ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
O2' A 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
P A 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C5' A 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
O3' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
OP1 A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C2' B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O2' B 0, 0.000, 0.661, 1.321, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C1' B 0, 0.000, 0.835, 1.670, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.835 std_dev=0.835
N9 B 0, 0.000, 1.240, 2.480, 2.480 max_d=2.480 avg_d=1.240 std_dev=1.240
C3' B 0, 0.000, 1.267, 2.535, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.267 std_dev=1.267
C8 B 0, 0.000, 1.412, 2.824, 2.824 max_d=2.824 avg_d=1.412 std_dev=1.412
O4' B 0, 0.000, 1.588, 3.176, 3.176 max_d=3.176 avg_d=1.588 std_dev=1.588
N7 B 0, 0.000, 1.724, 3.448, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.724 std_dev=1.724
C4' B 0, 0.000, 1.779, 3.558, 3.558 max_d=3.558 avg_d=1.779 std_dev=1.779
C4 B 0, 0.000, 1.860, 3.719, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.860 std_dev=1.860
O3' B 0, 0.000, 2.138, 4.275, 4.275 max_d=4.275 avg_d=2.138 std_dev=2.138
C5 B 0, 0.000, 2.138, 4.276, 4.276 max_d=4.276 avg_d=2.138 std_dev=2.138
N3 B 0, 0.000, 2.343, 4.685, 4.685 max_d=4.685 avg_d=2.343 std_dev=2.343
C5' B 0, 0.000, 2.812, 5.625, 5.625 max_d=5.625 avg_d=2.812 std_dev=2.812
O5' B 0, 0.000, 2.855, 5.711, 5.711 max_d=5.711 avg_d=2.855 std_dev=2.855
C6 B 0, 0.000, 2.981, 5.962, 5.962 max_d=5.962 avg_d=2.981 std_dev=2.981
C2 B 0, 0.000, 3.213, 6.425, 6.425 max_d=6.425 avg_d=3.213 std_dev=3.213
O6 B 0, 0.000, 3.338, 6.677, 6.677 max_d=6.677 avg_d=3.338 std_dev=3.338
N1 B 0, 0.000, 3.511, 7.022, 7.022 max_d=7.022 avg_d=3.511 std_dev=3.511
OP2 B 0, 0.000, 3.753, 7.506, 7.506 max_d=7.506 avg_d=3.753 std_dev=3.753
N2 B 0, 0.000, 3.879, 7.758, 7.758 max_d=7.758 avg_d=3.879 std_dev=3.879
P B 0, 0.000, 3.952, 7.904, 7.904 max_d=7.904 avg_d=3.952 std_dev=3.952
OP1 B 0, 0.000, 4.738, 9.477, 9.477 max_d=9.477 avg_d=4.738 std_dev=4.738

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.11 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.05 0.00 0.04 0.05 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05
N2 0.05 0.00 0.11 0.11 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.15 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N7 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.04 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.13 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.10 0.15 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.08 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01
O5' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
O6 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.00 0.05 0.07 0.09
OP1 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.04 0.05 0.01 0.01 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 1.24 0.27 0.76 0.86 0.63 0.91 0.86 1.13 0.45 1.28 1.36 1.03 0.67 0.55 0.38 1.33 0.12 0.73 1.17 1.36 0.63 0.83
C2 0.34 0.33 0.26 0.33 0.37 0.21 0.40 0.40 0.39 0.43 0.36 0.28 0.33 0.43 0.40 0.45 0.89 0.63 0.33 0.40 0.28 0.42 0.46
C2' 0.17 1.34 0.31 0.86 0.83 0.90 0.86 1.23 1.14 0.27 1.35 1.52 1.08 0.54 0.44 0.38 1.33 0.17 1.05 1.16 1.70 0.96 1.21
C3' 0.07 1.39 0.33 0.87 0.78 0.98 0.82 1.35 1.15 0.16 1.41 1.63 1.08 0.46 0.34 0.38 1.29 0.33 1.20 1.19 1.90 1.16 1.42
C4 0.32 0.75 0.25 0.51 0.59 0.19 0.63 0.18 0.72 0.44 0.78 0.78 0.66 0.54 0.47 0.40 1.07 0.38 0.14 0.74 0.42 0.02 0.09
C4' 0.15 1.45 0.31 0.87 0.87 0.90 0.93 1.28 1.27 0.29 1.51 1.67 1.14 0.58 0.44 0.38 1.36 0.19 1.14 1.33 1.96 1.11 1.38
C5 0.27 0.56 0.25 0.42 0.46 0.07 0.50 0.00 0.57 0.38 0.60 0.57 0.49 0.45 0.38 0.40 0.91 0.38 0.01 0.59 0.15 0.13 0.09
C5' 0.12 1.44 0.31 0.85 0.84 0.88 0.90 1.25 1.25 0.25 1.50 1.68 1.11 0.55 0.41 0.37 1.32 0.22 1.13 1.32 1.95 1.13 1.38
C6 0.25 0.26 0.24 0.27 0.29 0.16 0.33 0.34 0.33 0.35 0.30 0.22 0.25 0.36 0.31 0.40 0.71 0.48 0.30 0.35 0.31 0.41 0.44
C8 0.27 0.94 0.24 0.57 0.66 0.36 0.71 0.44 0.88 0.39 0.98 1.03 0.78 0.55 0.45 0.37 1.08 0.21 0.37 0.91 0.78 0.27 0.40
N1 0.27 0.14 0.24 0.22 0.24 0.30 0.27 0.54 0.24 0.36 0.18 0.07 0.16 0.34 0.30 0.43 0.67 0.59 0.46 0.25 0.53 0.55 0.63
N2 0.37 0.14 0.26 0.24 0.27 0.46 0.30 0.73 0.24 0.44 0.18 0.06 0.18 0.39 0.38 0.47 0.82 0.79 0.58 0.24 0.60 0.62 0.73
N3 0.38 0.67 0.26 0.51 0.58 0.10 0.61 0.04 0.67 0.48 0.70 0.67 0.61 0.55 0.50 0.43 1.11 0.51 0.02 0.68 0.26 0.09 0.05
N7 0.24 0.70 0.25 0.47 0.52 0.20 0.56 0.19 0.68 0.36 0.74 0.75 0.59 0.47 0.39 0.38 0.95 0.28 0.15 0.71 0.41 0.04 0.11
N9 0.32 1.01 0.24 0.61 0.73 0.39 0.77 0.50 0.94 0.44 1.05 1.10 0.86 0.61 0.51 0.37 1.16 0.25 0.41 0.97 0.86 0.30 0.44
O2' 0.18 1.51 0.33 0.95 0.95 1.04 0.99 1.50 1.31 0.30 1.54 1.69 1.22 0.62 0.49 0.38 1.44 0.23 1.31 1.34 2.10 1.21 1.53
O3' 0.07 1.50 0.36 0.94 0.76 1.18 0.79 1.63 1.20 0.01 1.52 1.82 1.12 0.35 0.23 0.37 1.28 0.58 1.47 1.24 2.23 1.48 1.77
O4' 0.27 1.33 0.28 0.78 0.89 0.68 0.95 0.96 1.22 0.43 1.39 1.48 1.08 0.68 0.54 0.38 1.35 0.05 0.84 1.27 1.57 0.76 0.99
O5' 0.16 1.31 0.27 0.75 0.78 0.73 0.84 1.02 1.14 0.28 1.36 1.52 1.02 0.54 0.41 0.34 1.21 0.12 0.91 1.20 1.61 0.89 1.10
O6 0.21 0.11 0.22 0.19 0.19 0.24 0.23 0.46 0.21 0.31 0.15 0.03 0.12 0.30 0.25 0.38 0.56 0.48 0.41 0.22 0.51 0.52 0.58
OP1 0.09 1.40 0.26 0.76 0.78 0.82 0.84 1.15 1.20 0.20 1.46 1.66 1.06 0.49 0.35 0.32 1.18 0.25 1.06 1.28 1.81 1.09 1.31
OP2 0.20 1.21 0.19 0.60 0.73 0.55 0.78 0.77 1.06 0.29 1.25 1.41 0.95 0.52 0.41 0.26 1.03 0.02 0.70 1.11 1.28 0.68 0.85
P 0.16 1.31 0.24 0.71 0.78 0.69 0.83 0.97 1.15 0.27 1.37 1.53 1.02 0.53 0.40 0.31 1.16 0.11 0.88 1.21 1.57 0.88 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04
C2 0.05 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.07 0.04 0.04 0.01 0.03 0.12 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.04 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.06 0.12 0.09
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.01 0.11 0.18 0.14
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01
C6 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.21 0.16
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.11 0.14 0.13
N1 0.04 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.17 0.12
N2 0.06 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.05 0.02 0.03 0.00 0.10 0.05
N3 0.05 0.01 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.15 0.20 0.17
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.09 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.02 0.03
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.13 0.11 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04
O5' 0.03 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.10 0.07 0.02 0.03 0.12 0.06 0.02 0.08 0.03 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.26 0.21
OP1 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.11 0.01 0.13 0.11 0.08 0.00 0.02 0.15 0.05 0.07 0.13 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.12 0.00 0.04 0.12 0.01 0.18 0.02 0.21 0.14 0.17 0.10 0.09 0.20 0.09 0.02 0.11 0.03 0.01 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.00 0.04 0.09 0.01 0.14 0.01 0.16 0.13 0.12 0.05 0.06 0.17 0.08 0.03 0.10 0.04 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00