ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51242

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.030, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.013, 0.037, 0.062, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.020, 0.045, 0.070, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.012, 0.039, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.014, 0.042, 0.069, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.001, 0.036, 0.071, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.035
N3 A 0, -0.001, 0.038, 0.077, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.038 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.001, 0.045, 0.088, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.045 std_dev=0.043
O6 A 0, 0.022, 0.065, 0.109, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.065 std_dev=0.044
N2 A 0, 0.003, 0.060, 0.117, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.060 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.041, 0.133, 0.224, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.133 std_dev=0.091
C2' A 0, 0.024, 0.152, 0.280, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.152 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.022, 0.169, 0.317, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.169 std_dev=0.147
C4' A 0, 0.047, 0.213, 0.380, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.213 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.025, 0.214, 0.403, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.214 std_dev=0.189
C5' A 0, 0.060, 0.307, 0.554, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.307 std_dev=0.247
O5' A 0, 0.071, 0.329, 0.587, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.329 std_dev=0.258
O3' B 0, 0.246, 0.515, 0.784, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.515 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.201, 0.478, 0.755, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.478 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.055, 0.334, 0.612, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.334 std_dev=0.279
P B 0, 0.185, 0.472, 0.759, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.472 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.230, 0.520, 0.810, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.520 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.175, 0.477, 0.778, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.477 std_dev=0.301
C5' B 0, 0.160, 0.464, 0.767, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.464 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.190, 0.499, 0.807, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.499 std_dev=0.309
C4' B 0, 0.130, 0.452, 0.774, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.452 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.178, 0.504, 0.831, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.504 std_dev=0.326
C2' B 0, 0.201, 0.530, 0.859, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.530 std_dev=0.329
OP2 A 0, 0.040, 0.385, 0.729, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.385 std_dev=0.344
P A 0, 0.055, 0.401, 0.748, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.401 std_dev=0.347
O4' B 0, 0.101, 0.464, 0.827, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.464 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.142, 0.520, 0.897, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.520 std_dev=0.377
C8 B 0, 0.167, 0.581, 0.996, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.581 std_dev=0.415
N9 B 0, 0.160, 0.579, 0.998, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.579 std_dev=0.419
OP1 A 0, 0.051, 0.488, 0.925, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.488 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.184, 0.641, 1.099, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.641 std_dev=0.457
C4 B 0, 0.172, 0.654, 1.135, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.654 std_dev=0.481
C5 B 0, 0.194, 0.694, 1.194, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.694 std_dev=0.500
N3 B 0, 0.182, 0.705, 1.228, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.705 std_dev=0.523
C6 B 0, 0.234, 0.795, 1.355, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.795 std_dev=0.561
C2 B 0, 0.219, 0.796, 1.372, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.796 std_dev=0.576
N1 B 0, 0.242, 0.831, 1.420, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.831 std_dev=0.589
O6 B 0, 0.268, 0.865, 1.461, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.865 std_dev=0.597
N2 B 0, 0.254, 0.890, 1.526, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.890 std_dev=0.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05
C2 0.07 0.00 0.16 0.20 0.01 0.12 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.26 0.05 0.11 0.02 0.13 0.11 0.11
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.05 0.13 0.18 0.15 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.08 0.05
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.13 0.01 0.10 0.01 0.13 0.04 0.18 0.23 0.19 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.07 0.09 0.08
C4 0.04 0.01 0.08 0.13 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.15 0.02 0.09 0.03 0.09 0.08 0.08
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.10 0.14 0.12 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.13 0.03 0.08 0.02 0.08 0.08 0.07
C5' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.09 0.03 0.11 0.14 0.12 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.10 0.06 0.01 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.13 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.17 0.03 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10
C8 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05
N1 0.06 0.01 0.13 0.18 0.02 0.10 0.02 0.11 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.12 0.24 0.03 0.11 0.02 0.13 0.12 0.11
N2 0.08 0.01 0.18 0.23 0.01 0.14 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.31 0.06 0.13 0.03 0.15 0.12 0.12
N3 0.08 0.01 0.15 0.19 0.00 0.12 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.24 0.06 0.11 0.03 0.12 0.10 0.11
N7 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05
N9 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.07
O2' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.12 0.18 0.13 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03 0.05 0.01
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.15 0.01 0.13 0.03 0.17 0.06 0.24 0.31 0.24 0.07 0.07 0.04 0.00 0.02 0.11 0.16 0.13 0.11 0.11
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.06 0.08 0.05 0.07
O5' 0.04 0.11 0.04 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.13 0.11 0.05 0.07 0.01 0.11 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00
O6 0.04 0.02 0.07 0.12 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.16 0.06 0.12 0.00 0.14 0.14 0.13
OP1 0.05 0.13 0.04 0.07 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.06 0.13 0.15 0.12 0.05 0.07 0.03 0.13 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.11 0.08 0.09 0.08 0.03 0.08 0.01 0.11 0.07 0.12 0.12 0.10 0.05 0.07 0.05 0.11 0.05 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.05 0.08 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.05 0.11 0.12 0.11 0.05 0.07 0.01 0.11 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08 0.11 0.14 0.10 0.13 0.11 0.15 0.11 0.15 0.09 0.11 0.11 0.13 0.25 0.13 0.14
C2 0.11 0.19 0.16 0.16 0.12 0.12 0.10 0.14 0.11 0.10 0.15 0.24 0.19 0.10 0.09 0.22 0.16 0.09 0.14 0.11 0.26 0.10 0.16
C2' 0.16 0.18 0.16 0.10 0.17 0.13 0.16 0.09 0.16 0.15 0.17 0.21 0.19 0.16 0.16 0.22 0.10 0.17 0.05 0.16 0.24 0.12 0.12
C3' 0.17 0.17 0.14 0.08 0.16 0.13 0.16 0.11 0.16 0.16 0.16 0.19 0.18 0.16 0.17 0.20 0.09 0.18 0.06 0.16 0.25 0.15 0.14
C4 0.10 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.12 0.13 0.11 0.16 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.14 0.25 0.12 0.15
C4' 0.10 0.11 0.09 0.05 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.08 0.12 0.06 0.12 0.25 0.14 0.13
C5 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.10 0.15 0.10 0.15 0.11 0.11 0.12 0.13 0.13 0.13 0.25 0.12 0.15
C5' 0.10 0.09 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.13 0.08 0.11 0.06 0.12 0.25 0.14 0.13
C6 0.07 0.14 0.09 0.13 0.08 0.11 0.08 0.14 0.09 0.11 0.11 0.20 0.13 0.11 0.07 0.14 0.12 0.10 0.13 0.10 0.26 0.11 0.16
C8 0.14 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.15 0.13 0.14 0.18 0.12 0.13 0.12 0.18 0.15 0.15 0.12 0.15 0.14 0.16 0.25 0.14 0.15
N1 0.09 0.19 0.13 0.14 0.11 0.11 0.09 0.13 0.11 0.09 0.15 0.25 0.18 0.09 0.08 0.20 0.14 0.09 0.14 0.11 0.26 0.10 0.16
N2 0.20 0.28 0.25 0.21 0.19 0.16 0.13 0.15 0.16 0.08 0.22 0.33 0.28 0.08 0.14 0.32 0.20 0.12 0.19 0.14 0.27 0.10 0.18
N3 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.11 0.17 0.13 0.14 0.11 0.16 0.14 0.11 0.12 0.13 0.25 0.11 0.14
N7 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.17 0.11 0.13 0.11 0.17 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.26 0.13 0.16
N9 0.12 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.12 0.13 0.17 0.11 0.12 0.11 0.17 0.14 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.25 0.13 0.15
O2' 0.14 0.16 0.15 0.10 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.19 0.17 0.11 0.13 0.20 0.12 0.14 0.06 0.13 0.25 0.13 0.13
O3' 0.22 0.22 0.18 0.14 0.21 0.19 0.21 0.19 0.21 0.21 0.21 0.23 0.22 0.21 0.22 0.23 0.14 0.24 0.13 0.22 0.25 0.20 0.19
O4' 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.07 0.11 0.13 0.09 0.10 0.09 0.14 0.11 0.13 0.09 0.10 0.10 0.13 0.25 0.13 0.14
O5' 0.10 0.11 0.08 0.03 0.10 0.06 0.10 0.06 0.09 0.12 0.10 0.14 0.11 0.12 0.10 0.13 0.03 0.11 0.05 0.10 0.24 0.12 0.12
O6 0.06 0.15 0.09 0.12 0.07 0.11 0.06 0.14 0.07 0.10 0.11 0.21 0.12 0.09 0.06 0.14 0.13 0.09 0.14 0.07 0.27 0.12 0.17
OP1 0.11 0.12 0.09 0.04 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.12 0.10 0.15 0.12 0.12 0.11 0.14 0.03 0.12 0.05 0.10 0.21 0.12 0.10
OP2 0.09 0.09 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.05 0.10 0.14 0.08 0.13 0.09 0.14 0.11 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.23 0.11 0.12
P 0.09 0.10 0.07 0.02 0.09 0.05 0.09 0.05 0.09 0.11 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.03 0.11 0.05 0.09 0.23 0.12 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.16 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.25 0.13
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.05 0.18 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.07 0.16 0.11
C4 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.06 0.22 0.11
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.08 0.08 0.08 0.03
C5 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.11 0.03 0.12 0.26 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.08 0.05 0.04 0.13 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.14 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.13 0.01 0.16 0.30 0.19
C8 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.09 0.03 0.08 0.21 0.12
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.11 0.02 0.13 0.28 0.16
N2 0.03 0.01 0.07 0.09 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.08 0.10 0.03 0.08 0.04 0.07 0.25 0.12
N3 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.06 0.02 0.04 0.21 0.09
N7 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.05 0.13 0.04 0.14 0.26 0.17
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.19 0.09
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.08 0.14 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.15 0.06 0.12 0.14 0.12
O4' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.05 0.10 0.13 0.09
O5' 0.02 0.08 0.07 0.12 0.07 0.02 0.11 0.01 0.13 0.09 0.11 0.08 0.06 0.13 0.05 0.04 0.15 0.09 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.04 0.08 0.02 0.08 0.03 0.14 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.16 0.00 0.22 0.35 0.24
OP1 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.08 0.12 0.10 0.16 0.08 0.13 0.07 0.04 0.14 0.03 0.08 0.12 0.10 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.25 0.18 0.16 0.22 0.08 0.26 0.03 0.30 0.21 0.28 0.25 0.21 0.26 0.19 0.14 0.14 0.13 0.02 0.35 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.09 0.11 0.11 0.03 0.16 0.01 0.19 0.12 0.16 0.12 0.09 0.17 0.09 0.05 0.12 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00