ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51234

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 5, 6, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.025, 0.049, 0.073, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.049 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.038 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C2' A 0, -0.004, 0.127, 0.258, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.127 std_dev=0.131
O4' A 0, 0.017, 0.149, 0.280, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.149 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.082, 0.227, 0.373, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.227 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.188, 0.351, 0.514, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.351 std_dev=0.163
C3' A 0, 0.133, 0.305, 0.477, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.305 std_dev=0.172
C2' B 0, 0.456, 0.685, 0.913, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.685 std_dev=0.228
O3' A 0, 0.187, 0.436, 0.684, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.436 std_dev=0.249
C3' B 0, 0.521, 0.793, 1.064, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.793 std_dev=0.272
C5' A 0, 0.317, 0.607, 0.897, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.607 std_dev=0.290
O5' A 0, 0.317, 0.674, 1.030, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.674 std_dev=0.357
O2' B 0, 0.427, 0.857, 1.288, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.857 std_dev=0.431
C1' B 0, 0.422, 0.854, 1.286, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.854 std_dev=0.432
OP2 A 0, 0.723, 1.181, 1.639, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.181 std_dev=0.458
P A 0, 0.447, 0.979, 1.511, 2.259 max_d=2.259 avg_d=0.979 std_dev=0.532
C4' B 0, 0.363, 0.907, 1.451, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.907 std_dev=0.544
O4' B 0, 0.276, 0.836, 1.397, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.836 std_dev=0.561
O3' B 0, 0.392, 1.086, 1.780, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.086 std_dev=0.694
OP1 A 0, 0.525, 1.255, 1.985, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.255 std_dev=0.730
N9 B 0, 0.524, 1.264, 2.004, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.264 std_dev=0.740
C8 B 0, 0.666, 1.536, 2.406, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.536 std_dev=0.870
O5' B 0, 0.565, 1.517, 2.470, 3.847 max_d=3.847 avg_d=1.517 std_dev=0.952
C5' B 0, 0.241, 1.278, 2.314, 3.867 max_d=3.867 avg_d=1.278 std_dev=1.036
C4 B 0, 0.427, 1.620, 2.814, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.620 std_dev=1.193
N7 B 0, 0.715, 1.940, 3.165, 4.742 max_d=4.742 avg_d=1.940 std_dev=1.225
OP2 B 0, 0.637, 2.071, 3.505, 4.831 max_d=4.831 avg_d=2.071 std_dev=1.434
P B 0, 0.466, 1.925, 3.383, 5.305 max_d=5.305 avg_d=1.925 std_dev=1.459
C5 B 0, 0.514, 1.977, 3.439, 4.928 max_d=4.928 avg_d=1.977 std_dev=1.462
N3 B 0, 0.180, 1.676, 3.172, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.676 std_dev=1.496
OP1 B 0, 0.356, 2.125, 3.894, 6.014 max_d=6.014 avg_d=2.125 std_dev=1.769
C6 B 0, 0.320, 2.380, 4.439, 6.051 max_d=6.051 avg_d=2.380 std_dev=2.059
C2 B 0, 0.024, 2.094, 4.164, 5.749 max_d=5.749 avg_d=2.094 std_dev=2.070
N1 B 0, 0.086, 2.405, 4.724, 6.475 max_d=6.475 avg_d=2.405 std_dev=2.319
O6 B 0, 0.297, 2.717, 5.136, 7.007 max_d=7.007 avg_d=2.717 std_dev=2.419
N2 B 0, -0.221, 2.283, 4.788, 6.611 max_d=6.611 avg_d=2.283 std_dev=2.504

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.31 0.21
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.15 0.01 0.27 0.48 0.33
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.09 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.13 0.24 0.14
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.07 0.18 0.17 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.15 0.01 0.28 0.48 0.34
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.10 0.11 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.01 0.18 0.01 0.39 0.56 0.40
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.06 0.06 0.14 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.13 0.14 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.19 0.01 0.42 0.58 0.41
C8 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.18 0.01 0.36 0.53 0.39
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.17 0.01 0.36 0.54 0.38
N2 0.04 0.01 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.15 0.06 0.14 0.02 0.24 0.46 0.31
N3 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.11 0.05 0.13 0.02 0.22 0.44 0.31
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.20 0.02 0.44 0.61 0.43
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.14 0.01 0.24 0.44 0.31
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.04 0.05 0.08 0.16 0.20 0.10
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.10 0.15 0.11 0.09 0.04 0.06 0.00 0.01 0.07 0.09 0.29 0.18 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.11 0.24 0.19
O5' 0.07 0.15 0.07 0.06 0.15 0.02 0.18 0.01 0.19 0.18 0.17 0.14 0.13 0.20 0.14 0.05 0.07 0.05 0.00 0.20 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.02 0.20 0.00 0.48 0.61 0.44
OP1 0.10 0.27 0.13 0.18 0.28 0.10 0.39 0.14 0.42 0.36 0.36 0.24 0.22 0.44 0.24 0.16 0.29 0.11 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.48 0.24 0.17 0.48 0.11 0.56 0.05 0.58 0.53 0.54 0.46 0.44 0.61 0.44 0.20 0.18 0.24 0.02 0.61 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.33 0.14 0.09 0.34 0.07 0.40 0.02 0.41 0.39 0.38 0.31 0.31 0.43 0.31 0.10 0.11 0.19 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 1.18 0.13 0.37 0.79 0.40 0.87 0.46 1.08 0.50 1.21 1.35 0.94 0.69 0.51 0.35 0.72 0.20 0.24 1.13 0.60 0.12 0.29
C2 0.17 0.99 0.13 0.61 0.52 0.74 0.44 1.00 0.63 0.10 0.88 1.25 0.83 0.18 0.23 0.08 0.95 0.33 0.84 0.60 1.34 0.82 1.01
C2' 0.22 1.08 0.25 0.47 0.71 0.43 0.79 0.48 0.99 0.45 1.12 1.27 0.85 0.63 0.45 0.44 0.86 0.18 0.26 1.04 0.64 0.14 0.32
C3' 0.25 1.07 0.24 0.45 0.72 0.39 0.84 0.44 1.05 0.51 1.15 1.22 0.82 0.70 0.49 0.43 0.85 0.23 0.22 1.13 0.60 0.12 0.27
C4 0.19 1.20 0.13 0.51 0.70 0.60 0.69 0.79 0.91 0.26 1.14 1.46 0.98 0.44 0.38 0.22 0.88 0.19 0.59 0.92 1.07 0.52 0.72
C4' 0.31 1.05 0.18 0.33 0.76 0.36 0.91 0.38 1.12 0.61 1.18 1.13 0.80 0.81 0.54 0.41 0.70 0.34 0.20 1.23 0.44 0.22 0.21
C5 0.19 1.27 0.13 0.55 0.72 0.67 0.70 0.92 0.95 0.23 1.21 1.58 1.03 0.41 0.37 0.18 0.91 0.25 0.72 0.95 1.27 0.68 0.90
C5' 0.32 1.06 0.16 0.31 0.77 0.36 0.94 0.39 1.16 0.63 1.22 1.14 0.80 0.84 0.56 0.38 0.67 0.37 0.22 1.29 0.45 0.25 0.23
C6 0.20 1.22 0.14 0.61 0.65 0.76 0.58 1.08 0.83 0.16 1.12 1.55 0.99 0.28 0.31 0.11 0.95 0.36 0.91 0.81 1.52 0.92 1.13
C8 0.21 1.35 0.13 0.47 0.82 0.54 0.86 0.71 1.13 0.39 1.35 1.63 1.06 0.61 0.47 0.28 0.84 0.16 0.48 1.18 0.97 0.37 0.60
N1 0.20 1.08 0.13 0.63 0.55 0.79 0.46 1.13 0.68 0.14 0.96 1.39 0.89 0.18 0.25 0.08 0.95 0.40 0.97 0.64 1.56 0.99 1.19
N2 0.15 0.80 0.13 0.65 0.38 0.79 0.28 1.09 0.45 0.16 0.68 1.04 0.68 0.11 0.13 0.12 0.97 0.40 0.95 0.41 1.41 0.95 1.12
N3 0.17 1.05 0.14 0.53 0.61 0.62 0.57 0.80 0.75 0.19 0.97 1.28 0.88 0.33 0.32 0.18 0.89 0.21 0.61 0.74 1.05 0.55 0.74
N7 0.20 1.37 0.13 0.52 0.79 0.63 0.81 0.85 1.08 0.31 1.34 1.68 1.08 0.52 0.43 0.22 0.89 0.20 0.64 1.11 1.19 0.57 0.80
N9 0.22 1.25 0.13 0.45 0.78 0.51 0.81 0.64 1.05 0.39 1.25 1.50 1.01 0.59 0.46 0.29 0.81 0.15 0.42 1.08 0.87 0.31 0.52
O2' 0.26 1.03 0.28 0.43 0.70 0.37 0.80 0.36 0.97 0.51 1.07 1.17 0.80 0.68 0.47 0.51 0.79 0.24 0.16 1.02 0.44 0.15 0.18
O3' 0.27 1.03 0.31 0.49 0.71 0.39 0.84 0.41 1.05 0.54 1.14 1.17 0.78 0.73 0.49 0.49 0.90 0.27 0.21 1.15 0.55 0.16 0.24
O4' 0.33 1.23 0.11 0.29 0.86 0.37 0.99 0.41 1.22 0.62 1.33 1.38 0.96 0.84 0.59 0.35 0.63 0.32 0.22 1.31 0.48 0.21 0.23
O5' 0.32 1.18 0.12 0.32 0.82 0.35 0.96 0.41 1.20 0.61 1.30 1.32 0.91 0.82 0.57 0.30 0.70 0.30 0.22 1.30 0.56 0.16 0.25
O6 0.22 1.25 0.14 0.63 0.65 0.80 0.58 1.17 0.84 0.18 1.15 1.61 1.01 0.26 0.30 0.10 0.96 0.41 1.01 0.82 1.68 1.05 1.27
OP1 0.34 0.96 0.12 0.29 0.72 0.33 0.86 0.39 1.06 0.60 1.11 1.04 0.75 0.77 0.54 0.30 0.65 0.38 0.24 1.18 0.50 0.21 0.26
OP2 0.54 1.47 0.25 0.29 1.06 0.33 1.16 0.41 1.42 0.77 1.57 1.67 1.19 0.98 0.78 0.27 0.61 0.43 0.29 1.51 0.62 0.26 0.31
P 0.43 1.24 0.15 0.26 0.90 0.35 1.03 0.41 1.27 0.69 1.37 1.38 0.98 0.90 0.66 0.26 0.60 0.41 0.27 1.38 0.54 0.24 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.10 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.19 0.22 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.29 0.05 0.09 0.01 0.14 0.17 0.11
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.11 0.02 0.09 0.02 0.13 0.05 0.17 0.22 0.18 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.13 0.10 0.12 0.07
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.14 0.02 0.18 0.06 0.21 0.24 0.19 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.19 0.10 0.09 0.05
C4 0.02 0.01 0.11 0.14 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.03 0.09 0.01 0.12 0.15 0.11
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.09 0.14 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.02 0.09 0.01 0.12 0.17 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.18 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.25 0.03 0.09 0.00 0.13 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.10 0.02 0.12 0.16 0.14
N1 0.03 0.00 0.17 0.21 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.04 0.09 0.01 0.14 0.18 0.12
N2 0.03 0.01 0.22 0.24 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.34 0.06 0.09 0.02 0.16 0.17 0.11
N3 0.03 0.00 0.18 0.19 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.24 0.05 0.09 0.01 0.13 0.15 0.10
N7 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.09 0.02 0.12 0.17 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.09 0.02 0.11 0.14 0.11
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.03 0.14 0.19 0.14 0.04 0.02 0.00 0.06 0.06 0.05 0.11 0.11 0.08 0.05
O3' 0.02 0.29 0.03 0.01 0.18 0.01 0.18 0.02 0.25 0.07 0.29 0.34 0.24 0.11 0.08 0.06 0.00 0.02 0.11 0.25 0.12 0.09 0.08
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.03 0.10 0.08 0.06
O5' 0.07 0.09 0.06 0.07 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.05 0.11 0.08 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.13 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.25 0.03 0.10 0.00 0.14 0.18 0.14
OP1 0.10 0.14 0.10 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.10 0.02 0.14 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.17 0.12 0.09 0.15 0.03 0.17 0.02 0.18 0.16 0.18 0.17 0.15 0.17 0.14 0.08 0.09 0.08 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.07 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.15 0.11 0.05 0.08 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00