ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51238

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.016, 0.037, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.001, 0.021, 0.042, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.011, 0.032, 0.054, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.032 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.013, 0.036, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.036 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.020, 0.051, 0.081, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.051 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.059 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.033, 0.133, 0.233, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.133 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.128, 0.229, 0.331, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.229 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.146, 0.285, 0.424, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.285 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.246, 0.408, 0.570, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.408 std_dev=0.162
O2' A 0, 0.126, 0.341, 0.555, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.341 std_dev=0.214
O5' A 0, 0.189, 0.405, 0.620, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.405 std_dev=0.216
O4' B 0, 0.200, 0.421, 0.641, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.421 std_dev=0.220
C5' A 0, 0.165, 0.390, 0.614, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.390 std_dev=0.224
C2' B 0, 0.376, 0.629, 0.881, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.629 std_dev=0.252
O3' A 0, 0.457, 0.744, 1.030, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.744 std_dev=0.287
P A 0, 0.390, 0.724, 1.058, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.724 std_dev=0.334
O2' B 0, 0.650, 1.027, 1.404, 1.420 max_d=1.420 avg_d=1.027 std_dev=0.377
OP1 A 0, 0.546, 0.953, 1.360, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.953 std_dev=0.407
OP2 A 0, 0.432, 0.967, 1.501, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.967 std_dev=0.534
C1' B 0, 0.916, 1.564, 2.213, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.564 std_dev=0.648
C3' B 0, 1.082, 1.841, 2.600, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.841 std_dev=0.759
C4' B 0, 1.075, 1.934, 2.792, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.934 std_dev=0.858
O3' B 0, 1.477, 2.498, 3.520, 3.191 max_d=3.191 avg_d=2.498 std_dev=1.022
N9 B 0, 2.150, 3.664, 5.178, 4.638 max_d=4.638 avg_d=3.664 std_dev=1.514
C5' B 0, 2.072, 3.690, 5.309, 4.747 max_d=4.747 avg_d=3.690 std_dev=1.618
O5' B 0, 2.620, 4.618, 6.616, 5.873 max_d=5.873 avg_d=4.618 std_dev=1.998
C8 B 0, 2.866, 4.895, 6.925, 6.034 max_d=6.034 avg_d=4.895 std_dev=2.030
C4 B 0, 3.255, 5.571, 7.887, 6.910 max_d=6.910 avg_d=5.571 std_dev=2.316
N3 B 0, 3.701, 6.353, 9.005, 7.865 max_d=7.865 avg_d=6.353 std_dev=2.652
N7 B 0, 3.997, 6.843, 9.689, 8.360 max_d=8.360 avg_d=6.843 std_dev=2.846
P B 0, 3.860, 6.770, 9.679, 8.389 max_d=8.389 avg_d=6.770 std_dev=2.909
C5 B 0, 4.198, 7.191, 10.184, 8.804 max_d=8.804 avg_d=7.191 std_dev=2.993
OP2 B 0, 4.215, 7.328, 10.442, 9.661 max_d=9.661 avg_d=7.328 std_dev=3.113
C2 B 0, 4.959, 8.524, 12.090, 10.460 max_d=10.460 avg_d=8.524 std_dev=3.565
OP1 B 0, 4.732, 8.418, 12.104, 10.605 max_d=10.605 avg_d=8.418 std_dev=3.686
C6 B 0, 5.454, 9.363, 13.273, 11.385 max_d=11.385 avg_d=9.363 std_dev=3.909
N1 B 0, 5.697, 9.789, 13.882, 11.952 max_d=11.952 avg_d=9.789 std_dev=4.093
N2 B 0, 5.769, 9.932, 14.094, 12.150 max_d=12.150 avg_d=9.932 std_dev=4.163
O6 B 0, 6.443, 11.072, 15.700, 13.390 max_d=13.390 avg_d=11.072 std_dev=4.629

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.03 0.15 0.15 0.13
C2 0.06 0.00 0.18 0.18 0.01 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.20 0.22 0.06 0.15 0.01 0.17 0.24 0.20
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.15 0.22 0.17 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.09 0.10 0.18 0.10
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.11 0.10 0.16 0.23 0.17 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.10 0.11 0.15 0.18 0.12
C4 0.03 0.01 0.09 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.12 0.01 0.15 0.22 0.17
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.09 0.15 0.10 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.06 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02 0.11 0.01 0.15 0.26 0.17
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.10 0.15 0.11 0.09 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.03 0.11 0.00 0.16 0.27 0.18
C8 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.11 0.02 0.15 0.25 0.16
N1 0.05 0.00 0.15 0.16 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.19 0.05 0.13 0.01 0.16 0.25 0.19
N2 0.08 0.01 0.22 0.23 0.02 0.15 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.25 0.29 0.08 0.17 0.02 0.18 0.23 0.21
N3 0.05 0.01 0.17 0.17 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.19 0.06 0.15 0.01 0.17 0.22 0.19
N7 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.11 0.01 0.16 0.29 0.17
N9 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.11 0.02 0.15 0.20 0.16
O2' 0.01 0.20 0.01 0.03 0.10 0.05 0.08 0.05 0.12 0.04 0.17 0.25 0.18 0.04 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.11 0.10 0.12 0.06
O3' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.04 0.14 0.11 0.19 0.29 0.19 0.11 0.04 0.05 0.00 0.02 0.15 0.14 0.23 0.22 0.15
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.11 0.02 0.22 0.11 0.14
O5' 0.09 0.15 0.08 0.10 0.12 0.03 0.11 0.01 0.11 0.11 0.13 0.17 0.15 0.11 0.11 0.04 0.15 0.11 0.00 0.10 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.14 0.02 0.10 0.00 0.17 0.28 0.18
OP1 0.15 0.17 0.10 0.15 0.15 0.10 0.15 0.10 0.16 0.15 0.16 0.18 0.17 0.16 0.15 0.10 0.23 0.22 0.02 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.24 0.18 0.18 0.22 0.06 0.26 0.05 0.27 0.25 0.25 0.23 0.22 0.29 0.20 0.12 0.22 0.11 0.03 0.28 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.20 0.10 0.12 0.17 0.04 0.17 0.02 0.18 0.16 0.19 0.21 0.19 0.17 0.16 0.06 0.15 0.14 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 2.25 0.13 0.47 1.26 0.59 1.26 1.01 1.77 0.33 2.23 2.68 1.75 0.68 0.59 0.21 0.45 0.19 1.09 1.77 1.88 1.46 1.46
C2 0.16 1.43 0.13 0.19 1.08 0.27 1.31 0.29 1.61 0.65 1.64 1.42 1.13 1.05 0.63 0.25 0.19 0.14 0.58 1.69 0.98 1.55 0.88
C2' 0.27 1.89 0.21 0.44 1.00 0.51 0.91 0.98 1.32 0.30 1.78 2.31 1.51 0.41 0.45 0.20 0.34 0.25 1.14 1.26 2.03 1.68 1.64
C3' 0.28 1.95 0.22 0.46 1.00 0.52 0.90 0.99 1.35 0.30 1.85 2.43 1.52 0.38 0.44 0.21 0.37 0.27 1.18 1.31 2.18 1.83 1.75
C4 0.23 2.05 0.12 0.32 1.30 0.44 1.48 0.61 1.97 0.57 2.23 2.22 1.57 1.02 0.69 0.23 0.33 0.17 0.72 2.07 1.28 1.47 1.03
C4' 0.27 2.20 0.17 0.52 1.15 0.59 1.09 1.10 1.60 0.24 2.14 2.75 1.70 0.49 0.50 0.19 0.46 0.23 1.25 1.59 2.28 1.73 1.76
C5 0.23 2.03 0.13 0.27 1.33 0.39 1.62 0.48 2.17 0.71 2.34 2.16 1.52 1.21 0.73 0.24 0.31 0.16 0.65 2.37 1.22 1.63 1.02
C5' 0.27 2.29 0.17 0.52 1.20 0.60 1.17 1.09 1.73 0.25 2.27 2.85 1.74 0.55 0.53 0.20 0.48 0.23 1.24 1.75 2.29 1.78 1.76
C6 0.19 1.75 0.16 0.19 1.24 0.29 1.62 0.29 2.10 0.82 2.12 1.77 1.30 1.34 0.73 0.25 0.24 0.14 0.61 2.37 1.17 1.82 1.03
C8 0.27 2.34 0.12 0.38 1.40 0.50 1.58 0.75 2.20 0.57 2.55 2.66 1.75 1.06 0.72 0.22 0.41 0.18 0.84 2.35 1.55 1.55 1.21
N1 0.16 1.45 0.16 0.16 1.11 0.23 1.47 0.25 1.83 0.80 1.78 1.42 1.10 1.27 0.67 0.26 0.18 0.13 0.63 2.04 1.12 1.83 1.03
N2 0.11 0.94 0.14 0.15 0.80 0.17 1.00 0.28 1.15 0.59 1.11 0.89 0.76 0.88 0.51 0.27 0.12 0.14 0.61 1.22 0.91 1.52 0.87
N3 0.21 1.76 0.12 0.29 1.19 0.41 1.30 0.55 1.67 0.50 1.87 1.86 1.41 0.89 0.63 0.24 0.28 0.16 0.66 1.70 1.11 1.34 0.92
N7 0.25 2.22 0.13 0.31 1.39 0.44 1.67 0.59 2.28 0.69 2.53 2.44 1.64 1.21 0.75 0.23 0.36 0.17 0.71 2.52 1.37 1.63 1.10
N9 0.26 2.26 0.12 0.40 1.34 0.52 1.45 0.81 2.00 0.48 2.38 2.57 1.72 0.92 0.67 0.22 0.40 0.18 0.89 2.08 1.57 1.46 1.23
O2' 0.28 1.69 0.25 0.50 0.85 0.56 0.68 1.14 1.02 0.40 1.49 2.14 1.39 0.35 0.38 0.22 0.34 0.28 1.35 0.92 2.32 1.75 1.88
O3' 0.31 1.71 0.29 0.49 0.82 0.51 0.65 1.01 1.02 0.44 1.54 2.21 1.36 0.35 0.36 0.25 0.36 0.33 1.26 0.93 2.37 2.00 1.92
O4' 0.28 2.39 0.15 0.53 1.30 0.63 1.32 1.09 1.88 0.32 2.39 2.91 1.82 0.71 0.61 0.23 0.53 0.20 1.17 1.91 2.07 1.53 1.56
O5' 0.27 2.30 0.19 0.50 1.23 0.59 1.26 1.01 1.85 0.33 2.35 2.81 1.73 0.67 0.57 0.24 0.47 0.25 1.15 1.93 2.11 1.79 1.65
O6 0.18 1.67 0.17 0.17 1.22 0.25 1.65 0.25 2.15 0.89 2.10 1.68 1.22 1.43 0.73 0.26 0.22 0.14 0.64 2.51 1.24 1.95 1.11
OP1 0.29 2.30 0.24 0.54 1.20 0.61 1.20 1.06 1.81 0.33 2.34 2.86 1.73 0.60 0.54 0.26 0.50 0.27 1.23 1.88 2.28 1.93 1.80
OP2 0.28 2.31 0.21 0.46 1.27 0.55 1.38 0.89 2.01 0.39 2.46 2.77 1.71 0.80 0.60 0.30 0.44 0.24 1.03 2.17 1.91 1.79 1.52
P 0.30 2.39 0.19 0.48 1.30 0.58 1.37 0.98 1.99 0.38 2.49 2.91 1.79 0.76 0.62 0.22 0.45 0.25 1.14 2.11 2.11 1.86 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.03 0.21 0.01 0.41 0.03 0.50 0.37 0.18
C2 0.04 0.00 0.33 0.24 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.16 0.26 0.55 0.01 0.85 0.77 0.52
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.17 0.01 0.10 0.16 0.16 0.17 0.26 0.40 0.32 0.09 0.03 0.00 0.06 0.03 0.41 0.13 0.52 0.82 0.43
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.19 0.01 0.22 0.02 0.25 0.14 0.26 0.24 0.20 0.19 0.13 0.03 0.00 0.02 0.10 0.26 0.22 1.02 0.45
C4 0.02 0.01 0.17 0.19 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.15 0.59 0.02 0.87 0.67 0.49
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.12 0.10 0.18 0.12 0.09 0.05 0.17 0.03 0.01 0.01 0.07 0.21 0.52 0.17
C5 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.05 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.14 0.09 0.70 0.02 1.09 0.94 0.66
C5' 0.10 0.24 0.16 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.20 0.21 0.22 0.27 0.22 0.20 0.16 0.06 0.15 0.02 0.01 0.20 0.35 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.25 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.17 0.14 0.70 0.00 1.15 1.08 0.74
C8 0.01 0.01 0.17 0.14 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.10 0.13 0.71 0.03 1.05 0.68 0.56
N1 0.03 0.01 0.26 0.26 0.01 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.22 0.63 0.00 1.02 0.97 0.65
N2 0.06 0.01 0.40 0.24 0.02 0.18 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.42 0.19 0.31 0.49 0.02 0.78 0.72 0.47
N3 0.04 0.01 0.32 0.20 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.29 0.15 0.25 0.50 0.01 0.75 0.61 0.42
N7 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.13 0.07 0.75 0.03 1.21 0.99 0.72
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.05 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.12 0.11 0.02 0.58 0.03 0.79 0.47 0.39
O2' 0.03 0.30 0.00 0.03 0.10 0.17 0.14 0.06 0.13 0.32 0.20 0.42 0.29 0.28 0.12 0.00 0.06 0.12 0.36 0.15 0.56 1.08 0.49
O3' 0.21 0.16 0.06 0.00 0.12 0.03 0.14 0.15 0.17 0.10 0.17 0.19 0.15 0.13 0.11 0.06 0.00 0.17 0.15 0.19 0.37 1.15 0.50
O4' 0.01 0.26 0.03 0.02 0.15 0.01 0.09 0.02 0.14 0.13 0.22 0.31 0.25 0.07 0.02 0.12 0.17 0.00 0.33 0.13 0.38 0.38 0.21
O5' 0.41 0.55 0.41 0.10 0.59 0.01 0.70 0.01 0.70 0.71 0.63 0.49 0.50 0.75 0.58 0.36 0.15 0.33 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.13 0.26 0.02 0.07 0.02 0.20 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.15 0.19 0.13 0.75 0.00 1.27 1.25 0.83
OP1 0.50 0.85 0.52 0.22 0.87 0.21 1.09 0.35 1.15 1.05 1.02 0.78 0.75 1.21 0.79 0.56 0.37 0.38 0.02 1.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.77 0.82 1.02 0.67 0.52 0.94 0.32 1.08 0.68 0.97 0.72 0.61 0.99 0.47 1.08 1.15 0.38 0.02 1.25 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.52 0.43 0.45 0.49 0.17 0.66 0.02 0.74 0.56 0.65 0.47 0.42 0.72 0.39 0.49 0.50 0.21 0.01 0.83 0.00 0.01 0.00