Doublet Group distance statistics: 51263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 5, 5, 9, 5, 6, 1, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.012, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.011, 0.017, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.020, 0.029, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.018, 0.027, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.027 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O4' A 0, -0.009, 0.081, 0.172, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.081 std_dev=0.091
C4' A 0, -0.010, 0.088, 0.186, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.088 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.003, 0.106, 0.209, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.106 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.124, 0.242, 0.360, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.242 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.014, 0.137, 0.260, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.137 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.041, 0.169, 0.297, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.169 std_dev=0.128
P A 0, 0.139, 0.308, 0.477, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.308 std_dev=0.169
N4 B 0, 0.280, 0.472, 0.663, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.472 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.104, 0.297, 0.489, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.297 std_dev=0.193
C5 B 0, 0.287, 0.482, 0.677, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.482 std_dev=0.195
OP1 A 0, 0.193, 0.394, 0.596, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.394 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.200, 0.408, 0.615, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.408 std_dev=0.208
C4 B 0, 0.259, 0.473, 0.688, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.473 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.266, 0.484, 0.701, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.484 std_dev=0.217
O3' A 0, -0.067, 0.151, 0.369, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.151 std_dev=0.218
P B 0, 0.147, 0.395, 0.643, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.395 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.222, 0.477, 0.732, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.477 std_dev=0.255
N1 B 0, 0.225, 0.480, 0.735, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.480 std_dev=0.255
OP2 B 0, 0.226, 0.482, 0.739, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.482 std_dev=0.256
C1' B 0, 0.233, 0.494, 0.756, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.494 std_dev=0.262
O2' A 0, -0.048, 0.225, 0.497, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.225 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.202, 0.479, 0.756, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.479 std_dev=0.277
O4' B 0, 0.259, 0.540, 0.821, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.540 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.424, 0.717, 1.010, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.717 std_dev=0.293
O2 B 0, 0.192, 0.501, 0.810, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.501 std_dev=0.309
O2' B 0, 0.922, 1.239, 1.556, 2.320 max_d=2.320 avg_d=1.239 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.251, 0.569, 0.887, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.569 std_dev=0.318
C4' B 0, 0.285, 0.616, 0.948, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.616 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.045, 0.405, 0.765, 2.366 max_d=2.366 avg_d=0.405 std_dev=0.360
C3' B 0, 0.370, 0.746, 1.123, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.746 std_dev=0.377
O3' B 0, 1.396, 1.923, 2.451, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.923 std_dev=0.527

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.16 0.19 0.16
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.09 0.09 0.11 0.10
C5' 0.03 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.08 0.09 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.10 0.10 0.11 0.10
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.08 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.09 0.11 0.13 0.11
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.07 0.09 0.02 0.10 0.08 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.00 0.05 0.04 0.14 0.16 0.24 0.16
O3' 0.11 0.11 0.03 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.06 0.09 0.05 0.00 0.07 0.07 0.11 0.07 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.07 0.09 0.08
O5' 0.06 0.07 0.15 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.16 0.05 0.08 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.08 0.16 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.19 0.05 0.09 0.03 0.11 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.13 0.09 0.24 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.16 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.16 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.13 0.07 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.14 0.13 0.14 0.13 0.07 0.12 0.12 0.21 0.10 0.10
C2 0.11 0.13 0.15 0.12 0.14 0.13 0.11 0.20 0.11 0.12 0.14 0.15 0.14 0.18 0.13 0.12 0.15 0.26 0.10 0.11
C2' 0.06 0.07 0.14 0.08 0.08 0.08 0.07 0.13 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.25 0.09 0.09 0.17 0.28 0.10 0.18
C3' 0.09 0.11 0.07 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.16 0.08 0.14 0.10 0.17 0.13 0.09
C4 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.16 0.09 0.10 0.13 0.14 0.12 0.16 0.08 0.11 0.13 0.22 0.10 0.10
C4' 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.15 0.08 0.12 0.10 0.18 0.12 0.10
C5 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.16 0.09 0.10 0.12 0.13 0.12 0.17 0.09 0.11 0.13 0.22 0.10 0.09
C5' 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.21 0.07 0.09 0.13 0.21 0.11 0.14
C6 0.11 0.13 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12 0.19 0.11 0.11 0.13 0.15 0.13 0.19 0.13 0.12 0.14 0.24 0.10 0.10
C8 0.10 0.11 0.08 0.10 0.11 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.14 0.07 0.12 0.12 0.19 0.13 0.10
N1 0.12 0.14 0.17 0.14 0.14 0.14 0.12 0.21 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.20 0.14 0.13 0.16 0.26 0.10 0.11
N3 0.10 0.13 0.12 0.10 0.13 0.12 0.10 0.17 0.09 0.10 0.14 0.15 0.13 0.17 0.10 0.12 0.14 0.24 0.09 0.11
N6 0.12 0.14 0.18 0.14 0.14 0.14 0.14 0.20 0.12 0.13 0.14 0.15 0.14 0.21 0.15 0.12 0.15 0.23 0.11 0.10
N7 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.15 0.08 0.12 0.12 0.19 0.12 0.10
N9 0.09 0.12 0.08 0.09 0.11 0.11 0.10 0.14 0.09 0.10 0.13 0.13 0.12 0.14 0.07 0.12 0.12 0.20 0.11 0.10
O2' 0.09 0.08 0.20 0.14 0.08 0.13 0.09 0.19 0.10 0.08 0.09 0.10 0.08 0.29 0.16 0.11 0.26 0.41 0.19 0.30
O3' 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.13 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.17 0.06 0.10 0.13 0.24 0.11 0.13
O4' 0.12 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.11 0.15 0.12 0.12 0.14 0.11 0.15 0.11 0.10 0.14 0.10 0.17 0.14 0.08
O5' 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.11 0.11 0.21 0.07 0.11 0.14 0.21 0.12 0.15
OP1 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.27 0.12 0.11 0.16 0.21 0.16 0.18
OP2 0.12 0.14 0.12 0.14 0.13 0.14 0.12 0.16 0.12 0.13 0.15 0.14 0.15 0.24 0.12 0.15 0.16 0.20 0.16 0.17
P 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.11 0.11 0.11 0.24 0.09 0.11 0.15 0.21 0.14 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.08 0.09 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.09 0.02 0.04 0.04 0.13 0.00 0.02 0.02 0.22 0.19 0.33 0.25
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.26 0.18
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.12 0.16 0.14 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C5 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.03 0.13 0.18 0.13 0.12
C5' 0.03 0.07 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.04 0.12 0.15 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.10 0.12 0.14 0.09
N4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.13 0.18 0.14 0.12
O2 0.01 0.00 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.06 0.07 0.07 0.07 0.15 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.06 0.13 0.04 0.13 0.04 0.04 0.09 0.17 0.00 0.04 0.03 0.18 0.16 0.38 0.25
O3' 0.08 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.00 0.07 0.10 0.12 0.25 0.15
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.06 0.08 0.22 0.15 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.18 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.19 0.14 0.16 0.05 0.18 0.06 0.15 0.09 0.12 0.18 0.07 0.16 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.14 0.33 0.26 0.14 0.10 0.13 0.06 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.38 0.25 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.25 0.18 0.11 0.03 0.12 0.01 0.11 0.08 0.09 0.12 0.07 0.25 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00