ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51270

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 9, 2, 3, 1, 1, 1, 3, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, -0.611, 0.915, 2.440, 3.973 max_d=3.973 avg_d=0.915 std_dev=1.525
N7 B 0, -0.373, 1.200, 2.774, 3.857 max_d=3.857 avg_d=1.200 std_dev=1.574
N6 B 0, -0.347, 1.440, 3.227, 4.476 max_d=4.476 avg_d=1.440 std_dev=1.787
N6 A 0, -0.809, 1.220, 3.249, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.220 std_dev=2.029
C5 B 0, -0.572, 1.509, 3.589, 5.035 max_d=5.035 avg_d=1.509 std_dev=2.080
C5 A 0, -0.849, 1.241, 3.331, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.241 std_dev=2.090
C6 B 0, -0.587, 1.635, 3.856, 5.391 max_d=5.391 avg_d=1.635 std_dev=2.222
C6 A 0, -0.953, 1.390, 3.734, 5.468 max_d=5.468 avg_d=1.390 std_dev=2.343
C8 A 0, -1.039, 1.544, 4.126, 6.505 max_d=6.505 avg_d=1.544 std_dev=2.582
C8 B 0, -0.792, 1.839, 4.471, 6.298 max_d=6.298 avg_d=1.839 std_dev=2.631
C4 A 0, -1.306, 1.911, 5.129, 7.662 max_d=7.662 avg_d=1.911 std_dev=3.218
C4 B 0, -1.039, 2.192, 5.423, 7.675 max_d=7.675 avg_d=2.192 std_dev=3.231
N1 B 0, -1.041, 2.343, 5.727, 8.076 max_d=8.076 avg_d=2.343 std_dev=3.384
N9 A 0, -1.397, 2.040, 5.477, 8.346 max_d=8.346 avg_d=2.040 std_dev=3.437
N9 B 0, -1.120, 2.344, 5.808, 8.220 max_d=8.220 avg_d=2.344 std_dev=3.464
N1 A 0, -1.424, 2.085, 5.595, 8.150 max_d=8.150 avg_d=2.085 std_dev=3.509
C2 B 0, -1.358, 2.772, 6.903, 9.773 max_d=9.773 avg_d=2.772 std_dev=4.131
N3 B 0, -1.406, 2.778, 6.963, 9.872 max_d=9.872 avg_d=2.778 std_dev=4.185
N3 A 0, -1.705, 2.494, 6.693, 9.866 max_d=9.866 avg_d=2.494 std_dev=4.199
C2 A 0, -1.717, 2.489, 6.696, 9.790 max_d=9.790 avg_d=2.489 std_dev=4.207
C1' B 0, -1.547, 3.093, 7.734, 10.951 max_d=10.951 avg_d=3.093 std_dev=4.641
C1' A 0, -1.905, 2.762, 7.429, 11.186 max_d=11.186 avg_d=2.762 std_dev=4.667
O4' B 0, -1.544, 3.296, 8.136, 11.501 max_d=11.501 avg_d=3.296 std_dev=4.840
O5' A 0, -1.473, 3.375, 8.223, 12.605 max_d=12.605 avg_d=3.375 std_dev=4.848
OP2 A 0, -1.409, 3.443, 8.295, 12.720 max_d=12.720 avg_d=3.443 std_dev=4.852
P A 0, -1.506, 3.493, 8.493, 13.252 max_d=13.252 avg_d=3.493 std_dev=5.000
C2' A 0, -1.905, 3.117, 8.140, 12.134 max_d=12.134 avg_d=3.117 std_dev=5.022
O4' A 0, -1.901, 3.131, 8.163, 12.165 max_d=12.165 avg_d=3.131 std_dev=5.032
C3' A 0, -1.945, 3.393, 8.731, 13.850 max_d=13.850 avg_d=3.393 std_dev=5.338
C2' B 0, -1.861, 3.677, 9.216, 13.224 max_d=13.224 avg_d=3.677 std_dev=5.538
C5' A 0, -1.908, 3.787, 9.481, 14.024 max_d=14.024 avg_d=3.787 std_dev=5.695
C4' A 0, -2.079, 3.620, 9.318, 14.083 max_d=14.083 avg_d=3.620 std_dev=5.698
O2' B 0, -1.951, 3.912, 9.774, 14.479 max_d=14.479 avg_d=3.912 std_dev=5.862
C4' B 0, -1.880, 4.038, 9.957, 14.291 max_d=14.291 avg_d=4.038 std_dev=5.918
OP1 A 0, -1.873, 4.097, 10.066, 15.769 max_d=15.769 avg_d=4.097 std_dev=5.969
O2' A 0, -2.253, 3.743, 9.740, 14.282 max_d=14.282 avg_d=3.743 std_dev=5.996
C5' B 0, -1.866, 4.261, 10.389, 15.140 max_d=15.140 avg_d=4.261 std_dev=6.127
O3' A 0, -2.213, 3.992, 10.198, 15.865 max_d=15.865 avg_d=3.992 std_dev=6.206
O5' B 0, -1.915, 4.392, 10.699, 16.208 max_d=16.208 avg_d=4.392 std_dev=6.307
C3' B 0, -2.125, 4.260, 10.644, 15.535 max_d=15.535 avg_d=4.260 std_dev=6.384
OP2 B 0, -2.140, 4.659, 11.458, 17.662 max_d=17.662 avg_d=4.659 std_dev=6.799
O3' B 0, -2.333, 4.553, 11.439, 16.592 max_d=16.592 avg_d=4.553 std_dev=6.886
P B 0, -2.247, 4.861, 11.970, 18.325 max_d=18.325 avg_d=4.861 std_dev=7.109
OP1 B 0, -2.630, 5.559, 13.748, 20.997 max_d=20.997 avg_d=5.559 std_dev=8.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.00 0.16 0.29 0.25 0.15
C2 0.02 0.00 0.42 0.38 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.39 0.53 0.21 0.20 0.26 0.52 0.33
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.10 0.15 0.18 0.21 0.32 0.42 0.13 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.23 0.23 0.09
C3' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.00 0.17 0.02 0.21 0.33 0.30 0.36 0.20 0.26 0.12 0.02 0.01 0.01 0.20 0.21 0.17 0.13
C4 0.01 0.01 0.22 0.20 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.23 0.12 0.27 0.33 0.56 0.37
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.18 0.04 0.09 0.10 0.16 0.07 0.16 0.02 0.00 0.02 0.16 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.10 0.17 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.12 0.07 0.40 0.47 0.80 0.55
C5' 0.08 0.14 0.15 0.02 0.15 0.01 0.21 0.00 0.21 0.27 0.17 0.13 0.25 0.28 0.16 0.06 0.12 0.02 0.01 0.06 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.18 0.21 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.22 0.11 0.38 0.48 0.83 0.57
C8 0.01 0.01 0.21 0.33 0.00 0.18 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.31 0.12 0.52 0.53 0.78 0.55
N1 0.02 0.00 0.32 0.30 0.01 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.41 0.18 0.28 0.37 0.69 0.46
N3 0.02 0.00 0.42 0.36 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.37 0.49 0.21 0.17 0.23 0.42 0.26
N6 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.16 0.09 0.45 0.58 0.98 0.68
N7 0.01 0.01 0.12 0.26 0.00 0.16 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.23 0.06 0.54 0.60 0.96 0.66
N9 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.02 0.31 0.36 0.51 0.35
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.20 0.16 0.19 0.06 0.24 0.24 0.32 0.37 0.24 0.23 0.11 0.00 0.05 0.13 0.16 0.18 0.18 0.10
O3' 0.14 0.53 0.02 0.01 0.23 0.02 0.12 0.12 0.22 0.31 0.41 0.49 0.16 0.23 0.07 0.05 0.00 0.11 0.22 0.30 0.22 0.17
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.12 0.00 0.07 0.02 0.11 0.12 0.18 0.21 0.09 0.06 0.02 0.13 0.11 0.00 0.10 0.35 0.09 0.14
O5' 0.16 0.20 0.11 0.20 0.27 0.02 0.40 0.01 0.38 0.52 0.28 0.17 0.45 0.54 0.31 0.16 0.22 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.29 0.26 0.23 0.21 0.33 0.16 0.47 0.06 0.48 0.53 0.37 0.23 0.58 0.60 0.36 0.18 0.30 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.52 0.23 0.17 0.56 0.09 0.80 0.20 0.83 0.78 0.69 0.42 0.98 0.96 0.51 0.18 0.22 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.33 0.09 0.13 0.37 0.05 0.55 0.02 0.57 0.55 0.46 0.26 0.68 0.66 0.35 0.10 0.17 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.23 0.23 0.41 0.24 0.28 0.23 0.39 0.21 0.25 0.21 0.24 0.19 0.23 0.26 0.33 0.29 0.30 0.53 0.77 0.95 0.71
C2 0.24 0.12 0.25 0.65 0.17 0.60 0.14 0.98 0.11 0.22 0.11 0.15 0.11 0.17 0.21 0.32 0.41 0.38 1.17 1.71 1.95 1.65
C2' 0.15 0.17 0.13 0.36 0.07 0.10 0.07 0.13 0.14 0.16 0.20 0.10 0.19 0.11 0.12 0.19 0.23 0.24 0.69 0.83 0.99 0.81
C3' 0.45 0.46 0.30 0.09 0.41 0.41 0.39 0.40 0.42 0.40 0.47 0.43 0.44 0.37 0.42 0.50 0.22 0.58 0.79 0.77 0.94 0.82
C4 0.25 0.16 0.22 0.50 0.20 0.38 0.18 0.60 0.14 0.24 0.14 0.19 0.11 0.20 0.23 0.34 0.32 0.28 0.75 1.10 1.31 1.06
C4' 0.38 0.36 0.28 0.24 0.34 0.40 0.31 0.43 0.31 0.32 0.35 0.36 0.30 0.28 0.35 0.47 0.28 0.49 0.53 0.53 0.73 0.55
C5 0.26 0.14 0.23 0.49 0.19 0.40 0.16 0.60 0.11 0.25 0.11 0.17 0.11 0.20 0.24 0.35 0.32 0.30 0.73 1.03 1.23 1.00
C5' 0.44 0.48 0.39 0.31 0.41 0.54 0.38 0.62 0.44 0.35 0.49 0.45 0.47 0.33 0.40 0.56 0.39 0.59 0.67 0.60 0.82 0.66
C6 0.26 0.11 0.24 0.58 0.16 0.55 0.13 0.86 0.11 0.24 0.11 0.15 0.14 0.17 0.22 0.34 0.37 0.38 1.02 1.39 1.64 1.38
C8 0.29 0.21 0.25 0.36 0.26 0.29 0.24 0.35 0.20 0.27 0.19 0.25 0.15 0.25 0.28 0.36 0.28 0.33 0.46 0.56 0.69 0.52
N1 0.25 0.11 0.26 0.67 0.16 0.66 0.13 1.06 0.11 0.23 0.11 0.14 0.13 0.16 0.22 0.33 0.42 0.44 1.25 1.75 2.02 1.73
N3 0.24 0.14 0.23 0.57 0.18 0.47 0.16 0.77 0.13 0.22 0.13 0.17 0.11 0.18 0.22 0.32 0.37 0.30 0.95 1.42 1.64 1.35
N6 0.27 0.12 0.24 0.60 0.16 0.61 0.13 0.93 0.14 0.26 0.14 0.14 0.21 0.17 0.23 0.35 0.37 0.45 1.08 1.38 1.63 1.41
N7 0.29 0.17 0.24 0.39 0.23 0.31 0.21 0.39 0.14 0.28 0.13 0.21 0.10 0.25 0.27 0.37 0.29 0.31 0.49 0.63 0.77 0.60
N9 0.27 0.20 0.23 0.42 0.23 0.30 0.22 0.42 0.18 0.25 0.18 0.23 0.15 0.23 0.25 0.34 0.29 0.29 0.55 0.79 0.97 0.74
O2' 0.19 0.31 0.42 0.70 0.24 0.32 0.24 0.41 0.29 0.20 0.33 0.27 0.30 0.21 0.20 0.23 0.57 0.12 0.81 1.07 1.23 0.99
O3' 0.46 0.61 0.33 0.15 0.47 0.44 0.43 0.45 0.52 0.38 0.62 0.54 0.52 0.35 0.43 0.50 0.19 0.61 0.92 0.96 1.14 1.01
O4' 0.41 0.43 0.35 0.43 0.40 0.47 0.37 0.58 0.38 0.34 0.41 0.43 0.34 0.32 0.39 0.46 0.37 0.49 0.38 0.57 0.73 0.53
O5' 0.72 0.82 0.72 0.52 0.73 0.80 0.72 0.87 0.81 0.63 0.86 0.78 0.88 0.63 0.69 0.92 0.66 0.85 0.92 0.80 0.97 0.86
OP1 1.20 1.23 1.20 1.12 1.16 1.44 1.07 1.61 1.08 1.04 1.18 1.23 0.99 0.97 1.14 1.31 1.20 1.43 1.45 1.37 1.37 1.40
OP2 1.15 1.49 1.30 1.08 1.31 1.24 1.35 1.40 1.57 1.12 1.64 1.37 1.70 1.19 1.19 1.51 1.15 1.23 1.68 1.67 1.93 1.73
P 1.06 1.14 1.10 0.96 1.05 1.25 1.01 1.39 1.09 0.94 1.16 1.11 1.13 0.91 1.02 1.27 1.08 1.25 1.34 1.24 1.33 1.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.00 0.39 0.36 0.23 0.19
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.00 0.40 0.01 0.82 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.31 1.26 1.36 1.56 1.42
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.13 0.05 0.07 0.09 0.12 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.53 0.57 0.58 0.45
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.05 0.00 0.17 0.02 0.12 0.35 0.07 0.18 0.19 0.33 0.15 0.02 0.01 0.01 0.23 0.37 0.58 0.27
C4 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.16 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.17 0.78 0.69 0.59 0.66
C4' 0.01 0.40 0.01 0.00 0.16 0.00 0.04 0.01 0.13 0.29 0.29 0.39 0.07 0.21 0.06 0.20 0.03 0.00 0.01 0.20 0.43 0.08
C5 0.00 0.01 0.04 0.17 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.03 0.09 0.67 0.56 0.42 0.51
C5' 0.05 0.82 0.13 0.02 0.35 0.01 0.15 0.00 0.32 0.43 0.62 0.76 0.21 0.31 0.07 0.07 0.16 0.02 0.01 0.30 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.05 0.15 0.80 0.73 0.73 0.73
C8 0.02 0.01 0.07 0.35 0.00 0.29 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.06 0.17 0.71 0.69 0.69 0.67
N1 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.29 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.25 1.06 1.11 1.26 1.15
N3 0.02 0.00 0.12 0.18 0.00 0.39 0.00 0.76 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.15 0.31 1.19 1.20 1.29 1.24
N6 0.01 0.01 0.05 0.19 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.08 0.11 0.73 0.64 0.64 0.64
N7 0.01 0.01 0.06 0.33 0.00 0.21 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.08 0.08 0.68 0.66 0.63 0.62
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.08 0.02 0.53 0.44 0.13 0.32
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.13 0.20 0.19 0.07 0.18 0.21 0.15 0.11 0.21 0.23 0.14 0.00 0.04 0.14 0.40 0.46 0.63 0.35
O3' 0.22 0.13 0.02 0.01 0.08 0.03 0.03 0.16 0.05 0.06 0.08 0.15 0.08 0.08 0.08 0.04 0.00 0.15 0.10 0.21 0.63 0.23
O4' 0.00 0.31 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.02 0.15 0.17 0.25 0.31 0.11 0.08 0.02 0.14 0.15 0.00 0.27 0.29 0.25 0.17
O5' 0.39 1.26 0.53 0.23 0.78 0.01 0.67 0.01 0.80 0.71 1.06 1.19 0.73 0.68 0.53 0.40 0.10 0.27 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.36 1.36 0.57 0.37 0.69 0.20 0.56 0.30 0.73 0.69 1.11 1.20 0.64 0.66 0.44 0.46 0.21 0.29 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 1.56 0.58 0.58 0.59 0.43 0.42 0.36 0.73 0.69 1.26 1.29 0.64 0.63 0.13 0.63 0.63 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.19 1.42 0.45 0.27 0.66 0.08 0.51 0.01 0.73 0.67 1.15 1.24 0.64 0.62 0.32 0.35 0.23 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00