ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51249

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.018
O4' A 0, -0.005, 0.058, 0.122, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.058 std_dev=0.064
C2' A 0, -0.017, 0.076, 0.169, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.076 std_dev=0.093
O4' B 0, -0.006, 0.097, 0.201, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.097 std_dev=0.104
C1' B 0, 0.010, 0.134, 0.259, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.134 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.012, 0.140, 0.267, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.140 std_dev=0.127
C5' B 0, 0.003, 0.132, 0.261, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.132 std_dev=0.129
N9 B 0, 0.012, 0.145, 0.279, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.145 std_dev=0.134
C4' B 0, 0.008, 0.145, 0.282, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.145 std_dev=0.137
C8 B 0, 0.011, 0.165, 0.318, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.165 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.010, 0.164, 0.317, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.164 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.012, 0.168, 0.323, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.168 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.012, 0.191, 0.371, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.191 std_dev=0.179
C4 B 0, 0.008, 0.193, 0.377, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.193 std_dev=0.185
P B 0, 0.021, 0.210, 0.400, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.210 std_dev=0.190
OP1 B 0, 0.017, 0.209, 0.401, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.209 std_dev=0.192
C2' B 0, -0.007, 0.195, 0.397, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.195 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.001, 0.206, 0.412, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.206 std_dev=0.206
N7 B 0, 0.004, 0.214, 0.423, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.214 std_dev=0.210
OP2 B 0, 0.031, 0.243, 0.455, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.243 std_dev=0.212
C5' A 0, 0.015, 0.228, 0.442, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.228 std_dev=0.214
C5 B 0, 0.004, 0.224, 0.445, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.224 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.019, 0.249, 0.478, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.249 std_dev=0.230
N3 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C3' B 0, -0.021, 0.218, 0.458, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.218 std_dev=0.240
O2' B 0, -0.018, 0.236, 0.491, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.236 std_dev=0.255
C6 B 0, -0.001, 0.293, 0.587, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.293 std_dev=0.294
C2 B 0, -0.015, 0.286, 0.587, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.286 std_dev=0.301
P A 0, 0.006, 0.326, 0.646, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.326 std_dev=0.320
N1 B 0, -0.014, 0.308, 0.629, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.308 std_dev=0.321
O3' B 0, -0.055, 0.274, 0.603, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.274 std_dev=0.329
O6 B 0, 0.007, 0.366, 0.725, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.366 std_dev=0.359
N2 B 0, -0.041, 0.341, 0.722, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.341 std_dev=0.381
OP1 A 0, 0.022, 0.419, 0.816, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.419 std_dev=0.397
OP2 A 0, -0.010, 0.393, 0.796, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.393 std_dev=0.403

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.11 0.02 0.13 0.10 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.04 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.12 0.01 0.13 0.10 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.02 0.14 0.00 0.16 0.16 0.14
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.09 0.09 0.02 0.00
C6 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.15 0.00 0.18 0.18 0.16
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.15 0.13 0.13
N1 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.14 0.02 0.16 0.15 0.13
N2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.01 0.11 0.04 0.13 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.10 0.02 0.12 0.08 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.16 0.01 0.19 0.19 0.17
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.08
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.12 0.09 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.06 0.01
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.10 0.10 0.05 0.13 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05
O5' 0.05 0.11 0.03 0.05 0.12 0.02 0.14 0.01 0.15 0.14 0.14 0.11 0.10 0.16 0.10 0.02 0.10 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.17 0.00 0.21 0.23 0.19
OP1 0.07 0.13 0.04 0.04 0.13 0.06 0.16 0.09 0.18 0.15 0.16 0.13 0.12 0.19 0.11 0.04 0.05 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00
OP2 0.01 0.10 0.08 0.08 0.10 0.03 0.16 0.02 0.18 0.13 0.15 0.09 0.08 0.19 0.07 0.06 0.13 0.02 0.01 0.23 0.02 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.04 0.05 0.10 0.01 0.14 0.00 0.16 0.13 0.13 0.09 0.08 0.17 0.08 0.01 0.09 0.05 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.09 0.11 0.05 0.09 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.13 0.10 0.07 0.04 0.11 0.15 0.05 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07
C2 0.10 0.15 0.15 0.16 0.09 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 0.10 0.20 0.15 0.04 0.06 0.21 0.21 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02
C2' 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.06 0.01 0.08 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.11 0.05 0.03 0.03
C3' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.05 0.11 0.03 0.12 0.11 0.09 0.08 0.06 0.14 0.06 0.04 0.07 0.05 0.02 0.17 0.01 0.03 0.02
C4 0.11 0.13 0.14 0.16 0.08 0.13 0.04 0.08 0.04 0.06 0.08 0.18 0.14 0.07 0.06 0.18 0.20 0.07 0.09 0.03 0.07 0.06 0.06
C4' 0.06 0.07 0.07 0.09 0.03 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.11 0.08 0.10 0.03 0.09 0.12 0.04 0.03 0.11 0.01 0.02 0.02
C5 0.11 0.14 0.15 0.16 0.09 0.13 0.05 0.07 0.04 0.05 0.09 0.20 0.15 0.07 0.07 0.20 0.22 0.08 0.09 0.03 0.07 0.06 0.07
C5' 0.06 0.06 0.08 0.10 0.03 0.08 0.07 0.04 0.08 0.08 0.04 0.11 0.08 0.11 0.03 0.11 0.14 0.04 0.03 0.13 0.03 0.04 0.03
C6 0.12 0.17 0.17 0.17 0.10 0.14 0.05 0.07 0.05 0.04 0.11 0.23 0.17 0.05 0.07 0.23 0.23 0.08 0.08 0.03 0.05 0.04 0.05
C8 0.10 0.12 0.13 0.14 0.08 0.12 0.05 0.08 0.04 0.06 0.07 0.18 0.13 0.08 0.06 0.17 0.19 0.08 0.10 0.05 0.09 0.08 0.09
N1 0.11 0.17 0.17 0.17 0.10 0.13 0.05 0.05 0.06 0.03 0.12 0.22 0.17 0.04 0.07 0.23 0.23 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.03
N2 0.09 0.15 0.15 0.15 0.08 0.10 0.04 0.03 0.05 0.02 0.10 0.20 0.15 0.03 0.05 0.21 0.20 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02
N3 0.10 0.13 0.14 0.16 0.08 0.13 0.04 0.07 0.04 0.05 0.08 0.17 0.14 0.06 0.06 0.18 0.20 0.07 0.08 0.02 0.05 0.04 0.04
N7 0.11 0.14 0.14 0.15 0.08 0.13 0.05 0.08 0.04 0.06 0.08 0.19 0.15 0.07 0.07 0.19 0.21 0.08 0.10 0.04 0.09 0.08 0.08
N9 0.10 0.12 0.12 0.14 0.07 0.12 0.04 0.08 0.03 0.05 0.07 0.16 0.13 0.07 0.06 0.16 0.18 0.07 0.10 0.04 0.08 0.07 0.08
O2' 0.12 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.09 0.07 0.06 0.10 0.15 0.14 0.05 0.10 0.09 0.08 0.12 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08
O3' 0.10 0.13 0.08 0.08 0.12 0.08 0.16 0.08 0.19 0.16 0.16 0.12 0.11 0.19 0.12 0.05 0.07 0.10 0.08 0.23 0.08 0.08 0.08
O4' 0.08 0.10 0.10 0.12 0.05 0.09 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.14 0.11 0.07 0.04 0.13 0.16 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.08 0.08 0.05 0.08 0.05 0.11 0.03 0.06 0.11 0.03 0.04 0.13 0.04 0.05 0.04
O6 0.13 0.19 0.18 0.18 0.11 0.14 0.06 0.07 0.07 0.04 0.13 0.25 0.19 0.04 0.08 0.25 0.25 0.08 0.09 0.03 0.06 0.04 0.05
OP1 0.06 0.09 0.05 0.08 0.09 0.07 0.13 0.06 0.15 0.13 0.12 0.09 0.08 0.16 0.09 0.04 0.10 0.07 0.07 0.20 0.08 0.09 0.08
OP2 0.06 0.06 0.08 0.10 0.03 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.10 0.07 0.06 0.03 0.11 0.14 0.05 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09
P 0.04 0.05 0.05 0.08 0.02 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.02 0.08 0.12 0.03 0.05 0.12 0.05 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04
C2 0.04 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.09 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.06 0.09 0.04 0.05 0.03 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.04
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.05 0.03 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.14 0.11
C8 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.12 0.09
N2 0.05 0.00 0.09 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.07 0.05 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05
N3 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04
N7 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.07 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.09 0.04 0.09 0.11 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.09 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.08 0.04 0.07 0.04 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05
O5' 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.06 0.04 0.03 0.09 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01
O6 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.03 0.11 0.00 0.13 0.18 0.15
OP1 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.09 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.06 0.06 0.01 0.11 0.00 0.14 0.07 0.12 0.08 0.06 0.11 0.05 0.02 0.08 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.11 0.07 0.09 0.05 0.04 0.11 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00