ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N3 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N9 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C2' A 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C4' A 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
O2' A 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O3' A 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C4' B 0, 0.000, 0.492, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.492 std_dev=0.492
O3' B 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
C3' B 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C5' B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C2' B 0, 0.000, 0.523, 1.045, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.523 std_dev=0.523
C5' A 0, 0.000, 0.556, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.556 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C1' B 0, 0.000, 0.608, 1.216, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.608 std_dev=0.608
O5' B 0, 0.000, 0.615, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.615 std_dev=0.615
C8 B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
OP1 B 0, 0.000, 0.671, 1.341, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.671 std_dev=0.671
OP2 A 0, 0.000, 0.677, 1.353, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.677 std_dev=0.677
N9 B 0, 0.000, 0.696, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.696 std_dev=0.696
P B 0, 0.000, 0.714, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.714 std_dev=0.714
N7 B 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
OP2 B 0, 0.000, 0.833, 1.666, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.833 std_dev=0.833
C4 B 0, 0.000, 0.899, 1.798, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.899 std_dev=0.899
P A 0, 0.000, 0.933, 1.866, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.933 std_dev=0.933
C5 B 0, 0.000, 0.939, 1.878, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.939 std_dev=0.939
N3 B 0, 0.000, 1.051, 2.101, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.051 std_dev=1.051
C6 B 0, 0.000, 1.160, 2.320, 2.320 max_d=2.320 avg_d=1.160 std_dev=1.160
C2 B 0, 0.000, 1.246, 2.491, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.246 std_dev=1.246
O6 B 0, 0.000, 1.254, 2.509, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.254 std_dev=1.254
O5' A 0, 0.000, 1.292, 2.585, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.292 std_dev=1.292
N1 B 0, 0.000, 1.293, 2.586, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.293 std_dev=1.293
N2 B 0, 0.000, 1.422, 2.843, 2.843 max_d=2.843 avg_d=1.422 std_dev=1.422
OP1 A 0, 0.000, 1.974, 3.948, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.974 std_dev=1.974

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.02 0.36 0.05
C2 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.21 0.26 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.19 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.15 0.01 0.09
C4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.20 0.28 0.06
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.20 0.10
C5 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.33 0.27 0.07
C5' 0.03 0.13 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.18 0.09 0.18 0.11 0.10 0.13 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.20 0.18 0.05 0.00
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.38 0.26 0.10
C8 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.04 0.12 0.02 0.26 0.28 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.32 0.27 0.11
N2 0.07 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.10 0.05 0.01 0.00 0.15 0.24 0.08
N3 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.00 0.14 0.27 0.07
N7 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.04 0.06 0.01 0.37 0.26 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.15 0.30 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.26 0.11
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.28 0.03 0.17 0.14 0.14
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.04 0.02 0.41 0.03
O5' 0.13 0.01 0.02 0.14 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.12 0.04 0.01 0.03 0.06 0.11 0.00 0.28 0.21 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.46 0.25 0.10
OP1 0.02 0.21 0.06 0.15 0.20 0.07 0.33 0.18 0.38 0.26 0.32 0.15 0.14 0.37 0.15 0.07 0.17 0.02 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.26 0.19 0.01 0.28 0.20 0.27 0.05 0.26 0.28 0.27 0.24 0.27 0.26 0.30 0.26 0.14 0.41 0.01 0.25 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.09 0.09 0.06 0.10 0.07 0.00 0.10 0.02 0.11 0.08 0.07 0.05 0.03 0.11 0.14 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.17 0.01 0.05 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.05 0.17 0.19 0.14 0.07 0.08 0.09 0.02 0.15 0.10 0.12 0.16 0.12 0.13
C2 0.03 0.16 0.01 0.00 0.14 0.07 0.18 0.13 0.21 0.14 0.20 0.11 0.11 0.18 0.11 0.12 0.06 0.14 0.12 0.23 0.12 0.09 0.11
C2' 0.09 0.12 0.07 0.08 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.12 0.14 0.10 0.10 0.13 0.12 0.02 0.02 0.16 0.15 0.14 0.19 0.16 0.17
C3' 0.09 0.16 0.04 0.05 0.13 0.13 0.15 0.16 0.17 0.12 0.18 0.15 0.13 0.14 0.12 0.06 0.06 0.17 0.15 0.17 0.17 0.15 0.17
C4 0.12 0.28 0.06 0.07 0.21 0.14 0.22 0.16 0.26 0.16 0.29 0.29 0.23 0.19 0.16 0.06 0.02 0.22 0.15 0.26 0.16 0.14 0.15
C4' 0.01 0.15 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.01 0.14 0.18 0.11 0.01 0.02 0.17 0.13 0.09 0.04 0.08 0.07 0.04 0.06
C5 0.15 0.35 0.08 0.09 0.25 0.14 0.27 0.15 0.32 0.19 0.36 0.38 0.29 0.23 0.19 0.03 0.06 0.22 0.14 0.33 0.16 0.13 0.14
C5' 0.04 0.25 0.06 0.04 0.13 0.08 0.12 0.08 0.17 0.01 0.24 0.31 0.19 0.05 0.06 0.18 0.12 0.14 0.06 0.16 0.03 0.03 0.05
C6 0.13 0.35 0.07 0.07 0.25 0.12 0.28 0.14 0.33 0.20 0.37 0.38 0.27 0.24 0.19 0.04 0.05 0.20 0.13 0.35 0.15 0.12 0.13
C8 0.16 0.35 0.09 0.12 0.25 0.16 0.25 0.14 0.30 0.16 0.35 0.40 0.30 0.20 0.19 0.01 0.08 0.23 0.14 0.30 0.18 0.15 0.15
N1 0.08 0.25 0.03 0.04 0.19 0.09 0.24 0.13 0.28 0.18 0.29 0.24 0.19 0.22 0.15 0.08 0.00 0.16 0.12 0.30 0.13 0.10 0.11
N2 0.08 0.02 0.08 0.08 0.02 0.02 0.10 0.09 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.13 0.02 0.19 0.14 0.03 0.07 0.16 0.07 0.04 0.07
N3 0.06 0.17 0.01 0.02 0.14 0.11 0.17 0.16 0.19 0.13 0.20 0.15 0.13 0.16 0.11 0.11 0.06 0.18 0.14 0.20 0.14 0.12 0.14
N7 0.16 0.39 0.09 0.11 0.27 0.15 0.28 0.14 0.33 0.18 0.39 0.44 0.32 0.23 0.20 0.01 0.09 0.23 0.14 0.34 0.17 0.14 0.14
N9 0.13 0.28 0.06 0.09 0.20 0.16 0.20 0.16 0.24 0.13 0.28 0.30 0.24 0.16 0.15 0.05 0.04 0.22 0.15 0.24 0.18 0.15 0.16
O2' 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.08 0.02 0.17 0.12 0.13
O3' 0.09 0.10 0.06 0.06 0.12 0.13 0.14 0.16 0.15 0.14 0.14 0.08 0.09 0.16 0.12 0.02 0.06 0.15 0.17 0.15 0.19 0.18 0.19
O4' 0.02 0.17 0.05 0.00 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.01 0.16 0.22 0.13 0.01 0.03 0.16 0.08 0.11 0.06 0.09 0.12 0.07 0.09
O5' 0.16 0.06 0.27 0.20 0.07 0.02 0.09 0.06 0.03 0.20 0.04 0.12 0.00 0.16 0.14 0.46 0.34 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05
O6 0.14 0.39 0.08 0.08 0.27 0.12 0.30 0.13 0.37 0.21 0.41 0.43 0.30 0.27 0.20 0.02 0.06 0.20 0.12 0.40 0.14 0.11 0.12
OP1 0.19 0.19 0.38 0.31 0.05 0.08 0.11 0.07 0.01 0.31 0.14 0.34 0.10 0.25 0.18 0.57 0.38 0.01 0.15 0.04 0.26 0.28 0.21
OP2 0.46 0.57 0.42 0.42 0.49 0.40 0.47 0.31 0.50 0.41 0.56 0.60 0.53 0.42 0.45 0.39 0.42 0.46 0.33 0.49 0.37 0.37 0.35
P 0.03 0.22 0.06 0.00 0.10 0.12 0.08 0.14 0.13 0.02 0.20 0.29 0.17 0.00 0.04 0.20 0.09 0.15 0.12 0.11 0.14 0.11 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.06 0.18 0.01 0.11 0.24 0.20
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.08 0.09 0.08
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.09 0.00 0.06 0.14 0.11
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.01 0.08 0.16 0.11
C5' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.15 0.10 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.11 0.00 0.12 0.22 0.16
C8 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.03 0.15 0.00 0.12 0.24 0.19
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.14 0.07 0.21 0.01 0.13 0.26 0.23
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.06 0.16 0.00 0.08 0.19 0.16
N7 0.02 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.09 0.04
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.13 0.18 0.14
O3' 0.04 0.12 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.10 0.14 0.11 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.03 0.01 0.08 0.05
O5' 0.01 0.18 0.06 0.00 0.09 0.02 0.07 0.00 0.11 0.05 0.15 0.21 0.16 0.01 0.02 0.08 0.02 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.11 0.00 0.14 0.24 0.18
OP1 0.03 0.11 0.08 0.06 0.06 0.04 0.08 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.08 0.05 0.01 0.13 0.04 0.01 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.24 0.09 0.04 0.14 0.01 0.16 0.02 0.22 0.02 0.24 0.26 0.19 0.09 0.05 0.18 0.03 0.08 0.02 0.24 0.00 0.00 0.01
P 0.00 0.20 0.08 0.04 0.11 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.19 0.23 0.16 0.04 0.03 0.14 0.02 0.05 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00