ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.004, 0.026, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.029, 0.052, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.015, 0.045, 0.075, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.030
C5 A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.019, 0.053, 0.088, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.053 std_dev=0.034
C2 A 0, -0.013, 0.026, 0.065, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.026 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.013, 0.059, 0.105, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.059 std_dev=0.046
O6 A 0, 0.013, 0.061, 0.110, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.061 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.018, 0.075, 0.132, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.075 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.017, 0.082, 0.147, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.082 std_dev=0.065
O5' A 0, 0.024, 0.090, 0.157, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.090 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.030, 0.105, 0.180, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.105 std_dev=0.075
N2 A 0, -0.016, 0.060, 0.136, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.060 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.017, 0.100, 0.184, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.100 std_dev=0.083
O4' A 0, -0.002, 0.088, 0.178, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.088 std_dev=0.090
OP1 A 0, 0.067, 0.160, 0.253, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.160 std_dev=0.093
C4' B 0, 0.055, 0.152, 0.250, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.152 std_dev=0.097
C3' B 0, 0.055, 0.154, 0.252, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.154 std_dev=0.099
P A 0, 0.046, 0.149, 0.252, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.149 std_dev=0.103
O3' B 0, 0.060, 0.169, 0.279, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.169 std_dev=0.109
N9 B 0, 0.060, 0.191, 0.322, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.191 std_dev=0.131
N3 B 0, 0.044, 0.179, 0.313, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.179 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.021, 0.164, 0.307, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.164 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.003, 0.148, 0.292, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.148 std_dev=0.144
C4 B 0, 0.051, 0.201, 0.352, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.201 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.029, 0.182, 0.335, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.182 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.048, 0.203, 0.358, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.203 std_dev=0.155
O4' B 0, 0.038, 0.209, 0.379, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.209 std_dev=0.170
C2 B 0, 0.040, 0.216, 0.391, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.216 std_dev=0.176
C8 B 0, 0.048, 0.236, 0.425, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.236 std_dev=0.188
C5 B 0, 0.048, 0.249, 0.450, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.249 std_dev=0.201
N2 B 0, 0.008, 0.210, 0.412, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.210 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.049, 0.262, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.262 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.048, 0.276, 0.504, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.276 std_dev=0.228
N7 B 0, 0.034, 0.276, 0.518, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.276 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.060, 0.308, 0.557, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.308 std_dev=0.249
O2' B 0, -0.055, 0.194, 0.444, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.194 std_dev=0.250
OP2 A 0, -0.029, 0.224, 0.477, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.224 std_dev=0.253
P B 0, 0.060, 0.326, 0.593, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.326 std_dev=0.267
O6 B 0, 0.040, 0.320, 0.601, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.320 std_dev=0.280
OP2 B 0, 0.057, 0.369, 0.682, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.369 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.066, 0.393, 0.720, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.393 std_dev=0.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.05
C2 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.04 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.04 0.13 0.08 0.09
C4 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01
C5 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01
C6 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02
C8 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.02
N1 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02
N2 0.08 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.09 0.05 0.03 0.07 0.04 0.03
N3 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.01
N7 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03 0.10 0.03
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.02
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.07 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.10 0.05 0.17 0.14 0.13
O4' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.09 0.06 0.06 0.01 0.03 0.03 0.00 0.14 0.05 0.04 0.21 0.13
O5' 0.05 0.04 0.04 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.10 0.14 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01
O6 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.11 0.05
OP1 0.02 0.06 0.10 0.13 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.09 0.17 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01
OP2 0.11 0.05 0.04 0.08 0.08 0.05 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.04 0.06 0.10 0.09 0.01 0.14 0.21 0.05 0.11 0.03 0.00 0.04
P 0.05 0.02 0.05 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.13 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.06 0.03 0.14 0.12 0.15 0.16 0.14 0.15 0.13 0.08 0.11 0.15 0.14 0.10 0.05 0.21 0.11 0.14 0.14 0.18 0.13
C2 0.08 0.06 0.15 0.07 0.08 0.07 0.11 0.16 0.11 0.10 0.09 0.05 0.05 0.11 0.07 0.24 0.07 0.10 0.08 0.14 0.14 0.07 0.08
C2' 0.09 0.03 0.07 0.06 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.16 0.08 0.02 0.08 0.15 0.09
C3' 0.09 0.02 0.10 0.11 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.09 0.16 0.14 0.09 0.03 0.04 0.15 0.09
C4 0.02 0.05 0.14 0.07 0.06 0.06 0.09 0.13 0.10 0.09 0.08 0.03 0.03 0.10 0.06 0.22 0.09 0.14 0.04 0.12 0.10 0.09 0.06
C4' 0.11 0.10 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.12 0.17 0.09 0.09 0.08 0.18 0.11
C5 0.01 0.04 0.14 0.09 0.05 0.04 0.08 0.11 0.09 0.07 0.08 0.01 0.03 0.08 0.03 0.23 0.11 0.12 0.02 0.11 0.10 0.06 0.03
C5' 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.16 0.17 0.09 0.09 0.06 0.17 0.10
C6 0.03 0.04 0.14 0.08 0.04 0.03 0.08 0.12 0.10 0.06 0.08 0.01 0.02 0.08 0.03 0.22 0.09 0.10 0.04 0.12 0.13 0.04 0.06
C8 0.04 0.08 0.11 0.08 0.08 0.06 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.06 0.07 0.10 0.07 0.18 0.12 0.15 0.03 0.13 0.08 0.11 0.05
N1 0.07 0.05 0.14 0.06 0.07 0.05 0.10 0.15 0.11 0.09 0.09 0.04 0.04 0.10 0.06 0.22 0.07 0.08 0.08 0.14 0.15 0.06 0.09
N2 0.13 0.07 0.16 0.08 0.09 0.08 0.12 0.17 0.12 0.12 0.09 0.06 0.07 0.13 0.10 0.23 0.08 0.08 0.11 0.15 0.14 0.07 0.09
N3 0.06 0.06 0.15 0.07 0.08 0.07 0.11 0.15 0.11 0.11 0.09 0.05 0.05 0.11 0.08 0.24 0.08 0.13 0.05 0.13 0.11 0.09 0.07
N7 0.02 0.07 0.13 0.10 0.06 0.05 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.04 0.05 0.09 0.05 0.21 0.13 0.13 0.02 0.12 0.09 0.08 0.03
N9 0.06 0.08 0.11 0.06 0.09 0.07 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.06 0.07 0.11 0.09 0.18 0.09 0.16 0.05 0.13 0.09 0.12 0.07
O2' 0.19 0.07 0.08 0.08 0.06 0.17 0.04 0.18 0.02 0.11 0.06 0.16 0.03 0.07 0.12 0.12 0.07 0.22 0.17 0.04 0.19 0.23 0.18
O3' 0.11 0.04 0.11 0.15 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.09 0.20 0.14 0.13 0.08 0.07 0.18 0.12
O4' 0.15 0.20 0.05 0.03 0.20 0.12 0.21 0.16 0.22 0.20 0.21 0.16 0.18 0.21 0.18 0.08 0.07 0.22 0.13 0.22 0.14 0.20 0.14
O5' 0.11 0.08 0.04 0.04 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.04 0.08 0.18 0.08 0.08 0.11 0.15 0.09
O6 0.02 0.04 0.13 0.07 0.04 0.03 0.08 0.12 0.10 0.07 0.08 0.01 0.03 0.09 0.03 0.21 0.09 0.09 0.06 0.12 0.16 0.06 0.08
OP1 0.14 0.18 0.07 0.08 0.16 0.09 0.16 0.09 0.17 0.15 0.18 0.19 0.16 0.14 0.15 0.05 0.12 0.18 0.09 0.15 0.12 0.15 0.10
OP2 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.11 0.15 0.05 0.07 0.11 0.11 0.05
P 0.10 0.10 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.11 0.16 0.07 0.09 0.10 0.13 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.04
C2 0.04 0.00 0.08 0.10 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.13 0.04 0.10 0.03 0.11 0.22 0.14
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.11 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.15 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.07 0.14 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.14 0.16 0.13
C4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.09 0.03 0.11 0.20 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.01
C5 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03 0.11 0.03 0.16 0.24 0.17
C5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.05 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.02
C6 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.12 0.01 0.17 0.26 0.18
C8 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.12 0.05 0.16 0.22 0.16
N1 0.04 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.11 0.04 0.12 0.03 0.15 0.25 0.17
N2 0.02 0.01 0.11 0.14 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.18 0.03 0.10 0.06 0.09 0.21 0.13
N3 0.03 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.04 0.09 0.01 0.08 0.18 0.11
N7 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.07 0.01 0.13 0.05 0.20 0.27 0.19
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.04 0.09 0.17 0.11
O2' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.12 0.06
O3' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.11 0.18 0.11 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.14 0.05 0.18 0.17 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08
O5' 0.04 0.10 0.09 0.14 0.09 0.00 0.11 0.01 0.12 0.12 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.06 0.14 0.10 0.00 0.12 0.02 0.04 0.01
O6 0.05 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.12 0.00 0.18 0.26 0.18
OP1 0.01 0.11 0.10 0.14 0.11 0.05 0.16 0.06 0.17 0.16 0.15 0.09 0.08 0.20 0.09 0.08 0.18 0.08 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.22 0.15 0.16 0.20 0.04 0.24 0.03 0.26 0.22 0.25 0.21 0.18 0.27 0.17 0.12 0.17 0.06 0.04 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.14 0.09 0.13 0.13 0.01 0.17 0.02 0.18 0.16 0.17 0.13 0.11 0.19 0.11 0.06 0.15 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00