ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.008, 0.046, 0.085, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.038, 0.132, 0.227, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.132 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.037, 0.137, 0.237, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.137 std_dev=0.100
OP2 A 0, 0.040, 0.146, 0.251, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.146 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.041, 0.147, 0.252, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.147 std_dev=0.105
O4' A 0, 0.011, 0.120, 0.229, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.120 std_dev=0.109
P A 0, 0.046, 0.158, 0.270, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.158 std_dev=0.112
OP1 A 0, 0.046, 0.166, 0.287, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.166 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.035, 0.156, 0.276, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.156 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.040, 0.169, 0.297, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.169 std_dev=0.128
C4 B 0, 0.037, 0.172, 0.307, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.172 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.057, 0.196, 0.335, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.196 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.036, 0.182, 0.327, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.182 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.037, 0.192, 0.346, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.192 std_dev=0.154
N9 B 0, 0.059, 0.216, 0.374, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.216 std_dev=0.157
C8 B 0, 0.054, 0.211, 0.369, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.211 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.016, 0.177, 0.338, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.177 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.055, 0.243, 0.432, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.243 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.060, 0.252, 0.445, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.252 std_dev=0.193
C2 B 0, -0.005, 0.192, 0.388, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.192 std_dev=0.197
N1 B 0, 0.039, 0.243, 0.447, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.243 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.019, 0.235, 0.451, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.235 std_dev=0.216
O6 B 0, 0.087, 0.305, 0.523, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.305 std_dev=0.218
C1' B 0, 0.049, 0.286, 0.523, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.286 std_dev=0.237
P B 0, 0.098, 0.338, 0.579, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.338 std_dev=0.240
O4' B 0, 0.060, 0.333, 0.605, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.333 std_dev=0.272
O5' B 0, 0.112, 0.399, 0.687, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.399 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.117, 0.406, 0.694, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.406 std_dev=0.288
C5' B 0, 0.116, 0.414, 0.712, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.414 std_dev=0.298
OP2 B 0, 0.124, 0.427, 0.729, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.427 std_dev=0.303
C2' B 0, 0.171, 0.599, 1.027, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.599 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.151, 0.583, 1.014, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.583 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.245, 0.862, 1.480, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.862 std_dev=0.617
O3' B 0, 0.328, 1.122, 1.916, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.122 std_dev=0.794

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.04 0.05 0.02 0.06
C4 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
C5' 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04
O2' 0.06 0.09 0.00 0.02 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.06 0.07 0.00 0.06 0.07 0.06 0.07 0.02 0.03 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04 0.07 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03 0.03 0.03
O5' 0.05 0.03 0.07 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
OP1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.03 0.18 0.21 0.04 0.19 0.05 0.11 0.12 0.05 0.12 0.04 0.05 0.04 0.09 0.15 0.30 0.17 0.06 0.17 0.15 0.11 0.05
C2 0.15 0.07 0.19 0.12 0.08 0.08 0.01 0.03 0.04 0.08 0.04 0.07 0.09 0.02 0.12 0.19 0.12 0.11 0.05 0.08 0.13 0.09 0.02
C2' 0.18 0.06 0.19 0.22 0.02 0.20 0.06 0.11 0.13 0.05 0.13 0.07 0.03 0.02 0.10 0.15 0.30 0.18 0.06 0.18 0.18 0.07 0.06
C3' 0.18 0.04 0.19 0.23 0.03 0.21 0.04 0.11 0.11 0.06 0.10 0.05 0.04 0.01 0.10 0.15 0.32 0.18 0.05 0.16 0.18 0.06 0.04
C4 0.17 0.08 0.18 0.14 0.07 0.12 0.02 0.06 0.07 0.06 0.06 0.11 0.11 0.00 0.11 0.18 0.19 0.13 0.05 0.13 0.15 0.09 0.03
C4' 0.16 0.06 0.17 0.24 0.04 0.21 0.07 0.12 0.12 0.05 0.12 0.06 0.05 0.04 0.08 0.12 0.36 0.17 0.08 0.17 0.18 0.09 0.06
C5 0.15 0.12 0.18 0.12 0.08 0.10 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.15 0.13 0.02 0.11 0.19 0.15 0.11 0.06 0.13 0.13 0.08 0.03
C5' 0.15 0.06 0.16 0.23 0.04 0.20 0.07 0.12 0.13 0.04 0.12 0.06 0.04 0.05 0.07 0.12 0.36 0.16 0.08 0.18 0.18 0.08 0.05
C6 0.13 0.13 0.18 0.10 0.09 0.06 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.15 0.13 0.03 0.10 0.19 0.11 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08 0.04
C8 0.16 0.09 0.18 0.15 0.07 0.14 0.02 0.07 0.08 0.04 0.06 0.14 0.12 0.02 0.10 0.18 0.22 0.14 0.05 0.15 0.15 0.08 0.03
N1 0.13 0.11 0.18 0.11 0.09 0.05 0.04 0.01 0.06 0.06 0.08 0.11 0.11 0.03 0.11 0.19 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.03
N2 0.15 0.02 0.19 0.12 0.06 0.07 0.01 0.02 0.03 0.10 0.03 0.03 0.05 0.04 0.13 0.19 0.10 0.11 0.05 0.05 0.12 0.10 0.02
N3 0.18 0.06 0.20 0.15 0.08 0.12 0.00 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.10 0.02 0.13 0.19 0.18 0.14 0.05 0.10 0.15 0.09 0.03
N7 0.15 0.12 0.17 0.12 0.08 0.11 0.03 0.05 0.07 0.04 0.08 0.17 0.13 0.02 0.10 0.18 0.18 0.12 0.06 0.14 0.14 0.08 0.03
N9 0.16 0.05 0.18 0.16 0.05 0.15 0.03 0.08 0.10 0.04 0.08 0.08 0.09 0.02 0.10 0.17 0.24 0.14 0.05 0.16 0.15 0.09 0.03
O2' 0.15 0.19 0.18 0.28 0.11 0.25 0.16 0.19 0.22 0.09 0.24 0.22 0.11 0.12 0.08 0.11 0.38 0.18 0.16 0.25 0.23 0.15 0.15
O3' 0.19 0.05 0.21 0.26 0.03 0.23 0.04 0.13 0.10 0.07 0.11 0.07 0.03 0.01 0.11 0.15 0.35 0.19 0.07 0.15 0.19 0.06 0.05
O4' 0.15 0.05 0.16 0.22 0.04 0.19 0.06 0.12 0.11 0.05 0.11 0.04 0.05 0.05 0.08 0.12 0.33 0.16 0.07 0.16 0.16 0.11 0.05
O5' 0.13 0.04 0.14 0.19 0.01 0.18 0.07 0.12 0.13 0.01 0.11 0.05 0.03 0.05 0.05 0.11 0.31 0.14 0.09 0.19 0.20 0.07 0.07
O6 0.11 0.14 0.17 0.10 0.09 0.05 0.06 0.00 0.09 0.04 0.13 0.17 0.13 0.03 0.09 0.19 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.05
OP1 0.15 0.03 0.16 0.22 0.02 0.21 0.06 0.13 0.12 0.03 0.10 0.03 0.04 0.04 0.07 0.12 0.34 0.17 0.07 0.19 0.16 0.09 0.05
OP2 0.13 0.04 0.14 0.16 0.02 0.16 0.07 0.09 0.13 0.01 0.10 0.06 0.05 0.06 0.06 0.12 0.27 0.14 0.06 0.20 0.16 0.06 0.03
P 0.12 0.04 0.13 0.18 0.01 0.18 0.08 0.12 0.14 0.02 0.11 0.03 0.02 0.07 0.04 0.10 0.31 0.14 0.09 0.20 0.19 0.07 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.15 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.19 0.10 0.08 0.00 0.13 0.15 0.00
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.07 0.11 0.15 0.08 0.04 0.05 0.15 0.09 0.00 0.03 0.01 0.13 0.12 0.12 0.20 0.15
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.13 0.03 0.11 0.08 0.12 0.05 0.06 0.00 0.01 0.12 0.06 0.15 0.12 0.11
C4 0.02 0.00 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.08 0.04 0.01 0.06 0.18 0.04
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.08 0.13 0.10 0.04 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.04 0.11 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.12 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.08 0.07 0.04 0.01 0.05 0.22 0.06
C5' 0.03 0.10 0.07 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.08 0.12 0.10 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.00 0.05 0.11 0.02 0.02
C6 0.02 0.00 0.11 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.10 0.08 0.06 0.00 0.07 0.21 0.05
C8 0.01 0.00 0.15 0.13 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.12 0.02 0.05 0.01 0.11 0.26 0.14
N1 0.03 0.00 0.08 0.03 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.14 0.09 0.07 0.00 0.10 0.18 0.03
N2 0.03 0.00 0.04 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.24 0.10 0.09 0.01 0.16 0.13 0.03
N3 0.03 0.00 0.05 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.10 0.07 0.00 0.11 0.15 0.02
N7 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.04 0.04 0.01 0.09 0.27 0.12
N9 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.20 0.09
O2' 0.02 0.07 0.00 0.06 0.11 0.06 0.16 0.05 0.15 0.17 0.11 0.04 0.06 0.18 0.09 0.00 0.12 0.05 0.16 0.17 0.16 0.29 0.20
O3' 0.06 0.19 0.03 0.00 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.12 0.14 0.24 0.18 0.11 0.06 0.12 0.00 0.06 0.11 0.09 0.19 0.15 0.11
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.10 0.10 0.04 0.04 0.05 0.06 0.00 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02
O5' 0.04 0.08 0.13 0.12 0.04 0.03 0.04 0.00 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07 0.04 0.02 0.16 0.11 0.02 0.00 0.06 0.06 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.12 0.06 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.09 0.07 0.06 0.00 0.06 0.23 0.07
OP1 0.04 0.13 0.12 0.15 0.06 0.11 0.05 0.11 0.07 0.11 0.10 0.16 0.11 0.09 0.04 0.16 0.19 0.09 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.15 0.20 0.12 0.18 0.02 0.22 0.02 0.21 0.26 0.18 0.13 0.15 0.27 0.20 0.29 0.15 0.07 0.02 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.00 0.15 0.11 0.04 0.03 0.06 0.02 0.05 0.14 0.03 0.03 0.02 0.12 0.09 0.20 0.11 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00