ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
OP2 A 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C4' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.000, 0.234, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.234 std_dev=0.234
P A 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C3' A 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O2' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.000, 0.309, 0.619, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C5' A 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C5 B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
O2' B 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
O3' A 0, 0.000, 0.405, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.000, 0.435, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.435 std_dev=0.435
N9 B 0, 0.000, 0.463, 0.926, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.463 std_dev=0.463
O4' B 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
P B 0, 0.000, 0.529, 1.058, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C3' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C4' B 0, 0.000, 0.599, 1.198, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.599 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675
C4 B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
C5' B 0, 0.000, 0.714, 1.427, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.714 std_dev=0.714
OP1 B 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733
O3' B 0, 0.000, 0.785, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.785 std_dev=0.785
O6 B 0, 0.000, 0.796, 1.592, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.796 std_dev=0.796
C6 B 0, 0.000, 1.014, 2.029, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.014 std_dev=1.014
N7 B 0, 0.000, 1.342, 2.684, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.342 std_dev=1.342
C8 B 0, 0.000, 1.558, 3.117, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.558 std_dev=1.558
N3 B 0, 0.000, 1.961, 3.921, 3.921 max_d=3.921 avg_d=1.961 std_dev=1.961
N1 B 0, 0.000, 2.291, 4.583, 4.583 max_d=4.583 avg_d=2.291 std_dev=2.291
C2 B 0, 0.000, 2.735, 5.471, 5.471 max_d=5.471 avg_d=2.735 std_dev=2.735
N2 B 0, 0.000, 4.044, 8.089, 8.089 max_d=8.089 avg_d=4.044 std_dev=4.044

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07
C2 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.05 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.10 0.08 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02
C8 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.02 0.07 0.01
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00
N2 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.03 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.09 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.02 0.10 0.07 0.10 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.18 0.16 0.11
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.15 0.11
O5' 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05
OP1 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.18 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.04 0.01 0.08 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.06 0.03 0.08 0.00 0.16 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.11 0.11 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 1.26 0.20 0.31 0.32 0.37 0.03 0.42 0.39 0.83 0.97 1.77 0.98 0.63 0.25 0.14 0.27 0.33 0.16 0.24 0.19 0.18 0.12
C2 0.03 0.69 0.08 0.21 0.28 0.26 0.13 0.34 0.32 0.34 0.59 0.83 0.57 0.25 0.03 0.01 0.21 0.17 0.13 0.22 0.00 0.04 0.01
C2' 0.12 1.07 0.13 0.24 0.33 0.30 0.11 0.36 0.39 0.58 0.85 1.48 0.86 0.42 0.12 0.06 0.24 0.21 0.09 0.27 0.16 0.13 0.07
C3' 0.13 1.16 0.14 0.24 0.33 0.28 0.08 0.34 0.41 0.66 0.92 1.64 0.91 0.50 0.15 0.07 0.23 0.21 0.08 0.27 0.13 0.12 0.05
C4 0.14 1.24 0.14 0.26 0.37 0.33 0.09 0.40 0.45 0.73 1.00 1.65 0.96 0.57 0.17 0.07 0.24 0.28 0.15 0.30 0.07 0.09 0.03
C4' 0.21 1.30 0.19 0.27 0.32 0.32 0.02 0.36 0.40 0.83 1.01 1.87 0.99 0.65 0.24 0.13 0.24 0.28 0.12 0.24 0.17 0.17 0.09
C5 0.10 1.38 0.10 0.22 0.41 0.30 0.14 0.38 0.56 0.71 1.17 1.83 1.02 0.57 0.13 0.04 0.21 0.25 0.13 0.39 0.01 0.03 0.01
C5' 0.23 1.39 0.20 0.28 0.32 0.33 0.00 0.37 0.41 0.92 1.09 2.04 1.04 0.74 0.28 0.15 0.24 0.29 0.12 0.24 0.15 0.16 0.08
C6 0.04 1.20 0.05 0.17 0.40 0.25 0.19 0.34 0.57 0.52 1.09 1.52 0.88 0.42 0.05 0.00 0.18 0.19 0.11 0.43 0.06 0.04 0.07
C8 0.18 1.54 0.15 0.27 0.41 0.35 0.09 0.42 0.54 0.88 1.25 2.16 1.14 0.70 0.22 0.09 0.23 0.31 0.15 0.36 0.09 0.09 0.04
N1 0.00 0.85 0.04 0.16 0.34 0.22 0.19 0.31 0.45 0.33 0.78 1.02 0.66 0.25 0.00 0.02 0.18 0.14 0.10 0.34 0.08 0.04 0.07
N2 0.04 0.16 0.06 0.18 0.12 0.20 0.10 0.29 0.12 0.03 0.15 0.17 0.15 0.05 0.07 0.01 0.21 0.07 0.11 0.10 0.02 0.03 0.02
N3 0.12 0.90 0.14 0.26 0.29 0.33 0.07 0.39 0.33 0.57 0.71 1.16 0.74 0.43 0.14 0.06 0.25 0.26 0.15 0.21 0.08 0.11 0.05
N7 0.13 1.55 0.12 0.23 0.43 0.32 0.13 0.40 0.60 0.81 1.30 2.13 1.13 0.66 0.17 0.06 0.21 0.27 0.14 0.42 0.03 0.04 0.00
N9 0.19 1.37 0.17 0.28 0.37 0.36 0.06 0.42 0.46 0.84 1.08 1.90 1.05 0.65 0.22 0.10 0.25 0.32 0.16 0.30 0.12 0.13 0.07
O2' 0.08 0.94 0.10 0.21 0.32 0.26 0.12 0.31 0.36 0.47 0.74 1.29 0.77 0.32 0.07 0.03 0.21 0.16 0.07 0.25 0.22 0.16 0.10
O3' 0.07 1.07 0.08 0.18 0.34 0.21 0.12 0.27 0.40 0.52 0.85 1.49 0.84 0.39 0.08 0.02 0.18 0.13 0.02 0.28 0.11 0.08 0.02
O4' 0.27 1.36 0.24 0.33 0.30 0.38 0.02 0.42 0.40 0.95 1.05 1.99 1.04 0.75 0.31 0.19 0.28 0.35 0.17 0.23 0.20 0.20 0.12
O5' 0.21 1.46 0.19 0.28 0.35 0.34 0.02 0.39 0.46 0.91 1.16 2.12 1.08 0.75 0.26 0.13 0.24 0.30 0.13 0.28 0.12 0.13 0.06
O6 0.01 1.20 0.02 0.14 0.41 0.22 0.23 0.31 0.62 0.45 1.13 1.53 0.86 0.37 0.01 0.03 0.15 0.16 0.09 0.51 0.12 0.09 0.11
OP1 0.22 1.53 0.20 0.30 0.37 0.37 0.05 0.43 0.52 0.91 1.25 2.24 1.12 0.74 0.25 0.15 0.28 0.31 0.15 0.35 0.15 0.15 0.08
OP2 0.11 1.68 0.09 0.21 0.49 0.30 0.16 0.39 0.65 0.82 1.40 2.39 1.24 0.65 0.14 0.02 0.19 0.24 0.11 0.47 0.07 0.05 0.01
P 0.17 1.61 0.14 0.24 0.42 0.31 0.08 0.38 0.56 0.90 1.31 2.34 1.19 0.73 0.21 0.07 0.20 0.27 0.12 0.37 0.10 0.09 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.05 0.06 0.13
C2 0.03 0.00 0.42 0.81 0.00 0.53 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.87 0.10 0.88 0.00 1.06 1.46 1.14
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.19 0.01 0.06 0.02 0.15 0.24 0.30 0.51 0.42 0.14 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.09 0.14 0.11 0.05
C3' 0.01 0.81 0.01 0.00 0.33 0.00 0.09 0.00 0.27 0.48 0.58 1.03 0.77 0.31 0.06 0.03 0.01 0.00 0.07 0.17 0.24 0.16 0.15
C4 0.01 0.00 0.19 0.33 0.00 0.22 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.31 0.05 0.24 0.00 0.21 0.37 0.22
C4' 0.00 0.53 0.01 0.00 0.22 0.00 0.08 0.00 0.20 0.31 0.40 0.66 0.49 0.20 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.04 0.04
C5 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.17 0.08 0.17
C5' 0.03 0.73 0.02 0.00 0.26 0.00 0.06 0.00 0.25 0.48 0.55 0.95 0.64 0.34 0.09 0.06 0.06 0.02 0.00 0.15 0.08 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.27 0.00 0.20 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.29 0.05 0.23 0.00 0.12 0.30 0.17
C8 0.01 0.01 0.24 0.48 0.00 0.31 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.49 0.06 0.74 0.00 0.90 1.05 1.01
N1 0.02 0.00 0.30 0.58 0.00 0.40 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.64 0.08 0.64 0.00 0.71 1.02 0.78
N2 0.03 0.01 0.51 1.03 0.01 0.66 0.01 0.95 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 1.17 0.11 1.16 0.00 1.55 2.07 1.63
N3 0.02 0.00 0.42 0.77 0.00 0.49 0.00 0.64 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.78 0.10 0.75 0.00 0.87 1.20 0.92
N7 0.00 0.00 0.14 0.31 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.02 0.56 0.00 0.84 0.92 0.89
N9 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.22 0.00 0.24 0.24 0.30
O2' 0.01 0.16 0.00 0.03 0.09 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.13 0.19 0.15 0.01 0.02 0.00 0.14 0.05 0.04 0.06 0.16 0.14 0.06
O3' 0.05 0.87 0.07 0.01 0.31 0.00 0.08 0.06 0.29 0.49 0.64 1.17 0.78 0.34 0.08 0.14 0.00 0.03 0.19 0.19 0.50 0.38 0.36
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.11 0.10 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.14 0.04 0.05 0.07 0.12
O5' 0.13 0.88 0.01 0.07 0.24 0.01 0.03 0.00 0.23 0.74 0.64 1.16 0.75 0.56 0.22 0.04 0.19 0.14 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.09 0.17 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.19 0.04 0.11 0.00 0.09 0.06 0.03
OP1 0.05 1.06 0.14 0.24 0.21 0.14 0.17 0.08 0.12 0.90 0.71 1.55 0.87 0.84 0.24 0.16 0.50 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 1.46 0.11 0.16 0.37 0.04 0.08 0.06 0.30 1.05 1.02 2.07 1.20 0.92 0.24 0.14 0.38 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.13 1.14 0.05 0.15 0.22 0.04 0.17 0.01 0.17 1.01 0.78 1.63 0.92 0.89 0.30 0.06 0.36 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00