ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51264

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.034 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.023, 0.042, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.028, 0.047, 0.067, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.027, 0.047, 0.068, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.047 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.031, 0.055, 0.078, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.055 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.030, 0.055, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.055 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.034, 0.060, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.060 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.040, 0.069, 0.098, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.069 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.042, 0.073, 0.105, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.073 std_dev=0.031
N4 B 0, 0.094, 0.284, 0.473, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.284 std_dev=0.189
O3' A 0, 0.369, 0.634, 0.899, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.634 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.328, 0.597, 0.867, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.597 std_dev=0.270
C4' B 0, 0.264, 0.542, 0.819, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.542 std_dev=0.277
O4' A 0, 0.475, 0.814, 1.154, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.814 std_dev=0.340
C5 B 0, 0.537, 0.911, 1.285, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.911 std_dev=0.374
C3' A 0, 0.549, 0.940, 1.331, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.940 std_dev=0.391
C2' A 0, 0.580, 0.990, 1.400, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.990 std_dev=0.410
C4' A 0, 0.625, 1.065, 1.506, 1.347 max_d=1.347 avg_d=1.065 std_dev=0.441
N3 B 0, 0.589, 1.069, 1.548, 1.519 max_d=1.519 avg_d=1.069 std_dev=0.479
C6 B 0, 0.714, 1.217, 1.720, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.217 std_dev=0.503
N1 B 0, 0.738, 1.281, 1.824, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.281 std_dev=0.543
C2 B 0, 0.762, 1.355, 1.947, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.355 std_dev=0.592
O4' B 0, 0.694, 1.312, 1.930, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.312 std_dev=0.618
C1' B 0, 0.888, 1.539, 2.190, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.539 std_dev=0.651
O2' A 0, 0.951, 1.623, 2.295, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.623 std_dev=0.672
O2 B 0, 1.057, 1.866, 2.674, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.866 std_dev=0.808
C2' B 0, 1.223, 2.118, 3.013, 2.665 max_d=2.665 avg_d=2.118 std_dev=0.895
C5' A 0, 1.319, 2.243, 3.167, 2.799 max_d=2.799 avg_d=2.243 std_dev=0.924
C3' B 0, 1.265, 2.211, 3.158, 2.952 max_d=2.952 avg_d=2.211 std_dev=0.946
O5' A 0, 1.519, 2.582, 3.646, 3.230 max_d=3.230 avg_d=2.582 std_dev=1.064
C5' B 0, 1.657, 2.817, 3.977, 3.471 max_d=3.471 avg_d=2.817 std_dev=1.160
O2' B 0, 2.051, 3.495, 4.939, 4.317 max_d=4.317 avg_d=3.495 std_dev=1.444
P A 0, 2.175, 3.688, 5.202, 4.544 max_d=4.544 avg_d=3.688 std_dev=1.514
O3' B 0, 2.148, 3.666, 5.184, 4.549 max_d=4.549 avg_d=3.666 std_dev=1.518
OP2 A 0, 2.212, 3.751, 5.290, 4.632 max_d=4.632 avg_d=3.751 std_dev=1.539
O5' B 0, 2.514, 4.262, 6.009, 5.218 max_d=5.218 avg_d=4.262 std_dev=1.748
OP1 A 0, 3.155, 5.344, 7.532, 6.493 max_d=6.493 avg_d=5.344 std_dev=2.188
P B 0, 3.808, 6.446, 9.085, 7.830 max_d=7.830 avg_d=6.446 std_dev=2.639
OP2 B 0, 4.269, 7.232, 10.196, 8.844 max_d=8.844 avg_d=7.232 std_dev=2.963
OP1 B 0, 4.881, 8.254, 11.626, 9.835 max_d=9.835 avg_d=8.254 std_dev=3.373

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.06 0.08 0.06 0.20 0.07 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.07 0.12 0.07 0.09
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.09 0.12 0.09 0.09
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.08 0.16 0.09 0.12
C8 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.14 0.09 0.13 0.09
N1 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.06 0.07 0.20 0.08 0.14
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.15 0.06 0.08 0.05 0.17 0.06 0.12
N6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.03 0.09 0.16 0.10 0.12
N7 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.12 0.08 0.13 0.09
N9 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.08 0.08 0.13 0.15 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.07 0.05
O3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.05
O5' 0.06 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.14 0.07 0.05 0.09 0.12 0.09 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.04 0.20 0.08 0.07 0.12 0.03 0.12 0.03 0.16 0.09 0.20 0.17 0.16 0.08 0.07 0.10 0.06 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.07 0.05 0.02 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.13 0.08 0.06 0.10 0.13 0.08 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.14 0.04 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12 0.09 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.10 0.07 0.05 0.04 0.11 0.12 0.12 0.08 0.04 0.05 0.03 0.29 0.09 0.02 0.23 0.52 0.10 0.31
C2 0.17 0.11 0.20 0.10 0.08 0.08 0.15 0.25 0.18 0.16 0.07 0.05 0.10 0.40 0.21 0.05 0.42 0.83 0.37 0.58
C2' 0.05 0.03 0.05 0.10 0.03 0.04 0.08 0.09 0.09 0.05 0.05 0.04 0.06 0.21 0.04 0.02 0.19 0.44 0.08 0.26
C3' 0.05 0.03 0.06 0.08 0.04 0.03 0.09 0.08 0.09 0.05 0.04 0.04 0.05 0.23 0.05 0.03 0.16 0.41 0.09 0.21
C4 0.12 0.08 0.15 0.07 0.07 0.06 0.13 0.17 0.15 0.12 0.05 0.05 0.06 0.34 0.14 0.02 0.31 0.64 0.21 0.42
C4' 0.08 0.04 0.12 0.03 0.07 0.02 0.12 0.07 0.12 0.08 0.04 0.07 0.03 0.30 0.11 0.03 0.13 0.38 0.13 0.17
C5 0.12 0.08 0.15 0.07 0.06 0.06 0.13 0.17 0.14 0.12 0.05 0.04 0.06 0.34 0.14 0.03 0.31 0.61 0.19 0.41
C5' 0.11 0.08 0.17 0.06 0.13 0.06 0.17 0.07 0.15 0.12 0.09 0.13 0.05 0.33 0.17 0.06 0.07 0.21 0.29 0.02
C6 0.15 0.11 0.19 0.08 0.07 0.08 0.14 0.22 0.17 0.15 0.07 0.04 0.10 0.38 0.19 0.05 0.38 0.72 0.29 0.50
C8 0.06 0.03 0.09 0.06 0.04 0.04 0.09 0.10 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.27 0.07 0.02 0.19 0.43 0.07 0.25
N1 0.17 0.12 0.21 0.10 0.08 0.09 0.15 0.26 0.19 0.17 0.08 0.04 0.11 0.41 0.23 0.05 0.43 0.83 0.39 0.59
N3 0.14 0.09 0.17 0.08 0.08 0.07 0.14 0.21 0.16 0.14 0.06 0.06 0.08 0.37 0.18 0.03 0.37 0.75 0.29 0.51
N6 0.16 0.12 0.20 0.09 0.08 0.08 0.15 0.23 0.18 0.16 0.08 0.03 0.11 0.39 0.21 0.06 0.39 0.71 0.30 0.50
N7 0.08 0.05 0.11 0.06 0.05 0.05 0.10 0.12 0.10 0.08 0.03 0.02 0.03 0.29 0.09 0.03 0.22 0.47 0.09 0.29
N9 0.09 0.05 0.11 0.06 0.06 0.04 0.11 0.13 0.12 0.09 0.04 0.04 0.03 0.30 0.10 0.02 0.24 0.53 0.12 0.33
O2' 0.05 0.05 0.05 0.15 0.03 0.05 0.07 0.11 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.17 0.05 0.03 0.24 0.51 0.13 0.33
O3' 0.06 0.04 0.07 0.10 0.04 0.05 0.09 0.11 0.10 0.06 0.05 0.05 0.06 0.24 0.06 0.02 0.22 0.51 0.10 0.30
O4' 0.09 0.06 0.14 0.02 0.08 0.02 0.13 0.09 0.12 0.09 0.06 0.08 0.04 0.34 0.13 0.02 0.17 0.45 0.09 0.24
O5' 0.12 0.10 0.18 0.08 0.16 0.10 0.20 0.13 0.18 0.13 0.11 0.17 0.06 0.32 0.17 0.11 0.11 0.11 0.38 0.09
OP1 0.04 0.05 0.11 0.04 0.12 0.04 0.12 0.09 0.09 0.05 0.08 0.17 0.03 0.21 0.10 0.04 0.11 0.06 0.49 0.17
OP2 0.11 0.10 0.17 0.11 0.19 0.14 0.20 0.22 0.17 0.13 0.13 0.24 0.06 0.26 0.17 0.13 0.23 0.13 0.58 0.29
P 0.05 0.06 0.13 0.05 0.12 0.06 0.14 0.11 0.11 0.07 0.08 0.16 0.03 0.25 0.13 0.05 0.11 0.06 0.46 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.04 0.06 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.11 0.23 0.18 0.35 0.23
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.11 0.13
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.15 0.06 0.03 0.10 0.12 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.14 0.06
C4 0.02 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.03 0.03 0.11 0.19 0.12 0.09
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.15 0.03 0.07 0.04 0.23 0.10 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.15 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.03 0.09 0.29 0.43 0.17 0.34
C5' 0.03 0.20 0.07 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.22 0.04 0.17 0.07 0.40 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.15 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.13 0.03 0.12 0.30 0.40 0.21 0.33
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.07 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.03 0.09 0.18 0.10 0.35 0.18
N4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.03 0.03 0.11 0.21 0.15 0.09
O2 0.04 0.01 0.09 0.12 0.01 0.23 0.02 0.40 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.11 0.21 0.49 0.46 0.60 0.51
O2' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.14 0.10 0.15 0.03 0.13 0.07 0.10 0.15 0.08 0.00 0.03 0.07 0.13 0.20 0.13 0.13
O3' 0.12 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.03 0.11 0.03 0.00 0.08 0.05 0.10 0.30 0.15
O4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.09 0.03 0.21 0.07 0.08 0.00 0.05 0.06 0.08 0.05
O5' 0.04 0.23 0.16 0.04 0.11 0.01 0.29 0.01 0.30 0.06 0.18 0.11 0.49 0.13 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.18 0.19 0.13 0.19 0.08 0.43 0.07 0.40 0.09 0.10 0.21 0.46 0.20 0.10 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.35 0.11 0.14 0.12 0.12 0.17 0.13 0.21 0.07 0.35 0.15 0.60 0.13 0.30 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.23 0.13 0.06 0.09 0.02 0.34 0.01 0.33 0.04 0.18 0.09 0.51 0.13 0.15 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00