ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 12, 15, 15, 3, 1, 2, 0, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.017, 0.031, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.016, 0.031, 0.046, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.031 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.018, 0.035, 0.051, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.020, 0.080, 0.139, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.080 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.028, 0.097, 0.165, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.097 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.035, 0.131, 0.226, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.131 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.049, 0.146, 0.243, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.146 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.069, 0.175, 0.281, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.175 std_dev=0.106
O5' A 0, 0.085, 0.214, 0.343, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.214 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.081, 0.226, 0.371, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.226 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.057, 0.205, 0.353, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.205 std_dev=0.148
P A 0, 0.075, 0.245, 0.416, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.245 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.070, 0.271, 0.472, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.271 std_dev=0.201
N4 B 0, 0.174, 0.375, 0.577, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.375 std_dev=0.201
OP1 A 0, 0.084, 0.299, 0.515, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.299 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.135, 0.370, 0.604, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.370 std_dev=0.234
C4 B 0, 0.103, 0.341, 0.579, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.341 std_dev=0.238
C2 B 0, 0.135, 0.410, 0.685, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.410 std_dev=0.275
O2 B 0, 0.219, 0.499, 0.778, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.499 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.081, 0.369, 0.658, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.369 std_dev=0.288
N1 B 0, 0.091, 0.416, 0.741, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.416 std_dev=0.325
C6 B 0, 0.072, 0.401, 0.730, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.401 std_dev=0.329
C1' B 0, 0.181, 0.540, 0.899, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.540 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.309, 0.690, 1.072, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.690 std_dev=0.382
O4' B 0, 0.236, 0.636, 1.036, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.636 std_dev=0.400
C4' B 0, 0.190, 0.600, 1.011, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.600 std_dev=0.411
O5' B 0, 0.209, 0.624, 1.039, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.624 std_dev=0.415
O2' B 0, 1.078, 1.536, 1.994, 2.582 max_d=2.582 avg_d=1.536 std_dev=0.458
P B 0, 0.189, 0.674, 1.160, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.674 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.192, 0.693, 1.194, 2.624 max_d=2.624 avg_d=0.693 std_dev=0.501
C3' B 0, 0.205, 0.741, 1.277, 2.834 max_d=2.834 avg_d=0.741 std_dev=0.536
O3' B 0, 1.243, 1.817, 2.391, 3.701 max_d=3.701 avg_d=1.817 std_dev=0.574
OP2 B 0, 0.191, 0.896, 1.601, 3.486 max_d=3.486 avg_d=0.896 std_dev=0.705
OP1 B 0, -0.061, 0.826, 1.713, 3.796 max_d=3.796 avg_d=0.826 std_dev=0.887

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.06
C2 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.08 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.09 0.09 0.13 0.09
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.09 0.08 0.10 0.08
N1 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.08 0.08 0.12 0.09
N3 0.04 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03 0.07 0.08 0.10 0.08
N6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.04 0.10 0.11 0.14 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.10 0.10 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.11 0.08 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.06 0.08 0.09 0.08
O5' 0.05 0.07 0.04 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.04 0.07 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.07 0.06 0.11 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.07 0.07 0.10 0.03 0.12 0.02 0.13 0.10 0.12 0.10 0.14 0.12 0.10 0.06 0.08 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.08 0.05 0.06 0.08 0.03 0.09 0.02 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.05 0.07 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.16 0.16 0.15 0.25 0.47 0.11
C2 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.15 0.11 0.18 0.10 0.10 0.09 0.11 0.14 0.24 0.09 0.15 0.16 0.44 0.38 0.16
C2' 0.13 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.15 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.15 0.15 0.14 0.25 0.47 0.12
C3' 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.13 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.14 0.19 0.49 0.10
C4 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.16 0.10 0.15 0.16 0.36 0.42 0.14
C4' 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.18 0.13 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.15 0.53 0.11
C5 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.13 0.11 0.15 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.17 0.08 0.15 0.16 0.39 0.40 0.15
C5' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.23 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.11 0.17 0.16 0.56 0.14
C6 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.14 0.10 0.19 0.10 0.10 0.09 0.12 0.13 0.23 0.08 0.15 0.17 0.46 0.37 0.17
C8 0.13 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.15 0.11 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.15 0.16 0.15 0.28 0.45 0.12
N1 0.12 0.12 0.16 0.11 0.10 0.15 0.10 0.20 0.10 0.11 0.10 0.12 0.15 0.27 0.10 0.15 0.17 0.48 0.36 0.17
N3 0.11 0.10 0.13 0.10 0.10 0.14 0.12 0.15 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.19 0.09 0.15 0.16 0.38 0.41 0.14
N6 0.13 0.13 0.16 0.12 0.11 0.15 0.11 0.22 0.11 0.12 0.11 0.13 0.16 0.26 0.11 0.15 0.17 0.50 0.35 0.19
N7 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.15 0.34 0.42 0.13
N9 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.16 0.15 0.30 0.45 0.12
O2' 0.14 0.13 0.12 0.11 0.13 0.12 0.14 0.11 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.16 0.15 0.14 0.24 0.48 0.12
O3' 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.15 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.15 0.12 0.14 0.18 0.49 0.12
O4' 0.14 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.13 0.12 0.14 0.15 0.17 0.15 0.17 0.19 0.50 0.10
O5' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.22 0.11 0.10 0.11 0.12 0.11 0.15 0.13 0.10 0.17 0.15 0.54 0.13
OP1 0.14 0.11 0.16 0.14 0.11 0.14 0.13 0.32 0.14 0.13 0.11 0.13 0.11 0.27 0.21 0.12 0.20 0.28 0.58 0.22
OP2 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.25 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.19 0.15 0.10 0.16 0.18 0.56 0.16
P 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.26 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.20 0.16 0.10 0.17 0.19 0.57 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.17 0.31 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.11 0.13 0.29 0.41 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.00 0.02 0.01 0.29 0.19 0.24 0.23
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.22 0.13 0.16 0.15
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.15 0.18 0.50 0.10
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.06 0.04 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.14 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.17 0.13 0.54 0.14
C5' 0.05 0.11 0.06 0.02 0.14 0.01 0.25 0.00 0.26 0.11 0.11 0.15 0.22 0.05 0.03 0.01 0.01 0.12 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.06 0.08 0.16 0.13 0.50 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.12 0.16 0.41 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.09 0.14 0.28 0.45 0.12
N4 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.04 0.16 0.19 0.51 0.11
O2 0.03 0.01 0.05 0.06 0.01 0.17 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.10 0.19 0.15 0.40 0.36 0.19
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.02 0.08 0.05 0.10 0.03 0.11 0.07 0.17 0.00 0.04 0.01 0.31 0.19 0.28 0.26
O3' 0.06 0.08 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.04 0.00 0.05 0.14 0.12 0.15 0.10
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.04 0.19 0.01 0.05 0.00 0.11 0.20 0.33 0.12
O5' 0.09 0.13 0.29 0.22 0.15 0.01 0.17 0.01 0.16 0.12 0.14 0.16 0.15 0.31 0.14 0.11 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.29 0.19 0.13 0.18 0.14 0.13 0.12 0.13 0.16 0.28 0.19 0.40 0.19 0.12 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.41 0.24 0.16 0.50 0.19 0.54 0.18 0.50 0.41 0.45 0.51 0.36 0.28 0.15 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.13 0.23 0.15 0.10 0.04 0.14 0.01 0.13 0.08 0.12 0.11 0.19 0.26 0.10 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00