ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 51271

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 3, 4, 4, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 3,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, -0.634, 0.279, 1.191, 3.633 max_d=3.633 avg_d=0.279 std_dev=0.913
N7 B 0, -0.286, 0.654, 1.594, 4.007 max_d=4.007 avg_d=0.654 std_dev=0.940
N6 A 0, -0.842, 0.356, 1.553, 4.772 max_d=4.772 avg_d=0.356 std_dev=1.197
N6 B 0, -0.205, 0.996, 2.197, 4.624 max_d=4.624 avg_d=0.996 std_dev=1.201
C5 B 0, -0.397, 0.813, 2.023, 5.068 max_d=5.068 avg_d=0.813 std_dev=1.210
C5 A 0, -0.890, 0.355, 1.600, 4.934 max_d=4.934 avg_d=0.355 std_dev=1.245
C6 B 0, -0.319, 1.024, 2.368, 5.430 max_d=5.430 avg_d=1.024 std_dev=1.343
C6 A 0, -1.003, 0.388, 1.779, 5.512 max_d=5.512 avg_d=0.388 std_dev=1.391
C8 A 0, -1.076, 0.449, 1.974, 6.056 max_d=6.056 avg_d=0.449 std_dev=1.525
C8 B 0, -0.610, 0.933, 2.476, 6.451 max_d=6.451 avg_d=0.933 std_dev=1.543
C4 B 0, -0.796, 1.029, 2.853, 7.597 max_d=7.597 avg_d=1.029 std_dev=1.825
C4 A 0, -1.361, 0.535, 2.430, 7.500 max_d=7.500 avg_d=0.535 std_dev=1.896
N1 B 0, -0.579, 1.401, 3.382, 7.987 max_d=7.987 avg_d=1.401 std_dev=1.981
N9 B 0, -0.910, 1.072, 3.054, 8.253 max_d=8.253 avg_d=1.072 std_dev=1.982
N9 A 0, -1.443, 0.576, 2.594, 7.995 max_d=7.995 avg_d=0.576 std_dev=2.018
N1 A 0, -1.490, 0.578, 2.647, 8.189 max_d=8.189 avg_d=0.578 std_dev=2.068
C2 B 0, -0.834, 1.491, 3.816, 9.544 max_d=9.544 avg_d=1.491 std_dev=2.325
N3 B 0, -1.013, 1.319, 3.651, 9.650 max_d=9.650 avg_d=1.319 std_dev=2.332
N3 A 0, -1.774, 0.689, 3.151, 9.738 max_d=9.738 avg_d=0.689 std_dev=2.463
C2 A 0, -1.783, 0.685, 3.154, 9.760 max_d=9.760 avg_d=0.685 std_dev=2.468
C1' B 0, -1.262, 1.395, 4.052, 11.002 max_d=11.002 avg_d=1.395 std_dev=2.657
C1' A 0, -1.966, 0.759, 3.484, 10.777 max_d=10.777 avg_d=0.759 std_dev=2.725
O4' B 0, -1.254, 1.533, 4.320, 11.495 max_d=11.495 avg_d=1.533 std_dev=2.787
O4' A 0, -1.847, 0.943, 3.732, 11.175 max_d=11.175 avg_d=0.943 std_dev=2.789
OP2 A 0, -1.030, 1.820, 4.671, 11.269 max_d=11.269 avg_d=1.820 std_dev=2.851
O5' B 0, -1.219, 1.634, 4.488, 11.788 max_d=11.788 avg_d=1.634 std_dev=2.854
P B 0, -1.253, 1.606, 4.466, 11.706 max_d=11.706 avg_d=1.606 std_dev=2.860
OP2 B 0, -1.226, 1.682, 4.590, 11.863 max_d=11.863 avg_d=1.682 std_dev=2.908
O5' A 0, -1.707, 1.245, 4.197, 12.004 max_d=12.004 avg_d=1.245 std_dev=2.952
OP1 B 0, -0.860, 2.227, 5.313, 11.796 max_d=11.796 avg_d=2.227 std_dev=3.086
C2' B 0, -1.548, 1.567, 4.682, 12.880 max_d=12.880 avg_d=1.567 std_dev=3.115
C2' A 0, -2.080, 1.058, 4.196, 12.556 max_d=12.556 avg_d=1.058 std_dev=3.138
P A 0, -1.472, 1.792, 5.056, 13.209 max_d=13.209 avg_d=1.792 std_dev=3.264
C4' B 0, -1.566, 1.797, 5.160, 13.852 max_d=13.852 avg_d=1.797 std_dev=3.363
C4' A 0, -2.131, 1.242, 4.615, 13.559 max_d=13.559 avg_d=1.242 std_dev=3.373
C5' A 0, -2.051, 1.358, 4.767, 13.791 max_d=13.791 avg_d=1.358 std_dev=3.409
C5' B 0, -1.546, 1.871, 5.289, 14.029 max_d=14.029 avg_d=1.871 std_dev=3.417
C3' B 0, -1.684, 1.758, 5.200, 14.190 max_d=14.190 avg_d=1.758 std_dev=3.442
C3' A 0, -2.191, 1.292, 4.775, 13.977 max_d=13.977 avg_d=1.292 std_dev=3.483
O2' A 0, -2.144, 1.433, 5.010, 14.377 max_d=14.377 avg_d=1.433 std_dev=3.577
O2' B 0, -1.791, 1.797, 5.385, 14.828 max_d=14.828 avg_d=1.797 std_dev=3.588
O3' B 0, -1.923, 2.071, 6.064, 16.452 max_d=16.452 avg_d=2.071 std_dev=3.993
OP1 A 0, -1.265, 2.738, 6.741, 15.189 max_d=15.189 avg_d=2.738 std_dev=4.003
O3' A 0, -2.339, 1.698, 5.735, 16.181 max_d=16.181 avg_d=1.698 std_dev=4.037

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.15 0.42 0.36 0.18
C2 0.03 0.00 0.17 0.18 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.28 0.24 0.08 0.11 0.58 0.57 0.17
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.19 0.07 0.10 0.12 0.18 0.06 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.41 0.87 0.83 0.64
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.20 0.01 0.27 0.02 0.28 0.26 0.24 0.15 0.32 0.30 0.19 0.03 0.01 0.01 0.05 0.85 0.28 0.34
C4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.15 0.04 0.12 0.66 0.49 0.21
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.14 0.07 0.04 0.13 0.14 0.07 0.26 0.02 0.00 0.02 0.33 0.14 0.11
C5 0.01 0.02 0.04 0.27 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.10 0.02 0.20 0.94 0.51 0.38
C5' 0.06 0.06 0.19 0.02 0.07 0.01 0.12 0.00 0.12 0.14 0.09 0.05 0.16 0.16 0.06 0.08 0.20 0.01 0.01 0.15 0.37 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.28 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.36 0.12 0.04 0.21 0.95 0.56 0.39
C8 0.02 0.02 0.10 0.26 0.01 0.14 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.24 0.12 0.06 0.21 1.04 0.37 0.42
N1 0.03 0.00 0.12 0.24 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.34 0.16 0.06 0.16 0.75 0.59 0.28
N3 0.03 0.00 0.18 0.15 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.27 0.08 0.09 0.51 0.53 0.14
N6 0.02 0.01 0.06 0.32 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.13 0.04 0.27 1.14 0.58 0.51
N7 0.01 0.02 0.07 0.30 0.01 0.14 0.00 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.31 0.15 0.05 0.26 1.20 0.47 0.52
N9 0.00 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.01 0.12 0.64 0.39 0.20
O2' 0.02 0.28 0.01 0.03 0.26 0.26 0.32 0.08 0.36 0.24 0.34 0.23 0.38 0.31 0.19 0.00 0.06 0.19 0.31 0.97 0.91 0.65
O3' 0.28 0.24 0.03 0.01 0.15 0.02 0.10 0.20 0.12 0.12 0.16 0.27 0.13 0.15 0.11 0.06 0.00 0.19 0.21 0.84 0.22 0.24
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.08 0.04 0.05 0.01 0.19 0.19 0.00 0.06 0.48 0.13 0.21
O5' 0.15 0.11 0.41 0.05 0.12 0.02 0.20 0.01 0.21 0.21 0.16 0.09 0.27 0.26 0.12 0.31 0.21 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.58 0.87 0.85 0.66 0.33 0.94 0.15 0.95 1.04 0.75 0.51 1.14 1.20 0.64 0.97 0.84 0.48 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.57 0.83 0.28 0.49 0.14 0.51 0.37 0.56 0.37 0.59 0.53 0.58 0.47 0.39 0.91 0.22 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.17 0.64 0.34 0.21 0.11 0.38 0.02 0.39 0.42 0.28 0.14 0.51 0.52 0.20 0.65 0.24 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.16 0.22 0.27 0.20 0.32 0.17 0.34 0.15 0.28 0.17 0.17 0.18 0.23 0.26 0.30 0.21 0.36 0.30 1.16 0.86 0.34
C2 0.15 0.17 0.14 0.29 0.13 0.22 0.13 0.25 0.17 0.14 0.19 0.14 0.20 0.12 0.13 0.17 0.30 0.19 0.26 1.02 0.83 0.29
C2' 0.24 0.14 0.16 0.23 0.18 0.25 0.16 0.28 0.13 0.23 0.13 0.16 0.13 0.20 0.22 0.28 0.18 0.31 0.26 1.09 0.85 0.29
C3' 0.56 0.52 0.52 0.44 0.54 0.53 0.53 0.54 0.53 0.54 0.52 0.53 0.53 0.54 0.54 0.64 0.44 0.58 0.51 1.32 0.62 0.53
C4 0.20 0.12 0.15 0.26 0.12 0.25 0.11 0.28 0.13 0.20 0.15 0.11 0.18 0.15 0.17 0.22 0.22 0.26 0.27 1.11 0.86 0.30
C4' 0.41 0.31 0.34 0.33 0.34 0.42 0.33 0.43 0.31 0.40 0.32 0.32 0.33 0.36 0.38 0.45 0.30 0.48 0.38 1.24 0.77 0.43
C5 0.19 0.13 0.14 0.24 0.13 0.22 0.12 0.25 0.13 0.19 0.14 0.12 0.17 0.15 0.16 0.22 0.20 0.24 0.25 1.09 0.86 0.28
C5' 0.49 0.42 0.40 0.36 0.44 0.47 0.42 0.47 0.40 0.45 0.41 0.44 0.39 0.42 0.46 0.53 0.34 0.55 0.41 1.24 0.75 0.46
C6 0.14 0.15 0.13 0.25 0.13 0.18 0.14 0.21 0.16 0.14 0.16 0.14 0.19 0.13 0.13 0.18 0.24 0.17 0.23 1.04 0.87 0.24
C8 0.30 0.18 0.22 0.26 0.23 0.30 0.21 0.32 0.16 0.29 0.16 0.21 0.15 0.26 0.28 0.31 0.20 0.36 0.30 1.13 0.83 0.32
N1 0.14 0.17 0.15 0.28 0.15 0.19 0.16 0.22 0.18 0.14 0.19 0.16 0.20 0.14 0.14 0.16 0.30 0.16 0.24 0.98 0.85 0.25
N3 0.17 0.14 0.14 0.27 0.10 0.24 0.10 0.28 0.15 0.17 0.17 0.11 0.19 0.13 0.14 0.19 0.26 0.23 0.27 1.08 0.85 0.31
N6 0.16 0.16 0.15 0.25 0.16 0.16 0.17 0.20 0.18 0.16 0.17 0.16 0.19 0.17 0.16 0.19 0.25 0.17 0.22 0.99 0.87 0.24
N7 0.26 0.16 0.19 0.24 0.21 0.27 0.19 0.29 0.15 0.26 0.15 0.19 0.15 0.23 0.24 0.29 0.19 0.32 0.29 1.10 0.83 0.30
N9 0.26 0.14 0.19 0.26 0.18 0.29 0.16 0.31 0.13 0.26 0.15 0.15 0.17 0.21 0.23 0.27 0.20 0.33 0.29 1.14 0.85 0.32
O2' 0.15 0.12 0.19 0.40 0.14 0.21 0.14 0.23 0.14 0.17 0.14 0.13 0.17 0.17 0.15 0.15 0.39 0.16 0.28 0.67 1.27 0.25
O3' 0.37 0.44 0.37 0.28 0.38 0.33 0.38 0.33 0.43 0.35 0.46 0.40 0.46 0.35 0.36 0.51 0.28 0.38 0.29 1.06 0.87 0.33
O4' 0.34 0.19 0.26 0.30 0.22 0.37 0.20 0.39 0.20 0.32 0.22 0.20 0.25 0.26 0.29 0.33 0.24 0.41 0.33 1.19 0.86 0.39
O5' 0.66 0.70 0.56 0.46 0.66 0.59 0.63 0.56 0.65 0.59 0.69 0.69 0.62 0.58 0.64 0.72 0.47 0.69 0.50 1.26 0.67 0.52
OP1 2.25 2.49 2.11 1.92 2.32 2.03 2.21 1.86 2.29 2.03 2.44 2.45 2.15 1.99 2.21 2.25 1.84 2.18 1.70 1.94 1.05 1.52
OP2 0.91 1.30 0.82 0.60 1.03 0.71 0.95 0.65 1.10 0.76 1.30 1.18 1.03 0.76 0.90 1.09 0.70 0.86 0.63 1.19 1.07 0.64
P 1.31 1.54 1.18 1.01 1.38 1.14 1.31 1.04 1.40 1.15 1.53 1.48 1.32 1.13 1.28 1.35 0.99 1.28 0.93 1.46 0.51 0.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.01 0.11 0.45 0.20 0.14
C2 0.03 0.00 0.17 0.22 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.28 0.04 0.17 0.74 0.50 0.19
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06 0.13 0.17 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.33 0.13 0.21
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.20 0.19 0.21 0.19 0.21 0.20 0.11 0.02 0.01 0.01 0.09 0.21 0.14 0.07
C4 0.02 0.02 0.09 0.15 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.03 0.14 0.70 0.50 0.16
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07 0.04 0.16 0.01 0.00 0.01 0.10 0.22 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.18 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.10 0.03 0.15 0.80 0.67 0.16
C5' 0.04 0.12 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.11 0.06 0.12 0.10 0.11 0.08 0.05 0.07 0.12 0.01 0.01 0.18 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.04 0.16 0.84 0.71 0.18
C8 0.01 0.02 0.06 0.19 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.12 0.12 0.04 0.12 0.74 0.61 0.14
N1 0.03 0.00 0.13 0.21 0.02 0.09 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.22 0.04 0.17 0.81 0.62 0.19
N3 0.03 0.00 0.17 0.19 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.27 0.04 0.16 0.67 0.42 0.17
N6 0.03 0.01 0.06 0.21 0.01 0.08 0.02 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.22 0.14 0.05 0.16 0.88 0.82 0.18
N7 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.12 0.03 0.13 0.83 0.76 0.14
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.12 0.63 0.42 0.15
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.19 0.16 0.19 0.07 0.22 0.12 0.23 0.22 0.22 0.16 0.12 0.00 0.04 0.11 0.11 0.25 0.10 0.14
O3' 0.16 0.28 0.02 0.01 0.14 0.01 0.10 0.12 0.15 0.12 0.22 0.27 0.14 0.12 0.05 0.04 0.00 0.11 0.19 0.45 0.32 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.08 0.38 0.12 0.10
O5' 0.11 0.17 0.19 0.09 0.14 0.01 0.15 0.01 0.16 0.12 0.17 0.16 0.16 0.13 0.12 0.11 0.19 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.45 0.74 0.33 0.21 0.70 0.10 0.80 0.18 0.84 0.74 0.81 0.67 0.88 0.83 0.63 0.25 0.45 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.50 0.13 0.14 0.50 0.22 0.67 0.40 0.71 0.61 0.62 0.42 0.82 0.76 0.42 0.10 0.32 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.19 0.21 0.07 0.16 0.03 0.16 0.02 0.18 0.14 0.19 0.17 0.18 0.14 0.15 0.14 0.20 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00