ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51248

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.018, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.008, 0.033, 0.057, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.042 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.018, 0.056, 0.095, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.056 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.021, 0.060, 0.099, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.060 std_dev=0.039
O2' A 0, 0.048, 0.118, 0.188, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.118 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.057, 0.139, 0.221, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.139 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.047, 0.142, 0.238, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.142 std_dev=0.096
O4' B 0, 0.118, 0.283, 0.449, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.283 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.104, 0.292, 0.480, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.292 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.103, 0.296, 0.490, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.296 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.098, 0.312, 0.526, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.312 std_dev=0.214
C4' B 0, 0.138, 0.373, 0.609, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.373 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.169, 0.426, 0.682, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.426 std_dev=0.257
C8 B 0, 0.051, 0.322, 0.592, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.322 std_dev=0.270
C5' A 0, 0.165, 0.436, 0.707, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.436 std_dev=0.271
N9 B 0, 0.049, 0.323, 0.597, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.323 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.162, 0.442, 0.722, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.442 std_dev=0.280
C2' B 0, 0.171, 0.452, 0.733, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.452 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.207, 0.492, 0.776, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.492 std_dev=0.285
C3' B 0, 0.151, 0.464, 0.776, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.464 std_dev=0.312
C5' B 0, 0.123, 0.447, 0.770, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.447 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.118, 0.448, 0.778, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.448 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.088, 0.425, 0.761, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.425 std_dev=0.336
P A 0, 0.210, 0.547, 0.884, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.547 std_dev=0.337
N3 B 0, 0.193, 0.555, 0.916, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.555 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.132, 0.506, 0.880, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.506 std_dev=0.374
O3' B 0, 0.150, 0.567, 0.984, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.567 std_dev=0.417
OP2 A 0, 0.186, 0.610, 1.035, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.610 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.255, 0.698, 1.141, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.698 std_dev=0.443
OP1 A 0, 0.246, 0.701, 1.157, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.701 std_dev=0.456
C6 B 0, 0.226, 0.684, 1.142, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.684 std_dev=0.458
O5' B 0, 0.032, 0.507, 0.981, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.507 std_dev=0.475
N1 B 0, 0.273, 0.759, 1.245, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.759 std_dev=0.486
OP2 B 0, 0.148, 0.646, 1.144, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.646 std_dev=0.498
N2 B 0, 0.316, 0.818, 1.319, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.818 std_dev=0.502
O6 B 0, 0.273, 0.797, 1.321, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.797 std_dev=0.524
P B 0, 0.010, 0.553, 1.095, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.553 std_dev=0.542
OP1 B 0, 0.156, 0.733, 1.310, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.733 std_dev=0.577

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.17 0.05 0.08 0.01 0.10 0.19 0.11
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.14 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.10 0.08 0.07
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.12 0.04 0.14 0.16 0.14 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.11 0.10 0.08
C4 0.00 0.02 0.06 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.03 0.07 0.03 0.08 0.16 0.09
C4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.03 0.10 0.03 0.13 0.20 0.12
C5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.05 0.04 0.03 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.12 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.15 0.05 0.10 0.01 0.14 0.21 0.13
C8 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.04 0.11 0.14 0.11
N1 0.01 0.00 0.09 0.14 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.04 0.10 0.01 0.13 0.21 0.12
N2 0.04 0.01 0.14 0.16 0.02 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.19 0.07 0.08 0.02 0.08 0.18 0.10
N3 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.15 0.04 0.07 0.03 0.07 0.16 0.09
N7 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.12 0.04 0.16 0.21 0.15
N9 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.11 0.07
O2' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.12 0.03 0.12 0.03 0.15 0.04 0.18 0.19 0.15 0.08 0.05 0.04 0.00 0.03 0.05 0.14 0.13 0.13 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.01
O5' 0.03 0.08 0.06 0.06 0.07 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.06 0.04 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.03 0.10 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.14 0.07 0.10 0.00 0.15 0.22 0.13
OP1 0.05 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.13 0.06 0.14 0.11 0.13 0.08 0.07 0.16 0.06 0.09 0.13 0.04 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.19 0.08 0.10 0.16 0.03 0.20 0.02 0.21 0.14 0.21 0.18 0.16 0.21 0.11 0.07 0.13 0.04 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.11 0.07 0.08 0.09 0.03 0.12 0.02 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.15 0.07 0.05 0.09 0.01 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.09 0.13 0.07 0.16 0.08 0.16 0.08 0.18 0.12 0.20 0.12 0.14 0.12 0.11 0.15 0.19 0.16 0.07 0.15 0.14 0.16
C2 0.06 0.07 0.16 0.17 0.05 0.17 0.13 0.17 0.12 0.18 0.07 0.10 0.08 0.21 0.06 0.27 0.20 0.05 0.14 0.16 0.20 0.11 0.12
C2' 0.22 0.11 0.12 0.25 0.08 0.33 0.11 0.35 0.05 0.27 0.07 0.18 0.07 0.22 0.19 0.06 0.27 0.34 0.33 0.06 0.32 0.27 0.32
C3' 0.18 0.21 0.11 0.27 0.03 0.35 0.05 0.39 0.07 0.23 0.17 0.30 0.14 0.17 0.15 0.06 0.33 0.33 0.35 0.06 0.39 0.30 0.37
C4 0.07 0.12 0.12 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.09 0.18 0.09 0.15 0.11 0.18 0.10 0.22 0.09 0.08 0.08 0.11 0.10 0.08 0.06
C4' 0.10 0.30 0.08 0.22 0.10 0.25 0.10 0.27 0.18 0.12 0.27 0.37 0.22 0.07 0.06 0.07 0.32 0.21 0.25 0.18 0.30 0.20 0.26
C5 0.06 0.12 0.13 0.10 0.07 0.09 0.12 0.09 0.11 0.18 0.09 0.15 0.11 0.19 0.09 0.23 0.12 0.05 0.08 0.14 0.15 0.07 0.07
C5' 0.08 0.34 0.07 0.20 0.14 0.23 0.13 0.25 0.22 0.11 0.31 0.42 0.26 0.07 0.07 0.07 0.31 0.18 0.23 0.22 0.29 0.19 0.24
C6 0.06 0.09 0.16 0.15 0.07 0.14 0.14 0.16 0.13 0.18 0.09 0.13 0.10 0.21 0.07 0.26 0.18 0.04 0.13 0.18 0.22 0.10 0.12
C8 0.09 0.15 0.09 0.05 0.09 0.06 0.12 0.06 0.11 0.18 0.12 0.19 0.13 0.18 0.12 0.16 0.04 0.12 0.08 0.11 0.06 0.07 0.06
N1 0.07 0.07 0.17 0.18 0.06 0.18 0.14 0.19 0.14 0.18 0.09 0.10 0.08 0.22 0.06 0.27 0.21 0.06 0.15 0.19 0.25 0.11 0.15
N2 0.09 0.07 0.18 0.21 0.06 0.22 0.14 0.21 0.14 0.17 0.09 0.10 0.09 0.22 0.05 0.27 0.24 0.10 0.17 0.18 0.22 0.12 0.14
N3 0.06 0.09 0.13 0.11 0.06 0.10 0.11 0.10 0.09 0.18 0.07 0.13 0.10 0.19 0.09 0.24 0.12 0.07 0.10 0.11 0.12 0.10 0.08
N7 0.07 0.14 0.11 0.07 0.09 0.05 0.12 0.06 0.11 0.18 0.11 0.18 0.13 0.19 0.10 0.20 0.07 0.07 0.07 0.13 0.12 0.06 0.05
N9 0.09 0.14 0.09 0.06 0.09 0.07 0.11 0.08 0.09 0.18 0.11 0.18 0.13 0.17 0.12 0.16 0.05 0.13 0.10 0.10 0.07 0.09 0.08
O2' 0.19 0.14 0.13 0.27 0.03 0.32 0.04 0.33 0.04 0.19 0.11 0.20 0.09 0.13 0.14 0.05 0.33 0.30 0.31 0.04 0.33 0.25 0.31
O3' 0.18 0.29 0.10 0.32 0.05 0.41 0.03 0.48 0.13 0.21 0.24 0.39 0.20 0.13 0.13 0.02 0.40 0.36 0.43 0.13 0.51 0.36 0.46
O4' 0.08 0.24 0.09 0.15 0.10 0.15 0.09 0.16 0.14 0.11 0.21 0.29 0.19 0.08 0.07 0.09 0.22 0.14 0.15 0.14 0.17 0.13 0.15
O5' 0.10 0.28 0.08 0.16 0.11 0.20 0.10 0.22 0.16 0.15 0.24 0.36 0.22 0.11 0.09 0.09 0.23 0.19 0.20 0.15 0.23 0.17 0.21
O6 0.07 0.09 0.16 0.17 0.07 0.16 0.15 0.18 0.15 0.18 0.10 0.13 0.10 0.23 0.08 0.27 0.20 0.05 0.15 0.21 0.26 0.11 0.15
OP1 0.08 0.37 0.08 0.15 0.17 0.19 0.16 0.23 0.24 0.12 0.34 0.47 0.29 0.10 0.09 0.09 0.23 0.17 0.20 0.24 0.25 0.17 0.22
OP2 0.16 0.17 0.11 0.14 0.10 0.18 0.13 0.19 0.11 0.24 0.13 0.24 0.13 0.22 0.16 0.11 0.16 0.23 0.19 0.11 0.16 0.17 0.19
P 0.11 0.25 0.09 0.16 0.10 0.18 0.09 0.20 0.13 0.16 0.22 0.33 0.19 0.12 0.10 0.09 0.22 0.19 0.19 0.13 0.20 0.16 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.16 0.19 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.06 0.08 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.13 0.14 0.12
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.12 0.02 0.14 0.17 0.14
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.06 0.05 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.11 0.02 0.12 0.01 0.16 0.20 0.16
C8 0.03 0.03 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.09
N1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.18 0.21 0.17
N2 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.02 0.13 0.05 0.18 0.20 0.16
N3 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.11 0.02 0.14 0.16 0.13
N7 0.02 0.04 0.05 0.08 0.02 0.02 0.02 0.09 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.04 0.11 0.03 0.11 0.05 0.12 0.14 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.03 0.08 0.09 0.08
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.07 0.05
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.05 0.11 0.09 0.07 0.07 0.05 0.11 0.05 0.03 0.00 0.00 0.08 0.13 0.07 0.15 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.02
O5' 0.04 0.12 0.03 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.12 0.08 0.12 0.13 0.11 0.11 0.08 0.02 0.08 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.06 0.09 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.13 0.03 0.11 0.00 0.17 0.21 0.16
OP1 0.05 0.16 0.08 0.06 0.13 0.02 0.14 0.02 0.16 0.08 0.18 0.18 0.14 0.12 0.08 0.07 0.07 0.02 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.19 0.06 0.08 0.14 0.04 0.17 0.02 0.20 0.08 0.21 0.20 0.16 0.14 0.09 0.07 0.15 0.05 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.15 0.05 0.03 0.12 0.01 0.14 0.01 0.16 0.09 0.17 0.16 0.13 0.13 0.08 0.05 0.09 0.02 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00