ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51269

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 6, 9, 21, 12, 6, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 B 0, -0.238, 1.244, 2.725, 3.954 max_d=3.954 avg_d=1.244 std_dev=1.481
N7 A 0, -0.663, 0.888, 2.439, 3.879 max_d=3.879 avg_d=0.888 std_dev=1.551
N6 B 0, -0.208, 1.585, 3.378, 4.848 max_d=4.848 avg_d=1.585 std_dev=1.793
N6 A 0, -0.846, 1.130, 3.106, 5.233 max_d=5.233 avg_d=1.130 std_dev=1.976
C5 B 0, -0.442, 1.568, 3.578, 5.212 max_d=5.212 avg_d=1.568 std_dev=2.010
C5 A 0, -0.916, 1.171, 3.257, 5.276 max_d=5.276 avg_d=1.171 std_dev=2.086
C6 B 0, -0.427, 1.749, 3.924, 5.685 max_d=5.685 avg_d=1.749 std_dev=2.175
C6 A 0, -1.018, 1.289, 3.596, 5.954 max_d=5.954 avg_d=1.289 std_dev=2.307
C8 B 0, -0.555, 1.912, 4.380, 6.404 max_d=6.404 avg_d=1.912 std_dev=2.467
C8 A 0, -1.109, 1.483, 4.076, 6.306 max_d=6.306 avg_d=1.483 std_dev=2.592
C4 B 0, -0.802, 2.267, 5.336, 7.826 max_d=7.826 avg_d=2.267 std_dev=3.069
C4 A 0, -1.394, 1.795, 4.983, 7.828 max_d=7.828 avg_d=1.795 std_dev=3.188
N1 B 0, -0.740, 2.506, 5.751, 8.376 max_d=8.376 avg_d=2.506 std_dev=3.245
N9 B 0, -0.838, 2.433, 5.703, 8.347 max_d=8.347 avg_d=2.433 std_dev=3.271
N9 A 0, -1.491, 1.930, 5.350, 8.271 max_d=8.271 avg_d=1.930 std_dev=3.420
N1 A 0, -1.511, 1.926, 5.364, 8.636 max_d=8.636 avg_d=1.926 std_dev=3.438
C2 B 0, -1.003, 2.916, 6.836, 10.009 max_d=10.009 avg_d=2.916 std_dev=3.920
N3 B 0, -1.067, 2.889, 6.845, 10.040 max_d=10.040 avg_d=2.889 std_dev=3.956
C2 A 0, -1.823, 2.298, 6.419, 10.177 max_d=10.177 avg_d=2.298 std_dev=4.121
N3 A 0, -1.816, 2.314, 6.444, 10.115 max_d=10.115 avg_d=2.314 std_dev=4.130
OP1 A 0, 1.201, 5.468, 9.735, 13.506 max_d=13.506 avg_d=5.468 std_dev=4.267
OP2 A 0, 1.397, 5.706, 10.015, 15.274 max_d=15.274 avg_d=5.706 std_dev=4.309
C1' B 0, -1.172, 3.228, 7.628, 11.176 max_d=11.176 avg_d=3.228 std_dev=4.400
OP2 B 0, 0.126, 4.582, 9.038, 13.070 max_d=13.070 avg_d=4.582 std_dev=4.456
O4' B 0, -0.966, 3.572, 8.110, 11.811 max_d=11.811 avg_d=3.572 std_dev=4.538
O4' A 0, -1.293, 3.280, 7.854, 11.776 max_d=11.776 avg_d=3.280 std_dev=4.573
O5' A 0, -0.208, 4.408, 9.024, 13.617 max_d=13.617 avg_d=4.408 std_dev=4.616
P A 0, 0.041, 4.657, 9.274, 13.371 max_d=13.371 avg_d=4.657 std_dev=4.617
C1' A 0, -2.040, 2.586, 7.212, 11.111 max_d=11.111 avg_d=2.586 std_dev=4.626
O5' B 0, -0.775, 3.883, 8.542, 13.068 max_d=13.068 avg_d=3.883 std_dev=4.658
OP1 B 0, -0.007, 4.655, 9.317, 14.435 max_d=14.435 avg_d=4.655 std_dev=4.662
P B 0, -0.947, 3.803, 8.553, 12.777 max_d=12.777 avg_d=3.803 std_dev=4.750
C2' A 0, -1.508, 3.495, 8.497, 12.700 max_d=12.700 avg_d=3.495 std_dev=5.003
C2' B 0, -1.403, 3.632, 8.666, 12.968 max_d=12.968 avg_d=3.632 std_dev=5.035
C5' A 0, -0.666, 4.645, 9.955, 14.577 max_d=14.577 avg_d=4.645 std_dev=5.311
C3' B 0, -0.962, 4.360, 9.681, 14.179 max_d=14.179 avg_d=4.360 std_dev=5.322
C4' A 0, -1.193, 4.170, 9.532, 14.271 max_d=14.271 avg_d=4.170 std_dev=5.362
C4' B 0, -1.094, 4.281, 9.655, 14.140 max_d=14.140 avg_d=4.281 std_dev=5.375
C5' B 0, -0.941, 4.447, 9.836, 14.534 max_d=14.534 avg_d=4.447 std_dev=5.388
O2' A 0, -1.008, 4.404, 9.815, 14.505 max_d=14.505 avg_d=4.404 std_dev=5.412
C3' A 0, -1.162, 4.286, 9.734, 15.058 max_d=15.058 avg_d=4.286 std_dev=5.448
O2' B 0, -1.049, 4.558, 10.165, 15.366 max_d=15.366 avg_d=4.558 std_dev=5.607
O3' B 0, -0.430, 5.473, 11.376, 16.230 max_d=16.230 avg_d=5.473 std_dev=5.903
O3' A 0, -0.855, 5.204, 11.263, 16.858 max_d=16.858 avg_d=5.204 std_dev=6.059

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.14 0.55 0.20 0.20
C2 0.04 0.00 0.41 0.29 0.01 0.23 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.46 0.30 0.40 0.30 0.74 0.75 0.37
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.23 0.01 0.13 0.21 0.21 0.19 0.34 0.40 0.16 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.46 0.69 0.56 0.55
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.31 0.01 0.42 0.02 0.44 0.41 0.37 0.23 0.49 0.47 0.28 0.03 0.01 0.02 0.14 0.33 0.24 0.16
C4 0.02 0.01 0.23 0.31 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.17 0.21 0.18 0.65 0.62 0.22
C4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.11 0.34 0.15 0.23 0.16 0.30 0.12 0.34 0.03 0.00 0.02 0.23 0.15 0.07
C5 0.02 0.01 0.13 0.42 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.13 0.08 0.35 0.73 0.93 0.42
C5' 0.06 0.34 0.21 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.16 0.43 0.23 0.33 0.22 0.40 0.12 0.12 0.23 0.02 0.01 0.14 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.21 0.44 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.16 0.17 0.33 0.71 0.99 0.39
C8 0.02 0.01 0.19 0.41 0.01 0.34 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.51 0.16 0.24 0.56 0.89 0.92 0.64
N1 0.03 0.01 0.34 0.37 0.01 0.15 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.21 0.31 0.27 0.70 0.87 0.31
N3 0.04 0.01 0.40 0.23 0.00 0.23 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.44 0.34 0.40 0.29 0.71 0.61 0.34
N6 0.02 0.02 0.16 0.49 0.01 0.16 0.01 0.22 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.37 0.21 0.11 0.44 0.79 1.20 0.53
N7 0.01 0.01 0.09 0.47 0.01 0.30 0.01 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.49 0.21 0.14 0.58 0.93 1.16 0.70
N9 0.01 0.01 0.03 0.28 0.01 0.12 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.11 0.01 0.21 0.64 0.51 0.27
O2' 0.02 0.46 0.00 0.03 0.26 0.34 0.33 0.12 0.34 0.51 0.37 0.44 0.37 0.49 0.24 0.00 0.07 0.24 0.34 0.58 0.66 0.47
O3' 0.36 0.30 0.03 0.01 0.17 0.03 0.13 0.23 0.16 0.16 0.21 0.34 0.21 0.21 0.11 0.07 0.00 0.24 0.29 0.45 0.32 0.29
O4' 0.01 0.40 0.02 0.02 0.21 0.00 0.08 0.02 0.17 0.24 0.31 0.40 0.11 0.14 0.01 0.24 0.24 0.00 0.09 0.44 0.20 0.15
O5' 0.14 0.30 0.46 0.14 0.18 0.02 0.35 0.01 0.33 0.56 0.27 0.29 0.44 0.58 0.21 0.34 0.29 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.74 0.69 0.33 0.65 0.23 0.73 0.14 0.71 0.89 0.70 0.71 0.79 0.93 0.64 0.58 0.45 0.44 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.75 0.56 0.24 0.62 0.15 0.93 0.25 0.99 0.92 0.87 0.61 1.20 1.16 0.51 0.66 0.32 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.37 0.55 0.16 0.22 0.07 0.42 0.02 0.39 0.64 0.31 0.34 0.53 0.70 0.27 0.47 0.29 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.16 0.16 0.61 0.13 0.34 0.13 0.49 0.15 0.16 0.17 0.14 0.16 0.15 0.14 0.41 0.49 0.18 0.69 1.01 1.49 0.52
C2 0.21 0.13 0.30 0.74 0.15 0.48 0.15 0.62 0.14 0.21 0.14 0.14 0.15 0.18 0.19 0.40 0.77 0.28 0.80 0.87 1.49 0.66
C2' 0.17 0.35 0.18 0.66 0.23 0.36 0.22 0.51 0.31 0.16 0.37 0.28 0.33 0.17 0.18 0.48 0.60 0.17 0.71 0.93 1.62 0.59
C3' 0.59 0.65 0.67 0.82 0.62 0.63 0.61 0.73 0.64 0.57 0.66 0.64 0.64 0.58 0.59 0.90 0.75 0.54 0.83 1.18 1.56 0.70
C4 0.16 0.13 0.21 0.66 0.13 0.39 0.14 0.52 0.14 0.18 0.14 0.13 0.15 0.16 0.15 0.38 0.59 0.20 0.72 1.00 1.49 0.55
C4' 0.40 0.60 0.45 0.63 0.48 0.40 0.47 0.50 0.55 0.36 0.62 0.54 0.57 0.38 0.41 0.69 0.51 0.35 0.65 1.11 1.42 0.48
C5 0.16 0.13 0.22 0.65 0.14 0.37 0.14 0.49 0.14 0.17 0.14 0.13 0.15 0.16 0.15 0.38 0.57 0.19 0.69 1.04 1.46 0.50
C5' 0.59 0.89 0.64 0.68 0.71 0.49 0.69 0.53 0.81 0.51 0.91 0.80 0.82 0.54 0.60 0.89 0.58 0.52 0.64 1.19 1.35 0.45
C6 0.20 0.14 0.28 0.70 0.16 0.43 0.16 0.54 0.14 0.20 0.14 0.15 0.15 0.18 0.18 0.39 0.68 0.24 0.75 1.00 1.48 0.55
C8 0.14 0.15 0.15 0.57 0.13 0.30 0.14 0.42 0.15 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.14 0.42 0.41 0.16 0.61 1.08 1.41 0.42
N1 0.22 0.14 0.33 0.74 0.17 0.49 0.16 0.61 0.15 0.22 0.14 0.15 0.15 0.19 0.20 0.41 0.78 0.29 0.80 0.89 1.50 0.65
N3 0.19 0.13 0.25 0.70 0.14 0.44 0.14 0.58 0.14 0.19 0.14 0.13 0.15 0.17 0.17 0.38 0.68 0.24 0.77 0.92 1.50 0.62
N6 0.21 0.16 0.30 0.71 0.18 0.44 0.17 0.51 0.16 0.20 0.15 0.17 0.16 0.18 0.20 0.40 0.69 0.26 0.72 1.05 1.41 0.49
N7 0.14 0.14 0.17 0.58 0.13 0.30 0.13 0.41 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.40 0.44 0.16 0.60 1.09 1.38 0.41
N9 0.14 0.15 0.17 0.61 0.13 0.34 0.13 0.48 0.14 0.16 0.16 0.13 0.15 0.15 0.14 0.40 0.49 0.18 0.68 1.03 1.47 0.50
O2' 0.61 0.79 0.63 0.94 0.68 0.65 0.67 0.68 0.75 0.57 0.81 0.73 0.76 0.59 0.62 0.79 0.94 0.54 0.92 0.75 1.80 0.80
O3' 0.41 0.63 0.52 0.73 0.49 0.46 0.47 0.55 0.56 0.36 0.64 0.56 0.58 0.38 0.41 0.81 0.70 0.33 0.70 0.96 1.60 0.59
O4' 0.22 0.41 0.24 0.56 0.29 0.30 0.28 0.43 0.36 0.19 0.43 0.35 0.37 0.21 0.23 0.45 0.39 0.23 0.62 1.10 1.40 0.47
O5' 0.83 1.09 0.88 0.85 0.93 0.72 0.92 0.74 1.03 0.75 1.11 1.02 1.04 0.78 0.84 1.13 0.77 0.74 0.79 1.30 1.38 0.62
OP1 1.24 1.66 1.27 1.17 1.38 1.07 1.34 1.02 1.50 1.12 1.68 1.53 1.48 1.15 1.24 1.51 1.10 1.14 1.07 1.34 1.57 0.91
OP2 1.79 2.07 1.84 1.69 1.91 1.64 1.87 1.63 2.00 1.68 2.11 2.00 1.97 1.68 1.80 2.10 1.69 1.69 1.59 2.01 1.63 1.45
P 1.12 1.51 1.14 0.99 1.27 0.94 1.22 0.90 1.38 0.99 1.54 1.40 1.36 1.01 1.13 1.43 0.98 1.03 0.89 1.47 1.27 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.00 0.22 0.80 0.21 0.31
C2 0.03 0.00 0.27 0.26 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.34 0.13 0.23 0.98 0.69 0.21
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.24 0.14 0.13 0.21 0.26 0.11 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.52 0.67 0.37 0.53
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.28 0.01 0.39 0.03 0.40 0.39 0.34 0.21 0.45 0.44 0.26 0.02 0.01 0.02 0.20 0.38 0.33 0.21
C4 0.01 0.01 0.14 0.28 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.19 0.07 0.25 1.00 0.62 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.13 0.20 0.08 0.03 0.17 0.21 0.10 0.32 0.03 0.00 0.02 0.30 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.39 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.36 0.14 0.05 0.34 1.08 0.85 0.21
C5' 0.09 0.10 0.24 0.03 0.12 0.01 0.19 0.00 0.19 0.22 0.14 0.08 0.25 0.25 0.11 0.09 0.24 0.02 0.01 0.21 0.42 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.40 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.16 0.07 0.35 1.08 0.96 0.22
C8 0.02 0.01 0.13 0.39 0.01 0.20 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.19 0.08 0.35 1.11 0.67 0.23
N1 0.02 0.00 0.21 0.34 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.22 0.11 0.30 1.03 0.86 0.21
N3 0.03 0.00 0.26 0.21 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.38 0.12 0.21 0.94 0.54 0.23
N6 0.02 0.01 0.11 0.45 0.01 0.17 0.02 0.25 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.41 0.21 0.07 0.42 1.10 1.12 0.24
N7 0.02 0.02 0.08 0.44 0.01 0.21 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.23 0.05 0.41 1.14 0.92 0.23
N9 0.01 0.01 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.12 0.01 0.24 0.98 0.46 0.25
O2' 0.02 0.36 0.01 0.02 0.30 0.32 0.36 0.09 0.39 0.31 0.38 0.32 0.41 0.36 0.22 0.00 0.06 0.23 0.43 0.54 0.35 0.45
O3' 0.35 0.34 0.03 0.01 0.19 0.03 0.14 0.24 0.16 0.19 0.22 0.38 0.21 0.23 0.12 0.06 0.00 0.25 0.30 0.83 0.47 0.47
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.08 0.11 0.12 0.07 0.05 0.01 0.23 0.25 0.00 0.09 0.73 0.21 0.29
O5' 0.22 0.23 0.52 0.20 0.25 0.02 0.34 0.01 0.35 0.35 0.30 0.21 0.42 0.41 0.24 0.43 0.30 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.80 0.98 0.67 0.38 1.00 0.30 1.08 0.21 1.08 1.11 1.03 0.94 1.10 1.14 0.98 0.54 0.83 0.73 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.69 0.37 0.33 0.62 0.23 0.85 0.42 0.96 0.67 0.86 0.54 1.12 0.92 0.46 0.35 0.47 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.21 0.53 0.21 0.22 0.08 0.21 0.02 0.22 0.23 0.21 0.23 0.24 0.23 0.25 0.45 0.47 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00