ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51252

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.001, 0.014, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.001, 0.041, 0.081, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.041 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.002, 0.078, 0.155, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.078 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.017, 0.107, 0.196, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.107 std_dev=0.090
C5' B 0, -0.004, 0.086, 0.176, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.086 std_dev=0.090
C2' A 0, -0.010, 0.099, 0.207, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.099 std_dev=0.108
C4' B 0, -0.002, 0.107, 0.217, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.107 std_dev=0.109
C4' A 0, -0.032, 0.122, 0.276, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.122 std_dev=0.154
C3' A 0, -0.016, 0.148, 0.312, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.148 std_dev=0.164
O4' B 0, -0.008, 0.167, 0.343, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.167 std_dev=0.175
C3' B 0, -0.019, 0.170, 0.358, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.170 std_dev=0.188
O5' A 0, -0.026, 0.178, 0.383, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.178 std_dev=0.205
P B 0, -0.032, 0.174, 0.381, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.174 std_dev=0.207
OP1 B 0, -0.020, 0.191, 0.402, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.191 std_dev=0.211
O3' A 0, -0.011, 0.202, 0.414, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.202 std_dev=0.212
O3' B 0, -0.019, 0.203, 0.425, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.203 std_dev=0.222
O5' B 0, -0.039, 0.191, 0.422, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.191 std_dev=0.230
O2' B 0, -0.038, 0.193, 0.424, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.193 std_dev=0.231
C2' B 0, -0.033, 0.210, 0.453, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.210 std_dev=0.243
OP2 B 0, -0.047, 0.205, 0.458, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.205 std_dev=0.253
C1' B 0, -0.025, 0.232, 0.488, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.232 std_dev=0.256
C5' A 0, -0.048, 0.208, 0.465, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.208 std_dev=0.256
N9 B 0, -0.041, 0.307, 0.655, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.307 std_dev=0.348
N3 B 0, -0.065, 0.284, 0.634, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.284 std_dev=0.350
N2 B 0, -0.061, 0.299, 0.659, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.299 std_dev=0.360
P A 0, -0.069, 0.297, 0.663, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.297 std_dev=0.366
C4 B 0, -0.068, 0.316, 0.699, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.316 std_dev=0.384
C2 B 0, -0.088, 0.310, 0.707, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.310 std_dev=0.397
OP2 A 0, -0.086, 0.336, 0.758, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.336 std_dev=0.422
C8 B 0, -0.089, 0.335, 0.758, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.335 std_dev=0.423
OP1 A 0, -0.089, 0.373, 0.835, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.373 std_dev=0.462
C5 B 0, -0.110, 0.360, 0.831, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.360 std_dev=0.470
N1 B 0, -0.115, 0.357, 0.829, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.357 std_dev=0.472
N7 B 0, -0.112, 0.382, 0.876, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.382 std_dev=0.494
C6 B 0, -0.133, 0.381, 0.895, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.381 std_dev=0.514
O6 B 0, -0.156, 0.419, 0.994, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.419 std_dev=0.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.14 0.11 0.10
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.17 0.00 0.25 0.24 0.20
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.05 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.11 0.14 0.10 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.08 0.02 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.16 0.03 0.22 0.21 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.17 0.03 0.23 0.24 0.20
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.01
C6 0.03 0.00 0.04 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.19 0.00 0.26 0.27 0.22
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.17 0.04 0.20 0.19 0.18
N1 0.03 0.00 0.07 0.11 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.02 0.19 0.01 0.26 0.26 0.22
N2 0.04 0.00 0.12 0.14 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.02 0.17 0.02 0.25 0.24 0.20
N3 0.03 0.00 0.09 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.16 0.01 0.23 0.22 0.18
N7 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.16 0.04 0.21 0.22 0.19
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.04 0.19 0.18 0.16
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.03
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.15 0.11 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.12 0.09 0.06 0.02 0.02
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.13 0.04 0.14 0.08 0.09
O5' 0.10 0.17 0.01 0.07 0.16 0.01 0.17 0.00 0.19 0.17 0.19 0.17 0.16 0.16 0.15 0.00 0.12 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00
O6 0.04 0.00 0.04 0.08 0.03 0.06 0.03 0.10 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.04 0.20 0.00 0.28 0.29 0.25
OP1 0.14 0.25 0.10 0.08 0.22 0.10 0.23 0.10 0.26 0.20 0.26 0.25 0.23 0.21 0.19 0.08 0.06 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.24 0.05 0.02 0.21 0.02 0.24 0.01 0.27 0.19 0.26 0.24 0.22 0.22 0.18 0.04 0.02 0.08 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.20 0.04 0.01 0.18 0.02 0.20 0.01 0.22 0.18 0.22 0.20 0.18 0.19 0.16 0.03 0.02 0.09 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.05 0.02 0.05 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.06 0.09 0.09 0.08 0.01 0.06 0.05 0.02 0.02
C2 0.05 0.06 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.01 0.06 0.08 0.08 0.03
C2' 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.06
C3' 0.03 0.05 0.11 0.14 0.03 0.10 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.18 0.17 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.07
C4 0.09 0.08 0.03 0.02 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.04 0.01 0.11 0.02 0.09 0.07 0.06 0.02
C4' 0.01 0.03 0.08 0.10 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.05 0.00 0.02 0.07 0.07
C5 0.10 0.10 0.04 0.03 0.10 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.10 0.01 0.03 0.11 0.02 0.10 0.07 0.06 0.02
C5' 0.03 0.05 0.10 0.12 0.04 0.08 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.02 0.17 0.15 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.07
C6 0.10 0.10 0.05 0.05 0.09 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.11 0.10 0.07 0.10 0.01 0.06 0.10 0.02 0.10 0.06 0.07 0.02
C8 0.11 0.11 0.04 0.01 0.11 0.06 0.11 0.05 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.02 0.03 0.13 0.02 0.12 0.06 0.03 0.01
N1 0.07 0.08 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05 0.07 0.01 0.08 0.08 0.02 0.08 0.07 0.08 0.03
N2 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.02 0.02 0.02 0.07 0.09 0.02
N3 0.06 0.06 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.08 0.07 0.03
N7 0.11 0.11 0.04 0.02 0.11 0.07 0.11 0.06 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.01 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.05 0.02
N9 0.09 0.08 0.02 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.04 0.11 0.02 0.09 0.07 0.04 0.01
O2' 0.03 0.02 0.06 0.11 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.12 0.17 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.07
O3' 0.05 0.08 0.12 0.15 0.05 0.12 0.03 0.11 0.03 0.02 0.05 0.09 0.08 0.02 0.02 0.19 0.18 0.05 0.05 0.02 0.04 0.09 0.06
O4' 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.10 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05
O5' 0.02 0.01 0.09 0.13 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.17 0.19 0.03 0.05 0.04 0.01 0.07 0.06
O6 0.11 0.13 0.07 0.06 0.12 0.08 0.11 0.06 0.12 0.09 0.13 0.15 0.13 0.09 0.12 0.04 0.07 0.11 0.03 0.13 0.06 0.08 0.02
OP1 0.12 0.15 0.20 0.22 0.12 0.18 0.09 0.16 0.10 0.07 0.12 0.17 0.15 0.07 0.09 0.28 0.26 0.11 0.12 0.08 0.04 0.15 0.12
OP2 0.08 0.11 0.16 0.18 0.08 0.13 0.06 0.11 0.06 0.03 0.09 0.13 0.11 0.04 0.05 0.24 0.22 0.06 0.09 0.05 0.02 0.10 0.09
P 0.06 0.08 0.14 0.16 0.05 0.11 0.03 0.09 0.03 0.01 0.06 0.10 0.09 0.02 0.03 0.22 0.20 0.04 0.07 0.02 0.00 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.11 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04
C5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06
C8 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.09 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
N2 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.14 0.14 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07
N3 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04
N7 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01
O2' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.06 0.08 0.01 0.11 0.14 0.10 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.08 0.03 0.01 0.05
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.09 0.14 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.05 0.09 0.00 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.03
O5' 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.12 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.05 0.01 0.07 0.00 0.05 0.05 0.07
OP1 0.05 0.06 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.09 0.05 0.00 0.06 0.08 0.05 0.00 0.03 0.03 0.09 0.09 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00