ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51258

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O4' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
O2' B 0, 0.000, 0.117, 0.234, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O5' B 0, 0.000, 0.637, 1.274, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.637 std_dev=0.637
C2' B 0, 0.000, 0.650, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C1' B 0, 0.000, 0.732, 1.464, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.732 std_dev=0.732
OP1 A 0, 0.000, 0.780, 1.560, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.780 std_dev=0.780
C4' B 0, 0.000, 0.935, 1.870, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.935 std_dev=0.935
O5' A 0, 0.000, 1.082, 2.164, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.082 std_dev=1.082
P A 0, 0.000, 1.213, 2.426, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.213 std_dev=1.213
C3' B 0, 0.000, 1.215, 2.430, 2.430 max_d=2.430 avg_d=1.215 std_dev=1.215
P B 0, 0.000, 1.337, 2.674, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.337 std_dev=1.337
C5' B 0, 0.000, 1.488, 2.976, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.488 std_dev=1.488
OP2 A 0, 0.000, 1.547, 3.093, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.547 std_dev=1.547
N9 B 0, 0.000, 1.672, 3.344, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.672 std_dev=1.672
O3' B 0, 0.000, 1.722, 3.443, 3.443 max_d=3.443 avg_d=1.722 std_dev=1.722
C8 B 0, 0.000, 1.944, 3.887, 3.887 max_d=3.887 avg_d=1.944 std_dev=1.944
OP2 B 0, 0.000, 2.147, 4.293, 4.293 max_d=4.293 avg_d=2.147 std_dev=2.147
OP1 B 0, 0.000, 2.207, 4.413, 4.413 max_d=4.413 avg_d=2.207 std_dev=2.207
C4 B 0, 0.000, 2.577, 5.154, 5.154 max_d=5.154 avg_d=2.577 std_dev=2.577
N3 B 0, 0.000, 2.777, 5.554, 5.554 max_d=5.554 avg_d=2.777 std_dev=2.777
N7 B 0, 0.000, 2.886, 5.771, 5.771 max_d=5.771 avg_d=2.886 std_dev=2.886
C5 B 0, 0.000, 3.284, 6.567, 6.567 max_d=6.567 avg_d=3.284 std_dev=3.284
C2 B 0, 0.000, 3.745, 7.489, 7.489 max_d=7.489 avg_d=3.745 std_dev=3.745
N2 B 0, 0.000, 4.113, 8.225, 8.225 max_d=8.225 avg_d=4.113 std_dev=4.113
C6 B 0, 0.000, 4.309, 8.618, 8.618 max_d=8.618 avg_d=4.309 std_dev=4.309
N1 B 0, 0.000, 4.458, 8.915, 8.915 max_d=8.915 avg_d=4.458 std_dev=4.458
O6 B 0, 0.000, 5.062, 10.125, 10.125 max_d=10.125 avg_d=5.062 std_dev=5.062

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.01 0.12 0.02 0.16
C2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.44 0.00 0.29 0.40 0.44
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.00 0.12 0.16 0.21
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.29 0.05 0.13 0.20 0.23
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.42 0.00 0.27 0.31 0.41
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.48 0.00 0.33 0.38 0.49
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.19 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.50 0.00 0.35 0.45 0.53
C8 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.42 0.01 0.29 0.20 0.41
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.49 0.00 0.33 0.45 0.51
N2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.42 0.00 0.27 0.41 0.43
N3 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.40 0.00 0.26 0.32 0.39
N7 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.47 0.01 0.34 0.32 0.50
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.36 0.00 0.23 0.18 0.34
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.14 0.02 0.08 0.09 0.12
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.20 0.05 0.09 0.21 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.19 0.02
O5' 0.18 0.44 0.25 0.29 0.42 0.01 0.48 0.01 0.50 0.42 0.49 0.42 0.40 0.47 0.36 0.14 0.20 0.01 0.00 0.52 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.52 0.00 0.37 0.48 0.56
OP1 0.12 0.29 0.12 0.13 0.27 0.02 0.33 0.03 0.35 0.29 0.33 0.27 0.26 0.34 0.23 0.08 0.09 0.05 0.01 0.37 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.40 0.16 0.20 0.31 0.12 0.38 0.19 0.45 0.20 0.45 0.41 0.32 0.32 0.18 0.09 0.21 0.19 0.01 0.48 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.44 0.21 0.23 0.41 0.00 0.49 0.01 0.53 0.41 0.51 0.43 0.39 0.50 0.34 0.12 0.16 0.02 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.46 1.67 0.20 0.18 1.20 0.34 1.22 0.41 1.45 0.69 1.65 1.82 1.46 0.93 0.80 0.03 0.51 0.05 0.12 1.47 0.42 0.44 0.01
C2 0.44 1.41 0.19 0.08 1.25 0.34 1.41 0.41 1.57 0.93 1.57 1.36 1.22 1.22 0.92 0.07 0.33 0.01 0.05 1.62 0.04 0.93 0.30
C2' 0.41 1.35 0.07 0.39 0.95 0.46 0.93 0.59 1.12 0.47 1.31 1.50 1.18 0.67 0.62 0.02 0.78 0.03 0.20 1.12 0.64 0.26 0.16
C3' 0.39 1.47 0.04 0.45 0.98 0.49 0.98 0.65 1.22 0.47 1.44 1.68 1.24 0.69 0.62 0.03 0.87 0.02 0.24 1.23 0.77 0.18 0.23
C4 0.50 1.93 0.24 0.10 1.51 0.37 1.62 0.43 1.90 0.96 2.03 1.95 1.65 1.30 1.02 0.08 0.41 0.02 0.04 1.94 0.21 0.76 0.17
C4' 0.40 1.58 0.12 0.29 1.05 0.37 1.07 0.49 1.33 0.55 1.56 1.83 1.31 0.79 0.67 0.00 0.66 0.04 0.20 1.36 0.65 0.24 0.16
C5 0.50 2.21 0.28 0.04 1.67 0.34 1.91 0.39 2.31 1.11 2.44 2.23 1.79 1.56 1.10 0.08 0.35 0.02 0.00 2.41 0.12 0.91 0.26
C5' 0.43 1.80 0.16 0.27 1.17 0.38 1.24 0.52 1.56 0.64 1.82 2.10 1.45 0.92 0.75 0.01 0.65 0.05 0.20 1.62 0.68 0.27 0.16
C6 0.48 2.08 0.28 0.01 1.64 0.31 1.97 0.36 2.37 1.18 2.40 2.04 1.66 1.67 1.11 0.08 0.29 0.02 0.07 2.54 0.02 1.06 0.37
C8 0.49 2.32 0.27 0.07 1.60 0.35 1.78 0.41 2.19 1.00 2.44 2.52 1.85 1.40 1.03 0.07 0.41 0.02 0.07 2.28 0.28 0.71 0.13
N1 0.44 1.70 0.23 0.01 1.44 0.30 1.72 0.36 1.99 1.09 1.96 1.63 1.40 1.51 1.01 0.07 0.28 0.02 0.09 2.12 0.07 1.08 0.40
N2 0.33 0.97 0.12 0.11 0.88 0.31 1.01 0.40 1.11 0.71 1.09 0.93 0.84 0.91 0.68 0.06 0.30 0.01 0.09 1.15 0.04 0.96 0.35
N3 0.48 1.48 0.18 0.15 1.26 0.40 1.33 0.46 1.49 0.83 1.56 1.46 1.32 1.08 0.91 0.08 0.42 0.01 0.04 1.51 0.20 0.73 0.17
N7 0.51 2.43 0.30 0.02 1.72 0.33 1.97 0.39 2.45 1.12 2.66 2.57 1.90 1.59 1.11 0.07 0.35 0.02 0.02 2.59 0.17 0.86 0.22
N9 0.49 2.02 0.24 0.12 1.46 0.37 1.55 0.43 1.86 0.88 2.06 2.14 1.71 1.21 0.96 0.07 0.45 0.02 0.08 1.89 0.32 0.63 0.09
O2' 0.28 0.87 0.05 0.50 0.58 0.47 0.52 0.59 0.64 0.20 0.80 1.01 0.79 0.31 0.36 0.01 0.87 0.02 0.29 0.62 0.74 0.02 0.29
O3' 0.29 1.13 0.10 0.60 0.71 0.53 0.67 0.73 0.87 0.25 1.08 1.35 0.95 0.41 0.42 0.06 1.04 0.01 0.33 0.86 0.96 0.05 0.38
O4' 0.46 1.79 0.23 0.13 1.22 0.30 1.27 0.37 1.56 0.71 1.78 2.04 1.50 0.98 0.80 0.01 0.46 0.06 0.12 1.59 0.45 0.41 0.03
O5' 0.53 1.88 0.17 0.20 1.31 0.24 1.44 0.31 1.78 0.86 1.98 2.12 1.51 1.17 0.90 0.06 0.62 0.21 0.02 1.87 0.38 0.58 0.13
O6 0.47 2.16 0.30 0.05 1.67 0.28 2.09 0.32 2.57 1.24 2.58 2.14 1.68 1.80 1.12 0.07 0.25 0.03 0.10 2.83 0.11 1.16 0.44
OP1 0.51 1.97 0.16 0.25 1.32 0.32 1.45 0.45 1.84 0.81 2.08 2.27 1.55 1.14 0.87 0.01 0.69 0.15 0.10 1.95 0.60 0.42 0.04
OP2 0.49 2.02 0.13 0.21 1.40 0.29 1.62 0.34 2.03 0.96 2.22 2.24 1.57 1.34 0.95 0.15 0.64 0.17 0.06 2.20 0.28 0.75 0.24
P 0.55 2.04 0.19 0.17 1.41 0.24 1.58 0.32 1.98 0.94 2.19 2.30 1.61 1.29 0.96 0.05 0.61 0.21 0.03 2.11 0.38 0.63 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.00 0.14 0.21 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.55 0.00 0.43 0.26 0.40
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.04 0.32 0.01 0.21
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.02 0.11 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.38 0.12 0.41 0.10 0.31
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.55 0.00 0.37 0.17 0.36
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.03 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.25 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.67 0.00 0.44 0.32 0.49
C5' 0.03 0.11 0.02 0.02 0.12 0.00 0.16 0.00 0.17 0.16 0.15 0.09 0.10 0.18 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.10 0.24 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.70 0.00 0.50 0.42 0.55
C8 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.62 0.01 0.31 0.07 0.38
N1 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.64 0.00 0.49 0.38 0.50
N2 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.50 0.00 0.43 0.25 0.37
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.48 0.00 0.37 0.15 0.32
N7 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.70 0.01 0.42 0.31 0.52
N9 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.48 0.00 0.28 0.00 0.26
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.14 0.02 0.25 0.10 0.09
O3' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.12 0.09 0.11 0.06 0.06 0.12 0.06 0.00 0.00 0.02 0.29 0.14 0.50 0.18 0.33
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.44 0.15
O5' 0.22 0.55 0.31 0.38 0.55 0.02 0.67 0.00 0.70 0.62 0.64 0.50 0.48 0.70 0.48 0.14 0.29 0.01 0.00 0.74 0.00 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.01 0.74 0.00 0.54 0.51 0.61
OP1 0.14 0.43 0.32 0.41 0.37 0.12 0.44 0.10 0.50 0.31 0.49 0.43 0.37 0.42 0.28 0.25 0.50 0.03 0.00 0.54 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.26 0.01 0.10 0.17 0.25 0.32 0.24 0.42 0.07 0.38 0.25 0.15 0.31 0.00 0.10 0.18 0.44 0.02 0.51 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.40 0.21 0.31 0.36 0.01 0.49 0.02 0.55 0.38 0.50 0.37 0.32 0.52 0.26 0.09 0.33 0.15 0.00 0.61 0.00 0.00 0.00