ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51250

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.005, 0.029, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.029 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.017, 0.068, 0.120, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.068 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.021, 0.081, 0.141, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.081 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.025, 0.105, 0.184, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.105 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.034, 0.181, 0.327, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.181 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.034, 0.181, 0.328, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.181 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.047, 0.241, 0.434, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.241 std_dev=0.194
P A 0, 0.127, 0.330, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.330 std_dev=0.203
C5' A 0, 0.062, 0.273, 0.483, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.273 std_dev=0.210
O3' A 0, 0.095, 0.326, 0.557, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.326 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.118, 0.371, 0.624, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.371 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.151, 0.418, 0.684, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.418 std_dev=0.266
C2 B 0, 0.151, 0.434, 0.717, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.434 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.175, 0.471, 0.767, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.471 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.073, 0.370, 0.667, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.370 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.058, 0.362, 0.667, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.362 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.183, 0.488, 0.793, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.488 std_dev=0.305
N9 B 0, 0.188, 0.501, 0.814, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.501 std_dev=0.313
OP1 A 0, 0.031, 0.370, 0.710, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.370 std_dev=0.339
C8 B 0, 0.139, 0.503, 0.867, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.503 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.253, 0.625, 0.997, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.625 std_dev=0.372
N2 B 0, 0.176, 0.552, 0.928, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.552 std_dev=0.376
N7 B 0, 0.045, 0.439, 0.832, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.439 std_dev=0.393
O6 B 0, 0.039, 0.452, 0.866, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.452 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.267, 0.687, 1.107, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.687 std_dev=0.420
P B 0, 0.306, 0.738, 1.170, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.738 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.289, 0.725, 1.161, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.725 std_dev=0.436
C2' B 0, 0.207, 0.662, 1.117, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.662 std_dev=0.455
O2' B 0, 0.223, 0.693, 1.164, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.693 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.235, 0.714, 1.193, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.714 std_dev=0.479
C5' B 0, 0.351, 0.841, 1.330, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.841 std_dev=0.490
O5' B 0, 0.421, 1.002, 1.583, 1.388 max_d=1.388 avg_d=1.002 std_dev=0.581
O3' B 0, 0.136, 0.725, 1.315, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.725 std_dev=0.589
OP2 B 0, 0.329, 1.210, 2.091, 2.458 max_d=2.458 avg_d=1.210 std_dev=0.881
OP1 B 0, 0.542, 1.588, 2.635, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.588 std_dev=1.047

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.12 0.01 0.12 0.21 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.04 0.04 0.02
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.11 0.18 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.15 0.00 0.17 0.24 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.05 0.05 0.13 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.16 0.00 0.19 0.28 0.20
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.14 0.01 0.14 0.17 0.14
N1 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.14 0.00 0.16 0.26 0.17
N2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.11 0.01 0.10 0.21 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.08 0.17 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.19 0.25 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.08 0.13 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.06
O5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14 0.11 0.09 0.17 0.09 0.02 0.02 0.03 0.00 0.18 0.03 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02 0.18 0.00 0.23 0.31 0.23
OP1 0.04 0.12 0.04 0.04 0.11 0.05 0.17 0.05 0.19 0.14 0.16 0.10 0.08 0.19 0.08 0.05 0.05 0.06 0.03 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.21 0.06 0.04 0.18 0.02 0.24 0.01 0.28 0.17 0.26 0.21 0.17 0.25 0.13 0.04 0.04 0.06 0.01 0.31 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.14 0.02 0.02 0.12 0.02 0.18 0.02 0.20 0.14 0.17 0.13 0.11 0.20 0.09 0.03 0.02 0.06 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.08 0.26 0.11 0.06 0.18 0.13 0.30 0.23 0.07 0.22 0.09 0.10 0.12 0.09 0.32 0.18 0.18 0.34 0.32 0.44 0.37 0.08
C2 0.15 0.09 0.15 0.14 0.06 0.11 0.26 0.19 0.36 0.14 0.25 0.12 0.08 0.27 0.04 0.20 0.04 0.11 0.30 0.46 0.48 0.47 0.16
C2' 0.18 0.08 0.28 0.08 0.02 0.17 0.12 0.32 0.23 0.04 0.21 0.09 0.07 0.11 0.08 0.42 0.16 0.15 0.34 0.32 0.50 0.35 0.08
C3' 0.18 0.08 0.28 0.08 0.03 0.17 0.13 0.32 0.24 0.04 0.22 0.08 0.07 0.12 0.08 0.42 0.16 0.14 0.34 0.34 0.52 0.36 0.07
C4 0.17 0.07 0.21 0.11 0.03 0.12 0.19 0.24 0.32 0.08 0.24 0.16 0.13 0.19 0.06 0.26 0.07 0.11 0.32 0.44 0.49 0.45 0.12
C4' 0.17 0.10 0.27 0.11 0.07 0.20 0.14 0.33 0.24 0.08 0.22 0.09 0.08 0.13 0.09 0.35 0.20 0.19 0.34 0.32 0.48 0.35 0.08
C5 0.16 0.08 0.18 0.12 0.03 0.11 0.20 0.22 0.33 0.10 0.22 0.21 0.14 0.22 0.05 0.23 0.04 0.10 0.31 0.50 0.53 0.49 0.15
C5' 0.16 0.11 0.26 0.11 0.08 0.20 0.14 0.32 0.24 0.08 0.22 0.10 0.10 0.13 0.10 0.33 0.20 0.18 0.34 0.34 0.48 0.38 0.07
C6 0.14 0.08 0.14 0.13 0.02 0.11 0.23 0.19 0.36 0.14 0.21 0.20 0.13 0.27 0.04 0.19 0.03 0.10 0.29 0.56 0.55 0.54 0.19
C8 0.17 0.09 0.23 0.11 0.06 0.14 0.15 0.26 0.27 0.07 0.20 0.20 0.15 0.16 0.08 0.28 0.11 0.12 0.33 0.41 0.52 0.45 0.11
N1 0.14 0.06 0.13 0.14 0.04 0.11 0.26 0.18 0.38 0.16 0.23 0.15 0.10 0.31 0.04 0.18 0.06 0.11 0.29 0.55 0.52 0.53 0.20
N2 0.13 0.12 0.11 0.15 0.12 0.12 0.29 0.16 0.33 0.18 0.24 0.11 0.08 0.31 0.07 0.17 0.08 0.12 0.29 0.40 0.44 0.45 0.18
N3 0.17 0.10 0.20 0.12 0.04 0.12 0.21 0.23 0.32 0.09 0.26 0.12 0.09 0.20 0.05 0.26 0.04 0.11 0.32 0.41 0.46 0.42 0.12
N7 0.16 0.10 0.20 0.11 0.04 0.12 0.17 0.24 0.30 0.08 0.20 0.23 0.16 0.20 0.06 0.25 0.07 0.10 0.32 0.47 0.54 0.49 0.14
N9 0.17 0.07 0.24 0.11 0.05 0.14 0.15 0.27 0.27 0.07 0.22 0.15 0.13 0.16 0.08 0.29 0.12 0.14 0.33 0.39 0.48 0.42 0.09
O2' 0.18 0.11 0.30 0.11 0.05 0.22 0.12 0.34 0.21 0.08 0.20 0.13 0.03 0.10 0.10 0.46 0.18 0.20 0.35 0.27 0.48 0.29 0.13
O3' 0.19 0.08 0.31 0.09 0.03 0.18 0.12 0.33 0.23 0.05 0.21 0.08 0.05 0.10 0.09 0.49 0.16 0.15 0.34 0.32 0.55 0.33 0.11
O4' 0.17 0.11 0.26 0.13 0.09 0.20 0.14 0.30 0.23 0.09 0.22 0.10 0.11 0.13 0.11 0.30 0.22 0.20 0.34 0.32 0.43 0.37 0.08
O5' 0.17 0.11 0.26 0.10 0.09 0.17 0.16 0.29 0.27 0.09 0.24 0.12 0.12 0.16 0.10 0.33 0.19 0.15 0.33 0.38 0.47 0.46 0.06
O6 0.13 0.09 0.13 0.14 0.02 0.11 0.22 0.18 0.35 0.15 0.18 0.21 0.13 0.29 0.03 0.17 0.05 0.11 0.28 0.57 0.58 0.57 0.22
OP1 0.15 0.11 0.23 0.11 0.08 0.21 0.18 0.33 0.28 0.09 0.25 0.10 0.09 0.17 0.08 0.31 0.21 0.18 0.35 0.40 0.49 0.45 0.06
OP2 0.20 0.13 0.27 0.11 0.13 0.11 0.19 0.22 0.30 0.13 0.24 0.16 0.16 0.20 0.13 0.33 0.19 0.10 0.28 0.43 0.45 0.61 0.14
P 0.15 0.10 0.23 0.09 0.07 0.16 0.17 0.28 0.28 0.08 0.24 0.10 0.10 0.17 0.08 0.30 0.19 0.13 0.32 0.41 0.46 0.50 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.30 0.12
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.15 0.14 0.15 0.00 0.16 0.50 0.20
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.20 0.30 0.09
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.23 0.09 0.04 0.03 0.23 0.13 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.17 0.35 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.07 0.12 0.01 0.13 0.47 0.20
C4' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.13 0.08 0.15 0.10 0.09 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.03 0.16 0.21 0.07
C5 0.00 0.00 0.07 0.16 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.13 0.05 0.13 0.01 0.16 0.57 0.23
C5' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.13 0.10 0.16 0.11 0.10 0.04 0.11 0.08 0.00 0.01 0.06 0.21 0.16 0.03
C6 0.01 0.00 0.08 0.15 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.08 0.15 0.00 0.17 0.62 0.24
C8 0.01 0.01 0.04 0.23 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.22 0.06 0.15 0.02 0.19 0.47 0.23
N1 0.01 0.00 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.12 0.15 0.00 0.18 0.58 0.22
N2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.01 0.15 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.16 0.16 0.01 0.18 0.49 0.19
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.15 0.12 0.13 0.00 0.14 0.44 0.18
N7 0.00 0.01 0.06 0.23 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.22 0.02 0.16 0.02 0.18 0.58 0.25
N9 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.10 0.01 0.13 0.40 0.18
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.09 0.13 0.09 0.11 0.10 0.06 0.11 0.13 0.11 0.07 0.06 0.00 0.07 0.07 0.02 0.10 0.13 0.28 0.05
O3' 0.07 0.15 0.04 0.01 0.08 0.02 0.13 0.08 0.12 0.22 0.10 0.22 0.15 0.22 0.09 0.07 0.00 0.06 0.13 0.15 0.15 0.54 0.17
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.06 0.12 0.16 0.12 0.02 0.01 0.07 0.06 0.00 0.05 0.07 0.22 0.27 0.19
O5' 0.07 0.15 0.07 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.15 0.15 0.15 0.16 0.13 0.16 0.10 0.02 0.13 0.05 0.00 0.15 0.03 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.15 0.07 0.15 0.00 0.19 0.68 0.25
OP1 0.09 0.16 0.20 0.17 0.13 0.16 0.16 0.21 0.17 0.19 0.18 0.18 0.14 0.18 0.13 0.13 0.15 0.22 0.03 0.19 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.50 0.30 0.35 0.47 0.21 0.57 0.16 0.62 0.47 0.58 0.49 0.44 0.58 0.40 0.28 0.54 0.27 0.01 0.68 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.20 0.09 0.07 0.20 0.07 0.23 0.03 0.24 0.23 0.22 0.19 0.18 0.25 0.18 0.05 0.17 0.19 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00