ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51244

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.004, 0.034, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.034 std_dev=0.030
C2' A 0, -0.008, 0.036, 0.080, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.036 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.015, 0.063, 0.111, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.063 std_dev=0.048
C4' A 0, 0.032, 0.085, 0.138, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.085 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.015, 0.071, 0.126, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.071 std_dev=0.056
O5' A 0, 0.074, 0.152, 0.229, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.152 std_dev=0.077
C5' A 0, 0.060, 0.139, 0.219, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.139 std_dev=0.079
O3' A 0, 0.022, 0.103, 0.184, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.103 std_dev=0.081
OP1 A 0, 0.070, 0.174, 0.278, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.174 std_dev=0.104
P A 0, 0.076, 0.183, 0.290, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.183 std_dev=0.107
OP2 A 0, 0.115, 0.236, 0.357, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.236 std_dev=0.121
C3' B 0, 0.093, 0.263, 0.433, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.263 std_dev=0.170
O2' B 0, 0.074, 0.245, 0.417, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.245 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.120, 0.300, 0.479, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.300 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.101, 0.288, 0.474, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.288 std_dev=0.187
C2' B 0, 0.040, 0.227, 0.413, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.227 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.140, 0.333, 0.525, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.333 std_dev=0.193
N9 B 0, 0.131, 0.330, 0.530, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.330 std_dev=0.200
O3' B 0, 0.084, 0.286, 0.487, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.286 std_dev=0.201
N3 B 0, 0.112, 0.315, 0.519, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.315 std_dev=0.204
C5' B 0, 0.124, 0.329, 0.533, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.329 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.148, 0.354, 0.561, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.354 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.122, 0.332, 0.542, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.332 std_dev=0.210
C8 B 0, 0.155, 0.378, 0.601, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.378 std_dev=0.223
C2 B 0, 0.101, 0.335, 0.569, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.335 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.130, 0.368, 0.606, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.368 std_dev=0.238
N7 B 0, 0.158, 0.401, 0.644, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.401 std_dev=0.243
N2 B 0, 0.098, 0.344, 0.589, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.344 std_dev=0.246
N1 B 0, 0.097, 0.361, 0.625, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.361 std_dev=0.264
C6 B 0, 0.113, 0.380, 0.646, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.380 std_dev=0.267
P B 0, 0.186, 0.474, 0.761, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.474 std_dev=0.288
O6 B 0, 0.111, 0.409, 0.707, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.409 std_dev=0.298
OP1 B 0, 0.226, 0.536, 0.846, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.536 std_dev=0.310
OP2 B 0, 0.206, 0.555, 0.904, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.555 std_dev=0.349

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.12 0.09
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.11 0.09
N2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.08
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.06
O5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.09 0.05 0.04 0.08 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.02 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.09 0.01 0.07 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.15 0.17 0.13 0.16 0.14 0.16 0.10 0.14 0.18 0.14 0.16 0.16 0.17 0.18 0.17 0.17 0.19 0.09 0.13 0.10 0.12 0.12
C2 0.15 0.15 0.10 0.08 0.15 0.08 0.16 0.07 0.15 0.16 0.14 0.14 0.15 0.16 0.16 0.06 0.15 0.14 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09
C2' 0.15 0.12 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.06 0.11 0.14 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.19 0.17 0.05 0.10 0.05 0.08 0.07
C3' 0.13 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.04 0.09 0.12 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.20 0.16 0.04 0.09 0.04 0.06 0.06
C4 0.18 0.16 0.14 0.11 0.16 0.11 0.16 0.08 0.15 0.18 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.12 0.17 0.18 0.09 0.14 0.09 0.10 0.11
C4' 0.16 0.12 0.14 0.11 0.13 0.11 0.13 0.07 0.11 0.15 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.17 0.17 0.06 0.11 0.07 0.10 0.09
C5 0.16 0.16 0.13 0.10 0.16 0.10 0.15 0.08 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.16 0.09 0.17 0.17 0.09 0.14 0.08 0.09 0.10
C5' 0.15 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.06 0.11 0.15 0.11 0.14 0.12 0.13 0.13 0.14 0.17 0.17 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09
C6 0.14 0.16 0.10 0.09 0.15 0.08 0.15 0.07 0.15 0.15 0.15 0.17 0.15 0.15 0.15 0.06 0.16 0.15 0.08 0.14 0.08 0.08 0.09
C8 0.18 0.17 0.15 0.12 0.16 0.12 0.15 0.09 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.16 0.17 0.13 0.18 0.19 0.09 0.14 0.09 0.11 0.11
N1 0.13 0.15 0.09 0.08 0.14 0.07 0.15 0.06 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.15 0.14 0.04 0.15 0.13 0.08 0.14 0.08 0.07 0.09
N2 0.12 0.13 0.07 0.07 0.14 0.05 0.15 0.06 0.14 0.16 0.13 0.12 0.13 0.16 0.14 0.07 0.14 0.10 0.08 0.14 0.08 0.07 0.08
N3 0.18 0.16 0.14 0.10 0.17 0.10 0.16 0.08 0.15 0.18 0.15 0.16 0.17 0.17 0.18 0.12 0.16 0.17 0.09 0.15 0.09 0.10 0.11
N7 0.17 0.17 0.14 0.11 0.16 0.11 0.15 0.08 0.15 0.16 0.16 0.18 0.16 0.16 0.16 0.11 0.17 0.18 0.09 0.14 0.09 0.10 0.11
N9 0.19 0.16 0.16 0.12 0.16 0.12 0.16 0.09 0.15 0.18 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.15 0.17 0.19 0.09 0.14 0.09 0.11 0.11
O2' 0.15 0.11 0.13 0.10 0.12 0.12 0.12 0.08 0.11 0.15 0.10 0.11 0.12 0.14 0.14 0.15 0.18 0.18 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09
O3' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.10 0.21 0.14 0.03 0.07 0.03 0.04 0.04
O4' 0.18 0.15 0.17 0.13 0.16 0.14 0.15 0.10 0.14 0.19 0.14 0.15 0.15 0.17 0.17 0.17 0.17 0.19 0.09 0.13 0.10 0.13 0.13
O5' 0.13 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.06 0.10 0.13 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.16 0.06 0.10 0.06 0.09 0.08
O6 0.13 0.15 0.10 0.09 0.14 0.07 0.14 0.06 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.14 0.13 0.05 0.16 0.14 0.08 0.15 0.08 0.08 0.09
OP1 0.16 0.13 0.14 0.12 0.12 0.13 0.12 0.10 0.11 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.14 0.14 0.18 0.20 0.09 0.11 0.09 0.14 0.12
OP2 0.13 0.14 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.06 0.11 0.11 0.13 0.17 0.12 0.10 0.11 0.10 0.19 0.16 0.06 0.11 0.06 0.09 0.08
P 0.13 0.13 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.06 0.10 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.12 0.11 0.18 0.16 0.06 0.10 0.06 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.10 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.03 0.08 0.00 0.09 0.04 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.12 0.00 0.11 0.07 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.08 0.06 0.08
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.10 0.00 0.10 0.05 0.08
N2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.04 0.06 0.00 0.09 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.03 0.06 0.00 0.08 0.03 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.11
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.09 0.03 0.01 0.06 0.04 0.03 0.03
O3' 0.04 0.08 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.12 0.09 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.01 0.13 0.15 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.15 0.07 0.08
O5' 0.02 0.08 0.02 0.04 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.10 0.06 0.06 0.14 0.08 0.01 0.10 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.14 0.00 0.13 0.09 0.12
OP1 0.10 0.09 0.05 0.04 0.08 0.06 0.10 0.03 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.04 0.13 0.15 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.05 0.03 0.03 0.08 0.03 0.03 0.15 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.04 0.04 0.11 0.05 0.03 0.16 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00