ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51237

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.031, 0.054, 0.077, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.054 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.006, 0.032, 0.057, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N3 A 0, -0.003, 0.023, 0.048, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.002, 0.028, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.026
C2 A 0, -0.001, 0.024, 0.050, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.024 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.028, 0.057, 0.086, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.057 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.015, 0.044, 0.073, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.044 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.012, 0.051, 0.091, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.051 std_dev=0.040
C2' B 0, 0.184, 0.387, 0.589, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.387 std_dev=0.202
O2' B 0, 0.190, 0.566, 0.943, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.566 std_dev=0.377
O4' A 0, 0.064, 0.445, 0.826, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.445 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.206, 0.606, 1.005, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.606 std_dev=0.400
C2' A 0, 0.080, 0.481, 0.882, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.481 std_dev=0.401
O2' A 0, 0.167, 0.605, 1.043, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.605 std_dev=0.438
C4' A 0, 0.096, 0.661, 1.226, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.661 std_dev=0.565
P A 0, 0.082, 0.693, 1.305, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.693 std_dev=0.612
C3' A 0, 0.109, 0.752, 1.396, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.752 std_dev=0.643
C3' B 0, 0.140, 0.848, 1.555, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.848 std_dev=0.708
C4' B 0, 0.236, 1.058, 1.880, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.058 std_dev=0.822
O3' A 0, 0.150, 1.048, 1.947, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.048 std_dev=0.898
C5' B 0, 0.267, 1.212, 2.156, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.212 std_dev=0.945
O4' B 0, 0.183, 1.156, 2.128, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.156 std_dev=0.973
O5' B 0, 0.436, 1.424, 2.412, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.424 std_dev=0.988
C1' B 0, 0.105, 1.122, 2.139, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.122 std_dev=1.017
C5' A 0, 0.196, 1.235, 2.274, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.235 std_dev=1.039
OP1 A 0, 0.287, 1.340, 2.394, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.340 std_dev=1.054
OP2 A 0, 0.235, 1.316, 2.397, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.316 std_dev=1.081
O3' B 0, 0.052, 1.270, 2.488, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.270 std_dev=1.218
P B 0, 0.425, 2.154, 3.882, 4.266 max_d=4.266 avg_d=2.154 std_dev=1.728
N9 B 0, -0.027, 1.894, 3.814, 4.832 max_d=4.832 avg_d=1.894 std_dev=1.920
OP2 B 0, 0.305, 2.265, 4.225, 5.736 max_d=5.736 avg_d=2.265 std_dev=1.960
C8 B 0, -0.069, 2.142, 4.353, 5.372 max_d=5.372 avg_d=2.142 std_dev=2.211
OP1 B 0, 0.330, 3.043, 5.757, 6.224 max_d=6.224 avg_d=3.043 std_dev=2.713
C4 B 0, -0.191, 2.850, 5.890, 7.347 max_d=7.347 avg_d=2.850 std_dev=3.040
N7 B 0, -0.252, 3.077, 6.405, 7.879 max_d=7.879 avg_d=3.077 std_dev=3.328
N3 B 0, -0.212, 3.278, 6.769, 8.365 max_d=8.365 avg_d=3.278 std_dev=3.490
C5 B 0, -0.323, 3.463, 7.249, 8.982 max_d=8.982 avg_d=3.463 std_dev=3.786
C2 B 0, -0.382, 4.230, 8.842, 10.868 max_d=10.868 avg_d=4.230 std_dev=4.612
C6 B 0, -0.509, 4.497, 9.503, 11.726 max_d=11.726 avg_d=4.497 std_dev=5.006
N2 B 0, -0.421, 4.847, 10.115, 12.326 max_d=12.326 avg_d=4.847 std_dev=5.268
N1 B 0, -0.518, 4.769, 10.057, 12.381 max_d=12.381 avg_d=4.769 std_dev=5.288
O6 B 0, -0.647, 5.215, 11.078, 13.629 max_d=13.629 avg_d=5.215 std_dev=5.862

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.03 0.68 0.25 0.11
C2 0.06 0.00 0.21 0.30 0.01 0.13 0.02 0.22 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.37 0.05 0.29 0.04 0.94 0.62 0.15
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.10 0.03 0.04 0.02 0.08 0.12 0.15 0.25 0.22 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.29 0.06 0.26 0.44 0.16
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.15 0.00 0.10 0.02 0.15 0.21 0.23 0.36 0.28 0.16 0.06 0.01 0.01 0.02 0.46 0.13 0.14 0.56 0.32
C4 0.03 0.01 0.10 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.16 0.02 0.29 0.02 0.92 0.59 0.12
C4' 0.01 0.13 0.03 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.10 0.06 0.12 0.14 0.11 0.05 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.11 0.33 0.18 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.33 0.01 1.02 0.72 0.12
C5' 0.03 0.22 0.02 0.02 0.16 0.01 0.17 0.00 0.21 0.08 0.23 0.24 0.19 0.12 0.08 0.08 0.05 0.01 0.01 0.23 0.32 0.26 0.02
C6 0.02 0.03 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.06 0.16 0.02 0.34 0.01 1.05 0.78 0.14
C8 0.03 0.01 0.12 0.21 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.23 0.07 0.34 0.03 0.93 0.63 0.10
N1 0.05 0.01 0.15 0.23 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.28 0.03 0.32 0.02 1.01 0.72 0.15
N2 0.07 0.00 0.25 0.36 0.01 0.14 0.02 0.24 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.47 0.08 0.28 0.05 0.92 0.59 0.15
N3 0.06 0.00 0.22 0.28 0.01 0.11 0.02 0.19 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.34 0.06 0.27 0.04 0.88 0.54 0.14
N7 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.19 0.06 0.36 0.03 1.03 0.77 0.11
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.27 0.02 0.84 0.49 0.10
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.08 0.06 0.06 0.11 0.18 0.14 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.17 0.05 0.24 0.24 0.11
O3' 0.02 0.37 0.02 0.01 0.16 0.02 0.10 0.05 0.16 0.23 0.28 0.47 0.34 0.19 0.05 0.05 0.00 0.02 0.52 0.14 0.52 0.58 0.47
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.21 0.05 0.75 0.14 0.24
O5' 0.14 0.29 0.29 0.46 0.29 0.03 0.33 0.01 0.34 0.34 0.32 0.28 0.27 0.36 0.27 0.17 0.52 0.21 0.00 0.34 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.06 0.13 0.02 0.11 0.01 0.23 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.14 0.05 0.34 0.00 1.09 0.85 0.14
OP1 0.68 0.94 0.26 0.14 0.92 0.33 1.02 0.32 1.05 0.93 1.01 0.92 0.88 1.03 0.84 0.24 0.52 0.75 0.03 1.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.62 0.44 0.56 0.59 0.18 0.72 0.26 0.78 0.63 0.72 0.59 0.54 0.77 0.49 0.24 0.58 0.14 0.02 0.85 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.15 0.16 0.32 0.12 0.04 0.12 0.02 0.14 0.10 0.15 0.15 0.14 0.11 0.10 0.11 0.47 0.24 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 2.01 0.17 0.69 1.02 0.35 0.89 0.62 1.30 0.09 1.83 2.58 1.61 0.33 0.43 0.48 1.02 0.15 0.83 1.23 1.32 1.11 1.05
C2 0.14 0.54 0.23 0.27 0.46 0.22 0.88 0.17 0.86 1.08 0.55 0.89 0.51 1.25 0.52 0.20 0.26 0.26 0.71 1.10 1.35 0.74 0.94
C2' 0.37 1.20 0.50 1.00 0.42 0.75 0.38 0.95 0.73 0.36 1.12 1.63 0.84 0.14 0.19 0.84 1.35 0.48 1.06 0.72 1.46 1.14 1.23
C3' 0.51 1.13 0.59 1.09 0.40 0.88 0.38 1.03 0.73 0.42 1.10 1.57 0.76 0.22 0.31 0.95 1.50 0.62 1.11 0.75 1.50 1.17 1.26
C4 0.17 1.17 0.22 0.50 0.40 0.08 0.27 0.38 0.36 0.62 0.79 1.73 1.01 0.62 0.18 0.38 0.64 0.21 0.78 0.34 1.37 0.88 1.00
C4' 0.11 2.01 0.27 0.86 1.00 0.59 1.03 0.80 1.54 0.17 2.00 2.54 1.48 0.52 0.39 0.67 1.33 0.18 0.90 1.59 1.40 1.25 1.13
C5 0.17 0.99 0.24 0.43 0.34 0.11 0.51 0.30 0.49 0.84 0.62 1.57 0.87 0.94 0.30 0.32 0.52 0.28 0.78 0.68 1.47 0.89 1.04
C5' 0.18 2.02 0.30 0.86 1.00 0.57 1.02 0.77 1.54 0.20 2.02 2.59 1.48 0.51 0.40 0.71 1.35 0.20 0.90 1.60 1.41 1.27 1.13
C6 0.16 0.68 0.25 0.30 0.50 0.25 0.98 0.17 1.01 1.16 0.66 1.13 0.62 1.40 0.53 0.22 0.30 0.33 0.75 1.33 1.53 0.86 1.04
C8 0.21 1.59 0.21 0.58 0.63 0.15 0.37 0.48 0.67 0.42 1.25 2.25 1.30 0.36 0.19 0.42 0.80 0.21 0.84 0.52 1.44 1.04 1.08
N1 0.16 0.60 0.24 0.22 0.65 0.32 1.19 0.12 1.24 1.28 0.83 0.86 0.52 1.57 0.65 0.15 0.16 0.33 0.72 1.57 1.48 0.81 1.00
N2 0.16 0.55 0.22 0.14 0.75 0.34 1.22 0.09 1.22 1.30 0.86 0.56 0.45 1.53 0.75 0.08 0.07 0.26 0.68 1.45 1.29 0.71 0.90
N3 0.14 0.92 0.22 0.45 0.30 0.08 0.33 0.34 0.31 0.68 0.58 1.40 0.84 0.70 0.22 0.36 0.55 0.19 0.74 0.39 1.29 0.79 0.94
N7 0.20 1.25 0.23 0.50 0.42 0.09 0.34 0.37 0.42 0.69 0.86 1.90 1.06 0.73 0.21 0.36 0.64 0.27 0.81 0.46 1.49 0.97 1.07
N9 0.20 1.61 0.20 0.60 0.68 0.19 0.43 0.51 0.75 0.33 1.30 2.22 1.32 0.23 0.20 0.44 0.84 0.17 0.82 0.61 1.37 1.00 1.04
O2' 0.29 1.51 0.41 1.01 0.73 0.84 0.81 1.01 1.23 0.13 1.55 1.86 1.08 0.40 0.22 0.77 1.42 0.50 1.02 1.29 1.42 1.15 1.20
O3' 0.82 0.75 0.79 1.32 0.29 1.21 0.26 1.29 0.55 0.55 0.81 1.07 0.44 0.29 0.52 1.13 1.77 0.99 1.26 0.63 1.57 1.23 1.37
O4' 0.39 2.47 0.13 0.66 1.34 0.33 1.28 0.59 1.80 0.34 2.35 3.10 1.94 0.68 0.67 0.44 1.07 0.25 0.78 1.78 1.29 1.21 1.02
O5' 0.19 1.85 0.30 0.80 0.86 0.49 0.81 0.72 1.27 0.21 1.77 2.43 1.38 0.33 0.33 0.60 1.18 0.18 0.91 1.27 1.40 1.28 1.14
O6 0.17 0.67 0.25 0.26 0.63 0.33 1.21 0.14 1.30 1.30 0.87 1.04 0.58 1.63 0.63 0.19 0.21 0.37 0.75 1.70 1.60 0.89 1.07
OP1 0.70 1.28 0.86 1.22 0.68 0.92 0.72 1.16 0.88 0.96 1.21 1.80 0.93 0.87 0.72 1.16 1.52 0.70 1.41 0.90 2.00 1.48 1.64
OP2 0.55 2.24 0.32 0.54 1.20 0.29 1.07 0.44 1.50 0.42 2.08 2.91 1.79 0.57 0.67 0.36 0.88 0.51 0.65 1.45 1.13 1.10 0.86
P 0.09 1.80 0.29 0.80 0.78 0.44 0.69 0.70 1.15 0.16 1.69 2.42 1.33 0.17 0.23 0.62 1.18 0.08 0.92 1.13 1.46 1.25 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.33 0.00 0.45 0.04 0.52 0.41 0.36
C2 0.04 0.00 0.22 0.15 0.02 0.15 0.02 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.34 0.25 0.58 0.02 0.90 0.77 0.52
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.01 0.06 0.21 0.11 0.13 0.18 0.27 0.22 0.06 0.01 0.01 0.04 0.02 0.48 0.08 0.63 0.30 0.50
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.23 0.00 0.35 0.02 0.35 0.41 0.25 0.09 0.11 0.44 0.25 0.03 0.01 0.02 0.08 0.40 0.41 0.22 0.15
C4 0.02 0.02 0.12 0.23 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.14 0.67 0.02 0.89 0.90 0.66
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.05 0.23 0.08 0.22 0.15 0.20 0.08 0.34 0.05 0.00 0.01 0.08 0.59 0.25 0.19
C5 0.02 0.02 0.06 0.35 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.08 0.08 0.83 0.02 1.18 1.29 0.94
C5' 0.09 0.19 0.21 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.10 0.21 0.14 0.25 0.19 0.19 0.09 0.13 0.20 0.02 0.01 0.11 0.43 0.40 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.35 0.02 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.28 0.05 0.13 0.82 0.00 1.21 1.34 0.94
C8 0.01 0.02 0.13 0.41 0.01 0.23 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.41 0.26 0.11 0.92 0.02 1.25 1.32 1.07
N1 0.04 0.01 0.18 0.25 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.16 0.20 0.70 0.01 1.03 1.07 0.72
N2 0.05 0.00 0.27 0.09 0.02 0.22 0.02 0.25 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.49 0.29 0.50 0.02 0.91 0.60 0.41
N3 0.04 0.00 0.22 0.11 0.01 0.15 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.39 0.24 0.53 0.02 0.82 0.64 0.45
N7 0.02 0.02 0.06 0.44 0.01 0.20 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.29 0.04 0.97 0.02 1.44 1.57 1.20
N9 0.01 0.02 0.01 0.25 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.06 0.03 0.69 0.03 0.82 0.85 0.68
O2' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.17 0.34 0.31 0.13 0.28 0.41 0.16 0.11 0.06 0.42 0.23 0.00 0.07 0.23 0.36 0.34 0.50 0.20 0.39
O3' 0.33 0.34 0.04 0.01 0.15 0.05 0.08 0.20 0.05 0.26 0.16 0.49 0.39 0.29 0.06 0.07 0.00 0.25 0.32 0.15 0.93 0.62 0.53
O4' 0.00 0.25 0.02 0.02 0.14 0.00 0.08 0.02 0.13 0.11 0.20 0.29 0.24 0.04 0.03 0.23 0.25 0.00 0.35 0.11 0.35 0.46 0.19
O5' 0.45 0.58 0.48 0.08 0.67 0.01 0.83 0.01 0.82 0.92 0.70 0.50 0.53 0.97 0.69 0.36 0.32 0.35 0.00 0.89 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.08 0.40 0.02 0.08 0.02 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.34 0.15 0.11 0.89 0.00 1.38 1.57 1.10
OP1 0.52 0.90 0.63 0.41 0.89 0.59 1.18 0.43 1.21 1.25 1.03 0.91 0.82 1.44 0.82 0.50 0.93 0.35 0.02 1.38 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.77 0.30 0.22 0.90 0.25 1.29 0.40 1.34 1.32 1.07 0.60 0.64 1.57 0.85 0.20 0.62 0.46 0.01 1.57 0.01 0.00 0.00
P 0.36 0.52 0.50 0.15 0.66 0.19 0.94 0.02 0.94 1.07 0.72 0.41 0.45 1.20 0.68 0.39 0.53 0.19 0.01 1.10 0.00 0.00 0.00