ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51239

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.014, 0.037, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.106, 0.335, 0.565, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.335 std_dev=0.229
C2' A 0, 0.108, 0.342, 0.576, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.342 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.474, 0.725, 0.976, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.725 std_dev=0.251
O2' A 0, 0.079, 0.379, 0.679, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.379 std_dev=0.300
C2' B 0, 0.463, 0.805, 1.147, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.805 std_dev=0.342
C4' A 0, 0.178, 0.520, 0.863, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.520 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.189, 0.565, 0.941, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.565 std_dev=0.376
C3' B 0, 0.366, 0.810, 1.255, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.810 std_dev=0.445
O3' A 0, 0.224, 0.778, 1.333, 2.134 max_d=2.134 avg_d=0.778 std_dev=0.554
C5' A 0, 0.292, 0.896, 1.501, 2.463 max_d=2.463 avg_d=0.896 std_dev=0.604
O5' A 0, 0.853, 1.618, 2.383, 3.092 max_d=3.092 avg_d=1.618 std_dev=0.765
C1' B 0, 0.512, 1.395, 2.278, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.395 std_dev=0.883
O3' B 0, -0.167, 0.861, 1.889, 3.791 max_d=3.791 avg_d=0.861 std_dev=1.028
C4' B 0, 0.388, 1.502, 2.616, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.502 std_dev=1.114
O4' B 0, 0.544, 1.683, 2.822, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.683 std_dev=1.139
P A 0, 2.283, 3.482, 4.680, 4.415 max_d=4.415 avg_d=3.482 std_dev=1.198
N9 B 0, 0.875, 2.145, 3.414, 5.363 max_d=5.363 avg_d=2.145 std_dev=1.269
C8 B 0, 1.453, 2.773, 4.093, 5.731 max_d=5.731 avg_d=2.773 std_dev=1.320
OP1 A 0, 2.542, 3.935, 5.327, 5.124 max_d=5.124 avg_d=3.935 std_dev=1.393
O5' B 0, 1.045, 2.518, 3.990, 5.802 max_d=5.802 avg_d=2.518 std_dev=1.472
C5' B 0, 0.709, 2.359, 4.010, 5.519 max_d=5.519 avg_d=2.359 std_dev=1.651
N7 B 0, 1.754, 3.499, 5.244, 7.618 max_d=7.618 avg_d=3.499 std_dev=1.745
OP2 A 0, 2.953, 4.699, 6.445, 5.759 max_d=5.759 avg_d=4.699 std_dev=1.746
C4 B 0, 1.029, 2.782, 4.535, 7.421 max_d=7.421 avg_d=2.782 std_dev=1.753
N3 B 0, 1.185, 3.078, 4.970, 8.105 max_d=8.105 avg_d=3.078 std_dev=1.892
OP2 B 0, 1.695, 3.591, 5.488, 8.134 max_d=8.134 avg_d=3.591 std_dev=1.896
C5 B 0, 1.444, 3.488, 5.532, 8.841 max_d=8.841 avg_d=3.488 std_dev=2.044
P B 0, 1.464, 3.608, 5.752, 8.578 max_d=8.578 avg_d=3.608 std_dev=2.144
C2 B 0, 1.471, 3.957, 6.444, 10.571 max_d=10.571 avg_d=3.957 std_dev=2.487
C6 B 0, 1.658, 4.303, 6.948, 11.368 max_d=11.368 avg_d=4.303 std_dev=2.645
OP1 B 0, 1.336, 4.080, 6.823, 10.430 max_d=10.430 avg_d=4.080 std_dev=2.743
N1 B 0, 1.604, 4.443, 7.283, 12.128 max_d=12.128 avg_d=4.443 std_dev=2.840
N2 B 0, 1.678, 4.544, 7.409, 11.741 max_d=11.741 avg_d=4.544 std_dev=2.866
O6 B 0, 2.024, 5.018, 8.012, 12.936 max_d=12.936 avg_d=5.018 std_dev=2.994

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.03 0.59 0.16 0.15
C2 0.04 0.00 0.19 0.18 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.24 0.08 0.25 0.02 0.75 0.45 0.19
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.14 0.23 0.19 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.20 0.06 0.35 0.33 0.09
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.22 0.12 0.24 0.17 0.18 0.08 0.01 0.00 0.01 0.33 0.06 0.20 0.41 0.23
C4 0.03 0.01 0.09 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.08 0.04 0.26 0.01 0.75 0.43 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.14 0.06 0.11 0.08 0.12 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.06 0.27 0.08 0.09
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.32 0.01 0.81 0.56 0.21
C5' 0.04 0.12 0.02 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.23 0.13 0.13 0.11 0.23 0.13 0.06 0.04 0.02 0.01 0.17 0.13 0.09 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.33 0.01 0.82 0.62 0.22
C8 0.01 0.01 0.11 0.22 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.23 0.03 0.32 0.02 0.79 0.47 0.22
N1 0.04 0.01 0.14 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.06 0.29 0.01 0.79 0.56 0.20
N2 0.05 0.01 0.23 0.24 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.33 0.10 0.24 0.03 0.73 0.43 0.21
N3 0.04 0.01 0.19 0.17 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.22 0.08 0.22 0.01 0.72 0.38 0.18
N7 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.12 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.20 0.02 0.35 0.02 0.84 0.61 0.27
N9 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.23 0.02 0.71 0.34 0.15
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.17 0.27 0.21 0.04 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.10 0.35 0.18 0.12
O3' 0.02 0.24 0.02 0.00 0.08 0.02 0.07 0.04 0.07 0.23 0.16 0.33 0.22 0.20 0.07 0.05 0.00 0.02 0.37 0.07 0.31 0.45 0.31
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.20 0.03 0.60 0.19 0.27
O5' 0.12 0.25 0.20 0.33 0.26 0.01 0.32 0.01 0.33 0.32 0.29 0.24 0.22 0.35 0.23 0.10 0.37 0.20 0.00 0.35 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.10 0.07 0.03 0.35 0.00 0.83 0.70 0.27
OP1 0.59 0.75 0.35 0.20 0.75 0.27 0.81 0.13 0.82 0.79 0.79 0.73 0.72 0.84 0.71 0.35 0.31 0.60 0.02 0.83 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.45 0.33 0.41 0.43 0.08 0.56 0.09 0.62 0.47 0.56 0.43 0.38 0.61 0.34 0.18 0.45 0.19 0.02 0.70 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.19 0.09 0.23 0.17 0.09 0.21 0.02 0.22 0.22 0.20 0.21 0.18 0.27 0.15 0.12 0.31 0.27 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 1.69 0.19 0.47 1.00 1.00 1.05 1.31 1.38 0.50 1.65 2.06 1.35 0.77 0.55 0.31 0.78 0.61 0.79 1.43 1.25 0.70 0.87
C2 0.25 0.57 0.25 0.27 0.59 0.66 0.91 0.68 0.97 0.92 0.78 0.62 0.41 1.10 0.56 0.21 0.29 0.55 0.53 1.14 0.71 0.48 0.59
C2' 0.09 1.80 0.35 0.70 0.94 1.23 0.98 1.66 1.39 0.34 1.76 2.28 1.37 0.60 0.41 0.58 0.99 0.75 1.15 1.43 1.71 1.07 1.30
C3' 0.16 1.88 0.39 0.73 0.97 1.23 1.01 1.73 1.45 0.32 1.86 2.37 1.41 0.58 0.42 0.62 1.03 0.74 1.26 1.50 1.92 1.23 1.47
C4 0.10 1.04 0.22 0.37 0.66 0.85 0.88 1.00 1.06 0.71 1.10 1.28 0.80 0.92 0.44 0.25 0.51 0.60 0.61 1.20 0.84 0.54 0.65
C4' 0.22 1.94 0.25 0.58 1.11 1.07 1.16 1.54 1.57 0.42 1.93 2.37 1.51 0.74 0.57 0.45 0.94 0.58 1.05 1.63 1.73 1.03 1.24
C5 0.17 0.89 0.24 0.33 0.65 0.80 0.96 0.91 1.13 0.86 1.05 1.07 0.65 1.09 0.50 0.23 0.41 0.60 0.60 1.33 0.82 0.55 0.66
C5' 0.26 1.93 0.27 0.51 1.12 1.00 1.17 1.49 1.59 0.45 1.93 2.35 1.51 0.77 0.59 0.45 0.85 0.55 1.02 1.65 1.71 1.03 1.23
C6 0.29 0.66 0.26 0.27 0.68 0.68 1.09 0.72 1.21 1.04 0.96 0.67 0.45 1.29 0.62 0.20 0.28 0.58 0.58 1.46 0.83 0.56 0.68
C8 0.10 1.32 0.21 0.41 0.79 0.92 0.97 1.15 1.24 0.66 1.37 1.64 1.01 0.91 0.46 0.27 0.60 0.62 0.69 1.38 1.00 0.62 0.75
N1 0.34 0.55 0.26 0.24 0.70 0.60 1.10 0.61 1.18 1.08 0.89 0.47 0.39 1.32 0.67 0.20 0.24 0.56 0.57 1.41 0.83 0.55 0.67
N2 0.33 0.39 0.25 0.21 0.61 0.52 0.92 0.50 0.92 1.00 0.66 0.30 0.29 1.13 0.64 0.19 0.22 0.50 0.51 1.07 0.71 0.47 0.58
N3 0.10 0.90 0.22 0.35 0.60 0.82 0.80 0.92 0.94 0.70 0.95 1.10 0.70 0.87 0.43 0.25 0.47 0.57 0.56 1.06 0.76 0.49 0.60
N7 0.13 1.07 0.23 0.36 0.70 0.85 0.98 1.01 1.19 0.80 1.19 1.31 0.79 1.04 0.48 0.24 0.48 0.61 0.63 1.39 0.88 0.58 0.70
N9 0.11 1.36 0.20 0.42 0.80 0.94 0.94 1.17 1.20 0.60 1.37 1.68 1.06 0.83 0.45 0.28 0.64 0.61 0.69 1.30 1.02 0.61 0.75
O2' 0.10 2.00 0.37 0.81 1.06 1.29 1.08 1.77 1.53 0.27 1.96 2.50 1.53 0.60 0.45 0.63 1.18 0.73 1.26 1.56 1.91 1.15 1.41
O3' 0.28 2.01 0.52 0.90 0.98 1.37 0.99 1.96 1.51 0.23 1.99 2.57 1.48 0.46 0.37 0.77 1.23 0.85 1.51 1.56 2.31 1.51 1.80
O4' 0.39 1.84 0.21 0.41 1.15 0.93 1.20 1.28 1.54 0.58 1.83 2.20 1.49 0.88 0.69 0.30 0.76 0.58 0.75 1.60 1.29 0.69 0.86
O5' 0.39 1.76 0.23 0.35 1.05 0.99 1.07 1.40 1.43 0.43 1.74 2.13 1.41 0.72 0.59 0.32 0.60 0.73 0.90 1.48 1.47 0.91 1.08
O6 0.35 0.64 0.27 0.24 0.75 0.63 1.21 0.65 1.34 1.14 1.03 0.54 0.44 1.43 0.70 0.20 0.24 0.59 0.62 1.65 0.92 0.61 0.74
OP1 0.74 2.24 0.82 0.46 1.58 0.50 1.71 0.93 2.09 1.09 2.33 2.56 1.85 1.42 1.12 0.95 0.66 0.26 0.48 2.21 1.00 0.50 0.63
OP2 0.42 1.42 0.15 0.40 0.81 1.07 0.84 1.40 1.15 0.31 1.41 1.75 1.12 0.56 0.44 0.19 0.56 0.90 0.89 1.22 1.29 0.89 1.02
P 0.48 1.83 0.39 0.18 1.19 0.79 1.26 1.17 1.61 0.65 1.86 2.15 1.49 0.95 0.75 0.48 0.46 0.60 0.65 1.69 1.16 0.67 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.11 0.02 0.25 0.04 0.13
C2 0.02 0.00 0.33 0.26 0.01 0.12 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.17 0.27 0.17 0.01 0.62 0.12 0.24
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.17 0.02 0.08 0.11 0.14 0.18 0.25 0.39 0.32 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.24 0.10 0.29 0.17 0.27
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.02 0.25 0.16 0.27 0.27 0.23 0.20 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.26 0.25 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.17 0.21 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.15 0.14 0.01 0.55 0.19 0.20
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.12 0.09 0.16 0.11 0.08 0.03 0.21 0.03 0.00 0.02 0.04 0.19 0.19 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.13 0.07 0.14 0.01 0.66 0.35 0.22
C5' 0.05 0.25 0.11 0.02 0.16 0.01 0.14 0.00 0.18 0.12 0.23 0.28 0.22 0.11 0.08 0.10 0.14 0.01 0.01 0.17 0.24 0.32 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.25 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.13 0.15 0.01 0.74 0.34 0.24
C8 0.01 0.01 0.18 0.16 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.12 0.15 0.16 0.02 0.49 0.42 0.21
N1 0.02 0.00 0.25 0.27 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.21 0.16 0.01 0.71 0.23 0.24
N2 0.03 0.00 0.39 0.27 0.01 0.16 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.39 0.20 0.31 0.18 0.01 0.60 0.07 0.25
N3 0.02 0.00 0.32 0.23 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.14 0.26 0.16 0.02 0.53 0.08 0.21
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.15 0.07 0.16 0.02 0.64 0.50 0.23
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.02 0.01 0.12 0.01 0.42 0.20 0.17
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.07 0.21 0.09 0.10 0.06 0.30 0.16 0.39 0.28 0.26 0.10 0.00 0.04 0.14 0.15 0.09 0.20 0.13 0.20
O3' 0.15 0.17 0.02 0.01 0.09 0.03 0.13 0.14 0.17 0.12 0.18 0.20 0.14 0.15 0.02 0.04 0.00 0.14 0.17 0.20 0.56 0.13 0.23
O4' 0.00 0.27 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.01 0.13 0.15 0.21 0.31 0.26 0.07 0.01 0.14 0.14 0.00 0.07 0.10 0.20 0.08 0.15
O5' 0.11 0.17 0.24 0.03 0.14 0.02 0.14 0.01 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.12 0.15 0.17 0.07 0.00 0.15 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.10 0.26 0.01 0.04 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.20 0.10 0.15 0.00 0.80 0.43 0.25
OP1 0.25 0.62 0.29 0.25 0.55 0.19 0.66 0.24 0.74 0.49 0.71 0.60 0.53 0.64 0.42 0.20 0.56 0.20 0.02 0.80 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.12 0.17 0.08 0.19 0.19 0.35 0.32 0.34 0.42 0.23 0.07 0.08 0.50 0.20 0.13 0.13 0.08 0.02 0.43 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.24 0.27 0.07 0.20 0.03 0.22 0.02 0.24 0.21 0.24 0.25 0.21 0.23 0.17 0.20 0.23 0.15 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00