ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51243

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.011, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.015, 0.027, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.018, 0.030, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.030 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.026, 0.053, 0.080, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.053 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.115, 0.224, 0.333, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.224 std_dev=0.109
O4' A 0, 0.138, 0.249, 0.360, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.249 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.151, 0.270, 0.389, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.270 std_dev=0.119
N3 B 0, 0.140, 0.300, 0.461, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.300 std_dev=0.161
C4 B 0, 0.206, 0.367, 0.529, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.367 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.166, 0.347, 0.528, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.347 std_dev=0.181
C4' A 0, 0.197, 0.378, 0.560, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.378 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.206, 0.389, 0.571, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.389 std_dev=0.183
O5' A 0, 0.196, 0.396, 0.597, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.396 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.149, 0.359, 0.570, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.359 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.106, 0.316, 0.527, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.316 std_dev=0.211
N9 B 0, 0.253, 0.469, 0.684, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.469 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.135, 0.358, 0.581, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.358 std_dev=0.223
C2' B 0, 0.184, 0.408, 0.632, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.408 std_dev=0.224
N2 B 0, 0.194, 0.418, 0.642, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.418 std_dev=0.224
N7 B 0, 0.298, 0.528, 0.759, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.528 std_dev=0.230
O6 B 0, 0.210, 0.442, 0.673, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.442 std_dev=0.231
C8 B 0, 0.323, 0.584, 0.845, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.584 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.229, 0.498, 0.767, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.498 std_dev=0.269
C5' A 0, 0.326, 0.611, 0.896, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.611 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.407, 0.709, 1.011, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.709 std_dev=0.302
O3' A 0, 0.225, 0.528, 0.830, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.528 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.159, 0.500, 0.840, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.500 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.375, 0.726, 1.076, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.726 std_dev=0.350
P A 0, 0.411, 0.765, 1.119, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.765 std_dev=0.354
C4' B 0, 0.304, 0.684, 1.064, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.684 std_dev=0.380
C5' B 0, 0.418, 0.802, 1.187, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.802 std_dev=0.385
OP1 A 0, 0.403, 0.852, 1.301, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.852 std_dev=0.449
O3' B 0, 0.327, 0.780, 1.233, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.780 std_dev=0.453
OP2 A 0, 0.488, 0.959, 1.429, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.959 std_dev=0.471
P B 0, 0.508, 1.028, 1.549, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.028 std_dev=0.521
O5' B 0, 0.563, 1.126, 1.689, 1.823 max_d=1.823 avg_d=1.126 std_dev=0.563
OP2 B 0, 0.551, 1.255, 1.959, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.255 std_dev=0.704
OP1 B 0, 0.442, 1.457, 2.473, 3.551 max_d=3.551 avg_d=1.457 std_dev=1.015

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.14 0.17 0.10
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.18 0.02 0.09 0.01 0.11 0.24 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.10 0.14 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.06 0.20 0.07
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.07 0.13 0.17 0.13 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.10 0.10 0.11 0.17 0.09
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.09 0.01 0.11 0.23 0.11
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.13 0.08 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.10 0.01 0.11 0.27 0.12
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.08 0.13 0.05 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.11 0.00 0.11 0.28 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.10 0.01 0.11 0.25 0.11
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.03 0.10 0.01 0.11 0.26 0.12
N2 0.04 0.01 0.14 0.17 0.02 0.09 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.22 0.03 0.10 0.02 0.12 0.23 0.12
N3 0.02 0.01 0.11 0.13 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.02 0.09 0.01 0.12 0.21 0.11
N7 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.11 0.02 0.12 0.28 0.13
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.11 0.21 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.11 0.14 0.05
O3' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.13 0.07 0.17 0.22 0.15 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.12 0.12 0.18 0.15 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.03 0.22 0.15 0.14
O5' 0.06 0.09 0.06 0.10 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08 0.04 0.12 0.11 0.00 0.12 0.01 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.03 0.12 0.00 0.13 0.30 0.15
OP1 0.14 0.11 0.06 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.18 0.22 0.01 0.13 0.00 0.03 0.01
OP2 0.17 0.24 0.20 0.17 0.23 0.08 0.27 0.05 0.28 0.25 0.26 0.23 0.21 0.28 0.21 0.14 0.15 0.15 0.03 0.30 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.11 0.07 0.09 0.11 0.04 0.12 0.02 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.05 0.12 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.08 0.11 0.21 0.17 0.29 0.20 0.32 0.26 0.25 0.12 0.14 0.32 0.19 0.13 0.15 0.09 0.23 0.36 0.17 0.83 0.13
C2 0.08 0.18 0.09 0.10 0.08 0.13 0.17 0.20 0.13 0.26 0.13 0.27 0.12 0.28 0.14 0.11 0.11 0.09 0.30 0.19 0.33 0.92 0.27
C2' 0.21 0.23 0.17 0.13 0.30 0.14 0.36 0.17 0.35 0.35 0.29 0.15 0.23 0.39 0.29 0.20 0.16 0.14 0.23 0.37 0.24 0.89 0.16
C3' 0.21 0.20 0.18 0.15 0.28 0.15 0.34 0.19 0.33 0.35 0.26 0.13 0.21 0.38 0.29 0.21 0.18 0.16 0.25 0.36 0.27 0.97 0.21
C4 0.07 0.12 0.07 0.09 0.14 0.14 0.24 0.19 0.24 0.26 0.13 0.25 0.08 0.31 0.16 0.11 0.11 0.09 0.28 0.30 0.26 0.92 0.23
C4' 0.13 0.19 0.10 0.11 0.23 0.14 0.30 0.17 0.31 0.28 0.26 0.15 0.16 0.32 0.21 0.15 0.16 0.09 0.22 0.35 0.22 0.89 0.15
C5 0.07 0.17 0.08 0.08 0.11 0.14 0.22 0.20 0.21 0.26 0.15 0.30 0.11 0.31 0.14 0.12 0.10 0.08 0.31 0.29 0.36 0.98 0.30
C5' 0.11 0.17 0.09 0.11 0.20 0.14 0.27 0.17 0.28 0.26 0.23 0.16 0.14 0.30 0.19 0.14 0.16 0.09 0.23 0.33 0.23 0.94 0.19
C6 0.07 0.22 0.10 0.10 0.09 0.14 0.17 0.22 0.17 0.25 0.19 0.32 0.14 0.29 0.13 0.12 0.10 0.09 0.34 0.25 0.48 1.01 0.37
C8 0.08 0.11 0.07 0.09 0.15 0.15 0.26 0.19 0.27 0.26 0.17 0.22 0.09 0.32 0.16 0.13 0.13 0.09 0.27 0.34 0.26 0.94 0.23
N1 0.08 0.22 0.11 0.11 0.07 0.14 0.15 0.22 0.14 0.25 0.19 0.31 0.14 0.28 0.12 0.12 0.11 0.09 0.34 0.22 0.48 0.99 0.37
N2 0.10 0.17 0.11 0.12 0.08 0.14 0.11 0.20 0.08 0.25 0.13 0.24 0.14 0.23 0.13 0.12 0.13 0.10 0.30 0.12 0.32 0.85 0.25
N3 0.07 0.11 0.07 0.09 0.13 0.14 0.23 0.18 0.20 0.26 0.11 0.23 0.07 0.30 0.16 0.10 0.11 0.08 0.27 0.25 0.22 0.87 0.19
N7 0.07 0.15 0.08 0.08 0.13 0.14 0.23 0.20 0.23 0.26 0.15 0.27 0.10 0.31 0.15 0.12 0.11 0.08 0.30 0.32 0.34 0.98 0.29
N9 0.08 0.09 0.07 0.10 0.17 0.16 0.27 0.19 0.28 0.26 0.18 0.19 0.08 0.32 0.17 0.12 0.13 0.09 0.26 0.34 0.21 0.90 0.19
O2' 0.20 0.31 0.14 0.10 0.33 0.13 0.37 0.18 0.38 0.33 0.35 0.26 0.29 0.37 0.29 0.19 0.14 0.10 0.18 0.39 0.31 0.73 0.07
O3' 0.27 0.24 0.23 0.20 0.32 0.18 0.37 0.19 0.35 0.39 0.29 0.16 0.26 0.41 0.33 0.26 0.22 0.22 0.25 0.37 0.34 0.96 0.21
O4' 0.11 0.17 0.10 0.13 0.20 0.18 0.27 0.19 0.30 0.24 0.25 0.16 0.14 0.29 0.18 0.16 0.18 0.11 0.23 0.34 0.17 0.84 0.13
O5' 0.10 0.08 0.08 0.10 0.17 0.14 0.25 0.18 0.25 0.26 0.16 0.07 0.09 0.30 0.18 0.13 0.15 0.07 0.22 0.30 0.23 0.98 0.20
O6 0.07 0.24 0.11 0.12 0.08 0.15 0.15 0.24 0.17 0.24 0.23 0.34 0.15 0.27 0.12 0.13 0.11 0.09 0.37 0.26 0.57 1.02 0.43
OP1 0.18 0.23 0.16 0.10 0.27 0.11 0.34 0.16 0.36 0.33 0.31 0.18 0.21 0.37 0.26 0.22 0.14 0.10 0.21 0.42 0.26 0.97 0.18
OP2 0.22 0.30 0.21 0.24 0.25 0.25 0.29 0.26 0.33 0.27 0.33 0.34 0.26 0.31 0.24 0.24 0.27 0.23 0.25 0.37 0.21 0.91 0.15
P 0.14 0.15 0.13 0.14 0.20 0.16 0.28 0.19 0.29 0.27 0.22 0.14 0.14 0.32 0.20 0.18 0.19 0.12 0.22 0.35 0.22 1.00 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.35 0.30 0.16
C2 0.04 0.00 0.04 0.07 0.01 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.16 0.30 0.01 0.40 0.62 0.24
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.05 0.41 0.12 0.16
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05 0.11 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.16 0.07 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.07 0.26 0.01 0.54 0.56 0.27
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.09 0.10 0.13 0.22 0.14 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.28 0.01 0.74 0.64 0.35
C5' 0.05 0.21 0.06 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.16 0.19 0.19 0.26 0.17 0.17 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.17 0.30 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.04 0.09 0.29 0.00 0.71 0.68 0.34
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.07 0.27 0.03 0.88 0.50 0.41
N1 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.14 0.30 0.01 0.55 0.68 0.28
N2 0.06 0.01 0.05 0.11 0.02 0.22 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.10 0.21 0.32 0.01 0.30 0.60 0.22
N3 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.15 0.27 0.01 0.38 0.56 0.22
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04 0.28 0.03 0.94 0.61 0.43
N9 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.22 0.02 0.58 0.46 0.27
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.06 0.11 0.08 0.12 0.10 0.09 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.15 0.13 0.51 0.20 0.19
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.10 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.04 0.09 0.04 0.13 0.08 0.07
O4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.07 0.14 0.21 0.15 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.12 0.09 0.11 0.41 0.10
O5' 0.14 0.30 0.14 0.10 0.26 0.01 0.28 0.01 0.29 0.27 0.30 0.32 0.27 0.28 0.22 0.15 0.09 0.12 0.00 0.28 0.00 0.03 0.00
O6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.13 0.04 0.09 0.28 0.00 0.81 0.70 0.37
OP1 0.35 0.40 0.41 0.16 0.54 0.14 0.74 0.30 0.71 0.88 0.55 0.30 0.38 0.94 0.58 0.51 0.13 0.11 0.00 0.81 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.62 0.12 0.07 0.56 0.27 0.64 0.32 0.68 0.50 0.68 0.60 0.56 0.61 0.46 0.20 0.08 0.41 0.03 0.70 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.16 0.08 0.27 0.03 0.35 0.01 0.34 0.41 0.28 0.22 0.22 0.43 0.27 0.19 0.07 0.10 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00