ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51268

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 6, 5, 7, 21, 21, 17, 20, 9, 15, 3, 6, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, 0.377, 1.856, 3.335, 3.506 max_d=3.506 avg_d=1.856 std_dev=1.479
N7 A 0, -0.154, 1.732, 3.618, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.732 std_dev=1.886
N6 B 0, 0.286, 2.412, 4.537, 4.785 max_d=4.785 avg_d=2.412 std_dev=2.126
C5 B 0, 0.291, 2.420, 4.550, 4.798 max_d=4.798 avg_d=2.420 std_dev=2.130
N6 A 0, -0.192, 2.120, 4.432, 5.105 max_d=5.105 avg_d=2.120 std_dev=2.312
C6 B 0, 0.254, 2.705, 5.155, 5.422 max_d=5.422 avg_d=2.705 std_dev=2.451
C5 A 0, -0.232, 2.265, 4.761, 5.485 max_d=5.485 avg_d=2.265 std_dev=2.497
C8 B 0, 0.341, 2.989, 5.637, 5.944 max_d=5.944 avg_d=2.989 std_dev=2.648
C6 A 0, -0.260, 2.473, 5.206, 5.902 max_d=5.902 avg_d=2.473 std_dev=2.733
C8 A 0, -0.262, 2.832, 5.926, 6.795 max_d=6.795 avg_d=2.832 std_dev=3.094
C4 B 0, 0.252, 3.603, 6.953, 7.335 max_d=7.335 avg_d=3.603 std_dev=3.350
N9 B 0, 0.291, 3.856, 7.421, 7.827 max_d=7.827 avg_d=3.856 std_dev=3.565
N1 B 0, 0.234, 3.960, 7.687, 8.098 max_d=8.098 avg_d=3.960 std_dev=3.726
C4 A 0, -0.349, 3.429, 7.208, 8.080 max_d=8.080 avg_d=3.429 std_dev=3.779
N9 A 0, -0.375, 3.675, 7.725, 8.587 max_d=8.587 avg_d=3.675 std_dev=4.050
N1 A 0, -0.380, 3.670, 7.720, 8.565 max_d=8.565 avg_d=3.670 std_dev=4.050
OP1 B 0, 2.293, 6.699, 11.106, 12.158 max_d=12.158 avg_d=6.699 std_dev=4.406
N3 B 0, 0.240, 4.647, 9.054, 9.546 max_d=9.546 avg_d=4.647 std_dev=4.407
C2 B 0, 0.239, 4.675, 9.111, 9.599 max_d=9.599 avg_d=4.675 std_dev=4.436
C1' B 0, 0.356, 5.184, 10.012, 10.568 max_d=10.568 avg_d=5.184 std_dev=4.828
O4' B 0, 0.610, 5.442, 10.274, 10.901 max_d=10.901 avg_d=5.442 std_dev=4.832
C2 A 0, -0.473, 4.381, 9.235, 10.224 max_d=10.224 avg_d=4.381 std_dev=4.854
N3 A 0, -0.460, 4.406, 9.272, 10.281 max_d=10.281 avg_d=4.406 std_dev=4.866
P B 0, 1.182, 6.210, 11.238, 12.409 max_d=12.409 avg_d=6.210 std_dev=5.028
OP2 A 0, 1.107, 6.222, 11.337, 12.845 max_d=12.845 avg_d=6.222 std_dev=5.115
OP2 B 0, 1.794, 6.936, 12.079, 15.130 max_d=15.130 avg_d=6.936 std_dev=5.142
O5' B 0, 0.979, 6.156, 11.334, 12.799 max_d=12.799 avg_d=6.156 std_dev=5.177
C1' A 0, -0.523, 4.906, 10.335, 11.404 max_d=11.404 avg_d=4.906 std_dev=5.429
O4' A 0, -0.349, 5.167, 10.683, 11.975 max_d=11.975 avg_d=5.167 std_dev=5.516
O5' A 0, 0.143, 5.801, 11.459, 13.281 max_d=13.281 avg_d=5.801 std_dev=5.658
P A 0, 0.152, 5.857, 11.562, 13.439 max_d=13.439 avg_d=5.857 std_dev=5.705
C2' B 0, 0.395, 6.103, 11.810, 12.506 max_d=12.506 avg_d=6.103 std_dev=5.707
OP1 A 0, 0.777, 6.525, 12.272, 15.833 max_d=15.833 avg_d=6.525 std_dev=5.747
C4' B 0, 0.879, 6.745, 12.612, 13.463 max_d=13.463 avg_d=6.745 std_dev=5.866
C5' B 0, 0.905, 6.844, 12.784, 13.831 max_d=13.831 avg_d=6.844 std_dev=5.939
C3' B 0, 0.965, 7.130, 13.295, 14.678 max_d=14.678 avg_d=7.130 std_dev=6.165
C2' A 0, -0.390, 5.897, 12.185, 13.262 max_d=13.262 avg_d=5.897 std_dev=6.288
O2' B 0, 0.507, 7.024, 13.542, 14.518 max_d=14.518 avg_d=7.024 std_dev=6.517
C5' A 0, -0.058, 6.512, 13.083, 14.466 max_d=14.466 avg_d=6.512 std_dev=6.571
C4' A 0, -0.216, 6.358, 12.931, 14.254 max_d=14.254 avg_d=6.358 std_dev=6.574
C3' A 0, -0.030, 6.648, 13.327, 14.672 max_d=14.672 avg_d=6.648 std_dev=6.679
O3' B 0, 1.593, 8.495, 15.398, 16.415 max_d=16.415 avg_d=8.495 std_dev=6.903
O2' A 0, -0.024, 7.012, 14.047, 15.771 max_d=15.771 avg_d=7.012 std_dev=7.035
O3' A 0, 0.429, 7.924, 15.418, 16.853 max_d=16.853 avg_d=7.924 std_dev=7.494

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.37 0.01 0.20 0.80 0.26 0.25
C2 0.03 0.00 0.19 0.17 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.42 0.09 0.27 0.99 0.75 0.17
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.10 0.02 0.06 0.24 0.09 0.10 0.15 0.19 0.08 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.49 0.78 0.41 0.54
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.23 0.01 0.34 0.03 0.33 0.40 0.25 0.13 0.38 0.42 0.25 0.02 0.01 0.02 0.24 0.28 0.34 0.19
C4 0.02 0.01 0.10 0.23 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.33 0.24 0.05 0.29 1.00 0.69 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.12 0.21 0.07 0.04 0.16 0.20 0.10 0.33 0.03 0.01 0.02 0.22 0.23 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.34 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.40 0.12 0.03 0.39 1.06 0.93 0.23
C5' 0.07 0.08 0.24 0.03 0.10 0.01 0.17 0.00 0.17 0.21 0.12 0.07 0.22 0.24 0.10 0.11 0.25 0.01 0.01 0.19 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.12 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.44 0.16 0.05 0.40 1.06 1.03 0.25
C8 0.01 0.01 0.10 0.40 0.01 0.21 0.01 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.28 0.18 0.07 0.40 1.07 0.76 0.23
N1 0.02 0.00 0.15 0.25 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.28 0.07 0.34 1.04 0.93 0.20
N3 0.03 0.00 0.19 0.13 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.45 0.10 0.23 0.96 0.61 0.18
N6 0.02 0.01 0.08 0.38 0.01 0.16 0.02 0.22 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.47 0.14 0.05 0.47 1.07 1.19 0.32
N7 0.01 0.01 0.07 0.42 0.01 0.20 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.37 0.19 0.05 0.47 1.10 1.02 0.29
N9 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.15 0.01 0.26 0.96 0.53 0.19
O2' 0.03 0.40 0.00 0.02 0.33 0.33 0.40 0.11 0.44 0.28 0.44 0.34 0.47 0.37 0.23 0.00 0.06 0.24 0.43 0.65 0.45 0.47
O3' 0.37 0.42 0.03 0.01 0.24 0.03 0.12 0.25 0.16 0.18 0.28 0.45 0.14 0.19 0.15 0.06 0.00 0.26 0.34 0.56 0.45 0.39
O4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.07 0.10 0.05 0.05 0.01 0.24 0.26 0.00 0.09 0.66 0.24 0.18
O5' 0.20 0.27 0.49 0.24 0.29 0.02 0.39 0.01 0.40 0.40 0.34 0.23 0.47 0.47 0.26 0.43 0.34 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.80 0.99 0.78 0.28 1.00 0.22 1.06 0.19 1.06 1.07 1.04 0.96 1.07 1.10 0.96 0.65 0.56 0.66 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.75 0.41 0.34 0.69 0.23 0.93 0.41 1.03 0.76 0.93 0.61 1.19 1.02 0.53 0.45 0.45 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.17 0.54 0.19 0.18 0.06 0.23 0.02 0.25 0.23 0.20 0.18 0.32 0.29 0.19 0.47 0.39 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.29 0.21 0.54 0.21 0.39 0.19 0.58 0.24 0.24 0.31 0.24 0.25 0.21 0.22 0.45 0.35 0.33 0.91 1.49 2.14 1.22
C2 0.34 0.16 0.34 0.81 0.21 0.63 0.18 0.81 0.15 0.32 0.16 0.19 0.17 0.25 0.28 0.30 0.79 0.43 1.14 1.55 2.29 1.43
C2' 0.22 0.20 0.21 0.63 0.17 0.41 0.17 0.59 0.18 0.23 0.21 0.18 0.18 0.21 0.20 0.44 0.49 0.29 0.98 1.55 2.20 1.28
C3' 0.55 0.76 0.56 0.27 0.63 0.39 0.62 0.47 0.71 0.50 0.78 0.69 0.74 0.53 0.55 1.01 0.30 0.52 0.75 1.66 1.90 1.13
C4 0.26 0.18 0.25 0.66 0.18 0.48 0.16 0.66 0.16 0.26 0.19 0.17 0.18 0.22 0.23 0.36 0.54 0.34 1.01 1.56 2.20 1.31
C4' 0.36 0.58 0.33 0.30 0.42 0.31 0.40 0.45 0.50 0.30 0.61 0.50 0.53 0.31 0.35 0.75 0.19 0.39 0.75 1.53 1.97 1.11
C5 0.26 0.16 0.25 0.66 0.18 0.46 0.17 0.62 0.15 0.26 0.17 0.17 0.17 0.22 0.23 0.36 0.54 0.33 1.01 1.60 2.15 1.28
C5' 0.47 0.71 0.43 0.23 0.54 0.34 0.50 0.40 0.61 0.38 0.72 0.63 0.60 0.38 0.46 0.90 0.33 0.48 0.66 1.53 1.83 1.01
C6 0.31 0.17 0.31 0.76 0.22 0.56 0.19 0.71 0.17 0.30 0.17 0.20 0.19 0.25 0.27 0.32 0.71 0.38 1.10 1.65 2.23 1.37
C8 0.23 0.25 0.20 0.50 0.21 0.33 0.20 0.49 0.22 0.23 0.26 0.22 0.23 0.22 0.22 0.49 0.30 0.30 0.86 1.55 2.01 1.15
N1 0.36 0.18 0.35 0.84 0.23 0.65 0.20 0.82 0.17 0.33 0.17 0.21 0.18 0.26 0.30 0.31 0.84 0.44 1.17 1.61 2.30 1.45
N3 0.29 0.17 0.29 0.73 0.18 0.56 0.16 0.74 0.15 0.29 0.18 0.17 0.17 0.23 0.25 0.32 0.66 0.39 1.07 1.53 2.26 1.38
N6 0.32 0.22 0.33 0.79 0.25 0.57 0.23 0.69 0.21 0.31 0.21 0.24 0.22 0.26 0.29 0.32 0.76 0.38 1.12 1.70 2.16 1.35
N7 0.23 0.19 0.20 0.55 0.19 0.36 0.18 0.50 0.17 0.24 0.19 0.19 0.18 0.22 0.21 0.45 0.36 0.29 0.90 1.58 2.00 1.17
N9 0.24 0.24 0.21 0.57 0.19 0.40 0.18 0.57 0.20 0.24 0.25 0.21 0.22 0.21 0.21 0.43 0.39 0.32 0.93 1.53 2.13 1.23
O2' 0.42 0.19 0.48 1.07 0.31 0.75 0.33 0.95 0.23 0.50 0.19 0.23 0.23 0.46 0.41 0.19 0.94 0.49 1.37 1.53 2.68 1.63
O3' 0.35 0.71 0.39 0.41 0.48 0.36 0.47 0.58 0.63 0.31 0.76 0.58 0.68 0.34 0.36 0.85 0.26 0.34 0.98 1.62 2.28 1.38
O4' 0.27 0.42 0.22 0.43 0.27 0.35 0.25 0.52 0.34 0.25 0.44 0.34 0.36 0.22 0.25 0.53 0.20 0.35 0.82 1.46 2.04 1.15
O5' 0.72 0.90 0.69 0.39 0.77 0.57 0.74 0.56 0.82 0.64 0.90 0.84 0.81 0.64 0.71 1.18 0.57 0.71 0.71 1.73 1.69 1.04
OP1 0.91 0.76 0.92 1.20 0.87 1.04 0.92 1.15 0.86 1.00 0.77 0.80 0.91 1.01 0.93 0.74 0.90 0.94 1.51 1.55 2.67 1.72
OP2 1.59 1.66 1.58 1.23 1.62 1.42 1.60 1.34 1.65 1.51 1.68 1.65 1.61 1.49 1.58 2.13 1.57 1.55 1.17 2.33 1.02 1.32
P 0.68 0.89 0.63 0.37 0.73 0.50 0.67 0.43 0.76 0.55 0.89 0.83 0.70 0.54 0.65 1.17 0.60 0.65 0.59 1.56 1.60 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.01 0.24 0.80 0.28 0.34
C2 0.03 0.00 0.22 0.22 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.35 0.10 0.34 1.08 0.92 0.50
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.12 0.02 0.07 0.20 0.12 0.10 0.18 0.22 0.09 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.50 0.82 0.27 0.54
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.28 0.01 0.39 0.02 0.39 0.42 0.32 0.17 0.45 0.46 0.27 0.02 0.01 0.02 0.31 0.45 0.13 0.26
C4 0.02 0.01 0.12 0.28 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.31 0.18 0.06 0.42 1.11 0.90 0.56
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.13 0.23 0.08 0.06 0.17 0.22 0.11 0.34 0.02 0.00 0.01 0.23 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.39 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.39 0.12 0.04 0.58 1.29 1.25 0.74
C5' 0.07 0.07 0.20 0.02 0.11 0.01 0.21 0.00 0.20 0.26 0.14 0.05 0.26 0.29 0.12 0.13 0.25 0.02 0.01 0.29 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.39 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.42 0.13 0.06 0.58 1.29 1.35 0.75
C8 0.02 0.01 0.10 0.42 0.01 0.23 0.01 0.26 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.21 0.08 0.67 1.31 1.11 0.77
N1 0.03 0.00 0.18 0.32 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.21 0.08 0.47 1.19 1.18 0.63
N3 0.03 0.01 0.22 0.17 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.39 0.10 0.29 1.00 0.73 0.44
N6 0.02 0.01 0.09 0.45 0.01 0.17 0.02 0.26 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.45 0.18 0.07 0.67 1.38 1.57 0.86
N7 0.01 0.01 0.06 0.46 0.01 0.22 0.01 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.25 0.06 0.72 1.41 1.42 0.87
N9 0.01 0.01 0.02 0.27 0.00 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.24 0.10 0.02 0.43 1.07 0.74 0.54
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.31 0.34 0.39 0.13 0.42 0.32 0.38 0.27 0.45 0.39 0.24 0.00 0.06 0.24 0.46 0.76 0.24 0.50
O3' 0.35 0.35 0.03 0.01 0.18 0.02 0.12 0.25 0.13 0.21 0.21 0.39 0.18 0.25 0.10 0.06 0.00 0.23 0.36 0.64 0.30 0.40
O4' 0.01 0.10 0.02 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.06 0.02 0.24 0.23 0.00 0.10 0.58 0.16 0.17
O5' 0.24 0.34 0.50 0.31 0.42 0.01 0.58 0.01 0.58 0.67 0.47 0.29 0.67 0.72 0.43 0.46 0.36 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.80 1.08 0.82 0.45 1.11 0.23 1.29 0.29 1.29 1.31 1.19 1.00 1.38 1.41 1.07 0.76 0.64 0.58 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.92 0.27 0.13 0.90 0.21 1.25 0.42 1.35 1.11 1.18 0.73 1.57 1.42 0.74 0.24 0.30 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.50 0.54 0.26 0.56 0.04 0.74 0.01 0.75 0.77 0.63 0.44 0.86 0.87 0.54 0.50 0.40 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00