ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51247

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, -0.002, 0.022, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C5 A 0, -0.001, 0.032, 0.064, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N1 A 0, 0.007, 0.043, 0.080, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.043 std_dev=0.037
C2 A 0, -0.005, 0.033, 0.071, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.033 std_dev=0.038
C1' A 0, 0.011, 0.054, 0.097, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.054 std_dev=0.043
N3 A 0, 0.004, 0.048, 0.093, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.048 std_dev=0.044
C4 A 0, -0.006, 0.047, 0.100, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.047 std_dev=0.053
N9 A 0, -0.005, 0.051, 0.107, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.051 std_dev=0.056
O6 A 0, 0.004, 0.064, 0.124, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.064 std_dev=0.060
N7 A 0, -0.015, 0.055, 0.126, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.055 std_dev=0.070
N2 A 0, -0.005, 0.069, 0.144, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.069 std_dev=0.075
C8 A 0, -0.023, 0.073, 0.168, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.073 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.110, 0.316, 0.523, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.316 std_dev=0.206
O4' A 0, 0.074, 0.323, 0.573, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.249
O2' A 0, 0.154, 0.432, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.432 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.200, 0.580, 0.960, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.580 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.228, 0.725, 1.221, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.725 std_dev=0.496
C4' A 0, 0.042, 0.694, 1.345, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.694 std_dev=0.652
C3' A 0, 0.047, 0.785, 1.524, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.785 std_dev=0.738
O5' A 0, 0.243, 1.057, 1.870, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.057 std_dev=0.813
C5' A 0, 0.046, 0.914, 1.782, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.914 std_dev=0.868
P A 0, 0.492, 1.448, 2.405, 2.623 max_d=2.623 avg_d=1.448 std_dev=0.956
C3' B 0, 0.808, 1.942, 3.077, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.942 std_dev=1.134
OP2 A 0, 0.364, 1.608, 2.852, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.608 std_dev=1.244
O3' A 0, 0.106, 1.366, 2.627, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.366 std_dev=1.260
C1' B 0, 0.848, 2.311, 3.775, 4.064 max_d=4.064 avg_d=2.311 std_dev=1.464
O3' B 0, 1.167, 2.765, 4.363, 3.800 max_d=3.800 avg_d=2.765 std_dev=1.598
OP1 A 0, 0.450, 2.050, 3.650, 3.845 max_d=3.845 avg_d=2.050 std_dev=1.600
C4' B 0, 1.300, 3.184, 5.069, 4.921 max_d=4.921 avg_d=3.184 std_dev=1.884
O4' B 0, 1.284, 3.301, 5.317, 5.478 max_d=5.478 avg_d=3.301 std_dev=2.017
N9 B 0, 1.195, 3.321, 5.448, 5.901 max_d=5.901 avg_d=3.321 std_dev=2.127
C4 B 0, 1.296, 3.912, 6.527, 7.279 max_d=7.279 avg_d=3.912 std_dev=2.616
C8 B 0, 1.616, 4.294, 6.972, 7.317 max_d=7.317 avg_d=4.294 std_dev=2.678
N3 B 0, 1.192, 3.936, 6.680, 7.613 max_d=7.613 avg_d=3.936 std_dev=2.744
C5' B 0, 1.932, 4.771, 7.611, 7.480 max_d=7.480 avg_d=4.771 std_dev=2.839
O5' B 0, 2.014, 4.918, 7.822, 7.536 max_d=7.536 avg_d=4.918 std_dev=2.904
N7 B 0, 1.877, 5.091, 8.305, 8.797 max_d=8.797 avg_d=5.091 std_dev=3.214
C5 B 0, 1.704, 4.942, 8.180, 8.951 max_d=8.951 avg_d=4.942 std_dev=3.238
C2 B 0, 1.566, 5.174, 8.781, 9.964 max_d=9.964 avg_d=5.174 std_dev=3.608
OP2 B 0, 2.503, 6.158, 9.814, 9.577 max_d=9.577 avg_d=6.158 std_dev=3.655
P B 0, 2.525, 6.282, 10.040, 9.971 max_d=9.971 avg_d=6.282 std_dev=3.758
C6 B 0, 1.982, 5.973, 9.964, 11.017 max_d=11.017 avg_d=5.973 std_dev=3.991
N2 B 0, 1.745, 5.847, 9.950, 11.287 max_d=11.287 avg_d=5.847 std_dev=4.102
OP1 B 0, 2.791, 6.936, 11.080, 10.971 max_d=10.971 avg_d=6.936 std_dev=4.144
N1 B 0, 1.895, 6.044, 10.193, 11.455 max_d=11.455 avg_d=6.044 std_dev=4.149
O6 B 0, 2.344, 6.936, 11.528, 12.631 max_d=12.631 avg_d=6.936 std_dev=4.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.18 0.03 0.85 0.70 0.42
C2 0.07 0.00 0.28 0.33 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.24 0.06 0.46 0.01 0.89 0.83 0.49
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.16 0.03 0.15 0.08 0.19 0.09 0.25 0.33 0.26 0.11 0.07 0.01 0.03 0.02 0.30 0.18 1.06 0.74 0.60
C3' 0.03 0.33 0.01 0.00 0.29 0.00 0.35 0.02 0.37 0.29 0.37 0.34 0.29 0.35 0.23 0.01 0.00 0.02 0.38 0.38 0.66 0.53 0.41
C4 0.03 0.01 0.16 0.29 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.04 0.49 0.01 0.87 0.86 0.51
C4' 0.02 0.10 0.03 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.07 0.20 0.07 0.14 0.10 0.18 0.10 0.23 0.03 0.01 0.02 0.08 0.27 0.42 0.18
C5 0.01 0.01 0.15 0.35 0.00 0.11 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.28 0.06 0.61 0.02 0.83 1.01 0.60
C5' 0.08 0.15 0.08 0.02 0.24 0.00 0.34 0.00 0.30 0.44 0.22 0.12 0.14 0.44 0.26 0.17 0.10 0.01 0.01 0.34 0.26 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.37 0.01 0.07 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.31 0.09 0.61 0.01 0.84 1.04 0.62
C8 0.02 0.01 0.09 0.29 0.00 0.20 0.01 0.44 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.25 0.01 0.63 0.04 0.79 0.99 0.59
N1 0.05 0.01 0.25 0.37 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.29 0.08 0.54 0.00 0.88 0.95 0.56
N2 0.10 0.00 0.33 0.34 0.02 0.14 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.14 0.26 0.05 0.43 0.02 0.89 0.77 0.46
N3 0.07 0.00 0.26 0.29 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.18 0.04 0.41 0.01 0.89 0.77 0.46
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.18 0.00 0.44 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.32 0.04 0.69 0.04 0.77 1.10 0.66
N9 0.01 0.02 0.07 0.23 0.01 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.01 0.45 0.02 0.86 0.83 0.48
O2' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.12 0.23 0.13 0.17 0.13 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.10 0.00 0.11 0.17 0.28 0.14 0.89 0.62 0.44
O3' 0.11 0.24 0.03 0.00 0.18 0.03 0.28 0.10 0.31 0.25 0.29 0.26 0.18 0.32 0.12 0.11 0.00 0.10 0.31 0.35 0.36 0.27 0.20
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.05 0.04 0.04 0.01 0.17 0.10 0.00 0.16 0.12 0.53 0.62 0.27
O5' 0.18 0.46 0.30 0.38 0.49 0.02 0.61 0.01 0.61 0.63 0.54 0.43 0.41 0.69 0.45 0.28 0.31 0.16 0.00 0.64 0.02 0.05 0.00
O6 0.03 0.01 0.18 0.38 0.01 0.08 0.02 0.34 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.14 0.35 0.12 0.64 0.00 0.81 1.12 0.66
OP1 0.85 0.89 1.06 0.66 0.87 0.27 0.83 0.26 0.84 0.79 0.88 0.89 0.89 0.77 0.86 0.89 0.36 0.53 0.02 0.81 0.00 0.00 0.00
OP2 0.70 0.83 0.74 0.53 0.86 0.42 1.01 0.36 1.04 0.99 0.95 0.77 0.77 1.10 0.83 0.62 0.27 0.62 0.05 1.12 0.00 0.00 0.00
P 0.42 0.49 0.60 0.41 0.51 0.18 0.60 0.02 0.62 0.59 0.56 0.46 0.46 0.66 0.48 0.44 0.20 0.27 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.57 0.05 0.15 0.45 0.30 0.46 0.36 0.50 0.40 0.55 0.64 0.51 0.43 0.39 0.13 0.43 0.41 0.34 0.49 0.49 0.30 0.36
C2 0.31 1.43 0.13 0.36 0.69 0.87 0.63 1.14 0.88 0.55 1.25 1.85 1.18 0.50 0.38 0.32 0.43 0.87 0.97 0.84 1.13 1.08 1.21
C2' 0.60 0.83 0.30 0.34 0.73 0.45 0.77 0.56 0.80 0.74 0.84 0.89 0.76 0.77 0.69 0.40 0.72 0.71 0.54 0.81 0.61 0.54 0.59
C3' 0.78 0.78 0.32 0.41 0.78 0.82 0.86 1.01 0.84 0.98 0.82 0.84 0.72 0.97 0.84 0.22 0.55 1.04 0.97 0.87 1.15 0.99 1.08
C4 0.18 1.02 0.13 0.20 0.59 0.42 0.54 0.58 0.71 0.28 0.93 1.25 0.87 0.35 0.32 0.19 0.33 0.33 0.47 0.67 0.54 0.55 0.61
C4' 0.62 0.69 0.27 0.43 0.59 0.84 0.64 1.03 0.66 0.76 0.70 0.83 0.59 0.73 0.64 0.15 0.45 0.90 0.94 0.67 1.26 0.93 1.07
C5 0.16 1.18 0.13 0.23 0.62 0.51 0.57 0.73 0.79 0.31 1.07 1.51 0.97 0.36 0.30 0.21 0.33 0.43 0.61 0.75 0.74 0.73 0.81
C5' 0.57 0.69 0.24 0.44 0.54 0.84 0.60 1.09 0.63 0.73 0.69 0.86 0.56 0.70 0.59 0.11 0.46 0.87 1.00 0.65 1.41 1.01 1.16
C6 0.23 1.44 0.14 0.31 0.67 0.74 0.62 1.05 0.91 0.48 1.29 1.90 1.13 0.46 0.33 0.28 0.37 0.70 0.90 0.87 1.14 1.07 1.19
C8 0.25 0.84 0.10 0.14 0.55 0.19 0.54 0.27 0.66 0.32 0.80 0.99 0.72 0.40 0.37 0.09 0.35 0.21 0.23 0.64 0.29 0.28 0.31
N1 0.32 1.57 0.13 0.37 0.71 0.90 0.66 1.25 0.96 0.62 1.38 2.09 1.24 0.56 0.39 0.33 0.44 0.90 1.08 0.92 1.33 1.25 1.39
N2 0.50 1.62 0.12 0.45 0.75 1.10 0.70 1.42 0.97 0.79 1.39 2.10 1.33 0.67 0.52 0.36 0.55 1.20 1.23 0.92 1.40 1.34 1.50
N3 0.20 1.09 0.13 0.26 0.61 0.58 0.55 0.75 0.73 0.32 0.97 1.33 0.94 0.37 0.32 0.24 0.36 0.51 0.61 0.68 0.68 0.68 0.76
N7 0.18 1.04 0.12 0.18 0.59 0.35 0.55 0.51 0.74 0.26 0.97 1.30 0.86 0.36 0.32 0.15 0.32 0.26 0.42 0.71 0.52 0.53 0.58
N9 0.26 0.77 0.10 0.14 0.53 0.21 0.51 0.27 0.61 0.32 0.73 0.89 0.67 0.39 0.37 0.10 0.35 0.23 0.23 0.58 0.29 0.27 0.29
O2' 0.86 0.99 0.34 0.37 0.93 0.65 0.98 0.77 0.99 1.02 1.00 1.05 0.92 1.01 0.94 0.43 0.84 1.04 0.73 0.99 0.83 0.72 0.79
O3' 1.12 0.80 0.56 0.73 0.98 1.31 1.11 1.57 1.02 1.39 0.90 0.81 0.78 1.32 1.17 0.29 0.64 1.53 1.50 1.06 1.72 1.54 1.66
O4' 0.33 0.53 0.05 0.21 0.38 0.46 0.41 0.58 0.45 0.42 0.51 0.64 0.44 0.41 0.36 0.11 0.40 0.51 0.51 0.45 0.79 0.45 0.57
O5' 0.54 0.78 0.13 0.36 0.61 0.78 0.70 1.08 0.75 0.78 0.80 0.94 0.63 0.78 0.62 0.13 0.44 0.86 1.02 0.78 1.43 1.05 1.21
O6 0.25 1.53 0.14 0.32 0.68 0.79 0.64 1.15 0.96 0.55 1.38 2.06 1.18 0.52 0.35 0.30 0.38 0.76 1.01 0.93 1.30 1.22 1.35
OP1 1.41 1.42 0.85 0.85 1.51 1.30 1.64 1.46 1.64 1.71 1.55 1.35 1.37 1.75 1.55 0.62 0.65 1.62 1.48 1.70 1.65 1.51 1.60
OP2 0.87 0.97 0.51 0.51 0.94 0.89 1.00 1.06 1.02 1.02 1.01 1.00 0.91 1.04 0.94 0.37 0.29 1.04 1.02 1.04 1.30 1.01 1.14
P 0.84 0.92 0.37 0.43 0.91 0.87 1.01 1.08 1.03 1.08 1.00 0.95 0.84 1.10 0.94 0.18 0.43 1.07 1.05 1.07 1.36 1.07 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.22 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.17 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.19 0.01 0.22 0.46 0.31
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.15 0.13 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.15 0.11 0.05
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.07 0.11 0.12 0.21 0.16 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.05 0.21 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.16 0.01 0.18 0.40 0.27
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.06 0.09 0.07 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.02 0.24 0.45 0.30
C5' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.06 0.04 0.07 0.01 0.01 0.12 0.15 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.19 0.01 0.28 0.49 0.33
C8 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.23 0.02 0.18 0.33 0.23
N1 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.01 0.19 0.01 0.27 0.49 0.33
N2 0.02 0.01 0.15 0.21 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02 0.21 0.02 0.22 0.46 0.31
N3 0.01 0.00 0.13 0.16 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.19 0.01 0.17 0.01 0.17 0.41 0.27
N7 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.21 0.02 0.24 0.42 0.28
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.12 0.32 0.20
O2' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.03 0.05 0.22 0.09 0.05
O3' 0.03 0.20 0.03 0.01 0.09 0.01 0.05 0.07 0.09 0.11 0.15 0.27 0.19 0.09 0.01 0.10 0.00 0.02 0.16 0.08 0.35 0.25 0.22
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.03 0.07 0.20 0.11
O5' 0.09 0.19 0.03 0.07 0.16 0.01 0.18 0.01 0.19 0.23 0.19 0.21 0.17 0.21 0.15 0.03 0.16 0.08 0.00 0.20 0.03 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.20 0.00 0.33 0.51 0.35
OP1 0.08 0.22 0.15 0.21 0.18 0.15 0.24 0.15 0.28 0.18 0.27 0.22 0.17 0.24 0.12 0.22 0.35 0.07 0.03 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.46 0.11 0.12 0.40 0.08 0.45 0.02 0.49 0.33 0.49 0.46 0.41 0.42 0.32 0.09 0.25 0.20 0.02 0.51 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.31 0.05 0.10 0.27 0.04 0.30 0.02 0.33 0.23 0.33 0.31 0.27 0.28 0.20 0.05 0.22 0.11 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00