ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.022, 0.037, 0.053, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.023, 0.039, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.039 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.020, 0.037, 0.055, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.039 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.044 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.051, 0.077, 0.102, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.077 std_dev=0.025
O2' B 0, 0.495, 0.771, 1.048, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.771 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.526, 0.901, 1.275, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.901 std_dev=0.374
O4' A 0, -0.141, 0.413, 0.967, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.413 std_dev=0.554
C2' A 0, -0.081, 0.481, 1.043, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.481 std_dev=0.562
O2' A 0, -0.132, 0.626, 1.384, 2.077 max_d=2.077 avg_d=0.626 std_dev=0.758
C3' A 0, -0.130, 0.741, 1.611, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.741 std_dev=0.871
C4' A 0, -0.177, 0.709, 1.594, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.709 std_dev=0.886
OP1 A 0, 0.324, 1.252, 2.180, 3.182 max_d=3.182 avg_d=1.252 std_dev=0.928
O5' A 0, -0.041, 1.029, 2.099, 3.064 max_d=3.064 avg_d=1.029 std_dev=1.070
C1' B 0, 0.044, 1.130, 2.215, 3.272 max_d=3.272 avg_d=1.130 std_dev=1.086
P A 0, 0.001, 1.120, 2.239, 3.314 max_d=3.314 avg_d=1.120 std_dev=1.119
O3' A 0, -0.123, 1.038, 2.200, 3.236 max_d=3.236 avg_d=1.038 std_dev=1.162
C5' A 0, -0.203, 0.979, 2.160, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.979 std_dev=1.182
C3' B 0, 0.112, 1.295, 2.478, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.295 std_dev=1.183
N3 B 0, 0.164, 1.408, 2.653, 3.889 max_d=3.889 avg_d=1.408 std_dev=1.245
O3' B 0, 0.288, 1.644, 3.001, 4.435 max_d=4.435 avg_d=1.644 std_dev=1.356
C4 B 0, -0.012, 1.458, 2.928, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.458 std_dev=1.470
C2 B 0, 0.147, 1.620, 3.093, 4.505 max_d=4.505 avg_d=1.620 std_dev=1.473
N9 B 0, -0.108, 1.421, 2.950, 4.413 max_d=4.413 avg_d=1.421 std_dev=1.529
C4' B 0, -0.392, 1.178, 2.748, 4.059 max_d=4.059 avg_d=1.178 std_dev=1.570
N2 B 0, 0.126, 1.841, 3.557, 5.076 max_d=5.076 avg_d=1.841 std_dev=1.715
N1 B 0, 0.074, 1.795, 3.515, 5.180 max_d=5.180 avg_d=1.795 std_dev=1.720
O4' B 0, -0.530, 1.202, 2.934, 4.478 max_d=4.478 avg_d=1.202 std_dev=1.732
C5 B 0, -0.204, 1.789, 3.782, 5.674 max_d=5.674 avg_d=1.789 std_dev=1.993
OP2 A 0, -0.287, 1.717, 3.722, 5.615 max_d=5.615 avg_d=1.717 std_dev=2.004
C6 B 0, -0.120, 1.937, 3.993, 5.954 max_d=5.954 avg_d=1.937 std_dev=2.056
C8 B 0, -0.441, 1.795, 4.032, 6.067 max_d=6.067 avg_d=1.795 std_dev=2.236
C5' B 0, -0.480, 1.914, 4.307, 6.363 max_d=6.363 avg_d=1.914 std_dev=2.393
O6 B 0, -0.197, 2.283, 4.764, 7.081 max_d=7.081 avg_d=2.283 std_dev=2.480
N7 B 0, -0.474, 2.033, 4.540, 6.831 max_d=6.831 avg_d=2.033 std_dev=2.507
O5' B 0, -0.801, 2.117, 5.034, 7.464 max_d=7.464 avg_d=2.117 std_dev=2.918
P B 0, -1.197, 2.832, 6.861, 10.308 max_d=10.308 avg_d=2.832 std_dev=4.029
OP1 B 0, -1.179, 2.997, 7.174, 10.895 max_d=10.895 avg_d=2.997 std_dev=4.176
OP2 B 0, -1.229, 3.171, 7.570, 11.399 max_d=11.399 avg_d=3.171 std_dev=4.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.27 0.00 0.19 0.02 0.47 0.09 0.21
C2 0.03 0.00 0.37 0.31 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.11 0.25 0.12 0.01 0.55 0.40 0.13
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.01 0.11 0.19 0.19 0.16 0.30 0.44 0.36 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.15 0.80 0.25 0.54
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.29 0.00 0.35 0.02 0.39 0.26 0.36 0.28 0.26 0.34 0.22 0.02 0.01 0.02 0.08 0.42 0.21 0.25 0.13
C4 0.01 0.01 0.20 0.29 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.13 0.13 0.01 0.58 0.36 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.06 0.16 0.07 0.28 0.02 0.00 0.02 0.09 0.15 0.18 0.04
C5 0.01 0.00 0.11 0.35 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.12 0.07 0.17 0.01 0.64 0.54 0.21
C5' 0.08 0.11 0.19 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.15 0.08 0.15 0.11 0.15 0.07 0.09 0.19 0.02 0.01 0.12 0.36 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.19 0.39 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.14 0.12 0.17 0.00 0.63 0.62 0.24
C8 0.01 0.01 0.16 0.26 0.00 0.17 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.13 0.13 0.19 0.02 0.67 0.39 0.19
N1 0.03 0.00 0.30 0.36 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.20 0.14 0.01 0.59 0.54 0.19
N2 0.04 0.00 0.44 0.28 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.25 0.19 0.29 0.11 0.01 0.52 0.37 0.11
N3 0.03 0.01 0.36 0.26 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.15 0.23 0.12 0.01 0.53 0.30 0.12
N7 0.00 0.00 0.07 0.34 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.34 0.19 0.06 0.21 0.02 0.69 0.58 0.26
N9 0.00 0.02 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.06 0.01 0.15 0.01 0.58 0.25 0.15
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.10 0.28 0.21 0.09 0.17 0.35 0.09 0.25 0.15 0.34 0.18 0.00 0.03 0.19 0.26 0.23 0.75 0.23 0.48
O3' 0.27 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.12 0.19 0.14 0.13 0.08 0.19 0.15 0.19 0.06 0.03 0.00 0.21 0.26 0.21 0.40 0.53 0.21
O4' 0.00 0.25 0.01 0.02 0.13 0.00 0.07 0.02 0.12 0.13 0.20 0.29 0.23 0.06 0.01 0.19 0.21 0.00 0.08 0.10 0.09 0.09 0.05
O5' 0.19 0.12 0.39 0.08 0.13 0.02 0.17 0.01 0.17 0.19 0.14 0.11 0.12 0.21 0.15 0.26 0.26 0.08 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.15 0.42 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.21 0.10 0.21 0.00 0.65 0.73 0.31
OP1 0.47 0.55 0.80 0.21 0.58 0.15 0.64 0.36 0.63 0.67 0.59 0.52 0.53 0.69 0.58 0.75 0.40 0.09 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.40 0.25 0.25 0.36 0.18 0.54 0.30 0.62 0.39 0.54 0.37 0.30 0.58 0.25 0.23 0.53 0.09 0.02 0.73 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.13 0.54 0.13 0.14 0.04 0.21 0.01 0.24 0.19 0.19 0.11 0.12 0.26 0.15 0.48 0.21 0.05 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.45 0.11 0.64 0.12 0.88 0.19 1.52 0.14 0.50 0.29 0.68 0.39 0.46 0.19 0.43 0.68 0.52 1.46 0.20 2.08 1.69 1.85
C2 0.80 0.87 0.21 0.38 0.84 0.13 0.81 0.20 0.83 0.74 0.86 0.87 0.86 0.75 0.80 0.28 1.02 0.85 0.26 0.81 0.77 0.46 0.40
C2' 0.30 0.63 0.51 0.13 0.35 0.28 0.21 0.80 0.29 0.17 0.48 0.82 0.60 0.17 0.20 0.89 0.23 0.16 0.77 0.22 1.24 0.94 1.12
C3' 0.44 0.23 0.13 0.41 0.49 0.81 0.70 1.35 0.63 0.94 0.39 0.22 0.23 0.96 0.63 0.48 0.17 0.87 1.40 0.75 1.74 1.62 1.77
C4 0.45 0.71 0.15 0.50 0.52 0.37 0.43 0.83 0.50 0.23 0.63 0.82 0.68 0.26 0.40 0.35 0.87 0.25 0.82 0.45 1.49 1.09 1.14
C4' 0.59 0.20 0.26 0.79 0.61 1.22 0.91 1.97 0.78 1.28 0.43 0.31 0.21 1.29 0.83 0.39 0.55 1.14 2.06 0.95 2.67 2.44 2.59
C5 0.54 0.78 0.16 0.44 0.63 0.22 0.56 0.62 0.62 0.39 0.73 0.85 0.74 0.43 0.52 0.33 0.87 0.42 0.64 0.59 1.32 0.96 0.95
C5' 0.59 0.22 0.26 0.80 0.64 1.19 0.97 1.97 0.86 1.34 0.48 0.30 0.23 1.37 0.86 0.39 0.55 1.13 2.12 1.05 2.83 2.62 2.74
C6 0.73 0.88 0.20 0.36 0.82 0.11 0.80 0.24 0.84 0.71 0.88 0.90 0.85 0.74 0.76 0.29 0.92 0.74 0.31 0.84 0.89 0.59 0.51
C8 0.24 0.61 0.12 0.53 0.34 0.55 0.22 1.10 0.31 0.16 0.49 0.78 0.55 0.16 0.19 0.38 0.75 0.10 1.10 0.26 1.84 1.45 1.52
N1 0.85 0.92 0.22 0.33 0.91 0.22 0.92 0.10 0.94 0.88 0.94 0.90 0.91 0.90 0.89 0.26 0.98 0.94 0.21 0.94 0.61 0.35 0.25
N2 0.97 0.92 0.24 0.33 0.98 0.36 0.99 0.23 0.97 1.01 0.95 0.87 0.93 0.99 1.00 0.24 1.12 1.18 0.27 0.97 0.34 0.15 0.13
N3 0.56 0.75 0.16 0.49 0.61 0.28 0.52 0.69 0.58 0.35 0.69 0.83 0.73 0.38 0.51 0.34 0.95 0.43 0.67 0.53 1.26 0.88 0.91
N7 0.41 0.71 0.14 0.47 0.50 0.36 0.42 0.81 0.50 0.22 0.63 0.83 0.66 0.26 0.38 0.35 0.81 0.21 0.84 0.45 1.57 1.20 1.21
N9 0.22 0.59 0.12 0.56 0.31 0.62 0.19 1.18 0.28 0.18 0.47 0.76 0.54 0.16 0.16 0.39 0.77 0.14 1.15 0.23 1.85 1.44 1.54
O2' 0.38 0.82 0.63 0.25 0.52 0.21 0.39 0.65 0.50 0.14 0.70 1.00 0.77 0.18 0.34 0.97 0.36 0.11 0.54 0.43 0.96 0.60 0.82
O3' 1.08 0.81 0.54 0.77 1.14 1.27 1.35 1.72 1.28 1.57 1.02 0.57 0.84 1.59 1.28 0.19 0.33 1.52 1.78 1.39 1.89 1.89 2.05
O4' 0.46 0.19 0.34 0.99 0.40 1.31 0.67 2.11 0.53 1.09 0.21 0.48 0.13 1.06 0.65 0.28 0.93 1.00 2.15 0.68 2.91 2.52 2.68
O5' 0.41 0.16 0.19 0.68 0.44 0.98 0.71 1.66 0.62 1.01 0.32 0.33 0.15 1.04 0.62 0.37 0.53 0.85 1.78 0.78 2.47 2.24 2.33
O6 0.79 0.92 0.22 0.32 0.89 0.18 0.90 0.13 0.94 0.83 0.95 0.92 0.89 0.87 0.84 0.27 0.91 0.83 0.24 0.95 0.71 0.46 0.35
OP1 0.57 0.22 0.35 0.81 0.55 1.12 0.78 1.72 0.67 1.08 0.39 0.28 0.24 1.09 0.73 0.23 0.68 1.00 1.81 0.81 2.46 2.21 2.32
OP2 0.23 0.21 0.13 0.41 0.36 0.65 0.63 1.28 0.59 0.85 0.32 0.37 0.18 0.93 0.47 0.57 0.24 0.58 1.48 0.77 2.16 2.07 2.08
P 0.45 0.20 0.22 0.67 0.50 0.96 0.76 1.59 0.68 1.03 0.39 0.26 0.20 1.07 0.66 0.32 0.51 0.86 1.72 0.84 2.37 2.20 2.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06
C2 0.02 0.00 0.16 0.22 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.26 0.04 0.21 0.01 0.22 0.33 0.24
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.19 0.16 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.11 0.04
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.01 0.13 0.09 0.19 0.25 0.20 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.09 0.10 0.05
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.02 0.19 0.01 0.18 0.24 0.19
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.09 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.02 0.21 0.01 0.21 0.27 0.23
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.07 0.12 0.11 0.09 0.09 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.13 0.07 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.23 0.00 0.25 0.32 0.27
C8 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.04 0.16 0.01 0.13 0.17 0.14
N1 0.01 0.00 0.12 0.19 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.22 0.02 0.23 0.00 0.25 0.35 0.27
N2 0.02 0.00 0.19 0.25 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.32 0.05 0.22 0.01 0.23 0.35 0.24
N3 0.01 0.00 0.16 0.20 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.23 0.04 0.19 0.01 0.19 0.28 0.20
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.03 0.19 0.01 0.19 0.23 0.21
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.13 0.16 0.13
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.07 0.11 0.09 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.11 0.04
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.13 0.02 0.09 0.03 0.15 0.11 0.22 0.32 0.23 0.07 0.04 0.04 0.00 0.02 0.16 0.13 0.15 0.12 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.11 0.11 0.06
O5' 0.08 0.21 0.04 0.10 0.19 0.01 0.21 0.01 0.23 0.16 0.23 0.22 0.19 0.19 0.14 0.04 0.16 0.11 0.00 0.24 0.03 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.24 0.00 0.27 0.34 0.29
OP1 0.08 0.22 0.06 0.09 0.18 0.05 0.21 0.07 0.25 0.13 0.25 0.23 0.19 0.19 0.13 0.05 0.15 0.11 0.03 0.27 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.33 0.11 0.10 0.24 0.09 0.27 0.10 0.32 0.17 0.35 0.35 0.28 0.23 0.16 0.11 0.12 0.11 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.24 0.04 0.05 0.19 0.02 0.23 0.02 0.27 0.14 0.27 0.24 0.20 0.21 0.13 0.04 0.10 0.06 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00