ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51240

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.051, 0.223, 0.395, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.223 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.053, 0.252, 0.451, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.252 std_dev=0.199
O2' A 0, 0.075, 0.293, 0.510, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.293 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.154, 0.432, 0.710, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.432 std_dev=0.278
C4' A 0, 0.066, 0.345, 0.623, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.345 std_dev=0.278
C3' A 0, 0.078, 0.381, 0.684, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.381 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.210, 0.513, 0.816, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.513 std_dev=0.303
O5' A 0, 0.088, 0.525, 0.962, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.525 std_dev=0.437
C5' A 0, 0.119, 0.576, 1.032, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.576 std_dev=0.456
O3' A 0, 0.109, 0.575, 1.041, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.575 std_dev=0.466
OP2 A 0, 0.121, 0.787, 1.454, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.787 std_dev=0.666
P A 0, 0.049, 0.854, 1.660, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.854 std_dev=0.805
C3' B 0, 0.182, 1.512, 2.843, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.512 std_dev=1.330
OP1 A 0, -0.084, 1.290, 2.664, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.290 std_dev=1.374
C1' B 0, 0.101, 1.655, 3.210, 3.422 max_d=3.422 avg_d=1.655 std_dev=1.554
N9 B 0, 0.126, 2.219, 4.313, 4.618 max_d=4.618 avg_d=2.219 std_dev=2.093
O4' B 0, 0.086, 2.301, 4.516, 4.791 max_d=4.791 avg_d=2.301 std_dev=2.215
O3' B 0, 0.292, 2.509, 4.725, 5.015 max_d=5.015 avg_d=2.509 std_dev=2.216
C4' B 0, 0.087, 2.310, 4.533, 4.817 max_d=4.817 avg_d=2.310 std_dev=2.223
C8 B 0, 0.253, 2.597, 4.941, 5.447 max_d=5.447 avg_d=2.597 std_dev=2.344
P B 0, 0.455, 3.049, 5.643, 6.097 max_d=6.097 avg_d=3.049 std_dev=2.594
O5' B 0, 0.235, 2.842, 5.448, 5.748 max_d=5.748 avg_d=2.842 std_dev=2.606
C5' B 0, 0.164, 2.850, 5.536, 6.054 max_d=6.054 avg_d=2.850 std_dev=2.686
OP2 B 0, 0.420, 3.111, 5.802, 6.505 max_d=6.505 avg_d=3.111 std_dev=2.691
N3 B 0, 0.446, 3.196, 5.946, 6.273 max_d=6.273 avg_d=3.196 std_dev=2.750
C4 B 0, 0.246, 3.002, 5.758, 6.011 max_d=6.011 avg_d=3.002 std_dev=2.756
OP1 B 0, 0.620, 3.517, 6.413, 7.420 max_d=7.420 avg_d=3.517 std_dev=2.896
N7 B 0, 0.275, 3.528, 6.781, 7.436 max_d=7.436 avg_d=3.528 std_dev=3.253
C5 B 0, 0.222, 3.763, 7.304, 7.824 max_d=7.824 avg_d=3.763 std_dev=3.541
C2 B 0, 0.521, 4.106, 7.691, 8.048 max_d=8.048 avg_d=4.106 std_dev=3.585
N2 B 0, 0.659, 4.438, 8.218, 8.546 max_d=8.546 avg_d=4.438 std_dev=3.780
N1 B 0, 0.441, 4.871, 9.300, 9.647 max_d=9.647 avg_d=4.871 std_dev=4.429
C6 B 0, 0.308, 4.811, 9.313, 9.865 max_d=9.865 avg_d=4.811 std_dev=4.503
O6 B 0, 0.351, 5.718, 11.086, 11.841 max_d=11.841 avg_d=5.718 std_dev=5.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.11 0.14 0.16
C2 0.04 0.00 0.19 0.19 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.26 0.05 0.11 0.01 0.18 0.24 0.24
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.01 0.09 0.09 0.15 0.24 0.18 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.14 0.05 0.07
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.10 0.16 0.23 0.17 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.23 0.01 0.04
C4 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.03 0.08 0.01 0.17 0.21 0.24
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.07 0.01 0.21 0.24 0.27
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.03 0.07 0.00 0.23 0.26 0.28
C8 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.03 0.05 0.01 0.18 0.19 0.24
N1 0.03 0.00 0.15 0.16 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.22 0.05 0.10 0.00 0.21 0.25 0.27
N2 0.05 0.00 0.24 0.23 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.32 0.05 0.13 0.01 0.18 0.24 0.24
N3 0.04 0.01 0.18 0.17 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.22 0.05 0.10 0.01 0.16 0.21 0.22
N7 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.02 0.22 0.23 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.15 0.18 0.21
O2' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.09 0.06 0.15 0.24 0.17 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.16 0.04 0.05
O3' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.15 0.12 0.22 0.32 0.22 0.09 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.13 0.40 0.07 0.11
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.03 0.19 0.15 0.18
O5' 0.06 0.11 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.10 0.13 0.10 0.04 0.07 0.02 0.10 0.10 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.07 0.00 0.26 0.27 0.30
OP1 0.11 0.18 0.14 0.23 0.17 0.09 0.21 0.09 0.23 0.18 0.21 0.18 0.16 0.22 0.15 0.16 0.40 0.19 0.02 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.24 0.05 0.01 0.21 0.05 0.24 0.02 0.26 0.19 0.25 0.24 0.21 0.23 0.18 0.04 0.07 0.15 0.02 0.27 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.24 0.07 0.04 0.24 0.05 0.27 0.01 0.28 0.24 0.27 0.24 0.22 0.27 0.21 0.05 0.11 0.18 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 2.04 0.22 0.80 1.25 0.78 1.31 1.02 1.69 0.61 2.02 2.42 1.63 0.93 0.71 0.23 1.62 0.27 0.84 1.72 0.81 0.48 0.53
C2 0.37 0.79 0.16 0.23 0.64 0.26 0.77 0.33 0.89 0.61 0.88 0.82 0.65 0.73 0.53 0.18 0.57 0.38 0.25 0.98 0.24 0.41 0.10
C2' 0.25 2.15 0.21 1.18 1.13 1.38 1.25 1.64 1.77 0.40 2.18 2.67 1.57 0.80 0.46 0.16 1.98 0.82 1.46 1.84 1.39 0.91 1.15
C3' 0.24 2.18 0.22 1.22 1.13 1.45 1.30 1.77 1.86 0.43 2.27 2.70 1.56 0.86 0.45 0.15 2.03 0.86 1.54 1.98 1.52 1.02 1.26
C4 0.20 1.12 0.19 0.47 0.63 0.50 0.65 0.64 0.87 0.31 1.07 1.39 0.89 0.44 0.35 0.20 1.03 0.37 0.50 0.88 0.48 0.40 0.29
C4' 0.28 2.39 0.19 1.04 1.46 1.07 1.63 1.39 2.14 0.76 2.49 2.82 1.84 1.21 0.82 0.21 1.92 0.37 1.14 2.26 1.15 0.69 0.83
C5 0.28 0.99 0.18 0.39 0.60 0.44 0.66 0.56 0.85 0.42 0.99 1.20 0.77 0.53 0.40 0.19 0.86 0.42 0.40 0.91 0.43 0.39 0.25
C5' 0.29 2.31 0.20 1.00 1.43 1.01 1.60 1.35 2.11 0.78 2.44 2.72 1.77 1.21 0.81 0.25 1.86 0.33 1.06 2.25 1.12 0.65 0.76
C6 0.41 1.01 0.16 0.25 0.76 0.29 0.90 0.38 1.09 0.67 1.13 1.09 0.80 0.83 0.60 0.18 0.60 0.45 0.23 1.21 0.29 0.40 0.17
C8 0.18 1.44 0.20 0.60 0.81 0.63 0.84 0.83 1.14 0.33 1.42 1.78 1.12 0.54 0.41 0.21 1.24 0.37 0.62 1.17 0.66 0.42 0.41
N1 0.46 1.05 0.15 0.20 0.86 0.21 1.03 0.29 1.22 0.79 1.21 1.04 0.85 0.97 0.70 0.17 0.50 0.43 0.16 1.34 0.22 0.42 0.12
N2 0.46 0.82 0.13 0.18 0.80 0.18 0.97 0.23 1.08 0.80 1.00 0.70 0.70 0.96 0.70 0.15 0.43 0.36 0.16 1.18 0.20 0.44 0.07
N3 0.21 0.97 0.19 0.41 0.57 0.43 0.58 0.54 0.76 0.34 0.91 1.19 0.79 0.44 0.34 0.20 0.93 0.35 0.45 0.78 0.39 0.40 0.22
N7 0.23 1.14 0.19 0.47 0.64 0.52 0.67 0.68 0.92 0.34 1.13 1.42 0.88 0.47 0.36 0.20 1.01 0.41 0.48 0.95 0.54 0.40 0.32
N9 0.18 1.53 0.20 0.63 0.88 0.65 0.90 0.84 1.21 0.36 1.49 1.88 1.21 0.59 0.46 0.22 1.31 0.34 0.66 1.22 0.66 0.43 0.41
O2' 0.17 2.64 0.25 1.32 1.48 1.50 1.66 1.80 2.26 0.62 2.70 3.17 1.96 1.14 0.69 0.23 2.22 0.75 1.64 2.35 1.54 1.03 1.30
O3' 0.41 2.32 0.38 1.47 1.12 1.83 1.36 2.20 2.04 0.39 2.49 2.90 1.58 0.88 0.35 0.28 2.26 1.17 1.97 2.23 1.98 1.45 1.71
O4' 0.47 2.22 0.30 0.77 1.46 0.66 1.55 0.94 1.95 0.83 2.25 2.58 1.80 1.18 0.92 0.34 1.62 0.15 0.71 2.01 0.76 0.48 0.40
O5' 0.12 1.99 0.15 0.98 1.12 1.06 1.26 1.37 1.74 0.52 2.08 2.42 1.48 0.89 0.55 0.19 1.78 0.52 1.09 1.85 1.16 0.69 0.84
O6 0.47 1.20 0.15 0.21 0.92 0.25 1.10 0.34 1.34 0.81 1.37 1.26 0.94 1.01 0.72 0.17 0.53 0.47 0.16 1.49 0.28 0.41 0.18
OP1 0.32 2.10 0.25 0.98 1.26 1.02 1.41 1.36 1.90 0.68 2.21 2.51 1.59 1.06 0.71 0.24 1.78 0.47 1.00 2.04 1.16 0.53 0.78
OP2 0.22 1.55 0.07 0.88 0.81 1.03 0.91 1.30 1.31 0.40 1.62 1.95 1.12 0.62 0.38 0.14 1.57 0.66 0.99 1.40 1.12 0.58 0.81
P 0.30 1.93 0.21 0.84 1.16 0.91 1.29 1.22 1.72 0.66 2.02 2.33 1.47 0.97 0.67 0.26 1.60 0.47 0.89 1.82 1.11 0.42 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.25 0.04 0.26 0.85 0.26
C2 0.02 0.00 0.44 0.37 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.08 0.27 0.43 0.02 0.49 1.01 0.32
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.21 0.02 0.05 0.15 0.12 0.29 0.30 0.55 0.45 0.19 0.03 0.00 0.02 0.02 0.63 0.06 0.64 0.43 0.37
C3' 0.01 0.37 0.00 0.00 0.31 0.01 0.33 0.01 0.37 0.20 0.39 0.38 0.33 0.27 0.21 0.02 0.00 0.03 0.46 0.37 0.37 0.28 0.26
C4 0.01 0.01 0.21 0.31 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.14 0.42 0.02 0.51 1.05 0.33
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.08 0.18 0.03 0.10 0.06 0.18 0.07 0.31 0.01 0.00 0.01 0.12 0.14 0.39 0.20
C5 0.02 0.01 0.05 0.33 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.13 0.05 0.48 0.02 0.64 1.20 0.42
C5' 0.04 0.09 0.15 0.01 0.05 0.00 0.13 0.00 0.13 0.20 0.08 0.14 0.10 0.22 0.07 0.16 0.20 0.01 0.01 0.18 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.37 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.15 0.10 0.51 0.01 0.67 1.24 0.45
C8 0.01 0.01 0.29 0.20 0.00 0.18 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.53 0.10 0.17 0.45 0.03 0.63 1.19 0.39
N1 0.03 0.01 0.30 0.39 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.13 0.19 0.48 0.01 0.60 1.13 0.39
N2 0.03 0.00 0.55 0.38 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.09 0.33 0.41 0.02 0.45 0.94 0.29
N3 0.02 0.01 0.45 0.33 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.04 0.27 0.39 0.02 0.43 0.95 0.28
N7 0.01 0.01 0.19 0.27 0.00 0.18 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.55 0.15 0.11 0.50 0.03 0.72 1.29 0.47
N9 0.01 0.02 0.03 0.21 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.24 0.04 0.01 0.38 0.03 0.46 1.03 0.31
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.11 0.31 0.35 0.16 0.31 0.53 0.10 0.38 0.24 0.55 0.24 0.00 0.05 0.21 0.27 0.44 0.37 0.55 0.16
O3' 0.25 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.13 0.20 0.15 0.10 0.13 0.09 0.04 0.15 0.04 0.05 0.00 0.14 0.25 0.18 0.32 0.18 0.18
O4' 0.01 0.27 0.02 0.03 0.14 0.00 0.05 0.01 0.10 0.17 0.19 0.33 0.27 0.11 0.01 0.21 0.14 0.00 0.12 0.06 0.28 0.92 0.52
O5' 0.25 0.43 0.63 0.46 0.42 0.01 0.48 0.01 0.51 0.45 0.48 0.41 0.39 0.50 0.38 0.27 0.25 0.12 0.00 0.53 0.02 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.37 0.02 0.12 0.02 0.18 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.44 0.18 0.06 0.53 0.00 0.73 1.33 0.50
OP1 0.26 0.49 0.64 0.37 0.51 0.14 0.64 0.24 0.67 0.63 0.60 0.45 0.43 0.72 0.46 0.37 0.32 0.28 0.02 0.73 0.00 0.01 0.01
OP2 0.85 1.01 0.43 0.28 1.05 0.39 1.20 0.28 1.24 1.19 1.13 0.94 0.95 1.29 1.03 0.55 0.18 0.92 0.01 1.33 0.01 0.00 0.00
P 0.26 0.32 0.37 0.26 0.33 0.20 0.42 0.02 0.45 0.39 0.39 0.29 0.28 0.47 0.31 0.16 0.18 0.52 0.01 0.50 0.01 0.00 0.00