ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51254

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C8 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N7 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.024
O4' A 0, -0.002, 0.054, 0.110, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.054 std_dev=0.056
C2' A 0, -0.009, 0.069, 0.146, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.069 std_dev=0.078
C3' A 0, -0.007, 0.110, 0.227, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.110 std_dev=0.117
C4' A 0, -0.013, 0.104, 0.221, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.104 std_dev=0.117
O2' A 0, -0.024, 0.105, 0.235, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.105 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.025, 0.188, 0.350, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.188 std_dev=0.163
N3 B 0, 0.067, 0.266, 0.466, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.266 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.079, 0.300, 0.521, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.300 std_dev=0.221
C5' A 0, -0.053, 0.178, 0.408, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.178 std_dev=0.231
C3' B 0, 0.081, 0.323, 0.566, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.323 std_dev=0.243
O5' A 0, -0.046, 0.200, 0.446, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.200 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.104, 0.355, 0.606, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.355 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.096, 0.351, 0.606, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.351 std_dev=0.255
N9 B 0, 0.105, 0.368, 0.631, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.368 std_dev=0.263
O2' B 0, 0.102, 0.368, 0.633, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.368 std_dev=0.265
C1' B 0, 0.090, 0.383, 0.676, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.383 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.124, 0.427, 0.730, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.427 std_dev=0.303
O5' B 0, 0.088, 0.408, 0.729, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.408 std_dev=0.320
C5 B 0, 0.128, 0.462, 0.797, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.462 std_dev=0.335
P A 0, -0.078, 0.264, 0.606, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.264 std_dev=0.342
OP1 A 0, -0.075, 0.293, 0.661, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.293 std_dev=0.368
OP2 A 0, -0.098, 0.270, 0.639, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.270 std_dev=0.368
C6 B 0, 0.137, 0.513, 0.888, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.513 std_dev=0.375
C4' B 0, 0.042, 0.423, 0.805, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.423 std_dev=0.381
N2 B 0, 0.096, 0.480, 0.863, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.480 std_dev=0.384
C5' B 0, 0.044, 0.447, 0.849, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.447 std_dev=0.403
C8 B 0, 0.117, 0.521, 0.925, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.521 std_dev=0.404
O4' B 0, 0.045, 0.470, 0.895, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.470 std_dev=0.425
O3' B 0, 0.026, 0.473, 0.919, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.473 std_dev=0.446
N7 B 0, 0.127, 0.582, 1.037, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.582 std_dev=0.455
O6 B 0, 0.145, 0.660, 1.175, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.660 std_dev=0.515
P B 0, 0.006, 0.740, 1.474, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.740 std_dev=0.734
OP1 B 0, -0.063, 0.816, 1.696, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.816 std_dev=0.880
OP2 B 0, -0.129, 1.180, 2.490, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.180 std_dev=1.310

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.13 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.09 0.09 0.05
C4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03
C5 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.15 0.01 0.17 0.18 0.16
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.12 0.05 0.01 0.02 0.13 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.00 0.18 0.21 0.17
C8 0.00 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.12 0.13
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.01 0.14 0.18 0.14
N2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.06 0.00 0.07 0.12 0.06
N3 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.18 0.00 0.20 0.19 0.19
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.07 0.07
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.02 0.08 0.02 0.08 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.10 0.11 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.08
O5' 0.02 0.08 0.04 0.04 0.10 0.02 0.15 0.01 0.15 0.15 0.11 0.06 0.07 0.18 0.09 0.02 0.04 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.17 0.00 0.22 0.25 0.21
OP1 0.02 0.09 0.07 0.09 0.11 0.01 0.17 0.01 0.18 0.15 0.14 0.07 0.07 0.20 0.09 0.00 0.10 0.04 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.13 0.07 0.09 0.12 0.02 0.18 0.02 0.21 0.12 0.18 0.12 0.10 0.19 0.07 0.02 0.11 0.09 0.00 0.25 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.03 0.05 0.10 0.03 0.16 0.02 0.17 0.13 0.14 0.06 0.06 0.19 0.07 0.03 0.06 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.10 0.12 0.11 0.22 0.17 0.39 0.22 0.15 0.15 0.28 0.17 0.20 0.11 0.12 0.37 0.18 0.36 0.30 0.37 0.10 0.12
C2 0.15 0.18 0.12 0.10 0.09 0.08 0.19 0.23 0.18 0.24 0.02 0.30 0.17 0.28 0.15 0.14 0.32 0.15 0.29 0.27 0.15 0.34 0.16
C2' 0.14 0.09 0.12 0.08 0.12 0.13 0.21 0.31 0.25 0.20 0.16 0.20 0.10 0.25 0.14 0.19 0.44 0.09 0.29 0.33 0.37 0.09 0.10
C3' 0.13 0.12 0.12 0.08 0.11 0.11 0.19 0.29 0.22 0.19 0.14 0.26 0.13 0.23 0.13 0.19 0.46 0.09 0.28 0.31 0.34 0.09 0.09
C4 0.12 0.20 0.11 0.10 0.12 0.13 0.20 0.30 0.23 0.20 0.10 0.39 0.20 0.26 0.13 0.13 0.35 0.09 0.32 0.34 0.22 0.28 0.13
C4' 0.10 0.13 0.09 0.08 0.11 0.18 0.17 0.33 0.21 0.15 0.15 0.24 0.14 0.19 0.11 0.15 0.44 0.16 0.31 0.28 0.37 0.09 0.11
C5 0.13 0.24 0.11 0.10 0.12 0.10 0.21 0.24 0.23 0.23 0.11 0.43 0.21 0.29 0.14 0.14 0.34 0.10 0.28 0.36 0.13 0.43 0.21
C5' 0.10 0.16 0.09 0.08 0.12 0.18 0.15 0.34 0.18 0.13 0.14 0.28 0.17 0.17 0.11 0.15 0.46 0.16 0.33 0.24 0.36 0.10 0.11
C6 0.15 0.24 0.12 0.10 0.11 0.09 0.20 0.17 0.20 0.26 0.10 0.41 0.19 0.31 0.15 0.14 0.33 0.15 0.22 0.34 0.11 0.57 0.29
C8 0.11 0.21 0.11 0.11 0.13 0.16 0.20 0.31 0.23 0.19 0.14 0.42 0.21 0.25 0.13 0.13 0.36 0.11 0.32 0.35 0.22 0.30 0.14
N1 0.16 0.22 0.13 0.10 0.09 0.09 0.19 0.15 0.16 0.26 0.08 0.36 0.18 0.31 0.15 0.14 0.31 0.18 0.22 0.28 0.11 0.54 0.27
N2 0.19 0.13 0.13 0.10 0.06 0.09 0.16 0.18 0.12 0.25 0.04 0.21 0.12 0.26 0.16 0.16 0.31 0.23 0.28 0.18 0.15 0.28 0.14
N3 0.13 0.15 0.11 0.10 0.10 0.14 0.20 0.32 0.22 0.20 0.08 0.30 0.18 0.25 0.13 0.14 0.34 0.09 0.34 0.30 0.26 0.21 0.11
N7 0.12 0.24 0.11 0.10 0.13 0.11 0.20 0.26 0.23 0.21 0.13 0.45 0.22 0.27 0.14 0.13 0.35 0.09 0.28 0.36 0.14 0.42 0.20
N9 0.11 0.19 0.10 0.11 0.12 0.18 0.19 0.34 0.23 0.18 0.13 0.39 0.20 0.23 0.12 0.13 0.36 0.13 0.34 0.34 0.28 0.20 0.11
O2' 0.14 0.12 0.12 0.07 0.15 0.18 0.23 0.36 0.28 0.19 0.23 0.05 0.08 0.25 0.15 0.22 0.44 0.12 0.31 0.35 0.48 0.17 0.17
O3' 0.16 0.11 0.15 0.11 0.12 0.08 0.20 0.25 0.23 0.20 0.15 0.21 0.11 0.24 0.15 0.24 0.50 0.07 0.24 0.31 0.37 0.08 0.08
O4' 0.11 0.16 0.11 0.13 0.13 0.25 0.15 0.40 0.19 0.13 0.14 0.30 0.19 0.16 0.12 0.11 0.36 0.23 0.37 0.27 0.38 0.10 0.13
O5' 0.10 0.21 0.09 0.10 0.13 0.20 0.13 0.37 0.15 0.12 0.13 0.36 0.21 0.15 0.11 0.11 0.40 0.17 0.38 0.22 0.37 0.12 0.11
O6 0.16 0.23 0.13 0.10 0.10 0.10 0.20 0.12 0.18 0.27 0.11 0.40 0.18 0.33 0.16 0.15 0.32 0.18 0.18 0.33 0.18 0.70 0.36
OP1 0.09 0.18 0.09 0.09 0.13 0.21 0.14 0.39 0.16 0.12 0.13 0.29 0.18 0.15 0.11 0.13 0.42 0.18 0.39 0.22 0.41 0.10 0.13
OP2 0.10 0.22 0.11 0.13 0.15 0.22 0.14 0.41 0.17 0.13 0.15 0.35 0.22 0.16 0.12 0.11 0.35 0.17 0.43 0.24 0.38 0.17 0.12
P 0.10 0.19 0.10 0.10 0.13 0.19 0.14 0.38 0.17 0.13 0.14 0.31 0.18 0.16 0.11 0.13 0.42 0.16 0.38 0.23 0.36 0.14 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.04 0.03 0.14 0.21 0.06
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.18 0.01 0.34 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.40 0.17 0.32 0.02 0.26 0.07 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.22 0.50 0.22
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.05 0.01 0.38 0.68 0.34
C4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.29 0.07 0.22 0.01 0.14 0.07 0.02
C4' 0.00 0.18 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.23 0.20 0.09 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.05 0.21 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.24 0.06 0.13 0.01 0.03 0.30 0.13
C5' 0.03 0.34 0.02 0.02 0.20 0.00 0.08 0.00 0.11 0.09 0.23 0.41 0.35 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.11 0.12 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.05 0.16 0.01 0.04 0.37 0.16
C8 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.11 0.15 0.06 0.01 0.14 0.23 0.18
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.36 0.05 0.25 0.01 0.12 0.24 0.04
N2 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.23 0.02 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.45 0.23 0.38 0.02 0.36 0.01 0.14
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.20 0.00 0.35 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.38 0.22 0.32 0.02 0.30 0.04 0.13
N7 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.15 0.02 0.01 0.20 0.42 0.25
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01
O2' 0.01 0.14 0.00 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.13 0.07 0.20 0.15 0.12 0.01 0.00 0.17 0.02 0.02 0.04 0.24 0.59 0.25
O3' 0.27 0.40 0.10 0.00 0.29 0.07 0.24 0.06 0.30 0.11 0.36 0.45 0.38 0.14 0.23 0.17 0.00 0.22 0.11 0.28 0.66 0.94 0.52
O4' 0.00 0.17 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.15 0.05 0.23 0.22 0.15 0.03 0.02 0.22 0.00 0.04 0.11 0.05 0.03 0.10
O5' 0.04 0.32 0.01 0.05 0.22 0.01 0.13 0.00 0.16 0.06 0.25 0.38 0.32 0.02 0.09 0.02 0.11 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.28 0.11 0.09 0.00 0.16 0.52 0.26
OP1 0.14 0.26 0.22 0.38 0.14 0.21 0.03 0.11 0.04 0.14 0.12 0.36 0.30 0.20 0.07 0.24 0.66 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.07 0.50 0.68 0.07 0.29 0.30 0.12 0.37 0.23 0.24 0.01 0.04 0.42 0.01 0.59 0.94 0.03 0.01 0.52 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.22 0.34 0.02 0.08 0.13 0.00 0.16 0.18 0.04 0.14 0.13 0.25 0.01 0.25 0.52 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00