 0.05 0.06 0.00 0.10 0.19 0.10 0.22 0.25 0.19
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.12 0.10 0.00 0.04 0.03 0.31 0.06 0.09
O5' 0.10 0.15 0.25 0.17 0.14 0.01 0.17 0.01 0.18 0.15 0.17 0.14 0.13 0.17 0.13 0.15 0.19 0.04 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.03 0.19 0.00 0.59 0.37 0.07
OP1 0.35 0.47 0.31 0.09 0.48 0.11 0.55 0.04 0.56 0.55 0.52 0.44 0.43 0.60 0.46 0.23 0.22 0.31 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.26 0.33 0.21 0.23 0.02 0.30 0.02 0.33 0.24 0.31 0.25 0.21 0.31 0.19 0.30 0.25 0.06 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.04 0.25 0.10 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.18 0.19 0.09 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 1.08 0.20 0.13 0.77 0.13 0.86 0.10 1.03 0.62 1.12 1.22 0.88 0.77 0.57 0.26 0.30 0.28 0.15 1.08 0.32 0.40 0.17
C2 0.29 0.57 0.23 0.13 0.56 0.19 0.75 0.28 0.79 0.72 0.68 0.59 0.48 0.83 0.51 0.11 0.31 0.28 0.36 0.86 0.63 0.67 0.41
C2' 0.13 0.96 0.23 0.39 0.59 0.30 0.68 0.31 0.87 0.41 0.99 1.16 0.73 0.56 0.36 0.34 0.50 0.15 0.32 0.92 0.37 0.40 0.30
C3' 0.18 0.84 0.20 0.25 0.55 0.24 0.63 0.24 0.79 0.42 0.88 0.99 0.66 0.55 0.37 0.35 0.35 0.18 0.23 0.84 0.28 0.38 0.21
C4 0.35 0.97 0.22 0.10 0.76 0.14 0.92 0.18 1.07 0.74 1.08 1.01 0.77 0.90 0.60 0.19 0.31 0.31 0.26 1.15 0.53 0.55 0.32
C4' 0.25 0.96 0.18 0.20 0.65 0.21 0.75 0.21 0.92 0.49 1.02 1.11 0.76 0.65 0.45 0.31 0.32 0.20 0.21 0.99 0.23 0.43 0.20
C5 0.35 0.98 0.23 0.10 0.78 0.17 1.00 0.24 1.18 0.81 1.16 1.01 0.75 1.00 0.62 0.16 0.32 0.34 0.33 1.31 0.64 0.68 0.42
C5' 0.26 1.01 0.20 0.20 0.70 0.21 0.82 0.21 1.02 0.55 1.11 1.16 0.78 0.73 0.49 0.34 0.32 0.19 0.19 1.11 0.25 0.41 0.18
C6 0.33 0.79 0.23 0.12 0.69 0.21 0.97 0.32 1.12 0.84 1.01 0.82 0.60 1.03 0.59 0.12 0.31 0.34 0.43 1.28 0.75 0.84 0.53
C8 0.38 1.16 0.23 0.10 0.85 0.14 1.03 0.15 1.24 0.78 1.30 1.28 0.89 0.97 0.65 0.22 0.31 0.34 0.22 1.35 0.51 0.53 0.29
N1 0.30 0.59 0.23 0.13 0.58 0.22 0.84 0.34 0.91 0.80 0.76 0.66 0.47 0.95 0.54 0.10 0.31 0.31 0.45 1.04 0.75 0.84 0.53
N2 0.24 0.32 0.22 0.16 0.35 0.21 0.52 0.31 0.49 0.64 0.36 0.43 0.27 0.68 0.40 0.10 0.30 0.26 0.39 0.57 0.64 0.68 0.42
N3 0.32 0.77 0.22 0.11 0.66 0.14 0.79 0.19 0.87 0.67 0.85 0.78 0.65 0.79 0.54 0.17 0.31 0.27 0.25 0.93 0.51 0.52 0.29
N7 0.37 1.10 0.23 0.09 0.83 0.16 1.05 0.21 1.27 0.83 1.29 1.17 0.83 1.04 0.65 0.18 0.32 0.35 0.30 1.42 0.61 0.65 0.39
N9 0.36 1.10 0.22 0.11 0.81 0.13 0.94 0.13 1.12 0.71 1.19 1.21 0.87 0.88 0.61 0.23 0.31 0.31 0.19 1.20 0.45 0.47 0.24
O2' 0.31 1.23 0.19 0.32 0.82 0.20 0.87 0.23 1.06 0.53 1.21 1.42 1.01 0.70 0.55 0.31 0.42 0.23 0.29 1.09 0.29 0.44 0.27
O3' 0.31 0.84 0.26 0.12 0.62 0.22 0.67 0.21 0.79 0.46 0.86 0.95 0.71 0.58 0.46 0.45 0.21 0.26 0.18 0.83 0.18 0.40 0.16
O4' 0.36 1.07 0.23 0.11 0.77 0.14 0.88 0.10 1.05 0.63 1.13 1.20 0.87 0.79 0.58 0.31 0.27 0.28 0.15 1.12 0.30 0.42 0.16
O5' 0.35 1.15 0.17 0.20 0.78 0.26 0.90 0.18 1.12 0.59 1.23 1.34 0.90 0.78 0.55 0.26 0.38 0.34 0.16 1.21 0.20 0.45 0.14
O6 0.33 0.73 0.24 0.12 0.66 0.23 0.98 0.37 1.14 0.88 0.98 0.81 0.56 1.08 0.59 0.11 0.31 0.36 0.49 1.37 0.84 0.95 0.62
OP1 0.38 1.10 0.42 0.25 0.83 0.17 1.02 0.22 1.22 0.81 1.25 1.24 0.85 1.00 0.66 0.54 0.26 0.27 0.32 1.36 0.59 0.40 0.38
OP2 0.46 1.31 0.21 0.20 0.91 0.30 1.04 0.18 1.30 0.70 1.42 1.52 1.04 0.91 0.66 0.24 0.42 0.46 0.17 1.42 0.25 0.53 0.18
P 0.33 1.15 0.20 0.16 0.80 0.20 0.95 0.12 1.18 0.66 1.27 1.32 0.88 0.86 0.58 0.30 0.33 0.31 0.13 1.30 0.31 0.42 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.14 0.02 0.31 0.27 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.09 0.22 0.01 0.43 0.47 0.11
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.10 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.04 0.18 0.25 0.12
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.15 0.26 0.11
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.05 0.23 0.01 0.43 0.45 0.10
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.25 0.19 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.28 0.01 0.48 0.53 0.13
C5' 0.03 0.08 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.09 0.25 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.28 0.00 0.50 0.57 0.14
C8 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 0.28 0.01 0.45 0.47 0.10
N1 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.07 0.26 0.00 0.47 0.54 0.13
N2 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.08 0.10 0.20 0.01 0.42 0.46 0.11
N3 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.08 0.08 0.20 0.01 0.40 0.42 0.09
N7 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.02 0.30 0.01 0.50 0.55 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.22 0.01 0.40 0.39 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.09 0.11 0.19 0.14 0.07 0.03 0.00 0.07 0.01 0.09 0.06 0.17 0.30 0.16
O3' 0.07 0.08 0.04 0.00 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.00 0.05 0.10 0.09 0.16 0.27 0.10
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.04 0.38 0.29 0.09
O5' 0.14 0.22 0.08 0.10 0.23 0.02 0.28 0.01 0.28 0.28 0.26 0.20 0.20 0.30 0.22 0.09 0.10 0.14 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.30 0.00 0.52 0.62 0.16
OP1 0.31 0.43 0.18 0.15 0.43 0.25 0.48 0.25 0.50 0.45 0.47 0.42 0.40 0.50 0.40 0.17 0.16 0.38 0.02 0.52 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.47 0.25 0.26 0.45 0.19 0.53 0.18 0.57 0.47 0.54 0.46 0.42 0.55 0.39 0.30 0.27 0.29 0.02 0.62 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.12 0.11 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.10 0.13 0.11 0.09 0.13 0.08 0.16 0.10 0.09 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00