ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 15, 22, 41, 31, 32, 16, 9, 3, 0, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, -0.090, 1.497, 3.085, 4.197 max_d=4.197 avg_d=1.497 std_dev=1.588
N7 A 0, -0.614, 1.034, 2.681, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.034 std_dev=1.647
N6 B 0, -0.061, 1.631, 3.323, 4.490 max_d=4.490 avg_d=1.631 std_dev=1.692
N6 A 0, -0.753, 1.249, 3.251, 5.210 max_d=5.210 avg_d=1.249 std_dev=2.002
C5 B 0, -0.289, 1.766, 3.821, 5.237 max_d=5.237 avg_d=1.766 std_dev=2.055
C6 B 0, -0.293, 1.864, 4.021, 5.472 max_d=5.472 avg_d=1.864 std_dev=2.157
C5 A 0, -0.855, 1.334, 3.522, 5.373 max_d=5.373 avg_d=1.334 std_dev=2.188
C6 A 0, -0.953, 1.436, 3.826, 5.975 max_d=5.975 avg_d=1.436 std_dev=2.389
C8 B 0, -0.477, 2.187, 4.850, 6.685 max_d=6.685 avg_d=2.187 std_dev=2.663
C8 A 0, -1.048, 1.686, 4.420, 6.432 max_d=6.432 avg_d=1.686 std_dev=2.734
C4 B 0, -0.738, 2.471, 5.680, 7.884 max_d=7.884 avg_d=2.471 std_dev=3.209
N1 B 0, -0.709, 2.600, 5.908, 8.142 max_d=8.142 avg_d=2.600 std_dev=3.309
C4 A 0, -1.318, 2.019, 5.357, 7.927 max_d=7.927 avg_d=2.019 std_dev=3.337
N9 B 0, -0.837, 2.654, 6.145, 8.559 max_d=8.559 avg_d=2.654 std_dev=3.491
N1 A 0, -1.391, 2.155, 5.702, 8.641 max_d=8.641 avg_d=2.155 std_dev=3.546
N9 A 0, -1.408, 2.185, 5.778, 8.368 max_d=8.368 avg_d=2.185 std_dev=3.593
C2 B 0, -1.002, 3.049, 7.100, 9.838 max_d=9.838 avg_d=3.049 std_dev=4.051
N3 B 0, -1.062, 3.067, 7.195, 10.021 max_d=10.021 avg_d=3.067 std_dev=4.129
C2 A 0, -1.682, 2.576, 6.834, 10.188 max_d=10.188 avg_d=2.576 std_dev=4.258
N3 A 0, -1.692, 2.600, 6.892, 10.176 max_d=10.176 avg_d=2.600 std_dev=4.292
OP1 A 0, 0.233, 4.876, 9.520, 14.235 max_d=14.235 avg_d=4.876 std_dev=4.644
C1' B 0, -1.230, 3.466, 8.162, 11.357 max_d=11.357 avg_d=3.466 std_dev=4.696
OP2 A 0, 0.310, 5.068, 9.827, 14.820 max_d=14.820 avg_d=5.068 std_dev=4.758
C1' A 0, -1.911, 2.935, 7.781, 11.194 max_d=11.194 avg_d=2.935 std_dev=4.846
P A 0, -0.624, 4.284, 9.191, 14.407 max_d=14.407 avg_d=4.284 std_dev=4.907
O4' A 0, -1.445, 3.470, 8.385, 11.975 max_d=11.975 avg_d=3.470 std_dev=4.915
O4' B 0, -1.256, 3.684, 8.624, 12.040 max_d=12.040 avg_d=3.684 std_dev=4.940
OP2 B 0, -1.187, 3.967, 9.120, 13.135 max_d=13.135 avg_d=3.967 std_dev=5.153
O5' B 0, -1.236, 3.938, 9.111, 13.203 max_d=13.203 avg_d=3.938 std_dev=5.174
C2' A 0, -1.438, 3.745, 8.927, 12.756 max_d=12.756 avg_d=3.745 std_dev=5.182
P B 0, -1.304, 3.886, 9.076, 12.957 max_d=12.957 avg_d=3.886 std_dev=5.190
O5' A 0, -1.078, 4.176, 9.430, 15.018 max_d=15.018 avg_d=4.176 std_dev=5.254
OP1 B 0, -1.033, 4.248, 9.529, 15.062 max_d=15.062 avg_d=4.248 std_dev=5.281
C2' B 0, -1.353, 4.025, 9.403, 13.180 max_d=13.180 avg_d=4.025 std_dev=5.378
O2' A 0, -1.075, 4.472, 10.019, 14.391 max_d=14.391 avg_d=4.472 std_dev=5.547
C5' A 0, -1.225, 4.587, 10.399, 14.927 max_d=14.927 avg_d=4.587 std_dev=5.812
C4' A 0, -1.622, 4.229, 10.080, 14.544 max_d=14.544 avg_d=4.229 std_dev=5.851
C3' B 0, -1.488, 4.413, 10.315, 14.467 max_d=14.467 avg_d=4.413 std_dev=5.902
C4' B 0, -1.544, 4.363, 10.269, 14.391 max_d=14.391 avg_d=4.363 std_dev=5.906
C3' A 0, -1.703, 4.222, 10.147, 15.240 max_d=15.240 avg_d=4.222 std_dev=5.925
C5' B 0, -1.380, 4.587, 10.554, 14.887 max_d=14.887 avg_d=4.587 std_dev=5.967
O2' B 0, -1.357, 4.692, 10.741, 15.797 max_d=15.797 avg_d=4.692 std_dev=6.049
O3' A 0, -1.721, 4.874, 11.469, 16.748 max_d=16.748 avg_d=4.874 std_dev=6.595
O3' B 0, -1.490, 5.142, 11.774, 16.474 max_d=16.474 avg_d=5.142 std_dev=6.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.39 0.01 0.20 0.83 0.23 0.24
C2 0.03 0.00 0.26 0.22 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.38 0.19 0.31 1.07 0.74 0.36
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.15 0.01 0.09 0.24 0.15 0.10 0.21 0.25 0.12 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.52 0.92 0.61 0.61
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.28 0.01 0.41 0.02 0.40 0.44 0.32 0.17 0.47 0.49 0.28 0.02 0.01 0.02 0.21 0.52 0.33 0.25
C4 0.02 0.01 0.15 0.28 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.21 0.10 0.27 1.09 0.64 0.32
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.14 0.24 0.11 0.12 0.18 0.24 0.11 0.33 0.03 0.01 0.02 0.27 0.20 0.07
C5 0.01 0.01 0.09 0.41 0.00 0.15 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.11 0.04 0.38 1.26 0.89 0.47
C5' 0.08 0.19 0.24 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.17 0.27 0.16 0.18 0.22 0.27 0.09 0.10 0.23 0.01 0.01 0.16 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.40 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.14 0.08 0.40 1.26 0.99 0.48
C8 0.02 0.01 0.10 0.44 0.01 0.24 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.19 0.12 0.44 1.31 0.78 0.53
N1 0.03 0.00 0.21 0.32 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.24 0.15 0.34 1.16 0.89 0.41
N3 0.03 0.01 0.25 0.17 0.00 0.12 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.43 0.19 0.27 1.01 0.60 0.31
N6 0.02 0.01 0.12 0.47 0.01 0.18 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.44 0.18 0.06 0.47 1.34 1.15 0.58
N7 0.01 0.01 0.06 0.49 0.01 0.24 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.39 0.23 0.07 0.50 1.40 1.03 0.61
N9 0.00 0.01 0.03 0.28 0.01 0.11 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01 0.25 1.06 0.49 0.31
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.32 0.33 0.38 0.10 0.42 0.33 0.41 0.35 0.44 0.39 0.23 0.00 0.06 0.24 0.43 0.82 0.72 0.55
O3' 0.39 0.38 0.04 0.01 0.21 0.03 0.11 0.23 0.14 0.19 0.24 0.43 0.18 0.23 0.13 0.06 0.00 0.27 0.29 0.51 0.34 0.30
O4' 0.01 0.19 0.02 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.08 0.12 0.15 0.19 0.06 0.07 0.01 0.24 0.27 0.00 0.08 0.67 0.18 0.21
O5' 0.20 0.31 0.52 0.21 0.27 0.02 0.38 0.01 0.40 0.44 0.34 0.27 0.47 0.50 0.25 0.43 0.29 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.83 1.07 0.92 0.52 1.09 0.27 1.26 0.16 1.26 1.31 1.16 1.01 1.34 1.40 1.06 0.82 0.51 0.67 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.74 0.61 0.33 0.64 0.20 0.89 0.41 0.99 0.78 0.89 0.60 1.15 1.03 0.49 0.72 0.34 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.36 0.61 0.25 0.32 0.07 0.47 0.02 0.48 0.53 0.41 0.31 0.58 0.61 0.31 0.55 0.30 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.15 0.55 0.13 0.33 0.13 0.49 0.17 0.14 0.22 0.16 0.20 0.13 0.12 0.48 0.40 0.20 0.69 0.80 1.58 0.54
C2 0.22 0.11 0.25 0.72 0.13 0.51 0.12 0.66 0.13 0.20 0.13 0.11 0.17 0.15 0.18 0.34 0.71 0.30 0.87 0.64 1.61 0.74
C2' 0.15 0.21 0.19 0.59 0.15 0.34 0.15 0.48 0.18 0.16 0.22 0.17 0.20 0.15 0.15 0.56 0.50 0.18 0.67 0.76 1.59 0.52
C3' 0.64 0.74 0.72 0.59 0.68 0.52 0.68 0.54 0.72 0.61 0.75 0.71 0.72 0.62 0.64 1.14 0.63 0.56 0.59 1.12 1.37 0.49
C4 0.15 0.13 0.18 0.62 0.11 0.39 0.11 0.54 0.14 0.15 0.16 0.11 0.18 0.13 0.13 0.40 0.52 0.22 0.75 0.78 1.60 0.58
C4' 0.34 0.49 0.39 0.44 0.40 0.31 0.39 0.41 0.45 0.31 0.50 0.44 0.46 0.33 0.35 0.79 0.38 0.31 0.55 0.97 1.44 0.41
C5 0.15 0.12 0.18 0.61 0.11 0.37 0.11 0.50 0.13 0.15 0.14 0.11 0.16 0.13 0.13 0.40 0.50 0.20 0.71 0.83 1.55 0.52
C5' 0.46 0.63 0.48 0.44 0.52 0.37 0.50 0.42 0.57 0.41 0.64 0.58 0.56 0.41 0.46 0.91 0.43 0.43 0.51 1.06 1.38 0.38
C6 0.19 0.11 0.22 0.68 0.13 0.45 0.12 0.57 0.13 0.18 0.12 0.12 0.16 0.15 0.16 0.34 0.63 0.25 0.78 0.78 1.58 0.59
C8 0.14 0.19 0.15 0.51 0.14 0.27 0.14 0.41 0.17 0.14 0.20 0.16 0.19 0.13 0.13 0.51 0.33 0.17 0.60 0.90 1.49 0.42
N1 0.23 0.12 0.27 0.73 0.14 0.52 0.13 0.66 0.13 0.20 0.13 0.13 0.16 0.16 0.19 0.33 0.74 0.31 0.86 0.66 1.61 0.72
N3 0.18 0.12 0.21 0.67 0.11 0.45 0.11 0.61 0.13 0.17 0.15 0.11 0.18 0.14 0.15 0.36 0.61 0.26 0.82 0.69 1.62 0.68
N6 0.20 0.14 0.24 0.69 0.15 0.45 0.14 0.54 0.14 0.18 0.14 0.15 0.16 0.16 0.18 0.33 0.65 0.26 0.75 0.84 1.51 0.51
N7 0.13 0.15 0.15 0.53 0.13 0.29 0.13 0.41 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.13 0.13 0.47 0.37 0.17 0.60 0.92 1.46 0.40
N9 0.13 0.17 0.16 0.56 0.12 0.33 0.12 0.48 0.16 0.14 0.19 0.14 0.19 0.13 0.12 0.46 0.41 0.19 0.68 0.83 1.56 0.52
O2' 0.41 0.37 0.43 0.97 0.37 0.69 0.37 0.84 0.36 0.43 0.38 0.37 0.36 0.40 0.40 0.43 0.90 0.47 1.07 0.48 2.03 0.95
O3' 0.44 0.70 0.60 0.54 0.54 0.35 0.53 0.43 0.64 0.38 0.72 0.62 0.66 0.41 0.45 1.05 0.57 0.30 0.56 0.78 1.58 0.49
O4' 0.17 0.31 0.17 0.47 0.20 0.28 0.19 0.44 0.26 0.15 0.32 0.25 0.28 0.15 0.16 0.52 0.28 0.21 0.64 0.88 1.53 0.50
O5' 0.75 0.90 0.74 0.57 0.80 0.60 0.78 0.58 0.84 0.68 0.91 0.86 0.83 0.69 0.75 1.19 0.64 0.71 0.57 1.29 1.27 0.51
OP1 1.58 1.69 1.49 1.47 1.63 1.49 1.62 1.47 1.67 1.55 1.70 1.66 1.68 1.56 1.59 1.61 1.28 1.57 1.51 1.23 2.12 1.36
OP2 1.69 1.84 1.64 1.38 1.74 1.50 1.69 1.41 1.78 1.56 1.86 1.81 1.72 1.54 1.67 2.10 1.60 1.63 1.27 2.14 1.05 1.25
P 1.03 1.25 0.93 0.72 1.09 0.83 1.04 0.76 1.14 0.91 1.25 1.18 1.10 0.91 1.01 1.36 0.78 1.00 0.69 1.34 1.22 0.59

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.01 0.14 0.85 0.12 0.28
C2 0.03 0.00 0.21 0.21 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.40 0.10 0.16 1.00 0.68 0.15
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.12 0.01 0.07 0.21 0.11 0.09 0.17 0.21 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.45 0.81 0.27 0.54
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.26 0.01 0.37 0.02 0.37 0.42 0.29 0.16 0.42 0.45 0.26 0.02 0.01 0.02 0.06 0.35 0.20 0.16
C4 0.02 0.01 0.12 0.26 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.31 0.21 0.05 0.19 1.00 0.62 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.13 0.23 0.07 0.04 0.17 0.22 0.11 0.32 0.03 0.00 0.02 0.27 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.37 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.12 0.04 0.32 1.04 0.89 0.14
C5' 0.07 0.08 0.21 0.02 0.11 0.01 0.20 0.00 0.20 0.25 0.14 0.06 0.25 0.28 0.11 0.11 0.23 0.02 0.01 0.15 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.37 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.42 0.15 0.05 0.33 1.03 0.99 0.16
C8 0.01 0.01 0.09 0.42 0.01 0.23 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.29 0.20 0.08 0.35 1.04 0.72 0.14
N1 0.03 0.00 0.17 0.29 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.26 0.08 0.25 1.02 0.87 0.14
N3 0.03 0.01 0.21 0.16 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.43 0.10 0.12 0.97 0.52 0.18
N6 0.02 0.01 0.09 0.42 0.01 0.17 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.45 0.17 0.06 0.41 1.02 1.16 0.21
N7 0.01 0.01 0.06 0.45 0.01 0.22 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.23 0.05 0.42 1.05 0.99 0.18
N9 0.00 0.01 0.03 0.26 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.11 0.01 0.17 0.98 0.46 0.18
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.31 0.32 0.38 0.11 0.42 0.29 0.39 0.28 0.45 0.37 0.23 0.00 0.06 0.22 0.33 0.67 0.24 0.45
O3' 0.35 0.40 0.04 0.01 0.21 0.03 0.12 0.23 0.15 0.20 0.26 0.43 0.17 0.23 0.11 0.06 0.00 0.24 0.26 0.67 0.39 0.40
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.08 0.10 0.06 0.05 0.01 0.22 0.24 0.00 0.07 0.70 0.14 0.21
O5' 0.14 0.16 0.45 0.06 0.19 0.02 0.32 0.01 0.33 0.35 0.25 0.12 0.41 0.42 0.17 0.33 0.26 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.85 1.00 0.81 0.35 1.00 0.27 1.04 0.15 1.03 1.04 1.02 0.97 1.02 1.05 0.98 0.67 0.67 0.70 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.68 0.27 0.20 0.62 0.19 0.89 0.38 0.99 0.72 0.87 0.52 1.16 0.99 0.46 0.24 0.39 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.15 0.54 0.16 0.15 0.07 0.14 0.01 0.16 0.14 0.14 0.18 0.21 0.18 0.18 0.45 0.40 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00